Soutenance mémoire
Émergence d’un nouveau coronavirus
Pandémie mondiale
Le virus SARS-CoV 2 est le troisième coronavirus humain HCoV à être responsable d’une menace sanitaire mondiale. Il a été isolé en janvier 2020 chez des patients de la ville chinoise de Wuhan. Ce virus est responsable de la maladie de la COVID-19 et peut provoquer une pneumonie virale sévère. L’Organisation mondiale de la santé (OMS) a déclaré l’état de pandémie le 11 mars 2020 (1).
Historique des coronavirus humains
Les coronavirus humains (HCoV) sont des virus à ARN simple brin. Ils sont à l’origine d’épidémies, ces virus sont issus d’animaux qui au moyen de modifications entre différentes espèces finissent par contaminer le genre humain (2). Les premières identifications remontent aux années 1960. Elles sont classées en trois groupes « classiques », « nouveaux » et « émergents ». Les HCoV dits « classiques » et « nouveaux » ne sont responsables que d’infections respiratoires hautes, peu sévères dans la population générale mais peuvent cependant entrainer des formes plus graves notamment chez les enfants, les personnes âgées ou les personnes immunodéprimées. Ils ont une circulation hivernale et font partie des diagnostics biologiques de routine. Ils sont à différencier des HCoV dits émergents. Les HCoV dits « émergents » sont eux responsables de pathologies pulmonaires plus sévères. Le SARS-CoV 2 en fait partie, ainsi que le SARS-CoV (Severe acute respiratory syndrome associated coronavirus) et le MERS-CoV (Middle-East respiratory syndrome coronavirus). Ils sont les seuls HCoV à être responsables de syndrome de détresse respiratoire aigu ou SDRA (3). Le SARS CoV a provoqué une pandémie qui a débuté dans le sud de la Chine de novembre 2002 à juin 2003. Il s’est propagé dans 32 pays, avec plusieurs milliers de personnes infectées (8098), une mortalité globale de 9% et de plus de 50% chez les personnes de plus de 60 ans (4). Le MERS-CoV, quant à lui, a été identifié en septembre 2012 en Arabie-Saoudite. Il aurait circulé en Arabie-Saoudite et dans les pays du Moyen-Orient jusqu’en mars 2016, il aurait contaminé plus de 2519 personnes dans 26 pays différents et serait responsables de 866 cas mortels (soit un taux de mortalité aux alentours de 35%) selon l’OMS (2).
Le virus SARS-CoV 2
Origines supposées
Le virus SARS-CoV 2 serait issu d’une série de mutations entre différentes espèces de mammifères vivant en contact les unes avec les autres. Le premier hôte serait une chauvesouris, puis la transmission aurait alors eu lieu vers d’autres hôtes intermédiaires comme le pangolin. Actuellement tous les hôtes intermédiaires ne sont pas connus. C’est l’ensemble de ces mutations inter espèces qui aurait permis la contamination vers l’homme (5). L’autre hypothèse serait que le virus circulerait depuis plusieurs années chez l’Homme et qu’une mutation récente ait augmenté sa virulence et sa contagiosité.
Caractéristiques du virus et mode de contamination
Le SARS-CoV2 est un virus à ARN simple brin enveloppé, il utilise son génome pour coder une protéine unique, qui est ensuite modifiée par l’hôte. Il code également des protéines virales nécessaires à sa réplication (7). Le virus se transmet essentiellement par l’émission de gouttelettes respiratoires liquides chargées en particules virales lorsqu’une personne infectée tousse, éternue, par contact de la main à la bouche ou de la main à l’œil ainsi que par le contact avec des surfaces dures contaminées selon le même principe (8). Les aérosols contenant des particules responsables de l’infection restent viables jusqu’à 3 heures dans l’air (9). Ces particules peuvent également survivre sur des surfaces inertes telles que l’acier inoxydable et le plastique (72h), le carton (24h) et le cuivre (4h).
Émergence de nouveaux variants
Au cours de la pandémie des variants du virus SARS-CoV 2 ont fait leur apparition. Ces variants étaient des souches différentes du virus dans leur génome et étaient causées par l’apparition de mutations lors de la réplication du virus (10).
Ces mutations seraient ensuite sélectionnées naturellement, leur conférant ainsi un avantage au niveau de la réplication virale, de la transmission ou de l’évasion de l’immunité. Les virus dont le génome a été modifié devenaient prévalent. Les mutations du SARS-CoV 2 étaient nombreuses et leur majorité ne présentait pas de caractéristique inquiétante, cependant plusieurs variants ont attirés l’attention des communautés scientifiques (6) :
• Le « variant britannique » (B.1.1.7), plus contagieux ;
• Les variants « sud-africain » (B.1.351) et « brésilien » (P.1), moins sensibles à l’immunité acquise ;
• Le variant « indien » (B.1.617), plus contagieux et moins sensible à l’immunité acquise ;
• Le variant « breton » (B.1.616), plus difficile à détecter avec les méthodes diagnostiques courantes.
Données épidémiologiques
Crise sanitaire mondiale
La propagation rapide du virus à l’ensemble des continents a obligé les différents gouvernements mondiaux à mettre en place des mesures de restriction sanitaires propres à chacun des pays : confinement strict, port du masque, fermeture des commerces, restaurants, interdiction des rassemblements … Ces différentes mesures de restriction étaient prises en fonction de l’évolution des chiffres épidémiologiques.
Bilan en Normandie et en France après la première vague
La fin du premier confinement en France a eu lieu le 11 mai et correspond à la fin de la première vague épidémique causée par la COVID-19, période de l’étude. Le bilan au 14 mai 2020 publié par Santé Publique France (11) faisait état de 140 227 cas contaminés par le Sars-Cov-2 confirmés, 96 979 hospitalisations, et 26 991 décès en lien avec la COVID-19 dont 17 003 à l’hôpital. En Normandie, au 14 mai 2020 (12), le nombre de cas atteints par le Sars-Cov-2 confirmés était aux alentours des 6 000, le nombre d’hospitalisations pour la COVID-19 représentait 2% du nombre des hospitalisations sur le plan national soit un peu moins de 2 000 patients hospitalisés. On dénombrait un total d’environ 600 décès liés à la COVID 19, dont 387 à l’hôpital.
Bilan français et mondial en mai 2021
Cette nouvelle pandémie causée par le SARS-CoV 2 a un impact plus important sur le nombre de personnes contaminées que les précédentes épidémies liées à des coronavirus humains. En France, à la fin juillet 2021, le bilan épidémiologique dénombrait une contamination de plus de 6 millions de patients et un total de plus de 110 000 décès (13). A la même période le bilan mondial faisait état de plus de cent-quatre-vingt millions de patients contaminés et plus de trois millions cinq cent mille de décès (14).
|
Table des matières
I. ABREVIATIONS
II. ILLUSTRATIONS
III. INTRODUCTION
A. ÉMERGENCE D’UN NOUVEAU CORONAVIRUS
1. Pandémie mondiale
2. Historique des coronavirus humains
3. Le virus SARS-CoV 2
4. Données épidémiologiques
B. LA MALADIE DE LA COVID-19
1. Facteurs démographiques des populations contaminées
2. Comorbidités et risque de forme grave
3. Caractéristiques cliniques de la maladie du COVID-19
C. DEPISTAGE DE LA COVID-19
1. Test de dépistage
2. La stratégie de dépistage actuelle et les tests disponibles
3. Test diagnostique de référence
D. LA COVID-19 EN SOINS DE PREMIERS RECOURS
1. Rôle du médecin généraliste
2. Identification des patients à risque en médecine générale
3. Intérêt d’un score utilisable en soins de premier recours
4. Enjeux du score de probabilité clinique
IV. MATERIEL ET METHODE
A. POPULATION ET PERIODE
1. Critères d’inclusion
2. Critères d’exclusion
B. QUESTIONNAIRE ET DONNEES COLLECTEES
1. Questionnaire
2. Choix des variables
3. Gestion des données manquantes
C. ANALYSE STATISTIQUE
V. RESULTATS
A. DESCRIPTION DE LA POPULATION
B. INFORMATIONS PRELIMINAIRES SUR LE RISQUE D’ETRE ATTEINT PAR LA COVID-19
C. REGRESSION LOGISTIQUE MULTIVARIEE
D. REGRESSION DE POISSON
1. Régression de poisson multivariée
2. Régression de poisson après pénalisation (LASSO + validation croisée)
E. VALEUR DIAGNOSTIQUE
1. Courbe ROC
2. Matrice de confusion
3. Performances de dépistage des différents seuils
F. PROBABILITE D’ETRE ATTEINT PAR LA COVID-19 DANS LE MODELE
VI. DISCUSSION
A. RESULTATS DE L’ETUDE
B. POPULATION DE L’ETUDE
1. Données démographiques
2. Comorbidités
3. Symptômes cliniques
4. Population de soins primaires
5. Données sur des patients jeunes
C. DIAGNOSTIC DE LA MALADIE DE LA COVID-19 EN FONCTION DES SYMPTOMES
D. DEVELOPPEMENT DE SCORES ET D’OUTILS DIAGNOSTIC
E. LIMITES DE L’ETUDE
1. Modification de la stratégie de dépistage
2. Recueil de données
3. Lieu de l’étude
4. Période printanière et estivale
F. CONTROLE DE LA PANDEMIE
1. La vaccination
2. Gestes barrières et port du masque
3. Conséquences de la crise sanitaire
VII. CONCLUSION
VIII. BIBLIOGRAPHIE
IX. ANNEXE
