Soutenance mémoire
Autopsie Verbale
Autopsie médicale: Les mots “Autopsie ”ou “examen post mortem ”ou “nécropsie ”désignent l’examen médical des cadavres. L’objectif de l’autopsie médicale est d’établir la cause de la mort (cause principale et causes indirectes s’il y a lieu), de déterminer l’état de santé du sujet avant son décès, et si les éventuels traitements reçus étaient adaptés. De nos jours, l’allongement de l’espérance de vie et les polypathologies font que, le plus souvent, un individu meurt de suite de plusieurs maladies. Dans ce cas, la cause de la mort n’est pas toujours évidente et l’autopsie intervient pour établir la réalité des faits, si elle est pratiquée dans les délais et conditions requis.
Autopsie verbale: L’autopsie verbale consiste à interroger les membres d’un ménage sur les circonstances du décès de l’un des leurs, survenu antérieurement, afin d’en déterminer les causes.
Historique de la méthode d’autopsie verbale
En l’absence de sources institutionnelles d’informations, l’amélioration des moyens d’investigation des problèmes de santé, dont, en premier lieu, la détermination des causes médicales de décès, constitue un enjeu important pour la recherche [3]. Dans [4], Biraud propose en 1954 d’utiliser les symptômes afin de faciliter l’enregistrement et l’estimation des causes possibles de décès. Il suggère de former un personnel non médical pour enregistrer au moins :
• le sexe et l’âge de la personne,
• les circonstances du décès (accident, mort violente, maladie),
• les principaux symptômes, leurs sièges et leur durée,
• les affections épidémiques.
Le but est d’obtenir des diagnostics communautaires que pourraient recueillir les fonctionnaires en place ayant une connaissance préalable du pays, de ses coutumes et de ses pathologies. Il estime que d’importantes informations sur les causes de décès pourraient être collectées par cette voie. En 1978, l’Organisation Mondiale pour la Sante (OMS) [5] reprend l’idée d’un système simplifié de collecte des données sur la mortalité, en proposant de classer les décès selon une cause unique, à partir des informations obtenues sur les symptômes de la maladie au cours d’un entretien non directif avec l’entourage de la personne décédée.
Une expérience d’enregistrement des causes de décès par des non médecins selon ce principe a été conduite à Matlab au Bengladesh en 1975 [6]. Il s’avère qu’au cours de cette expérience que le système d’entretien non directif favorise les biais d’enquête et les pertes d’informations. Le déroulement de l’entretien, les questions posées et les conclusions influençent énormément le bon sens de l’enquêteur et aussi sa délibération en faveur du diagnostic pour certaines maladies plutôt que d’autres [3]. A cela s’ajoute un risque de confusion entre concepts traditionnels et concepts médicaux. Pour minimiser ces biais, il apparaît nécessaire de développer une procédure standardisée, surtout pour les chercheurs associés à des programmes de santé maternelle et infantile en zone rurale. Une nouvelle méthode de collecte est créée à partir de questionnaires standardisés, très structurés, portant sur la description des symptômes développés lors de la maladie et de leur succession dans le temps [6].
Mode d’utilisation
L’autopsie verbale permet d’analyser les facteurs médicaux et non médicaux dans la suite des événements ayant conduit au décès. Elle est donc une méthode visant à élucider les causes médicales du décès et mettre à jour les facteurs personnels, familiaux et communautaires susceptibles d’avoir contribué au décès, lorsque celui-ci est survenu en dehors d’un établissement de santé. Elle permet aussi de recenser les facteurs liés à des décès survenus dans une communauté (source précieuse de renseignements sur les causes de mortalité). Son utilisation est encouragée, dans le cadre d’une base de données démographique, lorsque les décès sont nombreux en dehors des établissements de soins. Cette technique permet d’assigner avec un minimum de risque d’erreur une cause de mortalité dans les régions dépourvues d’état civil, de registres de décès, ou lorsque les outils de diagnostic sont inexistants ou de fiabilité réduite. Dans de nombreux pays, particulièrement dans les pays en voie de développement, l’autopsie verbale est indispensable pour effectuer des recherches démographiques ou épidémiologiques sur la mortalité [7]. L’OMS [2] dans son programme d’élaboration des normes en matière d’autopsie verbale préconise trois usages principaux:
• en premier lieu, on l’utilise essentiellement comme outil de recherche dans les études longitudinales de population et en recherche interventionnelle, c’est-à-dire en surveillance démographique et épidémiologique. La surveillance démographique vise entre autres à attribuer une cause de décès avec le plus d’objectivité possible pour favoriser la représentativité et la comparabilité des causes de décès à la fois dans le temps et dans l’espace. La surveillance épidémiologique vise à optimiser le diagnostic par rapport à l’objet de l’investigation, généralement chez les enfants ou encore pour déterminer la où les cause(s) de décès maternels.
• en second lieu, elle est devenue une source de données statistiques sur les causes de décès qui permet de répondre à la demande d’estimation de la charge de morbidité des populations, nécessaires pour l’élaboration des politiques, la planification, l’établissement des priorités et l’analyse comparative.
• enfin l’autopsie verbale fournit des données qui sont de mieux en mieux acceptées comme source de statistiques sur les causes de décès.
Mode opératoire
L’autopsie verbale comporte cinq étapes essentielles:
1. Recensement des décès : par une enquête par sondage ou par une enquête exhaustive sur le terrain.
2. Interrogatoire de l’entourage de la personne décédée : il doit être effectué dans un délai raisonnable après le décès pour respecter le deuil de la famille tout en s’assurant d’un souvenir suffisamment récent. Il est mené par un enquêteur expérimenté à partir d’un questionnaire standardisé.
3. Le diagnostic primaire est effectué indépendamment par deux médecins qui rédigent chacun une fiche de synthèse standardisée.
4. La confirmation du diagnostic est apportée par un médecin tiers. Son rôle est de valider le diagnostic s’il est identique pour les deux diagnostics primaires ou de formuler un compromis lorsqu’ils sont voisins et (ou) compatibles.
5. En cas de divergence entre les deux diagnostics primaires, le dossier est examiné en réunion de consensus composé des trois précédents médecins et présidé par un quatrième médecin.
Cependant, le succès de cette méthode dépend:
• du type de questionnaire utilisé,
• de la classification de la mortalité utilisée,
• de la qualité des réponses, celle-ci étant elle même dépendante de plusieurs facteurs que sont:
– l’enquêteur,
– le répondant,
– le délai entre le décès et l’enquête.
Les caractéristiques de la technique d’autopsie verbale
La classification de la mortalité
Selon le guide de l’OMS [2], les causes de décès sont définies comme toutes les maladies et les conditions morbides. Ces conditions morbides regroupent l’ensemble des circontances qui aboutissent ou contribuent à la cause de décès. Cette définition inclut tous les processus complexes que traversent le patient avant le décès. Il n’est pas possible, en pratique, d’analyser tous ces processus à travers un interrogatoire rétrospectif de personnes proches du défunt et, seule une nécropsie minutieuse, complète pratiquée par des gens bien entraînés, pourrait permettre d’évaluer scientifiquement toutes les causes de décès. Dans le but d’évaluer les causes de décès, l’approche à suivre au préalable pour élaborer un questionnaire est de lister une série de causes qui ont une probabilité élevée de survenir au sein de la population. Cela doit être effectué pour les divers groupes d’âges et de sexes et ensuite une série de symptômes est associée à chacune des causes. Les symptômes retenus doivent être assez spécifiques d’une maladie et exclusifs des autres. On obtient ainsi une classification de causes probables avec inévitablement une catégorie Autres et non déterminées destinée à rassembler les décès pour lesquels les symptômes ne permettent pas une affectation aux catégories précédentes.
Ainsi deux approches peuvent être utilisées pour développer et attribuer des diagnostics à partir de l’autopsie verbale:
• Approche restrictive : partant d’une classification de causes de mortalité donnée, l’outil d’autopsie verbale (comportant un questionnaire avec des procédures pour attribuer une cause) va classer les décès dans ces catégories pré- établies;
• Approche dite ouverte : la classification du décès est faite sur la base des diagnostics attribués à partir de l’autopsie verbale.
La caractéristique voulue dans la classification élargie de la mortalité ou approche dite ouverte est qu’elle peut être utilisée par d’autres études avec des modifications mineures. Une classification élargie de la mortalité devrait inclure toutes les causes de décès qui constituent des problèmes importants de santé publique. Les autres classifications sont reconnues comme répondant à des stratégies d’intervention. Ces catégories de maladies devraient autant que possible avoir des symptômes cliniques qui soient complexes, distincts et facilement reconnaissables. La connaissance de la structure des causes de décès de la population dans laquelle l’autopsie verbale va être appliquée pourrait faciliter une classification élargie de la mortalité selon des critères définis par [8].
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Table des matières
Introduction
0.1 Contexte et Problématique
0.1.1 Contexte
0.1.2 Problématique
0.2 Contributions
0.3 Organisation de la thèse
1 Etat de l’art: Autopsie verbale
1.1 Introduction
1.2 Autopsie Verbale
1.2.1 Historique de la méthode d’autopsie verbale
1.2.2 Mode d’utilisation
1.3 Les caractéristiques de la technique d’autopsie verbale
1.3.1 La classification de la mortalité
1.3.2 Le questionnaire
1.3.3 Les enquêteurs
1.3.4 Les répondants
1.3.5 Le délai d’enquête
1.4 Méthodologie
1.4.1 Présentation des sites d’études
1.4.2 Source de données des autopsies verbales
1.5 État de l’art des méthodes mathématiques
2 Analyse discriminante et méthodes à noyaux
2.1 Introduction
2.1.1 Données et notations
2.1.2 Règles de décision
2.1.3 Estimation des performances d’une méthode de classification
2.2 Méthodes paramétriques
2.2.1 Modèles de mélange
2.2.2 Modèle de mélange sur variables quantitatives
2.2.2.1 Modèle de mélange gaussien
2.2.2.2 Estimation paramétrique: cas quantitatif
2.2.3 Modèle de mélange sur variables qualitatives
2.2.3.1 Modèle de mélange multinomial
2.2.3.2 Estimation paramétrique: cas qualitatif
2.3 Méthodes non paramétriques
2.3.1 Noyaux
2.3.2 Noyaux sur des données structurées
2.3.3 Méthodes à noyaux
2.3.3.1 Séparateurs à Vaste Marge (SVM)
2.3.3.2 Méthode des plus proches voisins (K Nearest Neighbors (KNN))
2.3.3.3 Processus gaussien parcimonieux en analyse discriminante (processus gaussien parcimonieux en analyse discriminante (pgpDA))
2.4 Mesure de similarité
2.4.1 Définitions
2.4.2 Mesure de similarité pour des données binaires
3 Classification supervisée par modèle de mélange multinomial pour les autopsies verbales
3.1 Introduction
3.2 Modèle de mélange sous hypothèse d’indépendance conditionnelle
3.3 Réduction du nombre de classes
3.4 Sélection de variables
3.5 Résultats
3.5.1 Réduction du nombre de classes
3.5.2 Performances de la méthode
3.5.3 Sélection de variables
3.6 Conclusions et perspectives
4 Une méthode de classification combinant mesures de similarité et modèles de mélanges
4.1 Introduction
4.2 Classification grâce à une fonction noyau
4.3 Mesures de similarité et dissimilarité
4.3.1 Généralisation des mesures de similarités
4.3.2 Similarité de Sylla & Girard
4.4 Construction de noyaux associés à des observations binaires
4.5 Applications
4.5.1 Données
4.5.2 Méthodologie
4.5.3 Résultats obtenus avec 76 noyaux de [1]
4.5.4 Résultats obtenus avec le noyau Sylla & Girard
4.5.5 Comparaison entre méthodes de classification
4.5.6 Performances de la méthode proposée
4.6 Conclusion
Conclusion
