Gestion dynamique des thérapeutiques de la COVID-19

Le SARS-COV 2

   En décembre 2019, la chine a déclaré une épidémie dans la région de Wuhan et ses alentours. Les premiers malades hospitalisés présentaient des pneumonies de cause inconnues (1) . Ces personnes étaient toutes liées épidémiologiquement au marché de produits de la mer de Huanan (2). Le virus a été isolé le 7 janvier par les autorités chinoises et la séquence génomique a été identifié le 10 janvier (3). Ce nouveau virus étant lui aussi un coronavirus, il a été appelé dans un premier temps 2019-novel Coronavirus (2019-nCoV) puis severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARSCoV-2) (4).Le SARS-CoV 2 fait partie de la famille des Coronaviradae, sous famille des Coronavirinae et appartient au genre des Betacoronavirus (5) comme le SARS-CoV responsable d’une épidémie dans plusieurs pays en 2002-2003 (6) et le MERS-CoV au moyen orient en 2013 (7). Avant ce nouveau virus, il était recensé six souches de coronavirus pouvant infecter l’être humain. Il s’agit du HCoV-229E, HCoV-OC43, HCoV-NL63, HCoV-HKU1, le SRAS-CoV et le MERS-CoV (8). Les souches 229E, OC43, NL63 et HKU1 circulent de manière très large entre les Hommes à travers le monde mais sont responsables de symptômes bénins comme le rhume. Contrairement au SRAS-CoV et MERS-CoV qui diffusent à l’être humain de manière ponctuelle mais qui sont plus virulent pouvant causer en plus, des symptômes digestifs et des pneumonies entraînant des syndromes de détresses respiratoires pouvant entrainer la mort (8) (annexe 1). Le SRAS-CoV a été responsable d’une épidémie mondiale dans 30 pays en 2002-2003. Le MERS-CoV est apparu en 2012 au Moyen Orient et a diffusé dans plusieurs pays (9). Le SARS-CoV-2 est d’origine zoonotique tous comme les autres coronavirus qui infectent l’Homme. Cela signifie que le virus peut se transmettre de l’animal à l’Homme. La forte similitude entre le génome du SARS-Cov2 et un Coronavirus de la chauve-souris CoV RaTG13 conforte l’idée qu’il viendrait de celle-ci (10). Il n’existe aucune preuve qu’il se soit transmis directement à l’Homme. Il existe néanmoins une hypothèse qui expliquerait le mécanisme de transmission par une infection d’un mammifère nommé le pangolin en tant qu’hôte intermédiaire (10) (11) (figure 2).

Physiopathologie et manifestations cliniques

   La contamination par le SARS-CoV-2 se produit essentiellement par contamination directe via des gouttelettes respiratoires expulsées par l’hôte malade (14). On estime par ailleurs qu’une personne parlant cinq minutes va émettre environ 3000 gouttelettes et par un éternuement plus de 40 000 (36). Les gouttelettes sont de grosses particules et pour que la contamination se fasse un contact proche est nécessaire car elles ne peuvent parcourir une grande distance (moins 1 mètre). C’est pour cela que la distanciation physique et le port du masque sont des mesures efficaces pour réduire la diffusion du virus (37). Il peut également se produire une contamination par transmission indirecte via des surfaces contaminées par ces gouttelettes. La désinfection des mains et de l’environnement permet de réduire la transmission virale (38). La contamination pourrait aussi se faire via des aérosols. Ce sont des suspensions de particules solides ou liquides enfermées dans un gaz. La suspension contient le virus du SARS-Cov-2. La taille des particules varie de 0.001 à 100 um. Ce sont des petites particules qui restent dans l’air et parcourent une grande distance. La contamination se produit à distance (supérieure à 1.8 m) et le contact direct est inutile (36). Cela se nomme une contamination par transmission aérienne. A un degrés moindre ce mode de contamination par le SARS-Cov-2 pourrait se produire dans les environnements où l’air n’est pas renouvelé (pièce non ventilée, fermée) (39). A l’heure actuelle, il n’existe pas de preuve concluante de ce mode de contamination et d’autres études doivent être menées afin de confirmer ce mode de contamination par le SARS-Cov-2 (40). L’ARN du SARS-Cov-2 a aussi été retrouvé dans les selles (41). Pour l’instant, il n’existe aucune preuve d’une transmission féco-orale.

Diagnostic

   Le diagnostic précoce et fiable des personnes contaminées est crucial pour d’une part prendre en charge les malades et d’autre part pour les isoler afin de ralentir la pandémie. Le SARSCoV-2 se retrouve presque exclusivement à partir de sources respiratoires même s’il a aussi été retrouvé dans le tractus digestif et le sang. Le diagnostic de Covid 19 est suspecté à partir d’un tableau clinique évocateur et il est confirmé par des test biologiques. Pour les patients hospitalisés, l’imagerie médicale est aussi utilisée. Le test de référence biologique pour détecter le SARS-Cov-2 est le test de détection moléculaire de l’acide nucléique du virus par RT-PCR. C’est un test avec une sensibilité variable mais très spécifique. Le SARS-CoV-2 étant un virus à ARN simple brin il va nécessiter une transcription inverse en ADN double brin par une transcriptase inverse (RT) puis il sera amplifié par une réaction en chaîne de la polymérase (PCR). En pratique, on prélève un échantillon nasopharyngé grâce à un écouvillon. On peut également récolter un prélèvement oropharyngé. Le résultat est rendu en plusieurs heures. Pour les patients hospitalisés dans les unités de soins intensifs, il est recommandé de prélever dans les voies aériennes inférieures en récoltant les expectorations bronchiques ou en faisant un lavage broncho alvéolaire (LBA). Ces échantillons sont plus sensibles que ceux provenant des voies aériennes supérieures (45). Cependant il peut y avoir des faux négatifs (FN) et le rendu du résultat peut prendre du temps. Pour compléter la stratégie de dépistage en ville, il existe des tests antigéniques qui vont détecter la protéine produite par le virus (antigène). Le résultat rendu est rapide mais si le résultat est positif, il faut le confirmer par un test moléculaire par RT-PCR (58). Dans certaines circonstances, les test sérologiques par détection d’anticorps produit par l’organisme en réponse à l’infection par technique ELISA (enzyme-linked immunosorbent assay) ont montré un intérêt et sont recommandés par l’HAS pour le diagnostic (59). L’imagerie thoracique est également utilisée à l’hôpital avec la radio thoracique (RT) et surtout la tomodensitométrie (TDM) plus communément appelé « scanner ». La TDM sans injection permet un diagnostic précoce à l’arrivé du patient à l’hôpital en attendant le résultat du test PCR qui est le test de référence. Cela permet de trier les patients et d’isoler ceux atteints du Covid 19 afin d’éviter les contaminations. C’est un outil diagnostic complémentaire à la RTPCR. La présence de plages de verre dépoli bilatérale est caractéristique de la pneumonie à Covid 19 et l’étendue des lésions est liée à la sévérité clinique (60,61). Par ailleurs le scanner réalisé avec injection permet de rechercher une embolie pulmonaire qui est une complication potentielle de cette maladie (61).

Macrolide/azithromycine (ZITHROMAX®)

   L’azithromycine est un antibiotique de la famille des macrolides. Cette classe d’antibiotique possède une activité bactériostatique en inhibant la synthèse des protéines bactériennes en se fixant sur la sous unité 50S du ribosome (ARNr 23s). Les macrolides sont efficaces contre les bactéries intracellulaires (83). Le SARC-CoV-2 déclenche chez certaines personnes une suractivation de la réponse immunitaire délétère et aggravant la maladie. En plus de leur activité antimicrobienne, les macrolides possèderaient une activité anti modulatrice et potentiellement une activité antivirale (84). L’azithromycine a été proposé pour la prise en charge de la maladie à Covid 19. Une étude en mars 2020 de l’institut hospitalo-universitaire Méditerranée Infection (IHU) a trouvé dans ces résultats que l’association HCQ et azithromycine montrait la meilleure efficacité sur la réduction charge virale sur une petite cohorte de patients (85). A l’hôpital européen, la réunion de concertation pluridisciplinaires (RCP) a statué en faveur de leurs utilisations au début de la pandémie.

Table des matières

I. Introduction
II. Recommandations et thérapeutiques utilisées pour les patients atteints du SARS-COV 2
A. Une pandémie mondiale déclenchée par un nouveau virus.
1. Le SARS-COV 2
2. Epidémiologie dans le monde et en France
B. La maladie à coronavirus 19
1. Physiopathologie et manifestations cliniques
2. Diagnostic
C. Thérapeutiques et recommandations pour la prise en charge de la Covid 19
D. Adaptation et organisation de l’hôpital Européen pour la prise en charge de l’épidémie
III. Gestion dynamique des thérapeutiques de la Covid-19 pour les patients hospitalisés lors de la première et de la deuxième vague pandémique à l’Hôpital EuropéenMarseille
A. Contexte et objectif
B. Méthode
C. Résultats
D. Discussion
IV. Conclusion
Bibliographie
Annexes
Serment de Galien

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