Génétique de population de propithecus tattersalli (simons, 1988)

Madagascar, localisée à l’Est de la côte africaine dans l’océan Indien, avec une superficie d’environ 587000 km2 , est la quatrième grande île du monde. Cette île est une nation connue par son immense et unique biodiversité. Depuis l’arrivée de l’homme sur cette île, il y a environ 2000 ans (Burney et al., 1997), la déforestation est de plus en plus intense. La perte est estimée jusqu’à 90% de la forêt initiale (Mittermeier et al., 2004). Suite à l’exploitation massive et continue de la faune et de la flore par l’homme, les forêts ont perdu leur unité originelle, il ne reste plus que des fragments forestiers plus ou moins étendues constituant le paysage. En matière de biodiversité dans le monde, Madagascar est considéré parmi les points chauds, avec un degré très élevé d’endémisme (Myers, 2000), Les lémuriens, qui se rencontrent dans des forêts primaires comme habitat naturel, sont endémiques de Madagascar (Mittermeier et al., 1994), et sont aussi particulièrement touchés par la fragmentation.

La population de Propithèque à couronne dorée a été répertoriée pour la première fois par Tattersall en 1974 dans une forêt sèche proche de Daraina comme étant une population de Propithecus diadema (Tattersall, 1982). Elle a été considérée comme une nouvelle espèce, quatorze ans plus tard, après une étude menée par une équipe de Duke University conduite par Simons (1988). Le nom scientifique Propithecus tattersalli a été donné au Propithèque à couronne dorée à l’honneur de Tattersall.

Depuis ce temps, des études concernant les effets de saisonnalité de ressource sur le comportement et la reproduction (Meyer, 1993), son comportement alimentaire (Andriamanaitra, 2001) et surtout sur sa répartition géographiques (Vargas et al., 2002; Razafindrakoto et al., 2007) ont été effectuées et ont abouti à son statut de conservation, menacée (IUCN, 2012). En effet, Propithecus tattersalli est endémique locale dans des fragments de forêt du Nord-est de Madagascar. Ses habitats sont aux environs de la rivière de Loky et de Manambato de la commune rurale de Daraina, de Maromokotra et de Betsiaka. Tous les habitats de lémuriens souffrent en permanence de pressions anthropiques; en particulier l’agriculture basée sur la culture sur brûlis, l’élevage extensif et l’extraction de produits forestiers. Toutes les sous-populations de cette espèce sont confinées dans des fragments forestiers de différentes tailles et isolés les uns des autres.

GENERALITES

MILIEU D’ETUDE

La commune rurale de Daraina est localisée au Nord-est de Madagascar dans la région SAVA. Elle se situe à 100 km au Sud-est de la ville d’Antsiranana, à 50 km au Nord de Vohémar et est traversée par la route nationale, RN 5a, reliant Vohémar et Ambilobe. Ses fragments forestiers sont compris dans les coordonnées 49 25’-49 55’ E et 12 50’-13 19’ S.

CARACTERES PHYSIQUES DU MILIEU 

Relief
La topographie de Daraina est très variée. Elle est généralement engendrée par des intrusions volcaniques. Certaines chaînes de montagnes ont été formées dans le temps par d’ancien volcanisme et du morphodynamisme d’origine tectonique encore active (Arthaud et al., 1990). Le dynamisme tectonique est à l’origine de la surélévation des régions sédimentaires tandis que quelques massifs montagneux se sont formés par des intrusions granitoïdes et gabbroïques résultant des activités migmatites d’il y a environ 715-754 millions d’année (Tucker et al., 1999 ; Meert et al., 2003).

Hydrographie
Les cours d’eau et les marécages sont innombrables pendant la saison humide mais plusieurs d’entre eux ne sont pas permanents et sont asséchés pendant la saison sèche. Les rivières de Loky et de Manambato, qui prennent leur sources au Sud-ouest de la région de Daraina, au pied du massif de Tsaratanàna sont les deux grands cours d’eau de cette région qui peuvent atteindre jusqu’à 200 m de large ou plus. Elles sont permanentes mais ne se présentent que comme des petits ruisseaux pendant la saison sèche.

Climat
La position géographique de Daraina suggère que cette région possèderait un régime climatique intermédiaire entre celui de Vohémar et d’Antsiranana. Le modèle général du climat de Daraina selon Meyers (1993) pendant son séjour dans cette région (Mars1990 au Mars1991) coïncide à l’allure du diagramme ombrothermique d’Antsiranana (Figure 1). Ce climat est constitué par une longue saison sèche de sept à huit mois à partir du mois d’Avril à Novembre et une courte saison humide du mois de Décembre à Mars. La moyenne annuelle des précipitations est de 758,4 mm avec un nombre de 81 jours de pluie à Antsiranana. La température moyenne annuelle oscille autour de 26°C avec une température minimale annuelle de 20°C enregistrée entre le mois de Juillet et Août et d’une maximale annuelle de 32°C entre le mois de Novembre et Avril (Direction générale de la météorologie Ampandrianomby Antananarivo, 2007)  .

CARACTERES BIOTIQUES DU MILIEU 

Végétation

Sur une aire de 40 km de diamètre, la forêt naturelle restante de Daraina n’occupe que 44 000 ha soit 18% de la région. (Vargas et al., 2002). Les deux principales facettes de l’écosystème de Madagascar, à savoir la forêt dense humide et la forêt caducifoliée, coexistent dans cette région. Il y a donc aussi un écosystème intermédiaire constitué d’une forêt semi sempervirente. Cette région est constituée de mosaïque de prairie, de terrain d’agriculture, de forêt galerie hautement perturbée, et des portions de forêt sèche caduque de différents degrés. En général, la forêt naturelle de Daraina se repartit dans les différentes altitudes. Les collines de basse altitude sont couvertes de forêt hautement caducifoliée, et les hautes collines et les points culminants des montagnes de la région contiennent plus de forêt sempervirente.

Faune

Par sa topographie et sa végétation très variées, Daraina offre différents types d’habitat et de micro habitat pour une diversité faunistique élevée.

Invertébrés
Un certain nombre de groupes d’invertébrés ont été rencontres de la récolte faite par des scientifiques travaillant sur les fourmis dans la forêt d’Antsahabe, de Binara, d’Analabe, d’Ampondrabe et de Bekaraoka (Smith et al. 2005). 82 espèces de Lépidoptères, avec 41 espèces en une journée, ont été également trouvées pendant 4 jours d’inventaire (Lees & Ravomiarana, 2006). Ces résultats indiqueraient une faune extrêmement riche avec plusieurs populations probablement d’espèces rares, distinctes et à distribution limitée. La récente découverte et description des scorpions dans la région de Loky-Manambato ont révélé plusieurs espèces nouvelles pour la science (Lourenço & Goodman, 2002, 2006, Goodman & Wilmé, 2006). Parmi elles, Heteroscorpion magnus, le plus grand scorpion connu de Madagascar (Lourenço et al., 2003). Étant donné le fait que la région entière a été finalement peu prospectée la richesse spécifique locale du groupe devrait être bien supérieure.

Vertébrés
Rakotondravony (2007) a recensé un total de 110 espèces herpétologiques, composée de 36 espèces d’amphibiens et 74 espèces de reptiles dans douze massifs forestiers de la région de Daraina. Des espèces d’oiseaux de l’Est et de l’Ouest de Madagascar se rencontrent à la fois à Daraina. Les oiseaux prédateurs potentiels des lémuriens, comme l’espèce Buteo brachypterus et Polyboroides radiatus, vivent aussi dans ce milieu (Meyers, 1993). 120 espèces d’oiseau ont été inventoriées pendant le projet ZICOMA (Zones d’Importance pour la Conservation des Oiseaux à Madagascar, 2000). Trois parmi elles, à savoir le gobe-mouche de Ward (Pseudobias wardi), l’Oxylabe à gorge blanche (Oxylabe madagascariensis) et Foudia omissa, endémiques de Madagascar sont repérées dans la forêt d’Anjanaharibe Salafaina.

Table des matières

INTRODUCTION
CHAPITRE I. GENERALITES
I.1. MILIEU D’ETUDE
I.I.1. CARACTERES PHYSIQUES DU MILIEU
I.I.2. CARACTERES BIOTIQUES DU MILIEU
I.2. PRESENTATION DE L’ESPECE ETUDIEE
I.2.1. SYSTÉMATIQUE
I.2.2. BIOLOGIE
I.2.3. DISTRIBUTION GEOGRAPHIQUE ET STATUT DE CONSERVATION
CHAPITRE II. MATERIELS ET METHODES
II.1. SITES D’ÉCHANTILLONNAGES
II.2. PRELEVEMENT DES MATERIELS GENETIQUES
II.3. PRODUCTION DE DONNEES GENETIQUES MOLECULAIRES
II.3.1. CHOIX DE MARQUEUR
II.3.2. EXTRACTION DE L’ADN
II.3.3. DEVELOPPEMENT DES MARQUEURS
II.3.4. IDENTIFICATION DES MARQUEURS INFORMATIFS
II.3.5. IDENTIFICATION DES GENOTYPES DES INDIVIDUS
II.4. DIVERSITE GENETIQUE DE L’ESPECE
II.5. EVALUATION DES TYPES DE FLUX GENETIQUE ENTRE LES SOUS-POPULATIONS DES FRAGMENTS FORESTIERS ADJACENTS
II.6. STRUCTURE GENETIQUE ET EVALUATION DES LIENS ENTRE LES POPULATIONS
II.7. INFERENCES DEMOGRAPHIQUES ACTUELLE ET PASSEE CHEZ Propithecus tattersalli
CHAPITRE III. RESULTATS ET INTERPRETATIONS
III.1. CARACTERISTIQUES DES MARQUEURS ETUDIES
III.2. DIVERSITE GENETIQUE DE L’ESPECE
III.2.1. DIVERSITE ALLELIQUE
III.2.2. CONFORMITE DE L’ECHANTILLON AVEC LES PROPORTIONS DE HARDYWEINBERG
III.2.3. HETEROZYGOTIE
III.2.4. CONSANGUINITE
III.3. ESTIMATION DES MODELES DE FLUX DE GENE ENTRE LES SOUS-POPULATIONS DES FRAGMENTS FORESTIERS ADJACENTS
III.3.1. DISTANCE GENETIQUE ENTRE POPULATIONS
III.4. STRUCTURE GENETIQUE DE CES POPULATIONS
III.5. DEDUCTION DE DEMOGRAPHIE PASSEE
CHAPITRE IV. DISCUSSION
IV.1. ECHANTILLONNAGE
IV.2. MICROSATELLITES DINUCLEOTIDES D’ADN NUCLEAIRE SPECIFIQUES POUR Propithecus tattersalli
IV.3. DIVERSITE GENETIQUE
IV.4. MODELE DE FLUX DE GENE ENTRE SOUS-POPULATION
IV.5. STRUCTURE GENETIQUE
IV.6. INFERENCE DE LA DEMOGRAPHIE PRESENTE ET PASSEE CHEZ Propithecus tattersalli
IV.7. INTERETS DE CETTE ETUDE POUR L’ELABORATION DE LA STRATEGIE DE CONSERVATION
CONCLUSION
BIBLIOGRAPHIE
ANNEXES

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