Soutenance mémoire
GENERALITES SUR Salmonella
DEFINITION DES Salmonella
Les Salmonella sont des bactéries appartenant à la famille des Enterobacteriaceae. Elles peuvent infecter l’homme, des mammifères comme les rongeurs, des oiseaux tels que les volailles et des animaux à sang froid comme les reptiles (Service de bactériologie, 2003). Elles correspondent à des bactéries pathogènes responsables de la toxi-infection alimentaire collective ou TIAC et de la fièvre typhoïde et paratyphoïde dans le monde entier (Rafalimanana, 2008). La maladie humaine provoquée par les bactéries du genre Salmonella est appelée salmonellose (Santos et al., 2013).
CARACTERISTIQUE MORPHOLOGIQUE
Les salmonella sont des bacilles à Gram négatif. En microscopie optique, elles apparaissent comme des bâtonnets de 0,3µm à 1µm de largeur et de 1µm à 6 µm de longueur. Elles sont souvent mobiles grâce à des flagelles péritriches (Bourgeois et al., 1988) à l’exception des sérovars S. pullorum et S. gallinarum qui sont toujours immobiles (Steward, 1968 ; Jawetz, 1976). Elles sont des bactéries non sporulantes et dépourvues de capsules. De plus, elles sont aéro-anaérobies facultatives.
TAXONOMIE
La classification systématique de Salmonella se résume ainsi :
Domaine : BACTERIA
Phylum : PROTEOBACTERIA
Classe : GAMMA PROTEOBACTERIA
Ordre : ENTEROBACTERIALES
Famille : ENTEROBACTERIACEAE
Genre : Salmonella .
WHITE en 1925 et KAUFFMANN à partir de 1930 établirent un système de classification basée sur l’identification antigénique des Salmonelles. Une centaine de sérovars était déjà connue dans les années cinquante et dépuis 2004, il est démontré que le genre Salmonella possède trois espèces (Popoff et Bockemuhl, 2004) :
– S. bongori
– S. enterica
– S. subterranea (connue depuis 2004) .
La deuxième espèce de Salmonella elle-même est subdivisée en 6 sous-espèces (Le Minor, 1992 ; Grimont et al., 2000) :
I- Salmonella enterica subsp. enterica
II- Salmonella enterica subsp. salamae
IIIa- Salmonella enterica subsp. arizonae
IIIb- Salmonella enterica subsp. diarizonae
IV- Salmonella enterica subsp. hautenae
VI- Salmonella enterica subsp. indica .
La sous-espèce I ou S. enterica enterica est la plus fréquente et est divisée en nombreux sérovars (typhi,paratyphi, typhimurium, enteritidis, virchow, derby, hadar, infantis,…) (Raonivalo, 2009 ; Ratsimba, 2016).
HABITAT
Les Salmonelles se trouvent un peu partout dans le monde. Elles correspondent à des parasites du tube digestif des humains et des animaux vertébrés dans lequel elles se multiplient de façon très active et se dispersent dans la nature par les excrétions (Codex alimentarius, 2009). Elles sont aussi présentes dans l’eau et dans diverses denrées alimentaires (Andrianatodiaritina, 2015). Le réservoir des salmonelles est multiple; elles se retrouvent aussi bien chez les animaux à sang chaud (malades ou porteurs sains comme les oiseaux, les mammifères dont l’homme et les rongeurs) que chez les animaux à sang froid tels que les reptiles, les poissons et les insectes (Humbert, 1998). Ainsi, elles peuvent se rencontrer dans le milieu extérieur (terre, eau, aliments pour animaux) ou dans les aliments destinés à l’homme. En effet elles peuvent survivre 4 à 9 mois selon la température (4 à 20 °C) dans le sol ou dans l’étang, pendant plus d’un an dans les poussières, jusqu’à 28 mois dans les fientes sèches de volailles, jusqu’à 5 ans dans le duvet de couvoirs et jusqu’à 13 mois sur des carcasses de poulets congelés à – 21 °C (Euzeby, 1996). Ainsi, les Salmonelles survivent dans l’environnement pendant des temps très variables (plusieurs jours, mois ou années) selon le support, les conditions de température, de pH ou d’humidité (Gledel, 1985).
HISTORIQUE
En 1880, le médecin allemand appelé Eberth découvre pour la première fois l’agent responsable de la fièvre typhoïde qui est une bactérie (Le Minor et al., 1994). L’observation est faite sur des sections de rate et de nœuds lymphatiques mésentériques d’un patient mort de typhoïde. Cette bactérie a été cultivée par Gaffky en 1884. Le bactériologiste Daniel Salmon isole avec ses collègues en 1886 (Encyclopédie ENCARTA, 2004) une bactérie provenant du porc (maintenant connu comme Salmonella Choleræsuis) (Le Minor et al., 1994 ; Yan et al., 2003) qui est considérée comme l’agent étiologique de la fièvre porcine (choléra du porc). En 1896, Widal met en évidence la diversité antigénique des souches de salmonelles (Grimont et al., 2000). A ce jour, plus de 2500 sérotypes de salmonelles sont isolés. Ainsi, Pfeiffer et Colle d’une part et Gruber et Durham d’autre part, découvrent que le sérum des patients atteints de la fièvre typhoïde agglutinait les cultures du bacille d’Eberth (bacille de la typhoïde). Au même moment, Widal puis Grunbaum, découvrent le même phénomène : ce nouveau test est alors appelé le sérodiagnostic de WIDAL. L’organisme isolé est appelé bacille paratyphoidique par Achard et Bensaude (Grimont et al., 2000). D’autres bacilles en très grands nombres, proches du bacille de la typhoïde et de ceux de la paratyphoïde sont ensuite découverts chez beaucoup d’espèces animales, en différents endroits et continuent à être décrits chaque année. Depuis les premières observations rapportées par Eberth jusqu’à présent, le genre Salmonella ne cesse de présenter une importance considérable dans les domaines vétérinaires et sur le plan médical, tant par les pertes économiques dues à la maladie animale que par la forte incidence chez l’homme des fièvres typhoïdes et des toxiinfections alimentaires à salmonelles (Bornert, 2000).
CARACTERES CULTURAUX
Les salmonelles sont faciles à cultiver sur milieu ordinaire. Elles se développent dans des cultures aéro-anaérobies facultatives (Amadou, 1998). La température optimale de croissance est comprise entre 35 à 37°C, et le pH optimal de croissance varie de 6,5 à 7,5. Les Salmonelles se développent bien pour des valeurs d’activité de l’eau ou AW de 0,945 à 0,999. Elles résistent parfaitement à la dessiccation et elles peuvent être retrouvées dans des produits déshydratés (Aw = 0,20) (Harizi, 2009) où leur survie est de longue durée. Dans les aliments, elles peuvent se multiplier jusqu’à des valeurs d’Aw égale à 0,93 (Bourgeois, 1988). Par contre, elles sont tuées à température élevée, généralement à 60°C pendant 2 à 6 minutes ou à 70°C pendant 1 minute. Elles sont sensibles aux désinfectants (Raonivalo, 2009). Généralement, les colonies obtenues après culture sont rondes, lisses, transparentes sur gélose. Les colonies muqueuses peuvent également se rencontrer dans les milieux de culture (Brouqui, 1992). Il est possible d’observer des colonies rugueuses sur milieu de culture solide lors d’infections urinaires. Sur milieu liquide, les colonies S (lisses) donnent un trouble homogène après un temps d’incubation de 18 à 24 h (Batoul, 2001) lorsque le tube est agité. Par contre, les colonies R (rugueuses) donnent une culture granuleuse avec des agglutinats spontanés formant un dépôt dans le fond du tube (Amadou, 1998).
|
Table des matières
INTRODUCTION
Partie I : SYNTHESE BIBLIOGRAPHIQUE
I- GENERALITES SUR Salmonella
I-1 DEFINITION DES Salmonella
I-2 CARACTERISTIQUE MORPHOLOGIQUE
I-3 TAXONOMIE
I-4 HABITAT
I-5 HISTORIQUE
I-6 CARACTERES CULTURAUX
I-7 CARACTERES BIOCHIMIQUES
I-8 CARACTERES ANTIGENIQUES
II- LA SALMONELLOSE
II-1 DEFINITION
II-2 LA FIEVRE TYPHOÏDE ET LES FIEVRES PARATYPHOÏDES
II-2.1 Physiopathologie
II-2.2 Signes cliniques
II-2.3 Traitement
II-3 LES SALMONELLOSES NON TYPHIQUES
II-3.1 Physiopathologie
II-3.2 Signes cliniques
II-3.3 Traitement et prévention
III- L’Œuf
III-1 DEFINITION
III-2 STRUCTURE DE L’ŒUF
III-3 : LES ELEMENTS CONSTITUANTS DE L’ŒUF
III-3.1 Le jaune d’œuf
III-3.2 Le blanc d’œuf
III-3.3 Les membranes coquillères
III-3.4 La coquille
Partie II: MATERIELS ET METHODES
I – ZONE D’ETUDE
II-METHODES
II-1 ENQUETES
II-2 ECHANTILLONNAGE
II-2.1 Technique de prélèvement
II-2.2 Conditionnement et transport des échantillons
II-3 ANALYSES MICROBIOLOGIQUES
II-3.1 Enregistrement des échantillons
II-3.2 Préparation de l’échantillon
II-3.3 Recherche de Salmonella
Partie III: RESULTATS ET DISCUSSION
I- RESULTATS DES ENQUETES
II- RESULTATS D’ANALYSE MICROBIOLOGIQUE
II-1 COLONIES CARACTERISTIQUES DE Salmonella
II-2 RESULTAT DE LA COLORATION DE GRAM
II-3 RESULTAT D’IDENTIFICATION BIOCHIMIQUE
III CONTAMINATION DES ECHANTILLONS PAR Salmonella
IV DISCUSSION
CONCLUSION ET PERSPECTIVES
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
ANNEXES
