GENERALITES SUR LES VIRUS GRIPPAUX ET LA GRIPPE CHEZ LES PORCS

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Polymérase basique 2 (PB2)

Codée par le premier segment d’ARN, cette protéine fait partie du complexe protéique ayant une activité polymérase ARN-dépendante. Elle peut donc générer une nouvelle molécule d’ARN en se servant d’une molécule d’ARN comme matrice. Particulièrement, elle assure l’initiation de la transcription de l’ARN messager (ARNm) viral.

Polymérase basique 1 (PB1)

Codée par le 2 segment, cette protéine continue la fonction de la précédente en participant à l’élongation de l’ARNm. Elle fait partie aussi du complexe polymérasique viral.

Polymérase acide (PA)

Transcrite puis traduite à partir du 3 ème segment, elle fait partie du complexe protéique cité ci-dessus mais son activité dans la synthèse des ARN viraux est encore méconnue.

Hémagglutinine (HA)

C’est une glycoprotéine majeure de la surface virale. Elle assure la fixation du virion sur la cellule hôte et la fusion entre l’enveloppe virale et celle de la cellule. Elle est synthétisée sous forme d’un précurseur inactifHA0 par le virus. Chaque glycoprotéine HA0 est constituée de deux sous-unités:
– la partie extracellulaire globulaire ou HA1 présente le site de liaison, appelé site RBS (en anglais « receptor binding site »), au récepteur des cellules cibles comportant une molécule d’acide sialique.
– la partie formant une tige ou HA2 permet la fusion de la membrane phospholipidique qui recouvre la particule virale avec la membrane de l’endosome de la cellule hôte lors du processus d’assemblage et de libération des virions.
Une fois attachée à la surface de la cellule hôte, pour être fonctionnelle et permettre l’infection, un clivage des hémagglutinines HA1 et HA2 doit se produire. Tant que la coupure n’a pas eu lieu, les virus ne sont pas capables d’infecter une cellule. Ce clivage se fait grâce à des protéases de type trypsines présentes essentiellement au niveau des tissus respiratoires chez l’homme et respiratoires et/ou digestifs chez l’oiseau et le porc. Ces protéases ne sont pas toujours présentes dans les autres tissus de l’organisme ; ce qui limite naturellement la diffusion des virus. L’hémagglutinine joue également un rôle très important dans l’induction de la réponse immunitaire de l’hôte, beaucoup d’anticorps neutralisant se dirigeant contre elle lors d’une infection.

Nucléoprotéine (NP)

Elle a surtout un rôle structural : transportée vers le noyau de la cellule infectée, elle y fixe et  encapside l’ARN viral afin de former la nucléocapside.
On pense aussi qu’elle joue un rôle inhibiteur sur l’activité des ARN polymérases. La NP est une cible majeure des Lymphocytes T cytotoxiques de la réponse immune de l’hôte (7).

Neuraminidase (NA)

C’est une glycoprotéine membranaire formant le 2ème antigène de surface du virion. Cette protéine assure la coupure de la liaison entre le provirion et la cellule hôte après le cycle de multiplication. Les nouveaux virions peuvent ensuite infecter d’autres cellules. Ceci facilite ainsi la propagation et la diffusion du virus dans l’organisme (1). Cette protéine est l’une des cibles principales des anticorps neutralisants. C’est aussi une cible des antiviraux qui vont’inhiber son action (ex : oseltamivir et zanamivir) (9) (10).

Protéine M1 de la matrice

C’est la protéine la plus abondante dans le virion (Tableau I). Elle tapisse l’intérieur de l’enveloppe virale en jouant un rôle important dans l’initiation de l’assemblage du nouveau virion.

Protéine M2 de la matrice

C’est une protéine transmembranaire ayant un rôle de canal ionique pour les protons afin de contrôler le pH dans l’appareil de Golgi de la cellule infectée pendant la synthèse des hémagglutinines. Ceci permet l’acidification interne du virus durant la phase de libération des virions. Cette protéine estla cible de certains antiviraux (ex : Amantadine) qui bloquent les canaux ioniques empêchant ainsi l’acidification interne du virus et donc la libération des virions dans le cytoplasme cellulaire (10).

Protéines non structurales (NS) 1 et 2

Elles jouent un rôle dans la réplication virale mais ce rôle n’est pas encore précisément élucidé. Il est cependant envisagé quelaprotéine NS1est impliquée dans la maturationet la traduction des ARNs messagers viraux (11), ainsi que dans l’inhibition de la maturation des ARNs messagers cellulaire et la réponse antivirale cellulaire (12).

Cycle de multiplication

Le cycle viral des virus grippaux comme pour tous les Orthomyxoviridae s’effectue en 6 étapes qui, à leur tour, peuvent être aussi décortiquées en 12 phases:

Attachement et endocytose (phases 1 et 2)

La fixation des virus grippaux est conditionnée par l’interaction entre l’HA (partie HA1) et le récepteur membranaire de la cellule hôte pourvu d’acide sialique.
Les virus grippaux humains se lient préférentiellement aux récepteurs cellulaires qui contiennent la « 5-N-acetylneuraminic acid-2,6-galactose » (Neu5Aca2,6Gal) alors que les virus grippaux aviaires et équins se lient à la « 5-N-acetylneuraminic acid-2,3-galactose » (Neu5Aca2,3Gal) via l’acide sialique (AS) (13). Les récepteurs de type Neu5Aca2,6Gal sont prédominants au niveau de l’épithélium respiratoire humain, alors que ceux de type Neu5Aca2,3Gal sont prédominants à la surface des cellules épithéliales du tractus intestinal chez le canard 14)(. A cette répartition inégale des récepteurs au niveau du site de réplication chez les hôtes humains et aviaires, correspond une spécificité relative des glycoprotéines de surface (14). Il a été rapporté que le récepteur pour les virus aviaires est présent dans la partie profonde de l’arbre respiratoire, plus précisément au niveau des pneumocytes de type 2 de l’alvéole chez l’homme (15). Ce qui peut expliquer la rareté de la transmission interhumaine des virus aviaires contrairement aux virus humains qui peuvent coloniser toute la partie de l’arbre respiratoire et donc facilement excréter à l’occasion de la toux et de l’éternuement. De façon particulière, la surface des cellules épithéliales de la trachée chez le porc contient à la fois des récepteurs de type Neu5Aca2,6Gal et des récepteurs de type Neu5Aca2,3Gal (16).
Pour devenir infectieux, le virus doit être en présence d’une protéase spécifique du tractus respiratoire qui va cliver l’hémagglutinine en HA1 et HA2. La partie HA1 de l’hémagglutinine peut alors reconnaître les acidessialiques présents à la surface de la cellule hôte entraînant l’attachement du virus à la surface cellulaire. Après attachement, un processus d’endocytose a lieu. Le virus se trouve alors enfermé dans un endosome.

Libération des segments ribonucléoproteiques (phases 3 et 4)

Le pH chute dans l’endosome à une valeur de 5 par l’action de la protéine M2, ce qui va déclencher un changement de conformation de l’hémagglutinine. La partie HA2 va former une structure amphiphile dans la membrane de l’endosome, ce qui va favoriser la fusion des membranes de l’endosome et de la particule virale. Il y a alors libération des segments dans le cytosol.

Migration des huit segments d’ARN vers le noyau (phase 5)

La migration des segments ribonucléoprotéiques versle noyau cellulaire est possible grâce à la protéine NP qui recouvre les AR N viraux, puis les ARN passent par les pores nucléaires de la cellule hôte.

Transcription et traduction (phases 6 et 7)

Dès leur arrivée dans le noyau, les ARNs viraux à polarité négative sont transcrits en ARNs à polarité positive. La synthèse des ARNm est assurée par les complexes moléculaires basiques formés des protéines PB1 et PB2 et par le complexe moléculaire acide PA qui jouent le rôle des ARN polymérases ARN dépendantes. Ces ARNm sont complétés d’une queue de polyA, et ainsimaturés, ils sont exportés vers le cytoplasme pour être traduits. Les ARNs positifs no polyadénylés restent dans le noyau et servent de matrice pour la synthèse d’ARNsnégatifs génomiques.
Après la transcription en ARNm puis la traduction de ce dernier dans le cytoplasme de la cellule hôte, les protéines virales NP, NS2, M1, PA, PB1 et PB2 ainsi synthétisées sont acheminées vers le noyau. Les protéines de l’enveloppe HA, NA et M2 sont exportées vers la membrane de la cellule hôte. Les ARNs négatifs du génome viral s’associent avec la protéine NP pour former les ribonucléoprotéines associées au complexe polymérase.

Encapsidation et bourgeonnement (phases 8, 9, 10 et 11)

Afin que le virus s’assemble, il faut que les protéines virales et les segments ribonucléoproteiques soient présents au niveau de al membrane cytoplasmique.

Cassure antigénique ou réassortiment antigénique (« Shift »)

Ce mécanisme s’applique principalement aux virus de l’influenza A. Lors d’une coïnfection au sein d’une même cellule, 2 virus peuvent s’échanger certains segments de leur génome. Ainsi, les virus nouvellement formés possèdent des caractéristiques hybrides entre leurs deux virus « parentaux » et possèdent donc des caractéristiques différentes qui peuvent leur conférer des avantagespouvant par exemple les rendre plus pathogènes. De même, les caractéristiques antigéniques de l’hémagglutinine et/ou de la neuraminidase de ces virus peuvent être totalementnouvelles et ne pas être reconnues par le système immunitaire d’une personne vaccinéeou infectée antérieurement par un virus grippal. Ainsi, ce virus hybride appelé « réassortant » contre lequel l’immunité préexistante et le vaccin préparé avec les souchesprécédentes ne protègent pas, peut provoquer une pandémie (17). Par exemple, la rencontre d’un virus H1N1 et d’un virus H2N2 dans une même cellule infectée pourrait donnernaissance à un variant de type H1N2 ou H2N1. Il est également possible que les autres segments soient échangés entre les virus, mais les modifications ne seraient alors pas visibles sur la surface du virus.
La cassure antigénique se produit fréquemment chezle porc puisque cet animal est infecté autant par des virus humains que par des virus aviaires. Il est donc l’hôte idéal pour promouvoir la rencontre de virus différents et, au hasard, leur recombinaison (18)(19).

Pathogénèse in vivo

La pathogénèse des virus grippaux commence par leurfixation sur les cellules de l’hôte, suivie de leur interaction avec ces cell ules. Cette interaction est possible du fait que la réplication du génome et la multiplication virale se déroule obligatoirement dans la cellule hôte. L’infection est suivie d’une réplication des virus sur les cellules épithéliales de l’arbre respiratoire notamment au niveau de la muqueuse nasale, l’amygdale, la trachée et les poumons, sans avoir touché les autres tissus dans la plupart des cas (21). Pour le virus influenza A, la réplication se passe au niveau nucléaire. Le transport du génome et des protéines virales emprunte celui de la machinerie cellulaire. Ce qui diminue la performance de ce système de transport pour le bon fonctionnement des cellules en questions (22). Il a également étérapporté que les virus grippaux contrôlent fortement l’expression des gènes cellula ires après la transcription (22). Par exemple, la synthèse des protéines cellulaires est complètement bloquée pendant environ 3 h après l’infection même en présence d’ARNm cellulaire activement fonctionnel. Il a été montré que la protéine NS1 fecteaf différentes étapes du métabolisme cellulaire. Cette protéine est absentedu virion mais est exprimée dans les cellules infectées, où elle exerce plusieurs fonctions (14) :
– elle inhibe, en se liant à plusieurs protéines cellulaires, la maturation et le transport nucléocytoplasmique des ARN messagers celulaires, parmi lesquels ceux de la réponse interféron .
– elle favorise la traduction des ARN messagers viraux et régule l’épissage de son propre ARN messager .
– par interaction directe ou indirecte avec des protéines cellulaires impliquées dans l’induction et les effets de la réponse interféron, elle bloque à plusieurs niveaux la réponse antivirale de la cellule et de l’organisme.
En effet, la multiplication dans l’épithélium ciliédes muqueuses respiratoires depuis les fosses nasales jusqu’aux bronchioles, entraîne une altération de l’épithélium cilié suivi d’une dépression de l’immunité. Ceci vorisefa la colonisation des voies respiratoires par les bactéries commensales, occasionnant des complications pulmonaires.
La principale complication de la grippe est l’extension de l’infection vers le poumon aboutissant à une pneumonie. L’infection vir ale provoque directement un effet cytolytique sur les épithéliums alvéolaires dont slepneumocytes de type I et II. Les pneumocytes I préviennent la fuite des liquides à travers la barrière alvéolo-capillaire tandis que les pneumocytes de type II jouent un rôl e important dans la résorption des liquides présents dans la lumière alvéolaire et surla production des surfactants qui maintiennent la tension alvéolaire. Ainsi, l’affection de ces cellules entraîne l’infiltration des liquides en provenance des capillaires vers la lumière, diminuant ainsi la performance des échanges gazeux en provoquant undysfonctionnement respiratoire fatal pour l’organisme infecté (23).
En dehors des effets directes des virus grippaux sur les cellules hôtes viennent le rôle des cytokines (voir pouvoir immunologique) dans la pathogénèse de la grippe.
Ainsi, une très forte synchronisation temporaire entre le pic du titre viral, l’augmentation de la concentration des cytokines et l’expression des symptômes cliniques a été observée lors de l’infection expérimentale des porcs (24). Les cellules infectées produisent des cytokines tôt après l’infection aboutissant à des réactions inflammatoires locales. Parmi ces cytokines, on peut citer l’interféron-α (IFN-α), le Tumor Necrosis Factor-α, (TNF-α), l’interleukine-1 (IL-1) α et β, l’IL-6 et l’IL-8. Ces 4 premiers ont des activités multifonctionnelles associées à la fièvre, un état de torpeur et l’anorexie. Le TNF- α et l’IL-1 sont connus pour leur rôle dans la stimu lation des polynucléaires neutrophiles et des macrophages (25). On sait que ces cytokines causent en plus des inflammations pulmonaires, un dysfonctionnement des poumons, de la fièvre, un malaise et une perte d’appétit. Elles travaillent en synergie et peuvent augmenter entre elles les effets des autres (21).

Pathogénèse in vitro

La pathogénèse des virus grippaux peut aussi être tudiée sur les œufs embryonnés, les lignées cellulaires telles que lescellules de rein de chien ou Madin Darby Canin Kydney (MDCK). Ainsi, l’inoculation des cellules MDCK par des virus grippaux ou par ajout de liquide contenant les virus provoque un effet cytopathogène. L’effet cytopathogène est une altération morphologique de la cellule infectée, visible en microscopie optique, conséquence d’une perturbation grave des synthèses cellulaires par les virus (26). Ceci résulte de la capacité des virus grippaux d’induire une fragmentation de l’ADN des cellules hôtes aboutissant à un phénom ène de mort cellulaire programmée ou apoptose (27). Il a été rapporté que ce pouvoirpathogène du virus est exercé par la protéine NS1 (12)(28) et la Neuraminidase (NA) (29).

Pouvoir immunologique

L’infection par le virus influenza A induit le déclenchement immédiat d’une réponse immunitaire innée antivirale chez l’hôte infecté afin de limiter la diffusion du virus (30). Ce type de réponse immunitaire inclut la production de cytokines, particulièrement l’interféron (IFN) et l’activation des cellules NK (Naturals Killers). Ces cellules, en tuant les cellules infectées de l’organisme, permettent de limiter la réplication puis la diffusion du virus. L’IFN est produit tôt après l’infection et peut limiter la diffusion virale en engendrant un état de résistance à la multiplication virale chez les cellules hôtes (31). Il stimule aussi l’ac tivité cytotoxique du macrophage et des cellules NK. Parallèlement, sont mises en place des réponses spécifiques humorales et cellulaires pour une élimination efficace des virus(31). La première réponse consiste à une sécrétion d’anticorps qui sont pour la plupartdirigés contre les protéines virales telles que les HA, NA, NP et M (32). Parmi ces anticorps, ceux dirigés contre l’HA ont la capacité de neutraliser le pouvoir infectieux duvirus en bloquant son attachement aux récepteurs de la cellule hôte (33). Les anticorps ont deux rôles principaux : premièrement, ils inhibent la production de nouveaux virions et facilitent la reconnaissance des cellules infectées par les cellules tueuses (Cellules K) en se fixant sur les cellules infectées ; deuxièmement, ils empêchent la diffusion des virus vers d’autres cellules en se fixant sur les provirions nouvellement libérés. La réponse spécifique cellulaire met en jeu les lymphocytes Th(helper). Ces cellules permettent à l’organisme de se débarrasser de l’infection en stimulant la production d’anticorps et de cytokines et la prolifération des Lymphocytes T cytotoxiques (LTc). Les LTc exercent une activité cytotoxique sur les cellules infectéesquand elles présentent à leur surface des peptides viraux témoignant l’infection. Ainsi, les cellules tueuses de l’organisme peuvent les reconnaître puis les tuer. Cela permet l’élimination des virus et l’amélioration de l’état général après l’infectionNotons. que la réponse spécifique est très efficace tant pour l’élimination du virus après l’infection primaire qu’en terme de protection contre l’infection secondaire. Les anticorps d’isotype IgG sont transmis de la truie (vaccinée ou précédemment infectée) au porcelet nouveau-né par le biais du colostrum (17). Ainsi, les anticorps maternels contenus dans le colostrum permettent de diminuer la sévérité de la maladie, les symptômes tanté alors limités aux porcs séronégatifs.

Résistance et sensibilité des virus de l’influenzaA

Comme pour l’ensemble des virus enveloppés, les virus grippaux sont sensibles aux solvants, aux acides, à l’hypochlorite de sodiu m, à l’éthanol 70%, aux dérivés de l’ammonium quaternaire, aux aldéhydes et aux phénols (34)(35). Les virus grippaux ne supportent pas aussi la chaleur et peuvent ainsi être inactivés à 56°C pendant 60 minutes ou à une durée plus courte si la températur est plus élevée (36).
Le pouvoir infectieux des virus grippaux dans les eaux dépend de la souche, de la salinité, du pH et de la température (37). A 17°C, certaines souches grippales restent infectieuses jusqu’à 207 jours. Cette durée est plus importante à 4°C (7).

Réservoir des virus grippaux

Des études phylogénétiques ont montré que les oiseaux aquatiques sauvages constituent le principal réservoir des virus grippaux (4). Ces oiseaux abritent tous les sous-types possibles de virus grippaux existants dans la nature. Par conséquent, ils sont sources de tout type de virus pour les autres espèces (7). Les oiseaux aquatiques, notamment les anatidés, sont porteurs asymptomatiques de ces virus et participent alors à leur maintien ainsi qu’à leur diffusion dans l’en vironnement.
D’autres espèces comme le porc, l’homme et les autres oiseaux domestiques peuvent aussi être infectés par des virus grippauxCe. qui constitue également une source d’infection pour les autres espèces qui sont en contacte avec eux tels que le cheval, le chien, étc (Figure 3). Ce phénomène est favorisé surtout lors d’une promiscuité entre les animaux de différente espèce.

Diagnostic différentiel

Il est très difficile de différencier avec certitud une infection respiratoire due à un virus grippal ou à un autre virus respiratoire. Cependant il existe chez le porc d’autres maladies respiratoires causées par le virus du Syndrome Dysgénesique et Respiratoire Porcin (SDRP), le virus du pseudo rage (la maladie d’Aujeszky), le coronavirus respiratoire porcin, Actinobacillus pleuropneumoniae et Mycoplasma hyopneumoniae qui ont d’autres signes cliniques distincts de ceux de la grippe porcine.
La SDRP par exemple ne touche pas les animaux de tout âge. Le signe clinique est accompagné des troubles de la reproduction comme un avortement tardif, une agalactie et une diminution de la prolificité.
La maladie d’Aujeszky est accompagnée de signes neurologiques.

Traitement et Prophylaxie

En élevage, on n’administre pas d’antiviraux. Cependant, le recours à une antibiothérapie n’est pas exclu, afin de prévenir une surinfection bactérienne.
Pour prévenir la grippe dans un élevage, il faut maintenir des mesures strictes de biosécurité. Parmi celles-ci, on peut citer par exemple l’interdiction de cohabitation entre des animaux d’espèces différentes, la maîtrise autant que possible des facteurs extrinsèques tels que la conduite d’élevage, le climat et la saison, le stress lors de transport ou d’intervention clinique qui favorisent l’expression de la maladie. Le recours à la vaccination pourrait être envisageable mais son efficacité est encore discutée du fait que les virus grippaux subissent des nombreuses variations antigéniques.

Historique et situation actuelle de la grippe chez le porcs

Des descriptions cliniques des syndromes grippaux ont été faites chez l’homme et l’animal depuis l’antiquité (31)(69). Une épizootie ayant causé une forte mortalité chez les volailles domestiques a été décrite en 187et nommée « fowlplague ». Mais c’est en 1901 qu’on a démontré que l’agent responsable de ces épizooties était un virus du fait de son caractère ultra-filtrable.
L’influenza du porc a été décrit pour la premièreoisf aux Etats-Unis vers la fin de l’été 1918 mais le virus responsable ne fut isolé et identifié par Shope qu’en 1930 (70). L’isolement de virus influenza chez le porc a aussi précédé celui de l’homme. Ce virus a ainsi été nommé « swine influenza ou grippeporcine » et présentait des signes cliniques apparentés à ceux de la pandémie grippalede 1918.

Situation actuelle dans le monde entier

Avec l’émergence du virus aviaire H5N1 et l’apparition de cas humain depuis 2006, le risque d’une pandémie humaine reste majeur. L’une des craintes de la communauté scientifique est que le porc, qui peut abriter différents virus de type A, puisse être le siège de réassortiments entre virusgrippaux A d’origine humaine, porcine et aviaire. Il n’est pas impossible qu’un virus av iaire adapté chez le porc puisse acquérir les capacités de se fixer au récepteur humain (N-acetylneuraminic acid-2,6-galactose) du virus et pouvoir ainsi se transmettre de manière efficace d’homme à homme (71). Un nouveau virus à potentiel pandémique pourrait alors émerger de ces réassortiments. Plus récemment, le nouveau virus pandémique A/H1N1/2009qui est apparu au Mexique en Avril 2009 résulte d’un réassortiment entre virus d’origine porcine (pour la majorité des segments), aviaire et humain démontrant une fois encore le rôle important joué par le porc comme réservoir de nouveaux virus à potentiel pandémique.

Situation actuelle à Madagascar

A notre connaissance, aucune étude n’a été faite sur la circulation ou non des virus grippaux chez les porcs domestiques à Madagas car alors que le pays n’a pas été épargné par les autres pandémies qui sévissaient nsda le monde entier. A Madagascar, il existe une forte promiscuité entre l’homme, le porc et les volailles. Il est donc important de détecter la présence de virus grippaux de porcset si c’est le cas d’en estimer la prévalence.

Rappel des objectifs de l’étude

L’objectif général de cette étude est de connaîtrele statut virologique du cheptel porcin malgache par rapport aux virus grippaux. En détails, l’étude consiste à :
– mettre en place une technique de diagnostic des virus grippaux chez les porcs à Madagascar .
– détecter et identifier les virus grippaux chez lesporcs .
– isoler et caractériser moléculairement ces virus .
– analyser la phylogénie des virus circulant à Madagascar .

Cadre de l’étude

Il s’agit d’une étude prospective et descriptive qui s’est déroulée en 2 phases : premièrement, une descente sur terrain composé d’enquêtes et des prélèvements chez les porcs domestiques aux alentours du Lac Alaotra ; deuxièmement, une analyse virologique des échantillons au laboratoire. Ces deux phases ont été assurées respectivement par le CIRAD et l’IPM qui ont signé une convention de partenariat pour la réalisation de l’étude. Notre travail a été réalisé dans le cadre de la mission de l’IPM régie par la convention.

La descente sur terrain

Elle a été effectuée par une équipe du CIRAD en collaboration avec le DRZV aux alentours du Lac Alaotra, Région Alaotra Mangoro (Figure 7). C’est donc cet organisme qui a assuré le mode d’échantillonnage ainsi que le choix du site de prélèvement sur terrain. La descente sur terrain aété réalisée en 2 étapes :
¾ Entre Juillet et Août 2009, des écouvillonnages nasaux et des prélèvements sanguins ont été faits dans des fermesd’élevages de porcs domestiques dans 8 communes environnant le Lac Alaotra.
¾ Entre Septembre 2009 et Juin 2010, des prélèvements d’écouvillons nasaux ont été aussi réalisés chez des porcs à l’abttoir d’Ambatondrazaka à raison de 10 échantillons par semaine. Lors de la collecte, un questionnaire (Annexe 1) a été rempli pour améliorer l’interprétation des résultats. Après la saisie desinformations contenues dans les fiches d’enquêtes, une base de données comprenant l’adress de l’éleveur, l’âge, la race, le sexe des porcs a été fourni par le CIRAD à l’IPM. Nous n’avons pas reçu des informations concernant des syndromes grippaux chez les porcs.

Table des matières

I-).GENERALITES SUR LES VIRUS GRIPPAUX ET LA GRIPPE CHEZ LES PORCS
I – 1-). Généralités sur les virus grippaux
I – 1- 1-). Définition
I – 1- 2-). Taxonomie et classification
I – 1- 3-). Structure des virus de l’influenza A
I – 1- 4-). Fonctions des 10 protéines codées par le génome du virus de l’influenza A
I – 1- 5-). Cycle de multiplication
I – 1- 6-). Mécanisme de la variabilité antigénique
I – 1- 7-). Pouvoir pathogène
I – 1- 8-). Pouvoir immunologique
I – 1- 9-). Résistance et sensibilité des virus de l’influenza A
I – 1- 10-). Réservoir des virus grippaux
I – 1- 11-). Porc et virus de l’influenza A
I – 1- 12-). Espèces affectées et transmission
I – 1- 13-). Epidémiologie de la Grippe
I – 1- 14-). Diagnostic
I – 1- 15-). Traitement et Prophylaxie
I – 2-). Historique et situation actuelle de la grippe chez le porcs
I – 2- 1-). Historique
I – 2- 2-). Situation actuelle dans le monde entier
I – 2- 3-). Situation actuelle à Madagascar
II-). MATERIELS ET METHODES
II – 1). Rappel des objectifs de l’étude
II – 2). Cadre de l’étude
II – 2- 1). La descente sur terrain
II – 2- 2). L’analyse de laboratoire
II – 3). Matériels
II – 3- 1). Matériel biologique
II – 3- 2). Matériels et réactifs utilisés en biologie moléculaire
II – 3- 3). Matériels et réactifs utilisés en culture cellulaire (inoculation, HA et IHA)
II – 4). Méthodes utilisées dans l’étude
II – 4- 1). RT-PCR
II – 4- 2). Isolement sur cellule MDCK
II – 4- 3). Test d’hémagglutination (HA) et d’Inhibition de l’hémagglutination (IHA)
II – 4- 4). Séquençage
II – 5). Analyse des données
III-). RESULTATS
III – 1). Validation du test RT-PCR en temps réel
III – 2). Résultat général
III – 2 – 1). Prévalence général en virus grippaux chez les porcs domestiques 72
III – 2 – 2). Sous type des virus grippaux détectés
III – 2 – 3). Isolement viral
III – 3). Répartition des échantillons positifs en virus grippaux
III – 3 – 1). Prévalence des virus grippaux sur les prélèvements faits à l’abattoir
III – 3 – 2). Prévalence des virus grippaux dans les zones d’élevage
III – 3 – 3). Prévalence selon le sexe
III – 3 – 4). Prévalence selon la race de porc :
III – 3 – 5). Prévalence en virus grippaux selon les classes d’âges :
III – 3 – 6). Prévalence des virus grippaux selon le nombre des fermes d’élevage :
III – 3 – 7). Communes d’origine des échantillons positifs provenant des zones d’élevages
III – 4). Analyse génomique des virus grippaux isoles chez les porcs de Madagascar
IV-). DISCUSSION
IV – 1-) Limite de l’étude
IV – 2-) Echantillonnage
IV – 3-) Analyses virologiques
IV – 4-) Prévalence des virus grippaux par RT-PCR en temps réel
IV – 5-) Répartition des échantillons positifs
IV – 5 – 1). Selon la période et le site de prélèvement
IV – 5 – 2). Selon le sexe et la race
IV – 5 – 3). Selon les catégories d’âges
IV – 5 – 4). Selon le nombre des ferme sd’élevage
IV – 5 – 5). Selon les communes d’origine des échantillons
IV – 6-) Sous typage par RT-PCR en temps réel
IV – 7-) Isolement sur cellule MDCK
IV – 😎 Analyses moléculaires
V-). SUGGESTIONS
CONCLUSION 
ANNEXE 
BIBLIOGRAPHIE

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