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Généralités sur les Retroviridae
Définition
Les rétrovirus sont des virus de la famille des Retroviridae. Ces virus sont responsables de nombreuses maladies aussi bien chez les animaux que chez l’Homme. Cela leur a conféré une plus grande importance en raison de leur rôle dans la pathologie comparée.
Classification
La 1ère classification des rétrovirus a été basée sur leur hôte, la morphologie virale et la morphogenèse. Ainsi 4 types de particules, désignées A, B, C et D, ont été décrits (Murphy et al., 1999). Récemment, la caractérisation du RNA viral a été utilisée pour la classification des rétrovirus. Par exemples, le RNA viral des différents rétrovirus oncogènes d’une même espèce animale montrent une large homologie, alors que ceux issus de différentes espèces (poulet, bovin, chat, souris) ne présentent pas de séquences identiques.
Par ailleurs, les relations antigéniques entre les différents rétrovirus sont assez complexes. Divers épitopes des glycoprotéines de l’enveloppe virale sont spécifiques au type, alors que d’autres sont spécifiques aux souches. Les anticorps anti-glycoprotéines de l’enveloppe virale neutralisent l’infectivité virale. Les épitopes des protéines du « core » codés par le gène gag sont communs à tous les rétrovirus, c’est-à-dire spécifiques au groupe. D’autres épitopes (ex : réverse transcriptase) sont interspécifiques (communs à plusieurs virus associés à plusieurs animaux), mais ils sont distincts entre les rétrovirus aviaires et ceux des mammifères de type C.
La famille des Retroviridae est subdivisée en 7 genres :
– Genre Alpharetrovirus comprenant les rétrovirus aviaires type C (ex : virus de la leucose aviaire)
– Genre Betaretrovirus comprenant les rétrovirus des Mammifères type B et D (ex : virus de la tumeur mammaire de la souris, virus Mason-Pfizer du singe)
– Genre Deltaretrovirus comprenant le virus de la leucose bovine et les virus lymphotropes T humains
– Genre Epsilonretrovirus comprenant les rétrovirus des poissons (ex : virus du sarcome épidermique du Doré jaune (Sander vitreus) ou Walleye Epidermal Sarcoma Virus)
– Genre Lentivirus comprenant plusieurs virus pathogènes (VIH 1 et 2, VIS ou SIV, VAIE, virus de Maedi/Visna, CAEV, FIV, BIV)
– Genre Spumavirus comprenant des virus non pathogènes et observés seulement en culture cellulaire .
Caractéristiques
La particule virale d’un rétrovirus est enveloppée, de diamètre variant entre 80 et 100 nm. Du point de vue structural, elle renferme 3 composants : une Nucléoproteine, une Capside (60 nm de diamètre), et une enveloppe (Murphy et al., 1999). Le génome viral est diploïde avec 2 chaînes d’acide rubonucléique + (ARN +) de 7- 11 kilobases (kb). Chaque chaîne a une coiffe 5’et une queue 3’-polyadenyl .
Le génome des rétrovirus est unique pour plusieurs raisons :
– C’est le seul génome diploïde,
– C’est le seul cas où l’ARN viral est synthétisé et élaboré par les ARNm de la machinerie cellulaire de l’hôte,
– c’est le seul génome associé à un transfert spécifique d’ARN dont la fonction est d’amorcer la réplication virale,
– C’est le seul simple ARN (+) génomique ne servant pas comme ARNm aussitôt après l’infection
– C’est le seul génome qui code une transcriptase reverse (TR) qui est unique Parmi les fonctions de cette TR, la TR sert comme une polymérase d’acide désoxyrubonucléique (ADN) ARN-dépendante, une polymérase d’ADN ADN dépendante, une intégrase et enfin comme une ARNase. Par ailleurs, les activités enzymatiques de cette TR fonctionnent avec divers substrats non viraux conférant ainsi à la TR de multiples rôles dans plusieurs technologies d’ADN recombinant. Au plan génomique, le génome d’un rétrovirus non défectif, c.-à-d. capable de se répliquer, contient 3 gènes (gag, pol, env) majeurs dont chacun code une ou plusieurs protéines.
Le gène gag code (encode) les protéines du core viral (capside), le gène pol encode la TR (polymérase), et le gène env encode les protéines de l’enveloppe. En outre, les terminaisons du génome comportent plusieurs éléments dont chacun joue des fonctions importantes.
Par ailleurs, le génome des rétrovirus transformant rapidement contient un 4ème gène qui est l’oncogène viral (v-onc). La présence de v-onc est souvent associée à une délétion dans le génome viral généralement au sein du gène env. C’est la raison pour laquelle de nombreux virus contenant le gène v-onc sont incapables de synthétiser une enveloppe complète et sont, par conséquent, défectifs pour la réplication. Ces virus sont aussi souvent associés au virus non défectifs compétents pour la réplication et qui agissent comme des virus assistants (« helper »). A signaler que le virus du sarcome de Rous est une exception car, bien que son génome contient l’oncogène viral v-src, son gène renferme des gènes majeurs (gag, pol et env) complets et il est capable de se répliquer. Au plan physico-chimique, les rétrovirus sont inactivés par des solvants lipidiques, des détergents et par la chaleur (56°C en 30 mn) ; mais ils sont plus résistants que d’autres virus aux UV et rayons X probablement en raison de leur génome diploïde.
Multiplication
La réplication des rétrovirus est unique et complexe compte tenu des caractéristiques de ces virus. Selon le virus, les virions s’attachent aux différents récepteurs cellulaires spécifiques via les glycoprotéines de l’enveloppe virale. Dans la plupart des cas, l’enveloppe virale et la membrane cellulaire fusionnent permettant le « core » viral d’atteindre le cytoplasme cellulaire. Dans certains cas, par contre, l’entrée du virus passe par l’endocytose. Dans le cytoplasme cellulaire, brièvement, la réplication débute par la transcription reverse de l’ARN viral, bien qu’étant dans la capside, en ADN double brin par la transcriptase reverse. Ensuite la capside est ôtée et l’ADN double brin rejoint le noyau cellulaire. Les ADN doubles brins linéaires intermédiaires ainsi formés deviennent circulaires grâce à des liaisons non covalentes des répétitions terminales longues (ou LTR) et s’intègrent dans l’ADN chromosomique.
Ces brins sont utilisés après pour d’autres transcriptions y compris la transcription de l’ARN génomique et divers ARNm. Au cours de ce processus, 300 à 1300 (paires de bases (pb) sont ajoutées aux extrémités de chaque molécule d’ARN génomique formant des terminaisons appelées des répétitions terminales longues (« long terminal repeats », ou LTR). Ces terminaisons sont au cœur de la stratégie de la réplication des rétrovirus. Ainsi différentes molécules de ce type deviennent intégrées comme des provirus à différents sites du génome cellulaire. La transcription par la polymérase cellulaire de l’ARN, initiée à partir de 5’-LTR et finissant à 3’-LTR, génère de nouveaux ARN viraux.
La synthèse des protéines virales intervient au même moment comme celle de l’ARN. Deux ARNm majeurs sont transcrits : (i) ARNm 35S encode la protéine du gag ; le même ARNm est transcrit différemment en protéines de pol, (ii) ARNm 25S, épissé à partir de l’ARNm 35S, est transcrit en précurseur de protéines de env. La protéine env entre dans le réticulum endoplasmique durant la synthèse ; puis elle rejoint l’appareil de Golgi où elle est glycosylée. Ensuite, elle atteint la membrane plasmique. Une fraction de polyprotéine de gag suit la même voie et est glycosylée puis elle rejoint la membrane plasmique. Avec l’ARN viral, les précurseurs gag et gag-pol commencent à assembler la nucléocapside dans la partie interne de la membrane plasmique ; les glycoprotéines sont clivées au cours de ce processus.
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Table des matières
INTRODUCTION
Partie I : Etude bibliographique
CHAPITRE I : ELEVAGE DES PETITS RUMINANTS AU SENEGAL
I.1 Espèces élevées
I.2 Races
I.2.1 Races ovines
I.2.2 Races caprines
I.3 Conduite d’élevage
4 Importance socio-économique de l’élevage des petits ruminants
I.5 Contraintes sanitaires
CHAPITRE II : GENERALITES SUR LES RETROVIRIDAE
II.1 Définition
II.2 Classification
II.3 Caractéristiques
II.4 Multiplication
II.5 Mécanismes de l’oncogenèse virale des rétrovirus
II.5.1 Généralités sur l’oncogenèse des rétrovirus
II.5.2 Mécanisme de l’oncogenèse chez les Betaretrovirus
CHAPITRE III : RETROVIROSES TUMORALES DES PETITS RUMINANTS
II.1 Adénomatose pulmonaire (Jaagsiekte)
II.2 Tumeur nasale enzootique (TNE)
II.2.1 Rappel sur le site de localisation de la tumeur
II.2.2 Historique
II.2.3 Epidémiologie
II.2.4 Etiologie et Pathogénie
2.5 Signes cliniques et Lésions
II.2.6 Evolution
II.2.7 Diagnostic
II.2.8 Moyens de lutte
PARTIE II : LA TUMEUR NASALE ENZOOTIQUE DU MOUTON
au Sénégal : Etude personnelle
Chapitre I: Matériel et Méthodes
1 Matériel
I.1.1 Animaux
I.1.2 Matériel de prélèvement
I.1.3 Matériel de laboratoire
I.2 Méthodes
I.2.1 Enquête sur le terrain
I.2.2 Examen clinique des animaux
I.2.3 Autopsie
I.2.4 Prélèvements
I.2.5 Analyses de laboratoire
I.2.5.1 Examen histopathologique
I.2.5.2 Techniques de biologie moléculaire
CHAPITRE II: RESULTATS
II.1 Données épidémiologiques
II.1.1 Nombre et Localisation des foyers de la maladie
II.1.2 Espèces, races, origine des animaux affectés
II.1.2 Age et sexe des animaux atteints
II.2 Données cliniques et lésionnelles
II.2.1 Signes cliniques
II.2.2 Lésions
II.2.2.1 Macroscopiques
II.2.2.2 Microscopiques
II.3 Résultats de la biologie moléculaire
II.3.1 Souches virales
II.3.2 Analyse phylogénique
Chapitre III: Discussion
CONCLUSION ET RECOMMANDATIONS
Bibliographie
ANNEXES
