Soutenance mémoire
La peste est une zoonose bactérienne due à Yersinia pestis (Treille and Yersin, 1984) qui affecte principalement les rongeurs mais peut être transmise à l’homme par l’intermédiaire des piqûres des puces vectrices infectées. Elle est à l’origine d’une infection sérieuse et mortelle qui a fait plusieurs millions de victimes lors des trois pandémies majeures (Perry and Fetherston, 1997). Le continent africain reste le continent le plus touché par la maladie. En 2015, plus de 94% des cas de peste humaine dans le monde y sont enregistrés (Bertherat, 2016). Parmi les pays africains concernés, Madagascar se trouve dans une situation difficile avec, chaque année, des cas largement plus élevés par rapport aux autres pays (Bertherat, 2016). Très récemment (décembre 2016), une épidémie de peste a été notifiée dans deux districts de l’île dont le district de Befotaka (région Atsimo Atsinanana) et celui d’Iakora (région Ihorombe). Les investigations menées ont permis de constater 68 cas (6 confirmés, 7 probables et 55 suspects) avec 27 décès (Rapport de situation du Ministère de la Santé publique, l’Organisation Mondiale de la Santé et l’Institut Pasteur de Madagascar).
Généralités sur les puces
Biologie et écologie
Les puces sont des insectes holométaboles caractérisés par (i) des stades immatures et matures avec un mode de vie très différent même s’ils évoluent dans un même biotope et par (ii) une métamorphose complète (cycle de développement composé de quatre stades : œuf, larve, nymphe et adulte). La durée du cycle de développement des puces a un optimum à une température aux alentours de 25°C et une humidité relative de plus de 80%.
Les œufs sont de petite taille, mesurant entre 0,3 à 0,5 mm dont la couleur varie du blanc au jaune (Rhodain and Perez, 1985). Ils sont déposés soit dans la litière, soit directement sur le pelage de l’hôte et l’embryogenèse dure en moyenne une semaine (Rhodain and Perez, 1985) .
Les larves sont vermiformes, apodes dont les pièces buccales sont de type broyeur. Elles sont mobiles et se nourrissent des débris organiques dans l’environnement. Les larves de certaines espèces consomment des déjections des puces adultes (Bitam et al., 2010; Rothschild, 1975) qui sont constituées de sang incomplètement digéré. En outre, elles sont très sensibles aux variations des conditions externes (Dryden, 1999). Les trois stades larvaires durent chacun 2 à 6 jours (Rhodain and Perez, 1985) intercalés par une mue larvaire. Les larves de dernier stade subissent quant à elles une mue nymphale et tissent un cocon de soie.
Les nymphes (ou pupes) vivent à l’intérieur du cocon. Le stade nymphal est un stade immobile qui dure en moyenne 1 à 2 semaines au cours duquel les individus ne s’alimentent pas mais subissent des métamorphoses à l’intérieur de leur cocon (Rhodain and Perez, 1985). Il peut, cependant, durer plusieurs mois en fonction de certains paramètres dont la température, l’humidité relative et la présence d’hôtes (Silverman and Rust, 1985).
Différents facteurs peuvent déclencher l’émergence des adultes tels que la vibration (Cotton, 1970; Krasnov, 2008), l’augmentation de la température (Hurka, 1963a, 1963b; Krasnov, 2008) et la diminution de la concentration en CO2 (Krasnov, 2008; Marshall, 1981). Généralement, les adultes mâles et femelles copulent tout de suite après l’émergence (Rhodain and Perez, 1985). Mais chez certaines espèces, la copulation est précédée par une prise de repas sanguin ; cette dernière étant nécessaire pour le développement des ovaires chez la femelle (Krasnov, 2008; Vashchenok et al., 1988) et pour enlever le bouchon testiculaire chez les mâles (Krasnov, 2008; Rothschild et al., 1970).
Les puces adultes sont des ectoparasites obligatoires des mammifères et des oiseaux (Holland, 1964). Les mammifères concernés sont généralement ceux qui habitent dans les terriers et les grottes (exemples : écureuils, rongeurs, chauves-souris) mais également l’homme. Tandis que pour les oiseaux, la majorité appartient à des groupes d’oiseaux marins (comme les pingouins) et des passériformes. Toutefois, il a été démontré qu’elles peuvent également se nourrir sur les reptiles tels que les lézards (Fox et al., 1966; Krasnov et al., 2003). Les deux sexes sont hématophages et vivent en contact étroit avec leur hôte : soit en se fixant sur eux par les pièces buccales (puces sédentaires), soit en résidant dans leur terrier ou leur nid (puces nidicoles), soit en vivant en permanence sur leur pelage (puces pilicoles ou de fourrures) (Rhodain and Perez, 1985).
Systématique des puces
Les puces appartiennent à l’ordre des Siphonaptères (Hopkins and Rothschild, 1953) comprenant environ 15 familles, 228 genres et 2575 espèces décrits dans le monde entier (Lewis and Lewis, 1985; Whiting et al., 2008). L’identification des espèces est basée sur des critères morphologiques, plus précisément sur l’observation de la présence et de la distribution des cténidies, des soies et des épines ainsi que la forme et la structure du génitalia.
La position systématique des puces est comme suit :
Règne : ANIMAL
Sous-règne : INVERTEBRES
Embranchement : ARTHROPODES
Sous-embranchement : EU ARTHROPODES
Super-classe : ANTENNATES
Classe : INSECTES
Sous-classe : PTERYGOTES
Infra-classe : NEOPTERES
Super-ordre : MECOPTEROIDES
Ordre : SIPHONAPTERES .
A Madagascar, elles sont réparties en 4 familles et 8 sous-familles (Duchemin, 2003a) avec un taux d’endémicité élevé. En effet, environ 39% des genres et 73% des espèces sont endémiques de la grande île (Duchemin, 2003a, 2003b; Duchemin and Ratovonjato, 2004; Hastriter and Dick, 2009; Beaucournu and Laudisoit, 2014; Hastriter, 2016; Miarinjara et al., 2016).
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Table des matières
INTRODUCTION
I. REVUE BIBLIOGRAPHIQUE
I.1. Généralités sur les puces
I.1.1. Biologie et écologie
I.1.2. Systématique des puces
I.1.3. Puces et transmission de maladies
I.2. Généralités sur la peste
I.2.1. Cycle de la peste
I.2.2. Les puces vectrices de la peste
I.3. Généralité sur la génétique des populations
I.3.1. Concepts basiques en génétique des populations
I.3.2. Intérêts de la génétique des populations en entomologie médicale
I.4. Les marqueurs microsatellites
II. MATERIELS ET METHODES
II.1. Matériels biologiques
II.2. Origine géographique des échantillons
II.3. Extraction d’ADN
II.4. Multiplex PCR (Polymerase Chain Reaction)
II.5. Génotypage des échantillons
II.6. Mesure de la diversité génétique de Xenopsylla cheopis
II.7. Evaluation du flux génétique entre les populations
II.8. Identification de la structure génétique des populations étudiées
III. RESULTATS
III.1. Amplification par PCR des échantillons
III.2. Génotypage des échantillons
III.3. Mesure de la diversité génétique
III.3.1. Richesse allélique
III.3.2. Hétérozygotie
III.3.3. Coefficient de consanguinité (FIS)
III.4. Evaluation du flux génétique entre les populations
III.5. Identification de la structure génétique des populations étudiées
IV. DISCUSSION
V. CONCLUSION
CONCLUSION
