Soutenance mémoire
Généralités sur les Mycobactéries
Classification
Taxonomie
Les mycobactéries appartiennent à la famille des Mycobacteriaceae, ordre des Actinomycetales, classe des Schizomycètes [Bendadda, 2003]. Cette famille contient un seul genre: Mycobacterium [Bendadda, 2003]. Les propriétés essentielles des mycobactéries sont les suivantes:
➤ Bacilles immobiles non sporulés, aérobies strictes, rectilignes ou incurvés, de 0,2 à 0,6 μm de large sur 1 à 10 μm de long [Bendadda, 2003]
➤ Elles ne prennent pas la coloration de Gram. Elles se colorent difficilement à la fuchsine, mais elles sont capables de garder cette coloration malgré l’action combinée de l’acide et de l’alcool. Elles sont donc acido-alcoolo-résistantes
➤ Elles ont un temps de génération lent : une division toutes les 20h en moyenne, soit 60 fois moins que le Staphylocoque [Zida, 2012]
➤ Leur ADN est très riche en Guanine et en Cytosine : 62 à 70 mol% [Van Soolingen et al., 1994] .
Le genre Mycobacterium compte actuellement plus de 100 espèces. L’espèce type est Mycobacterium tuberculosis dont la séquence entière du génome est maintenant complètement décryptée [Cole et al., 1998] .
Classification
Le genre Mycobacterium renferme des espèces réputées pathogènes aussi bien pour l’homme que pour l’animal, ainsi que des espèces opportunistes et saprophytes généralement qualifiées d’atypiques, anonymes ou encore espèces non tuberculeuses [Zida, 2012]. Actuellement les espèces du genre Mycobacterium sont reparties en 3 groupes.
• Les espèces du Complexe tuberculosis
– M. tuberculosis
– M. africanum
– M. bovis subsp B.C.G.
– M. bovis subsp bovis
– M. bovis subsp caprae
– M. microtti
– M. canettii
– M. pinnipedii
• Les Mycobactéries Non Tuberculeuses responsable de pathologie chez l’homme
– Mycobacterium xenopi
– Mycobacterium kansasii,
– Mycobacterium avium complex,
– Mycobacterium abscessus
– Mycobacterium crofulaceum
– Mycobacterium marinum,
– Mycobacterium ulcerans
– Mycobacterium avium
• Mycobacterium leprae responsable de la lèpre
Caractéristiques
Caractères culturaux
Les Mycobactéries se différencient fondamentalement par leurs caractères structuraux. Les bacilles tuberculeux ne cultivent que sur des milieux adaptés. Ils se caractérisent par une croissance lente, avec un temps de génération de 2 à 20 heures selon les espèces [Zida, 2012]. Lors de l’isolement, les bacilles tuberculeux se développent très lentement, en quelques semaines à quelques mois. Lors de leur repiquage, la culture est plus rapide : elle apparait en une dizaine de jours. Des milieux particuliers, à savoir des milieux à base d’œufs, extrêmement riches et nécessaires au développement des mycobactéries sont utilisés.
En effet, leur nutrition carbonée est assurée par la glycérine pour le bacille tuberculeux humain, ou le glucose pour le bacille tuberculeux bovin. La nutrition azotée étant assurée par l’asparagine. La température optimale de croissance est de 35 à 37°C, mais certaines espèces comme M. marinum et M. ulcerans poussent mieux à 32°C [Zida, 2012]. Les températures maximales de culture étant de 30 et 41°C [Pilet et al., 1979]. Les variations de pH supportées sont faibles, elles sont comprises entre 6 et 8. Le pH optimal est de 6,7 à 6,9 [Pilet et al., 1979; Zida, 2012].
Résistance aux agents physiques et chimiques
La propriété d’acido-alcoolo-résistance ainsi que la résistance aux agents physiques et chimiques sont liées à la structure même de la paroi cellulaire des mycobactéries. En effet, elle forme une véritable enveloppe cireuse et protectrice du fait de sa richesse exceptionnelle en acides gras et lipides (23% pour 1-2% chez les autres germes).
Agents physiques
Les mycobactéries sont classées parmi les bactéries pathogènes non sporulées les plus thermorésistantes. Elles sont détruites à la chaleur humide en 30 minutes à 65°C, 10 minutes à 72°C ou 2 minutes à 100°C. Les bacilles tuberculeux sont sensibles à la lumière solaire, aux rayons Ultra-Violets (UV) et aux radiations ionisantes. Le sang, le sérum et autres protéines protègent les bacilles contre les rayons UV. Par contre, ils sont moyennement résistants au froid et à la dessiccation [Zida, 2012].
Agents chimiques
Les mycobactéries sont résistantes à la plupart des désinfectants usuels. Elles résistent aux antiseptiques hydrosolubles (mais sont sensibles aux produits liposolubles, comme alcool, éther). Elles résistent aux enzymes des phagocytes (les lysosomes ne contiennent que peu de lipases). Cependant, elles sont généralement sensibles aux désinfectants chlorés, iodés, formolés et crésolés. En effet, le bacille tuberculeux peut être détruit par le phénol à 2%, le crésol à 3% pendant 4 heures, alors qu’il est détruit par la teinture d’iode en 5 minutes [Zida, 2012].
Caractères biochimiques
Leur différentiation est essentiellement basée sur l’accumulation de niacine, l’activité réductrice du nitrate et l’activité catalasique.
Production d’acide nicotinique ou Niacine
La niacine joue un rôle vital dans la vie organique des mycobactéries [Barrera, 2007]. Bien que toutes les mycobactéries produisent de la niacine, la plus part d’entre elles emploie la majorité de ces métabolites dans la synthèse de coenzymes. Par contraste, M. tuberculosis produit et accumule une quantité importante de niacine [Barrera, 2007]. Les quantités de niacine produites varient donc d’une espèce à l’autre et, c’est cette propriété qui est mise à profit dans le Niacin-test pour l’identification de M. tuberculosis.
Réduction des nitrates en nitrites
On a spéculé que, dans l’hôte infecté, le microorganisme utiliserait le nitrate comme source d’azote et ou comme accepteur final d’électron en absence d’oxygène [Barrera, 2007]. Quelque soit la fonction physiologique assurée, la plupart des mycobactéries possèdent une nitrate réductase et ont la capacité de réduire les nitrates en nitrites [Zida, 2012].
Activité catalasique
Comme beaucoup d’aérobies, incluant différentes mycobactéries, le bacille tuberculeux dépend de certains enzymes pour détoxifier le radical d’oxygène létal, comme le peroxyde et l’eau oxygénée (H2O2) qui sont générés par le bacille lui même durant la respiration [Barrera, 2007]. Toutes les mycobactéries produisent une catalase sauf les souches de M. tuberculosis et de M. bovis résistantes à plus de 10 μg / ml d’isoniazide (INH) [Zida, 2012]. C’est une enzyme soluble intracellulaire, qui est thermolabile pour les mycobactéries tuberculeuses et thermostable pour les mycobactéries atypiques [Zida, 2012].
Hydrolyse du tween 80
David et Dubor ont montré que les mycobactéries possèdent des estérases capables de libérer, par hydrolyse, de l’acide oléique à partir du dérivé polyoxyéthylénique du monoléate de sorbitan (Tween 80). L’étude de cette hydrolyse est particulièrement utile pour distinguer M. scrofulaceum (réaction négative) de M. gordonae et M. flavescens (réaction positive), et pour le diagnostic différentiel des mycobactéries non chromogènes [Zida, 2012].
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Table des matières
INTRODUCTION
PREMIERE PARTIE : GENERALITES
I. HISTORIQUE
II. TUBERCULOSE PHARMACORESISTANTE
II.1.Définitions de quelques termes
II.2.Epidémiologie
II.3.Diagnostic
II.3.1.Groupes cibles pour dépister la résistance aux antituberculeux
II.3.2.Tests de sensibilité aux médicaments
II.3.3.Les tests rapides
II.4.Traitement de la tuberculose pharmacorésistante
II.4.1.Schéma thérapeutique
II.4.2.Durée du traitement
III.GENERALITES SUR LES MYCOBACTERIES
III.1.Classification
III.1.1.Taxonomie
III.1.2.Classification
III.2.Caractéristiques
III.2.1.Caractères culturaux
III.2.2.Résistance aux agents physiques et chimiques.
III.2.2.1.Agents physiques
III.2.2.2.Agents chimiques
III.2.3.Caractères biochimiques
III.2.3.1. Production d’acide nicotinique ou niacine
III.2.3.2. Réduction des nitrates en nitrites
III.2.3.3. Activité catalasique
III.2.3.4. Hydrolyse du tween 80
III.2.4. Physiopathologie
III.2.4.1. Complexe Mycobacterium tuberculosis
III.2.4.2. Mycobactéries atypiques
III.2.4.3. Mycobactéries des lèpres humaines et animales
IV.ETAT DE CONNAISSANCES SUR LA PHARMACORESISTANCE
DEUXIEME PARTIE : NOTRE ETUDE
I.OBJECTIFS DE L’ETUDE
I.1.Objectif principal
I.2.Objectifs spécifiques
II.MATERIELS ET METHODES
II.1.Cadre d’étude
II.2.Type d’étude
II.3.Population d’étude et critères d’inclusion et de non inclusion
II.3.1.Critères d’inclusion
II.3.2.Critères de non inclusion
II.4.Echantillonnage
II.5.Technique et outils de collecte des données
II.5.1.Variables de l’étude
II.5.2.Technique de collecte des données
II.5.3.Outils de collecte
II.5.4.Matériels de laboratoire
II.6.Mode de collecte et acheminement des prélèvements
II.7.Analyse des échantillons et description des procédures
II.7.1.Examen microscopique direct
II.7.1.1.Etapes de la coloration Ziehl Neelsen
II.7.1.2.Expression des résultats de lecture des frottis
II.7.2.Traitement et mise en culture
II.7.3.Tests biochimiques d’identification
II.7.3.1.Test de réduction du nitrate
II.7.3.2.Recherche de la catalase à 220C et à 680C
II.7.4.Tests de sensibilité aux antibiotiques ou antibiogramme
II.7.5.Détermination de la sérologie VIH
II.8.Analyse statistique
II.8.1.Description de l’échantillon
II.8.2.Indicateurs mesurés
II.8.3.Autres analyses
II.9.Considération éthique et règlementaire
III.RESULTATS
III.1.Description de l’échantillon
III.2.Fréquence des résistances primaire et secondaire
III.3.Fréquence des résistances selon le type et le nombre d’antibiotique (mono résistance, poly résistance et tuberculose multi résistante)
III.4.Répartition des multi résistances (MR) en fonction de la sérologie
III.5.Comparaison des patients VIH selon le statut primaire et secondaire
IV.DISCUSSION
IV.1.Principaux résultats
IV.2.Limite de l’étude
IV.3.Description de l’échantillon
IV.4.Fréquence des résistances primaire et secondaire
IV.5.Fréquence des multi résistances (MR) primaire et secondaire
IV.6.Répartition des multi résistances en fonction de la sérologie
CONCLUSION
SUGGESTIONS
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUE
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