Généralités sur les infections respiratoires aiguës (IRA)

Généralités sur les IRA

L’appareil respiratoire est constitué des voies nasales, de la trachée et des deux poumons. Le rôle de ces derniers est de fournir de l’oxygène à notre organisme, tout en évacuant le dioxyde de carbone. Les poumouns sont localisés dans le thorax de part et d’autre du cœur. Un poumon est divisé en plusieurs lobes, séparés les uns des autres par des cloisons appelées scissures. On compte trois lobes pour le poumon droit et deux pour le gauche. Chaque lobe contient les bronches, elles mêmes constituées d’alvéoles (petites poches) reliées entre elles par les bronchioles. Les bronches sont connectées à la trachée. Au cours de la respiration, l’air arrive donc par la trachée, passe dans les bronches puis les bronchioles et enfin les alvéoles. Une fois dans les alvéoles, le dioxygène contenu dans l’air inspiré traverse leur paroi pour aller dans le sang et être distribué à tout l’organisme. Dans le sens inverse, c’est le dioxyde de carbone qui circule, évacué par les cellules de l’organisme, il repasse via les alvéoles puis les bronches pour s’échapper de la trachée par la bouche et le nez. On parle alors d’expiration. Ainsi, une infection est dite « respiratoire » lorsqu’elle atteint l’une des structures composant le système respiratoire, à savoir le nez, les oreilles, la gorge, le larynx, la trachée, les bronches ou les poumons. En fonction du niveau d’atteinte du système respiratoire, on distingue deux types d’infections respiratoires aiguës : celles des voies aériennes supérieures et celles des voies respiratoires basses.

Les infections des voies respiratoires supérieures

La rhinopharyngite couramment appelée rhume est une infection virale sans gravité de la muqueuse tapissant l’intérieur du nez et le pharynx. C’est l’infection la plus répandue chez l’enfant. Elle se traduit par une fièvre modérée, des douleurs au niveau de la gorge, une obstruction nasale avec des sécrétions claires au début qui deviennent épaisses et jaunâtres. Les muqueuses du nez et de la gorge sont congestionnées et on peut sentir à la palpation des adénopathies ou « ganglions » cervicaux. La rhinopharyngite guérit spontanément en une dizaine de jours. Cependant, l’association virus-bactérie est fréquente et des complications bactériennes peuvent survenir.

Une angine est une inflammation des amygdales, d’origine virale (majoritairement) ou bactérienne. On parle souvent d’angine rouge ou blanche en fonction de l’aspect des amygdales. La maladie est le plus souvent bénigne et se traduit par de la fièvre et un mal de gorge entraînant des difficultés pour avaler. D’autres symptômes comme un rhume ou une toux peuvent être associés.

Une otite moyenne aiguë (OMA) est une infection se développant au niveau de l’oreille moyenne. C’est l’infection bactérienne la plus fréquente chez l’enfant. Chaque année, elle touche près de 20% des enfants. L’infection peut être causée soit par une bactérie dans 60 à 70% des cas, soit par un virus. Une sinusite est une inflammation des sinus de la face provoquée par un virus ou une bactérie. Les sinus sont de petites cavités creusées dans les os de la face débouchant sur les cavités nasales. Leur rôle est de produire le mucus évacué par les fosses nasales (ou narines). Ce mucus contient des substances antivirales et antibactériennes permettant de lutter contre les infections. L’infection est généralement consécutive à une rhinopharyngite et touche plus volontiers le sinus maxillaire (localisé au niveau des pommettes du visage). Les autres sinus (frontal, éthmoïdal et sphénoïdal) sont rarement concernés mais présentent plus de risque de complications.

Une laryngite est une inflammation du larynx provoquée le plus souvent par un virus. C’est une infection très fréquente en automne et en hiver. Elle fait généralement suite à une rhinopharyngite. Les symptômes s’installent progressivement : voix enrouée, toux, difficultés respiratoires.

Les infections des voies respiratoires inférieures

Une bronchite est une infection des bronches essentiellement d’origine virale. Elle se manifeste généralement à la suite d’un rhume ou d’une rhino-pharyngite. Elle débute par une toux sèche se transformant par la suite en tout grasse. Cette infection peut guérir spontanément en quelques jours.

Une bronchiolite est une infection des petites bronches ou bronchioles généralement provoquée par le Virus Respiratoire Syncytial (VRS). Elle est fréquente chez les nourrissons de moins de 2 ans. En effet, chaque année près de 30% des moins de 2 ans sont concernés. L’infection débute généralement par un simple rhume avec une légère fièvre. Une toux sèche apparaît progressivement associée à une gêne respiratoire se traduisant par une respiration rapide et sifflante.

Une pneumonie se manifeste le plus souvent par une fièvre importante associée à une toux, des douleurs thoraciques et un essoufflement. Une radiographie pulmonaire permet de confirmer le diagnostic. En général, la pneumonie évolue vers la guérison mais les complications (septicémie, abcès pulmonaire, pleurésie) restent possibles et nécessitent une hospitalisation.

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Table des matières

INTRODUCTION GENERALE
PREMIERE PARTIE : SYNTHESE BIBLIOGRAPHIQUE
GENERALITES SUR LES INFECTIONS RESPIRATOIRES AIGUËS (IRA)
1. Généralités sur les IRA
2. Epidémiologie
3. Mode de transmission
4. Agents étiologiques
41. Virus
4.1.1. Virus Influenza
4.1.2. Virus respiratoire syntycial (VRS)
4.1.3. Métapneumovirus humain (HMPV)
4.1.4. Virus parainfluenza (HPIV)
4.1.5. Coronavirus (HCoV)
4.1.6. Rhinovirus (HRV)
4.1.7. Adénovirus (AdV)
4.1.8. Bocavirus humain (HBoV)
4.2. Bactéries atypiques
4.2.1. Mycoplasma pneumoniae
4.2.2. Chlamydia pneumoniae
4.3. Autres pathogènes
5. Diagnostic biologique
5.1. Les types de prélèvement
5.2. Les méthodes diagnostiques
DEUXIEME PARTIE : MATERIEL ET MEDTHODES
Chapitre 1 : Méthodologie de la revue systématique de la littérature
Chapitre 2 : Surveillance des infections respiratoires : design, analyses biologiques,
analyses statistiques.
I. Design de la surveillance
1. Cadre d’étude
2. Population d’étude – Définition de cas.
3. Inclusion et collecte des données sociodémographiques et cliniques
4. Collecte et traitement des échantillons biologiques
II. Analyses biologiques
1. Extraction des acides nucléiques
2. Détection des virus influenza
3. Détection des autres virus respiratoires et des bactéries atypiques
4. Caractérisation moléculaire des virus influenza A, VRS et HRV
III. Analyses statistiques
IV. Considérations éthiques
TROISIEME PARTIE : RESULTATS
Chapitre 1 : Revue systématique de la littérature sur les étiologies des infections
respiratoires en Afrique Sub-saharienne
Chapitre 2 : Virus influenza chez les enfants de moins de 5 ans au Burkina Faso :
Epidémiologie et caractéristiques génétiques
Chapitre 3: Autres virus respiratoires : Epidémiologie et caractérisation moléculaire
Chapitre 4 : Epidémiologie des bactéries atypiques impliquées dans les infections
respiratoires aigües
QUATRIEME PARTIE : DISCUSSION GENERALE
CONCLUSION GENERALE ET PERSPECTIVES
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES