Généralités sur les infections nosocomiales

Les infections nosocomiales, autrement dites « les infections associées aux soins », sont un problème préoccupant surtout dans des services à haut risque, qui recrutent des patients extrêmement vulnérables à la colonisation et par conséquent à l’infection. D’après l’organisation mondiale de la santé (OMS), environ 5 à 12% des patients hospitalisés dans le monde, développent une infection nosocomiale. En Algérie, une prévalence de 13% a été décrite (Amazian et al., 2010 ; Glenn, 2014).

Ces infections sont le plus souvent liées à un certain nombre de facteurs tels que la flore liée au patient ou celle de l’environnement hospitalier. Ce dernier, est devenu plus évident à cause d’une série de publications reliant la contamination environnementale à un risque accru d’infections hospitalières, dans la mesure où ce milieu de santé contient une population diversifiée de microorganismes qui peuvent servir de réservoirs potentiels de pathogènes (Jalalpoor, 2011).

En effet, la propagation d’une épidémie nosocomiale provient souvent d’une contamination croisée, dont les moyens de transmission des pathogènes se limitent le plus souvent entre les mains des professionnels de la santé, les équipements hospitaliers et les patients (Oliveira et al., 2010). De ce fait, la surveillance microbiologique de l’environnement hospitalier représente un des axes principaux de la politique de lutte contre les infections nosocomiales (Saouide el ayne et al., 2014). Cette situation semble se compliquer par l’émergence et la progression du phénomène de résistance aux antibiotiques qui place les cliniciens dans une impasse, face à des germes indociles à tous types de traitement limitant à la fois les schémas thérapeutiques, aggravant le pronostic des malades et prolongeant leur durée de séjour (Vasudevan et al., 2014). Environ 60% de ces infections impliquent des bactéries multi-résistantes (BMR) (Van Duijn et al., 2011). Parmi les micro organismes les plus incriminés dans ces infections, les bacilles à Gram négatif (BGN), dont on cite, la famille des Enterobacteriaceae, ainsi qu’Acinetobacter baumannii et Pseudomonas aeruginosa, et aussi Staphylococcus aureus du groupe des cocci à Gram positif (CGP) (Oliveira et al., 2010).

Ces espèces occupent une place privilégiée. Elles sont connues par leur capacité d’adaptation face à un environnement ubiquitaire ou hostile et même en absence d’exigences nutritionnelles, ainsi que leurs pouvoirs pathogènes. Or, les résistances aux antibiotiques apparaissent plus ou moins rapidement selon la plasticité génétique de la bactérie et la nature chimique de ces molécules. Cette adaptation a touché également l’aptitude de résister à plusieurs molécules d’antibiotiques considérées comme traitement de choix des infections hospitalières. Telle que la résistance des BGN visà-vis des carbapénèmes qui s’étendent à la résistance envers tout les β-lactamines en plus des résistances croisées avec les autres classes d’antibiotiques, ainsi que la résistance des S. aureus contre la méticilline qui s’étend également à la majorité des β-lactamines pour atteindre aussi la vancomycine (Djahmi et al., 2014 ; Rebiahi et al., 2011). Par ailleurs, l’utilisation extensive des antibiotiques accompagnée de l’absence d’hygiène hospitalière, se traduit par une évolution fulgurante des épidémies d’infections nosocomiales. Ce phénomène est un problème réel de la santé publique dans le monde entier C’est dans ce cadre des situations épidémiologiques graves concernant ces BMR émergentes dans le milieu hospitalier, que ce projet de thèse s’inscrit pour mener une étude sur des souches incriminées dans des infections nosocomiales ainsi que celles propagées dans les surfaces hospitalières. Ces données pourront permettre la compréhension du phénomène de la résistance et la transmission croisée des BMR entre les surfaces et les équipements hospitaliers et les patients hospitalisés.

Généralités sur les infections nosocomiales

Définition

Le mot nosocomiale vient du grec nosokomeone et signifie hôpital (Puisieux et al., 2012). Les infections nosocomiales sont des infections contractées dans un établissement de santé. Cette définition est actuellement moins adaptée aux pratiques des soins où le critère discriminant était le lieu d’acquisition de l’infection. Elle a donc été actualisée et intégrée en 2006 et de façon plus générale au sein des infections associées aux soins (Raisin, 2009). Une infection est dite nosocomiale, si elle survient au cours ou au décours d’une prise en charge (diagnostique, thérapeutique, palliative, préventive ou éducative) d’un patient et si elle n’était ni présente, ni en incubation au début de la prise en charge. Lorsque l’état infectieux au début de la prise en charge n’est pas connu précisément, un délai d’au moins 48 heures ou supérieur à la période d’incubation est couramment accepté pour définir une infection nosocomiale (Sumba, 2012). Si l’infection apparaît très tôt, moins de 48h après l’admission (ou un délai supérieur à la période d’incubation lorsque celle-ci est connue), il est communément accepté pour distinguer une infection d’acquisition nosocomiale d’une infection communautaire. Toutefois, il est recommandé d’apprécier dans chaque cas douteux, la plausibilité du lien causal entre hospitalisation et infection (Sumba, 2012). A l’inverse, une infection qui se révèle après la sortie de l’établissement de soins peut très bien être nosocomiale. On considère que toute infection du site opératoire qui se révèle dans les 30 jours suivant une intervention chirurgicale est à priori nosocomiale, ce délai est porté à un an pour les infections survenant en cas de mise en place de matériel prothétique (prothèse articulaire, matériel métallique de fixation ou de suture) ou d’un implant (Sumba, 2012) .

Les différents sites d’infection nosocomiale

Les recommandations de la cinquième conférence de consensus SFAR–SRLF sur la prévention des infections nosocomiales en réanimation ; classent ces infections en fonction des sites (SFAR et SRLF., 2009).

Infection du site opératoire

Les infections du site opératoire sont considérées comme étant nosocomiales, si elles surviennent dans les 30 jours suivant l’intervention, ou dans l’année s’il y a eu mise en place d’un implant, d’une prothèse ou d’un matériel prothétique. Ces infections peuvent être superficielle, en affectant la peau (ou les muqueuses), ou profonde, en affectant les tissus ou les organes (SFAR et SRLF., 2009).

Infection urinaire

Une infection urinaire est définie par une multiplication microbienne au sein des voies urinaires, elle résulte d’un déséquilibre entre les défenses naturelles de l’hôte et le pouvoir pathogène des agents infectieux (Riegel, 2002 ; Pavese, 2003). Les infections urinaires nosocomiales occupent un grand rang dans l’ensemble des infections nosocomiales. Dans la plupart des cas, elles sont associées à la réalisation d’un acte de soins thérapeutique ou de diagnostique sur la sphère urogénitale (sondage vésical) (Ben Arab et al., 2007 ; Espinassea et al., 2010).

Bactériémie: Septicémie primaire

La septicémie est habituellement secondaire à un foyer infectieux local mal soigné (infection respiratoire, urinaire…) et peut aussi être d’origine cutanée. L’utilisation de dispositif médical est associée à la plupart des cas des septicémies nosocomiales, que ce soient les dispositifs intra-vasculaires (comme les chambres de perfusion veineuse) ou les cathéters centraux ou périphériques (SFAR et SRLF., 2009).

Infection respiratoire basse (pneumonie)

Ces infections sont en majorité associées à la mise en place d’une ventilation mécanique. Ce qui constitue un réel fléau au sein des unités de soins intensifs (SFAR et SRLF., 2009).

Les facteurs de risque des infections nosocomiales 

Les facteurs favorisant les infections nosocomiales sont :

Les facteurs de risque liés au patient
– Sexe masculin
– Diabète-terrain défavorable.
– Age avancé ≥ 65 ans
– Obésité, dénutrition
– Très jeune âge

Les facteurs de risque liés aux soins et aux interventions
– Les gestes invasifs qui créent des brèches dans le revêtement cutanéo-muqueux ;
– La mise en place de matériel étranger qui permet la formation de biofilms ;
– La proximité d’autres malades infectés ;
– Le non-respect des mesures d’hygiène par le personnel en contacte avec les malades (Nauciel, 2005).

Les facteurs de risque liés à l’agent infectieux
-Virulence
-Résistance aux antibiotiques (Sumba, 2012).

Table des matières

Introduction
Partie I : Revue Bibliographique
Chapitre I : Généralités sur les infections nosocomiales
1. Définition
2. Les différents sites d’infection nosocomiale
2.1. Infection du site opératoire
2.2. Infection urinaire
2.3. Bactériémie: Septicémie primaire
2.4. Infection respiratoire basse (pneumonie)
3. Les facteurs de risque des infections nosocomiales
3.1. Les facteurs de risque liés au patient
3.2. Les facteurs de risque liés aux soins et aux interventions
3.3. Les facteurs de risque liés à l’agent infectieux
4. Réservoirs et sources
5. Mécanismes de transmission
5.1. Modes de transmission
6. Epidémiologie des infections nosocomiales
7. Les micro-organismes en cause des infections nosocomiales
7.1. Les bactéries
7.1.1. Les bacilles à Gram négatif
7.1.2. Les cocci à Gram positif
7.2. Autres micro-organismes
Chapitre II : L’étude de la résistance aux antibiotiques des bactéries responsables des infections nosocomiales
1. Mode d’actions des principales familles d’antibiotiques
1.1. Mode d’actions des β-lactamines
1.2. Mode d’actions des aminosides
1.3. Mode d’action des quinolones
1.4. Mode d’action des Macrolides, lincosamides et synergystines (MLS)
1.5. Mode d’action des glycopeptides
2. La résistance aux antibiotiques chez les entérobactéries
2.1. La résistance aux β-lactamines
2.1.1. Résistance naturelle
2.1.2. Résistance acquise
2.1.3. Résistance non enzymatique
2.1.4. Résistance enzymatique-Production des β-lactamases
2.2. La résistance aux aminosides
2.3. La résistance aux quinolones
2.4. La résistance aux autres antibiotiques
2.4.1. Triméthoprime-Sulfaméthoxazole
2.4.2. Polymyxine E (colistine)
3. La résistance aux antibiotiques chez A. baumannii
3.1. La résistance naturelle
3.2. La résistance acquise
3.2.1. La résistance non enzymatique aux antibiotiques
3.2.2. La résistance aux β-lactamines (β-lactamases)
3.2.3. La résistance aux aminosides
3.2.4. La résistance aux quinolones
3.2.5. La résistance aux autres antibiotiques
4. La résistance aux antibiotiques chez P. aeruginosa
4.1. Résistance naturelle
4.2. Résistance acquise
4.2.1. La résistance aux β-lactamines
4.2.2. La résistance aux aminosides
4.2.3. La résistance aux fluoroquinolones
4.2.4. La résistance à la colistine
5. La résistance des S. aureus aux antibiotiques
5.1. Resistance naturelle
5.2. Résistance acquise
5.2.1. La résistance aux β-lactamines
5.2.2. La résistance aux Macrolides, lincosamides et synergystines (MLS)
5.2.3. La résistance aux glycopeptides
5.2.4. La résistance aux autres antibiotiques
Partie II : Matériel et Méthodes
1. Lieu d’étude
2. Prélèvements et isolement des bactéries
3. Identification
3.1. Identification par Api système (bioMérieux)
3.2. Identification des S. aureus par Pastorex Staph Plus (Bio-Rad)
3.3. Identification des souches par spectrométrie de masse MALDI-TOF
4. Etude de la sensibilité aux antibiotiques
4.1. Technique de diffusion sur milieu gélosé
4.2. Détermination de la concentration minimale inhibitrice (CMI)
4.2.1. Détermination de la concentration minimale inhibitrice par E-test
4.2.2. Détermination de la concentration minimale inhibitrice par VITEK® 2 Compact
5. Analyses phénotypiques des mécanismes de résistance
5.1. La recherche phénotypique des BLSE chez les BGN
5.2. La recherche phénotypique des carbapénémases chez les BGN
5.2.1. Test de Hodge modifié MHT
5.2.2. Test à l’EDTA (EDTA-disque synergie)
5.2.3. Carba NP test modifié (MCNP)
5.3. Recherche phénotypique de la résistance des S. aureus
5.3.1. Recherche phénotypique de la résistance à la méticilline
5.3.1.1. Test de confirmation : Slidex MRSA Detection (bioMérieux)
5.3.2. Recherche phénotypique de la résistance MLSb inductible (D-Zone Test)
5.3.3. Recherche phénotypique de la résistance des S. aureus à la Méticilline, les MLSb et la Vancomycine par le VITEK® 2 Compact
6. Caractérisation génétique de la résistance des BGN aux β-lactamines
6.1. Extraction de l’ADN à partir des cultures bactériennes
6.2. Recherche des gènes de résistance
6.2.1. Polymerase Chaine Réaction en temps réel (RT-PCR)
6.2.2. La PCR Standard
6.2.3. Electrophorèse sur gel d’agarose
6.2.4. Séquençage
6.2.4.1. Analyse des séquences
7. Le typage des isolats
7.1. Le biotypage par MALDI-TOF-MS
7.2. Le génotypage par la méthode « Multi-locus sequence typing » (MLST)
Partie III : Résultats
1. Isolement des souches bactériennes
2. Identification des souches isolées
2.1. Identification différentielle
2.2. Identification biochimique
2.3. Identification par MALDI-TOF-MS
3. Répartition des souches bactériennes
4. L’étude de la sensibilité aux antibiotiques
4.1. Antibiogramme par diffusion de disques sur un milieu gélosé
4.1.1. Enterobacteriaceae
4.1.2. Les bacilles à Gram négatif non fermentaires
4.1.3. S. aureus
4.2. Détermination des concentrations minimales inhibitrices (CMIs)
4.2.1. Les CMIs d’imipénème par E-test
4.2.2. Les CMI par VITEK 2 compact
5. Analyses phénotypiques des mécanismes de résistance
5.1. Recherche phénotypique des BLSE chez les BGN
5.1.1. Chez les entérobactéries
5.1.2. Chez les BGN-NF
5.2. Recherche phénotypique des carbapenemases chez les BGN
5.2.1. Chez les entérobactéries
5.2.2. Chez les BGN-NF
5.3. Recherche des phénotypes de résistance chez S. aureus
5.3.1. Recherche phénotypique de la résistance à la méticilline
5.3.2. Recherche phénotypique de la résistance MLSb inductible
5.3.3. Recherche phénotypique de la résistance à la vancomycine (VISA-hétérogène /VRSA) par VITEK 2 Compact
6. Caractérisation génétique de la résistance des BGN aux β-lactamines
6.1. PCR en temps réel
6.2. PCR standard
6.3. Séquençage et analyse des séquences des gènes qui codent pour les BLSE et carbapénémases
6.4. Séquençage et analyse des séquences d’OprD chez les P. aeruginosa
7. Le typage moléculaire
7.1. Le biotypage par MALDI-TOF-MS
7.2. Le génotypage par la méthode « Multi-locus sequence typing » (MLST)
Partie IV : Discussion
Conclusion

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