Soutenance mémoire
GENERALITES SUR LES CHRYSEOBACTERIUM
Historique
A l’instar des autres anciens genres bactériens, le genre Flavobacterium fondé sur des critères taxonomiques de faible importance, a connu une profonde mutation. Ce genre mal défini, est composé de bactéries à pigmentation jaune souvent sans lien génétique tel que défini par les méthodes génomiques actuelles de classification. Tout au long de son histoire, le genre Flavobacterium a connu des restrictions et des refontes à plusieurs reprises et la plupart des Flavobactéries connues ont été reclassifiée [20]. Le genre Flavobacterium définit vers 1990, dans « Bergey’s manual of systematic Bacteriology » fut composé de 7 (sept) espèces différentes [21]. Flavobacterium aquatile (espèce type), F. balustinum, F. breve, F. meningosepticum, F. multivorum, F. odoratum et F. spiritivorum. L’espèce type a fait l’objet de plusieurs discussions. L’isolat qui représente le taxon, ne provient ni de la culture originale telle que décrite par Frankland et coll [22] et ne correspond pas à la description originale. Dès lors que cet isolat de F. aquatile ne peut être considéré représentatif du taxon, pour plusieurs raisons, Holmes et Owen avaient proposé son remplacement par F. breve comme espèce type du genre Flavobacterium [20]. Cette proposition avait été rejetée par la commission judiciaire du Comité International de Systématique Bactérienne du fait de l’absence d’une confusion importante si F. aquatile est retenu comme espèce type, ni des arguments solides de son rejet dans le code international de nomenclature des bactéries [23].
Une récente classification apparue dans « The prokaryotes, 2nd ed, » [24] divise les Flavobactéries en quatre groupes naturels, excluant F. aquatile. Le premier groupe inclut, F. balustinum, F. breve, F. gleum, F. indologenes, F. indoltheticum et F. meningosepticum. Le second groupe composé de F. odoratum. Le troisième groupe composé de F. mizutae, F. multivorum, F. spiritivorum, F. thalpophilum et F. yabuuchiae. Ces bactéries forment un groupe considéré comme étant un genre à part entière appelé Sphingobacterium [25]. Deux espèces, auparavant appartenant aux groupes IIf et IIj du CDC (Centers for Disease Control), constituent le quatrième groupe pour lequel un genre à part fut proposé [26 ; 27] et comprenant Weeksella virosa, l’espèce type et Weeksella zoohelcum.
Un autre problème auquel est confronté le genre Flavobacterium est la difficulté de le séparer avec d’autres taxons assez proches comme le genre Cytophaga et Flexibacter. Plusieurs analyses phylogénétiques réalisées ont permis de préciser les limites taxonomiques au sein du cluster Flavobacterium-Cytophaga ARN ribosomal [28 ; 29]. Une des conclusions de ces analyses phylogénétiques est que tous les genres Flavobacterium, Cytophaga, et Flexibacter sont tous polyphylétiques et doivent être redéfinis et divisés en plusieurs genres.
Ces analyses phylogénétiques indiquent que F. aquatile ne peut être relié à aucun des 4 groupes de bactéries décrits plus haut. Ces analyses montrent aussi, les relations phylogénétiques existant entre Flavobacterium meningosepticum, Flexibacter flexilis, et Cytophaga hutchinsonii. Selon, ces analyses, il est évident que les Flavobactéries appartenant au groupe naturel décrit par Holmes [24] et collaborateurs, forment un cluster solide au sein duquel, F. meningosepticum occupe une position distincte. Cette subdivision en deux groupes correspond à la délimitation phénotypique du CDC en groupe IIa (actuellement, F. meningosepticum [30]) et IIb (F. balustinum, F. gleum, F. indologenes, F. indoltheticum et certaines bactéries non encore nommées [24]. Les caractéristiques phénotypiques aident aussi à la consolidation de l’appartenance à un genre précis. En effet, les bactéries du genre Flavobacterium (F. balustinum, F. gleum, F. indologenes, F. indoltheticum, F meningosepticum, et F. scophthalmum) disposent toutes de ménaquinone 6, comme quinone respiratoire majeure, avec un même profil d’acides gras.
Ces analyses phylogénétiques garantissent (i) la séparation des genres pour F. balustinum, F. gleum, F. indologenes, F. indoltheticum, F. meningosepticum, et F. scophthalmum (le nom Flavobacterium doit être gardé pour l’espèce type, F. aquatile) (ii) W. zoohelcum (le nom Weeksella doit être préservé pour l’espèce type W. virosa) et (iii) R. anatipestifer. Ainsi, le nom de Chryseobacterium a été proposé incluant les bactéries du genre Flavobacterium comme C. balustinum, C. gleum, C. indologenes, C. indoltheticum, C. meningosepticum et C. scophthalmum. Les deux anciennes espèces C. balustinum décrit par Harrison en 1929 [31] et C. indoltheticum décrit par Campbel en 1951 [32] n’ont pas été choisies comme espèces types, du fait qu’elles ne sont pas correctement caractérisées et chacune n’est représentée que par un seul isolat (selon les recommandations du Code International de Nomenclature des Bactéries). C. gleum correctement caractérisé avec des caractéristiques génomiques et phénotypiques bien étudiés est proposé comme espèce type du genre Chryseobacterium nouvellement créé.
taxonomie (actuelle)
Les genres Elizabethkingia, Chryseobacterium, et Bergeyella appartiennent à la famille des Flavobacteriaceae, à l’ordre des Flavobacteriales, à la Classe des Flavobacteria et au phylum Bacteroidetes. Le phylum Bacteroidetes [anciennement connu sous le nom de groupe Cytophaga-Flavobacterium-Bacteroides (CFB)], appartenant à la superfamille V sur la base de la séquence de l’ARN ribosomal, est considéré comme une lignée à part entière du monde bactérien .
La famille des Flavobacteriaceae du groupe CFB, comprend 80 genres incluant Elizabethkingia, Chryseobacterium, Bergeyella et Riemerella. Les genres Chryseobacterium, Bergeyella et Riemerella semblent former une branche à part sur la base de la séquence de l’ARN ribosomal et des caractères phénotypiques [33 ; 34]. Les bactéries appartenant à ce groupe sont caractérisées par un défaut du système flagellaire, (immobile), une faible contenance du génome en G + C (30 – 38 mol%), une production de ménaquinones pour la chaîne respiratoire, une importante concentration en acides gras à chaîne ramifiée, un défaut de fermentation des hydrates carbonés et les mêmes profils d’hydrolyse enzymatique.
Jusqu’à une date récente (Années 2000), Chryseobacterium meningosepticum (anciennement Flavobacterium meningosepticum ou CDCII-a) et Chryseobacterium miricola étaient classées au sein du genre Chryseobacterium. Cependant, une analyse comparative sur la base de la séquence des gènes de l’ARN 16S ribosomal avec les bactéries du genre Chryseobacterium a permis leur transfert dans un nouveau genre Elizabethkingia (en honneur à la reine Elizabeth O.), d’où leur nouveau nom : Elizabethkingia meningoseptica et E. miricola. Le genre Bergeyella comprend, quant à lui contient une seule espèce bactérienne, Bergeyella zoohelcum (anciennement connu sous le nom de Weeksella zoohelcum).
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Table des matières
Introduction
Première partie : Rappels bibliographiques
I. GENERALITES SUR LES CHRYSEOBACTERIUM
I.1. Historique
I.2. taxonomie (actuelle)
I.3. Caractères bactériologiques
I.3.1. Examen direct
I.3.2. Caractères biochimiques
I.4. Caractères différentiels (Phénotypique et génotypique) de F. indologenes et F. gleum
I.5. Diversité génétique au sein du groupe IIb de Flavobacterium (actuellement Chryseobacterium) et caractères différentiels utiles
I.5.1. Etude de la diversité génomique par Hybridation moléculaire ADN-ADN
I.5.2. Caractères phénotypiques différentiels
I.6. Pouvoir Pathogène
I.7. Résistance des bactéries du genre Chryseobacterium
I.7.1. Phénotypes sensibles
I.7.2. Les métallo-β-lactamases
I.7.3. Le résistome des bactéries du genre Chryseobacterium
Deuxième partie : Analyse des travaux
I. PROBLEMATIQUE
I.1. Le problème global de la résistance aux antibiotiques
I.2. Chryseobacterium, un pathogène émergeant naturellement résistant aux carbapénèmes
II. CADRE DE L’ETUDE
II.1. Laboratoire de Bactériologie-Virologie de l’Hôpital Aristide Le Dantec
II.2. Dipartimento di Biotecnologie Mediche. Policlinico Le Scotte. Universita di Siena
II.3. Centre d’Ingénierie des protéines de l’Université de Liège (Belgique)
III. OBJECTIFS
III.1. Objectif principal
III.2. Objectifs spécifiques
IV. METHODOLOGIE
IV.1. Informations démographiques et cliniques des patients/Bactéries
IV.2. Identification taxonomique par API 20NE, spectrométrie de masse (MALDI-TOF MS) et par séquençage de l’ARN 16S ribosomal
IV.3. Amplification et séquençage des gènes codant pour les MBL
IV.4. Analyse clonale
IV.5. Antibiogramme et détection phénotypiques des MBLs
V. RESULTATS
V.1. Résultats article n°1 : Chryseobacterium indologenes chez une femme ayant une Leucémie aiguë au Sénégal
V.2. Résultats article n°2 : Chryseobacterium gleum chez un homme ayant subi une prostatectomie au Sénégal : Rapport de cas et revue de la littérature
V.3. Résultats article N°3 : Diversité Génétique des Métallo-b-lactamases des bactéries du genre Chryseobacterium
V.3.1. Informations sur les patients et Epidémiologie moléculaire par Electrophorèse en champ pulsé
V.3.2. Sensibilité aux antibiotiques et type de MBL
V.3.3. Alignement des séquences des acides aminés des MBL des 08 souches et analyse phylogénétique des MBLs avec 49 MBLs disponible dans la GenBank
VI. DISCUSSION GENERALE
CONCLUSIONS ET PERSPECTIVES
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
ANNEXES
