GENERALITES SUR LES BACTÉRIES : LES STAPHYLOCOQUES ET LES ENTEROCOQUES

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ETUDE BOTANIQUE

Description de l’espèce

Carapa procera est un arbre atteignant 25 m de hauteur et 60 cm de diamètre [8]. La cime est étalée et dense avec des branches flexueuses et retombantes. Le fut est court et parfois tortueux. Les jeunes sujets sont monocaules avec des cicatrices nettes à la base des pétioles, sur le tronc et au sommet. On note également la présence d’épines interpétiolaires. L’écorce est brune, s’exfoliant en plaques plus grandes vers le bas. La tranche est rougeâtre plus ou moins fibreuse.

Les feuilles

Les feuilles de Carapa procera sont glabres, groupées surtout au sommet des rameaux. Elles sont alternes en faisceau stellé au bout des rameaux. Elles sont composées paripennées, atteignant 70 cm de longueur et jusqu’à 200 cm chez les jeunes sujets avec 5 à 21 paires de folioles opposées ou sub-opposées. Les limbes sont oblongs, jusqu’à 30× 10 cm, courtement acuminés à arrondis à l’apex, les bords sont récurvés et les bases légèrement asymétriques. Les feuilles ont 6 à 15 nervures latérales, peu saillantes dessous, sans nervilles.

Les fleurs

Les inflorescences de cette plante sont terminales en longues panicules mesurant jusqu’à 100× 25 cm. Les fleurs très odorantes, hermaphrodites, pentamères et courtement pédicellées. Les sépales sont verdâtres et les pétales blancs rosé. Elles ont 10 étamines à filets soudés en un tube blanc et des anthères jaunes. Le pistil est jaune pâle, l’ovaire rouge entouré d’un disque. Il faut noter que la floraison se fait de Janvier à Mai.

Le fruit

C’est une capsule sub-globuleuse, bosselée, brune et noueuse, atteignant 18 cm de longueur et déhiscente par 5 valves. Les graines ont une forme trigone, dure, au nombre de 15 à 20, pressées les unes contre les autres. La fructification se passe en Mai.

Habitat et Ecologie

C’est une espèce de la galerie forestière de toute l’Afrique occidentale, depuis la Casamance jusqu’en Angola. Nous le retrouvons également aux Antilles, en Guyane et en Inde.
Carapa procera n’est présent qu’en forêt naturelle ou peu perturbée. Sa niche écologique se trouve en terre ferme contrairement au Carapa guianensis qu’on trouve dans les zones marécageuses ainsi qu’en forêt secondaire, et notamment prés des fleuves.
Le genre Carapa se développe dans les zones de climat chaud et humide, avec une température moyenne de 24ºC et des précipitations annuelles allant de 2000 à 4000 mm.
En général ce genre ne se rencontre plus au dessus de 700 m d’altitude, exception faite dans certaines régions du Venezuela, et de l’Equateur ou de la Guadeloupe où il peut pousser jusqu’à 1000m [7].
Cette répartition trans-océanique est néanmoins remise en question car des études moléculaires en cours (David Kenfack, communication personnelle) démontrent que le Carapa procera américain est plus proche phylogénétiquement du Carapa guianensis que du Carapa procera africain [9].
Selon Pierre- Michel Forget, le Carapa a besoin de pousser loin de ses parents pour s’épanouir car la lumière est nécessaire pour sa croissance. La nature étant bien faite, il existe deux rongeurs, l’agouti et l’acouchi qui les déplacent loin des arbres parents et les enterrent dans des zones à sol meuble, à litière riche et humide, ce qui favorise donc leur germination et la croissance des plantules [10].

USAGE

Usage populaire

L’écorce

Elles contiennent des triterpènes responsables de l’action insecticide de cette plante [7]. Ces produits facilement extractibles par l’hexane peuvent être utilisés pour empêcher les criquets de dévorer les feuilles sur lesquelles ils ont été déposés.

La graine

Les graines fermentées puis torréfiées donnent une graisse rougeâtre, qui est employée pour faire un savon qui protège bien de la rouille. Les graines oléagineuses et amères ont des propriétés stimulantes. Elles sont consommées comme les noix de cola dans certains pays.

L’huile

Elle est utilisée pour enduire les meubles en bois et les petits objets, ce qui les protège des parasites et nourrit le bois. L’huile est aussi utilisée en cosmétologie et comme source d’énergie dans l’éclairage (lampe à huile).
L’huile possède des propriétés répulsives et peut être utilisée pour éviter les piqures d’insectes. Les Amérindiens et les noirs marrons (bush-nenge) utilisent généralement de manière préventive l’huile contre les poux, tiques et autres acariens. L’huile est utilisée comme source de carbone pour la production de Rhamnolipide par Pseudomonas aeroginosa [11].

Le bois

Le bois de teinte rouge, veiné, à grain très fin serré et compact est bon pour la charpenterie, l’ébénisterie et susceptible d’un bon poli.
Il est utilisé dans l’industrie pour la fabrication de contreplaqués, des placages décoratifs, des lambris, des parquets, d’escaliers, de charpentes industrielles etc.… Il est également utilisé pour la construction navale.
Les communautés amazoniennes utilisent le bois pour la fabrication de canoës.

Utilisation en médicine traditionnelle

Toutes les parties de la plante sont utilisées en médicine traditionnelle.

Les feuilles

Les feuilles en décoction donnent une tisane fortifiante pour les enfants rachitiques et les personnes âgées. Cette tisane est aussi utilisée chez la femme après accouchement.

L’écorce

Les écorces de Carapa, de l’avis général, ont une action éméto-purgative importante. Elles sont utilisées contre les maux de ventre, la constipation, les débuts d’hernies, la blennorragie, les crises d’asthme et de bronchite et les infections des voies respiratoires [7].
Le décocté d’écorces est couramment donné en boisson comme fébrifuge, tonique, vermifuge et en bain contre la fatigue, les courbatures, les rhumatismes, les éruptions cutanées.
Le décocté d’écorces est aussi utilisé pour guérir les maux de poitrine. On peut également utiliser la pulpe d’écorce délayée dans l’eau.
Le décocté aqueux d’écorces est aussi employé en bain contre les maux de reins.
Les écorces ont aussi des propriétés stimulantes et sont employées comme aphrodisiaques, passant presque pour un régénérateur des fonctions sexuelles.
On prescrit parfois de manger la poudre d’écorces avec du sel et de l’huile, ou bien de le faire macérer au soleil dans du vin de palme et de boire le liquide tiède.
La décoction est aussi employée en cataplasme dans le traitement des fractures des membres.

La sève

La sève mêlée à du charbon de diverses espèces de plantes est mise en application sur les plaies lépreuses.

Le fruit

Excellent vermifuge et bon adjuvant pour certains médicaments, ses graines sont également utilisées dans les cérémonies mystiques.

L’huile

L’huile de Carapa procera est utilisée contre les douleurs rhumatismales. On la met sur les plaies, les dartres, et les infections du cuir chevelu. Elle serait aussi purgative, vermifuge et antisyphilitique. Elle est aussi utilisée en application contre les hémorroïdes, avec traitement complémentaire à base de Flémingia faginea. L’huile fait également partie de l’arsenal thérapeutique des Alaka (chirurgien Diola) qui après leur intervention enduisent d’abord les membres du malade et pratiquent plus tard des massages pour faciliter les mouvements de rééducation.
Chez les Amérindiens, l’huile est utilisée pour traiter les inflammations, les maux de gorges, les petites tumeurs et les déchirements musculaires ou les crampes. De plus chez les créoles guyanais, l’huile sert à traiter des eczémas infectés, les brulures dues aux plantes urticantes, les contusions. L’huile est utilisée en application sur la muqueuse cervicale dans le cas de cancer du col de l’utérus, et mélangée à du lait, elle est utilisée en application locale pour traiter les otites, ou pour apaiser des gorges enflammées.
En Guyane, il est recommandé d’ingérer une petite quantité d’huile de Carapa procera contre le paludisme. Cependant une récente étude effectuée par l’IRD de Cayenne et l’Institut Pasteur a démontré, par des tests en laboratoire, que les produits issus du Carapa procera n’auraient pas un effet anti malarique significatif (E. Deharo, communication personnelle) [9].

Les racines

Utilisées en décoction les racines désintoxiquent et soignent la lèpre.

COMPOSITION CHIMIQUE

L’huile

L’huile de Carapa procera, obtenue à partir des graines, est un mélange de corps gras fluides et solides ; de ce fait sa consistance est fluide dans les pays chauds, mais plus ou moins dans les pays froids et tempérés.

La gomme

La gomme brute exsudée des tiges est formée d’acide glucuronique, D-galactose, L-rhamnose avec les unités labiles de l-arabinose comme composant majeur et, sans doute, xylose et ribose en très faible quantités. De ce fait elle présente une composition similaire à celle des gommes du groupe des Acacia.

L’écorce

Au siècle dernier de grands espoirs furent fondés sur les « Méliacées fébrifuges » et Eugène Caventou après le caïlcédrat étudiait en 1859 l’écorce de Carapa procera.
Il obtient 0,14 à 0,16% d’une substance amère analogue au caïlcédrin, qu’il appela touloucounin correspondant, d’après les résultats de la combustion, à la formule C20H14O8. D’autres travaux ont été effectués par la suite par Mme Moyse-Mignon sur les écorces d’origine casamançaise [Bignona]. Il en a été retiré 0,40% d’un principe amer non azoté, celui-là même qui avait été signalé par Caventou sous le nom de touloucounin, mais dans un état plus pur et mieux défini, sous forme de poudre blanche.
Il donne les mêmes réactions colorées que le caïlcédrin et sa dilution aqueuse est encore amère au 1/50000. Du point de vu chimique il présente les caractères d’un composé non saturé, renfermant des fonctions lactones, phénols et méthoxyles.
Les écorces renferment encore 19,50% de matières minérales, 12% de tanins et 0,6% de substances lipidiques extractibles par l’éther de pétrole [8].

LES GENERALITES SUR LES BACTERIES

Introduction

Les bactéries sont des micro-organismes unicellulaires classés parmi les Procaryotes, car ils ne possèdent pas de membrane nucléaire. Ce caractère les distingue des autres organismes unicellulaires classés parmi les eucaryotes (champignons, algues, protozoaires).
On distingue aussi les bactéries proprement dites (Bacteria) des bactéries primitives (Archaea).Toutes les bactéries rencontrées en pathologie appartiennent aux Bacteria. Les bactéries ont généralement un diamètre inférieur à 1mm. On peut les voir au microscope optique, à l’état frais ou après coloration. Leur forme peut être sphérique (cocci), en bâtonnet (bacilles), incurvée (vibrions) ou spiralée (spirochètes). Les détails de leur structure ne sont visibles qu’à la microscopie électronique [12].

Structure bactérienne 

De façon générale, une bactérie se compose de :
• Cytoplasme : le cytoplasme des bactéries contient de nombreux ribosomes et un chromosome fait d’ADN à double brin, en général unique, circulaire.
• Membrane Cytoplasmique : elle contrôle les échanges de la cellule avec l’extérieur et contient le système de transport des électrons.
• Paroi : c’est une structure rigide, responsable de la forme des bactéries, et leur permettant de résister à la lyse osmotique. Elle est présente chez toutes les bactéries, à l’exception des mycoplasmes. Sa structure varie selon les bactéries et conditionne leur aspect après la coloration de Gram. Au cours de cette coloration, les bactéries sont traitées dans un premier temps par du violet de gentiane (et du lugol), puis de l’alcool et enfin de la fuchsine. Les bactéries dont la paroi résiste à l’alcool restent colorées par le violet de gentiane et sont dites à Gram positif. Les bactéries dont la paroi est perméable à l’alcool perdent leur coloration par le violet de gentiane et sont colorées en rouge par la fuchsine, ce sont les bactéries à Gram négatif.
• Capsule : certaines bactéries possèdent une capsule recouvrant la paroi. C’est une structure, souvent épaisse, entourant la bactérie.
• Appendices : certaines bactéries peuvent se déplacer dans un milieu liquide grâce à des flagelles de nature protéique. D’autres possèdent également des pili (ou fimbriae). Ce sont des éléments rigides plus courts que les flagelles, de nature protéique.
Ils peuvent intervenir dans les interactions avec d’autres bactéries ou avec des cellules eucaryotes.
• Spores : certaines bactéries à Gram positif, en particulier des bactéries du sol, sont capables de se différencier en spores lorsqu’elles se trouvent dans des conditions défavorables. Les spores résistent à la dessiccation et à la chaleur. Elles peuvent persister très longtemps dans l’environnement. Leur résistance à la chaleur explique les températures qu’il faut atteindre au cours des procédures de stérilisation (120°C en chaleur humide). Dans des conditions favorables les spores redonnent naissance à des formes végétatives.
De façon générale, la cellule animale par sa petite taille se caractérise, par la présence d’une paroi rigide contenant un polymère particulier, le peptidoglycane, par le caractère haploïde de son génome et par l’absence de mitochondries. La coloration de Gram permet de séparer les bactéries en deux catégories dont la paroi est de structure différente (Gram positif et Gram négatif). Certaines espèces bactériennes peuvent posséder une capsule, des flagelles, des pili. Enfin certaines espèces peuvent se différencier en spores.

Croissance bactérienne 

Les bactéries se divisent par scissiparité, à un rythme qui peut être très rapide lorsque les conditions sont favorables.

Culture des bactéries :

On utilise habituellement pour cultiver les bactéries des milieux complexes à base d’extraits ou d’hydrolysats enzymatiques de viandes. Ces milieux peuvent être liquides (bouillons) ou solides. La solidification des milieux est obtenue par l’addition de gélose, un extrait d’algues qui a la propriété de fondre à l’ébullition et se solidifier à des températures inférieures à 40°C. En milieu liquide, les bactéries se dispersent librement et leur multiplication se traduit par un trouble, le plus souvent homogène. Sur un milieu solide, lorsque la quantité de bactéries est faible, chaque bactérie va pouvoir se multiplier sur place jusqu’à former un amas de bactéries visible à l’œil nu, que l’on appelle colonie. Si la densité bactérienne est trop élevée dans l’échantillon ensemencé, les colonies sont confluentes et forment une nappe. L’emploi de milieux solides permet ainsi le dénombrement des bactéries viables dans un échantillon [14].

Besoins nutritifs :

Ils sont très variables suivant les bactéries, mais certains besoins de base sont communs :
• Eau ;
• Ions : principalement K+, Mg2+ et phosphates ;
• L’azote et le soufre sont apportés, selon les cas sous forme minérale ou organique ;
• Source de C : certaines bactéries de l’environnement peuvent utiliser le CO2 atmosphérique et, à partir de ce dernier et d’éléments minéraux, synthétiser tous leurs composants. Ces bactéries sont dites autotrophes. Les bactéries que l’on rencontre en pathologie sont des bactéries hétérotrophes, c’est-à-dire des bactéries ayant besoin d’un apport de C sous forme organique, en général sous forme de sucre.
• Oligoéléments : fer en particulier, mais aussi Co2+, Mn2+, Zn2+ ;
• Facteurs de croissance : certaines bactéries sont capables de réaliser toutes leurs synthèses avec les éléments énumérés ci-dessus. D’autres restent incapables de synthétiser certains constituants, un acide aminé ou un coenzyme par exemple. Ces constituants doivent alors être présents dans le milieu de culture pour permettre la croissance bactérienne.
La plupart des bactéries peuvent être cultivées sur des milieux artificiels liquides ou solides. Mais les conditions permettant la croissance varient beaucoup selon les bactéries. Il n’existe pas une condition de culture standard permettant la croissance de toutes les bactéries que l’on peut rencontrer en pathologie [15].

Classification et identification des bactéries :

Une classification des bactéries est nécessaire à la communication scientifique. Les bactéries sont classées selon une nomenclature internationale. Elles sont désignées par deux mots latins écrits en italique : le premier, commençant par une majuscule, désigne le genre, le second, commençant par une minuscule, caractérise l’espèce (exemple Staphylococcus aureus). En pratique, on utilise aussi des termes communs tels que staphylocoque, colibacille, etc.

Classification :

La classification des bactéries (taxonomie) a d’abord été fondée sur l’étude de leurs caractères phénotypiques, puis de leurs caractères génotypiques.

Caractères phénotypiques :

• Morphologie : forme de la bactérie, mobilité éventuelle traduisant la présence de flagelles, disposition des flagelles, présence éventuelle de spores, coloration de Gram, aspect des colonies, etc.
• Propriétés biochimiques : relation avec l’oxygène, utilisation de différentes sources de carbone, besoin en facteurs de croissance.
• Nature des antigènes de surface.
• Sensibilité aux antibiotiques.
Plus rarement on utilise :
• La sensibilité à des bactériophages ;
• L’analyse des constituants de la paroi ;
• L’analyse chromatographique de constituants ou de métabolites de la bactérie (en phase gazeuse ou en phase liquide).
Les bactéries ayant un grand nombre de caractères en communs constituent une espèce. Au fur et à mesure que le nombre de caractères diminue entre les groupes de bactéries, on les sépare en genres, tribus, familles, etc. Les frontières entre ces différentes catégories restent parfois arbitraires et sont donc sujettes à des remises en cause [16].

Caractères génotypiques :

Ils reposent sur l’étude du génome.
• La composition en bases de l’ADN peut varier selon les espèces.
• La mesure du pourcentage d’homologie de l’ADN avec une souche de référence (déterminé par hybridation) est une méthode qui a été très utilisée en taxonomie.
• On considère que des souches ayant plus de 70% d’homologie appartiennent à la même espèce. Ce critère a conduit à modifier des classifications qui avaient été établies en fonction de caractères phénotypiques
• Le séquençage du gène de l’ARN ribosomal 16S, gène qui comporte des régions conservées et des régions variables, est également très employé pour la classification des bactéries [17].

Identification :

L’étude de caractères phénotypiques est la méthode la plus utilisée en routine. Mais dans certains cas, des méthodes génotypiques peuvent être utilisées dans un but diagnostique pour identifier des bactéries provenant de patients.
En général, on utilise ces techniques pour confirmer ou infirmer une infection due à une bactérie donnée (par exemple Mycobacterium tuberculosis, Chlamydia trachomatis). Elles sont surtout utiles pour des bactéries à croissance lente ou difficile [17].

Facteurs de pathogénicité : 

On désigne comme pathogènes les bactéries capables de provoquer une maladie chez des sujets dont les mécanismes de défense sont normaux. Toutefois des bactéries classées comme pathogènes peuvent être hébergées sans produire de maladie. Les sujets qui les hébergent sont appelés porteurs sains. D’autres bactéries sont présentes sur le revêtement cutanéo-muqueux sans provoquer habituellement de dommage pour l’hôte. Il peut s’agir de bactéries dont la présence est habituelle (bactéries commensales) ou de bactéries de l’environnement dont la présence n’est que transitoire (bactéries saprophytes). Certaines de ces bactéries peuvent cependant devenir pathogènes lorsque les défenses de l’hôte sont affaiblies, ce sont des bactéries opportunistes. Lorsque l’on dispose de modèles expérimentaux, on peut apprécier la virulence des bactéries, en déterminant par exemple la dose létale pour 50% des animaux (DL50) ce qui permet de quantifier leur degré de pathogénicité.
Les bactéries pathogènes sont capables d’envahir l’organisme et de s’y multiplier, en général dans un site privilégié. Pour cela elles ont besoin d’armes offensives leur permettant de franchir les barrières anatomiques (les muqueuses le plus souvent) et éventuellement d’agresser l’hôte par la libération de substances nocives (les toxines). Elles ont aussi besoin d’armes défensives pour échapper aux mécanismes de défense de l’hôte (phagocytes, complément). Enfin elles ont besoin de trouver les nutriments nécessaires à leur multiplication.
Le pouvoir pathogène des bactéries dépend donc généralement de nombreux facteurs. Certains facteurs de pathogénicité sont codés par des gènes extrachromosomiques (situés sur des plasmides ou des prophages), d’où leur caractère inconstant dans l’espèce.
Dans certaines espèces bactériennes les gènes chromosomiques codant pour des facteurs de pathogénicité peuvent être regroupés dans une région que l’on appelle îlot de pathogénicité. Ces segments d’ADN semblent avoir été acquis au cours de l’évolution, par transfert horizontal. On peut parfois trouver, en effet, des homologies de séquence dans des îlots de pathogénicité appartenant à des espèces différentes.
Dans une espèce bactérienne donnée les facteurs de pathogénicité sont loin d’être répartis de manière égale. Cela explique qu’à l’intérieur d’une même espèce, comme Escherichia coli par exemple, le pouvoir pathogène varie de manière importante suivant les souches.
L’expression de certains facteurs de pathogénicité peut être régulée par des signaux provenant de l’environnement de la bactérie tels que la température, la concentration en fer, en calcium ou en oxygène, le contact avec une cellule eucaryote.
De façon générale, les facteurs permettant à certaines bactéries d’exercer un pouvoir pathogène sont multiples. On peut distinguer schématiquement les facteurs permettant à la bactérie de s’implanter (facteurs d’adhésion et éventuellement d’invasion cellulaire, captation des nutriments), les facteurs permettant d’échapper aux défenses de l’hôte et enfin les facteurs d’agression (toxines). La répartition des facteurs de pathogénicité peut varier à l’intérieur d’une espèce, selon les souches.

Mécanismes de défense contre les bactéries :

Dès la naissance l’homme se trouve en contact avec des bactéries qui vont progressivement coloniser son revêtement cutanéo-muqueux. Pour résister aux bactéries de nombreux moyens sont mis en jeu. On peut schématiquement en distinguer 3 groupes : les barrières anatomiques (la peau, les muqueuses), les mécanismes de résistance naturelle (ou innés) et l’immunité acquise.
Les mécanismes de défense contre les bactéries reposent sur les barrières cutanéo-muqueuses, puis sur les mécanismes naturels mettant en jeu des récepteurs solubles et membranaires, capables de reconnaître un certain nombre de motifs habituellement présents sur les bactéries. Ces mécanismes permettent de recruter et d’activer les cellules phagocytaires. L’immunité acquise se développe plus tardivement et fait intervenir des récepteurs répartis de manière clonale sur les lymphocytes.
Elle se traduit par la production d’anticorps (active surtout contre les pathogènes extracellulaires) et une réponse cellulaire (active contre les pathogènes intracellulaires).
L’immunité acquise comporte une mémoire et cette propriété est à la base de la vaccination [18, 19].

Epidémiologie des infections bactériennes :

Les études épidémiologiques, dans le domaine des maladies infectieuses, visent à déterminer les mécanismes de transmission des agents infectieux et les facteurs qui favorisent la survenue de maladies chez les sujets contaminés. Le résultat de ces études peut permettre de mettre en place des mesures préventives.
Les études épidémiologiques visent à déterminer le mode de transmission des bactéries, soit dans la communauté, soit dans les établissements de santé.
Lorsque plusieurs sujets sont infectés par une même espèce bactérienne, la preuve d’une origine commune peut être apportée par la démonstration que les différents isolats sont identiques. On s’appuie pour cela sur l’analyse de marqueurs épidémiologiques, qui peuvent être phénotypiques ou génotypiques [20].

Actions des antibiotiques sur les bactéries :

Les antibiotiques antibactériens sont des molécules qui inhibent sélectivement certaines voies métaboliques des bactéries, sans exercer habituellement d’effets toxiques pour les organismes supérieurs. Cette propriété les distingue des antiseptiques, qui eux sont toxiques. Les antibiotiques, au sens strict, sont des produits élaborés par des micro-organismes, mais on inclut généralement parmi eux les dérivés semisynthétiques et les produits entièrement synthétiques.
L’activité des antibiotiques in vitro peut être mesurée en déterminant leur capacité d’inhiber la croissance bactérienne (concentration minimale inhibitrice ou CMI) ou leur capacité de tuer les bactéries (bactéricides). L’action des antibiotiques est influencée par de nombreux facteurs : concentration bactérienne, milieu, interaction avec un autre antibiotique, etc. En outre l’activité in vivo est influencée par des données pharmacologiques, de conditions locales particulières [15].

Principales familles d’antibiotiques et leur mode d’action 

La plupart des antibiotiques inhibent des voies métaboliques de la bactérie. Chaque famille d’antibiotique possède son site d’action propre :
• Les antibiotiques agissant sur la synthèse du peptidoglycane comprennent les β-lactamines, les glycopeptides et la fosfomycine.
• Les antibiotiques agissant sur la synthèse protéique comprennent les aminosides, les tétracyclines, les macrolides et apparentés et l’acide Fusidique.
• Les antibiotiques agissant sur les acides nucléiques comprennent les sulfamides, le triméthoprime, les quinolones, les nitro-imidazoles et les rifamycines.
• Les polymyxines agissent au niveau des membranes.

Mécanismes de résistances aux antibiotiques :

La résistance aux antibiotiques peut être naturelle ou acquise ; la résistance naturelle est présente chez tous les membres d’une même espèce ou d’un même genre bactérien. Elle est liée à son patrimoine génétique. La résistance acquise résulte d’une modification du patrimoine génétique.
Il peut s’agir d’une mutation qui peut entraîner, par exemple, une modification de la cible de l’antibiotique ou bien diminuer sa pénétration. Le plus souvent, il s’agit de l’acquisition de l’ADN étranger pouvant provenir de la même espèce ou d’espèces bactériennes différentes. L’acquisition d’ADN se fait le plus souvent par conjugaison. Elle se fait alors par l’intermédiaire de plasmides ou de transposons conjugatifs qui peuvent porter un ou plusieurs gènes de résistance. Dans certaines espèces, comme le pneumocoque et les Neisseria, l’acquisition d’ADN peut se faire par transformation.
Le transfert de gènes de résistance par l’intermédiaire d’un bactériophage (transduction) est rare. L’acquisition de mécanismes de résistance aux antibiotiques a une expression phénotypique variable. Dans la majorité des cas, elle est détectable par les méthodes habituelles de détermination de la sensibilité des bactéries aux antibiotiques. Lorsque le niveau de résistance est faible, la bactérie peut apparaître sensible par les critères habituels. La lecture interprétative de l’antibiogramme permet de corriger la réponse [15]. On peut classer les mécanismes de résistance en 4 groupes :
• L’inactivation de l’antibiotique ;
• La modification de la cible ;
• La diminution de la perméabilité membranaire ;
• L’excrétion de l’antibiotique.

Table des matières

I. INTRODUCTION
A. CHAPITRE I: GENERALITE SUR LA PLANTE (CARAPA PROCERA)
I. GENERALITES SUR LA FAMILLE ET LE GENRE
I.1.Dénomination vernaculaire
I.2.Classification dans le règne végétal
II. ETUDE BOTANIQUE
II.1. Description de l’espèce
II.1.1. Les feuilles
II.1.2. Les fleurs
II.1.3. Le fruit
II.2. Habitat et Ecologie
III. USAGE
III.1. Usage populaire
III.1.1.L’ écorce
III.1.2. La graine
III.1.3. L’huile
III.1.4. Le bois
III.2. Utilisation en médecine traditionnelle
III.2.1. Les feuilles
III.2.2. L’écorce
III.2.3. La sève
III.2.4. Le fruit
III.2.5. L’huile
III.2.6. Les racines
IV. COMPOSITION CHIMIQUE
IV.1. L huile
IV.2. La gomme
IV.3. L’écorce
CHAPITRE II : GENERALITES SUR LES BACTÉRIES : LES STAPHYLOCOQUES ET LES ENTEROCOQUES
I. LES GENERALITES SUR LES BACTERIES
I.1. Introduction
I.2. Structure bactérienne
I.3. Croissance bactérienne
I.3.1. Culture des bactéries
I.3.2. Besoins nutritifs
I.4. Classification et identification des bactéries
I.4.1. Classification
I.4.1.1. Caractères phénotypiques
I.4.1.2. Caractères génotypiques
I.4.2. Identification
I.5. Facteurs de pathogénicité
I.6. Mécanismes de défense contre les bactéries
I.7. Epidémiologie des infections bactériennes
I.8. Actions des antibiotiques sur les bactéries
I.9. Principales familles d’antibiotiques et leur mode d’action
I.10. Mécanismes de résistances aux antibiotiques
I.11. Diagnostic biologique des infections bactériennes.
II. LES STAPYLOCOCCUS AUREUS
II.1.Taxonomie
II.1.1.Le genre Micrococcus
II.1.2.Le genre Staphylococcus
II.1.3.Le genre Stomatococcus
II.1.4.Le genre Planococcus
II.2. Staphylococcus aureus
II.2.1. Caractères bactériologiques
II.2.2. Facteurs de virulence et physiopathologie
II.2.2.1. Facteurs intervenant dans la colonisation, l’adhésion, l’invasion, la diffusion
II.2.2.1.1. La protéine A
II.2.2.1.2. La protéine de liaison au collagène
II.2.2.1.3. La protéine de liaison à la fibronectine
II.2.2.1.4. La protéine de liaison au fibrinogène
II.2.2.1.5. Les sidérophores
II.2.2.1.6. La coagulase
II.2.2.1.7. La staphylokinase
II.2.2.1.8. La FAME (Fatty Acid Modifying Enzyme)
II.2.2.2. La résistance à la phagocytose
II.2.2.2.1. Les exopolysaccharides capsulaires
II.2.2.2.2. L’apoptose des cellules épithéliales
II.2.2.3. Toxines à activité membranaire
II.2.2.4. Enterotoxines, TSST1 (toxine du choc staphylococcique) et exfoliatines
II.2.2.5. Activité superantigènique
II.2.2.6. La réponse inflammatoire
II.2.3. Pouvoir pathogène
II.2.3.1. Habitat et colonisation
II.2.3.2. Les infections
II.2.3.2.1. Les infections suppuratives
II.2.3.2.1.1. Les infections de la peau et des tissus mous
II.2.3.2.1.2. Les infections de l’appareil respiratoire…
II.2.3.2.1.3. Les infections endovasculaires et valvulaires cardiaques
II.2.3.2.1.4. Les infections musculaires et osseuses
II.2.3.2.1.5. Autres infections suppuratives
II.2.3.2.2. Les toxémies
II.2.3.2.2.1. Le syndrome de choc toxique staphylococcique
II.2.3.2.2.2.Le syndrome d’exfoliation généralisée
II.2.3.2.2.3.Les toxi-infections alimentaires
II.2.3.2.2.4.L’entérocolite nécrosante pseudomembraneuse
II.2.4. Résistance aux antibiotiques de Staphylococcus aureus
II.2.4.1. Mécanisme de résistance aux bêta-lactamines
II.2.4.1.1. Mode d’action des bêta-lactamines
II.2.4.1.2. Resistance par production de pénicillinase
II.2.4.1.3. Resistance à la meticilline
II.2.4.2.La résistance aux glycopeptides
II.2.4.2.1. Les différents à types de souches non sensibles
II.2.4.2.1.1. Les souches VRSA (vancomycin-resistant S. aureus)
II.2.4.2.1.2. Les souches à sensibilité diminuée
II.2.4.2.2. Mécanisme de la résistance
III. LES ENTEROCOCCUS
III.1.Microbiologie
III.2.Principaux facteurs de virulence
III.3. Épidémiologie
III.4. Diagnostic biologique
III.5. Antibiothérapie
III.6. Principaux mécanismes de résistance
III.6.1. Bêta-lactamines
III.6.2. Aminosides
III.6.3. Glycopeptides
CHAPITRE III : LES METHODES CHROMATOGRAPHIQUES
I. DEFINITION
II. BUTS DE LA CHROMATOGRAPHIE
II.1. Objectif analytique
II.2. Objectif préparatif
III. CLASSIFICATION
III.1. Classification selon la nature des phases
III.2. Classification selon la nature des phénomènes mis en jeu
III.2.1. La chromatographie d’adsorption
III.2.2. La chromatographie de partage
III.2.3. La chromatographie d’échange d’ions
III.2.4. La chromatographie d’exclusion
III.2.5. La chromatographie d’affinité
III.2. Classification selon la technique mise en jeu
VI. TERMINOLOGIE GENERALE DE LA CHROMATOGRAPHIE
V. CHROMATOGRAPHIE SUR COUCHE MINCE (CCM)
V.1. Définition et appareillage
V.2. Principe de la technique
V.3. Applications de la CCM
V.4. Adsorbants et plaques chromatographiques
V.5. Choix de l’éluant
V.6. Dépôt de l’échantillon
V.7. Développement de la plaque
V.8. Révélation
V.9. Calcul de Rf
V.10. Description d’une analyse par CCM selon l’ordre chronologique
V.10.1.Préparation de la cuve chromatographique
V.10.2.Dépôt de l’échantillon sur la plaque
V.10.3.Développement du chromatogramme
V.10.4.Révélation et calcul de Rf
VI. CHROMATOGRAPHIE SUR COLONNE
VI.1. Description et principe
VI.2. Facteurs dont dépend la séparation
VI.2.1.L’adsorbant
VI.2.2. L’éluant
VI.2.3. La dimension de la colonne
VI.2.4.La vitesse d’élution
VI.3. Remplissage de la colonne
VI.3.1.Remplissage par voie humide
VI.3.2.Remplissage par voie sèche
VI.4. Dépôt des produits à analyser
VI.5. Elution
CHAPITRE IV : MATERIELS ET METHODES
I.CADRE DE L’ETUDE
II. EXTRACTION ET FRACTIONNEMENT
II.1. Extraction
II.2. Fractionnement
III. MATERIELS
III.1.Matériel biologique
III.2.Matériels expérimental
III.3.Matériel chimique
IV. METHODES
IV.1.Chromatographie
IV.1.1.Extrait méthanolique
IV.1.1.1.CCM
IV.1.1.2.Chromatographie sur colonne de silice
IV.1.1.2.1.Description et principe
IV.1.1.2.2.Mode opératoire
IV.1.1.3.Groupage des fractions éluées
IV.1.2. Extrait dichlorométhanique
IV.1.2.1 CCM
IV.1.2.2. Chromatographie sur colonne de silice
IV.1.2.3. Groupage des fractions
V. ESSAIS BIOLOGIQUES
V.1.Préparation des fractions
V.2.Tests de sensibilité
V.2.1.Principe
V.2.2.Mode opératoire
V.3.Détermination des concentrations minimales inhibitrices(CMI)
V.3.1.Principe
V.3.2.Mode opératoire
CHAPITRE V : RESULTATS
I. CHROMATOGRAPHIE
I.1. Extrait méthanolique
I.1.1.CCM
I.1.2.Chromatographie sur colonne de gel de silice
I.2. Extrait dichlorométhanique
I.2.1.CCM
I.2.2.Chromatographie sur colonne de gel de silice.
II. ESSAIS BIOLOGIQUES
II.1. Tests d’activités
II.2. Détermination des CMI
CHAPITRE VI : DISCUSSIONS ET RECOMMANDATIONS
CONCLUSION
REFERENCES BIBIOGRAPHIQUES

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