Soutenance mémoire
Au cours de ces dix dernières années, les bactéries à Gram négatif multirésistantes sont devenues un problème majeur de santé publique. Depuis les années 2000, nous assistons en Afrique et dans le monde à une augmentation constante de la prévalence des entérobactéries résistantes aux céphalosporines de troisième génération (CSP III) et aux monobactams. Les entérobactéries sécrétrices de bêta lactamases à spectre élargi (BLSE) contribuent fortement à l’émergence de la résistance [49]. Ces enzymes, décrites pour la première fois en 1983 en Allemagne à partir de souches de Klebsiella pneumoniae et de Serratia marcescens [54], ont été rapportées à travers le monde et s’étendent à différentes espèces d’entérobactéries [7].
Les BLSE sont des enzymes transférables à médiation plasmidique qui inactivent les oxyimino-β-lactamines (céfotaxime, ceftazidime, aztréonam) [36, 19, 31, 74]. Les infections nosocomiales, causées par les entérobactéries pourvues de ces enzymes, posent un véritable problème thérapeutique du fait de la résistance et du choix limité des molécules d’antibiotiques disponibles sur le marché [53]. Les entérobactéries sécrétrices de BLSE ont été associées à l’expansion des infections nosocomiales conduisant à une hospitalisation prolongée, une augmentation de la morbidité et de la mortalité et par conséquent à des coûts élevés de prise en charge sanitaire [56, 67]. A notre connaissance, peu de données permettent de définir l’ampleur de ce phénomène au Sénégal, tant au niveau hospitalier que communautaire. C’est dans ce contexte que cette étude rétrospective sur l’épidémiologie des souches d’entérobactéries sécrétrices de BLSE isolées au laboratoire de Bactériologie du CHNU A. Le Dantec a été effectuée entre 2011 et 2013.
Généralités sur les entérobactéries
Définition
La famille des Enterobacteriaceae est constituée de genres bactériens qui sont rassemblées en raison de caractères bactériologiques communs :
– ce sont des bacilles à Gram négatif dont les dimensions varient de 2 à 3µm de long sur 0,6µm de large ;
– immobiles ou mobiles par une ciliature péritriche ;
– se développent en aéro-anaérobiose ;
– facilement cultivables ;
– acidifient le glucose par voie fermentative avec souvent production de gaz ;
– réduisent les nitrates en nitrites ;
– dépourvues de cytochrome oxydase.
Le nom d’entérobactéries avait été donné à cette famille car la majorité des membres qui la composent sont des hôtes du tube digestif, mais il existe d’autres localisations dont le sol, les végétaux.
Classification
Une centaine d’espèce d’Enterobacteriaceae sont individualisées, mais 23 d’entre elles représentent 90% des souches isolées en clinique [4]. Dans le “Bergey’s manual of determinative bacteriology”, les entérobactéries sont classées en 5 (cinq) tribus :
– Tribu I : Escherichiae,
– Tribu II : Klebsiellae,
– Tribu III : Proteae,
– Tribu IV : Yersiniae,
– Tribu V : Erwiniae (découverte récente).
Ces tribus des Enterobacteriaceae sont classées selon leur composition et leurs caractères différentiels .
La tribu des Escherichiae
Cette tribu comprend cinq genres principaux, à savoir les genres Escherichia, Shigella, Salmonella, Citrobacter et Edwarsiella. Le genre Kluyvera qui possède les caractères biochimiques de définition de cette tribu y est rattaché.
Le genre Escherichia
Ce genre ne comporte qu’une seule espèce E. coli intéressante en bactériologie médicale et qui est l’espèce la plus fréquemment isolée au laboratoire de bactériologie.
Le genre Shigella
Ce genre comprend quatre espèces correspondant à 4 sérogroupes A, B, C, D pouvant comporter un ou plusieurs sérotypes : groupe A = S. dysenteriae avec dix sérotypes ; groupe B = S. flexneri avec six sérotypes ; groupe C = S. boydii avec quinze sérotypes et groupe D = S. sonnei avec un seul sérotypes.
Le genre Salmonella
Il s’agit d’un très vaste groupe bactérien comportant plus de 2000 espèces. Ce genre est divisé en cinq sous-genres, le sous-genre 1 étant celui isolé le plus souvent chez l’homme, les autres étant retrouvés chez les animaux à sang froid. Du point de vue médical, il convient de distinguer deux grands groupes chez les salmonelles : les salmonelles majeures, agents de la fièvre typhoïde et des fièvres paratyphoïdes (S. typhi, S. paratyphi A, S. paratyphi B, S. paratyphi C) et tous les sérotypes « mineurs» responsables d’intoxications alimentaires, de gastro-entérites ou d’infection septicémique de type opportuniste.
Le genre Citrobacter
Ce genre est composé de trois espèces : C. freundii, C. amalonaticus, C. diversus.
Le genre Edwarsiella
Ce genre ne comporte qu’une seule espèce en bactériologie médicale : E. tarda.
Le genre Kluyvera
Il s’agit d’un genre de création récente. Il existerait au moins trois espèces dont deux ont actuellement une dénomination précise : K. ascorbata et K. crycrescens.
La tribu des Klebsiellae
Cette tribu comporte trois genres : Klebsiella, Enterobacter et Serratia.
Le genre Klebsiella
Ce genre est composé de sept espèces selon la classification de David A. Bruckner et Paul Colonna en 1995 dont : K. ornithinolytica synonyme de K. oxytoca ornithine positive, K. oxytoca, K. ozaenae, K. planticola, K. pneumoniae, K. rhinoscleromatis et K. terrigena.
Le genre Enterobacter
Il est composé de six espèces : E. cloacae, E. aerogenes, E. hafniae, E. agglomerans, E. gergoviae, E. sakazakii.
Le genre Serratia
Il est composé de cinq espèces : S. marcescens, S. liquefaciens, S. rubidea, S. plymuthica, S. odorifera.
La tribu des Proteae
Elle comporte actuellement trois genres regroupant six espèces :
– Proteus : P. mirabilis, P. vulgaris, P. alcalifaciens.
– Providencia: P. stuartii, P. rettgeri.
– Morganella : M. morganii.
La tribu des Yersiniae
Elle comporte sept espèces : Y. pestis, Y. ruckerii, Y. pseudotuberculosis, Y. enterocolitica, Y. intermedia, Y. fredericksenii, Y. kristensenii.
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Table des matières
Introduction
Première partie : Rappels bibliographiques
Chapitre I : Généralités sur les Entérobactéries
I.1. Définition
I.2. Classification
I.3. Habitat et pouvoir pathogène
I.4. Caractères culturaux
I.5. Caractères antigéniques
I.6. Caractères biochimiques
Chapitre II : Généralités sur les β-lactamines
II.1. Définition
II.2. Caractéristiques des β-lactamines
II.3. Classification des β-lactamines
Chapitre III : Resistance bactérienne
III.1. Définition de la résistance bactérienne
III.2. Les différents types de résistance
III.3. Support génétique de la résistance
III.4. Mécanisme de résistance aux β-lactamines
Deuxième partie : Méthodologie-Résultats-Discussion-Recommandations
Chapitre I : Cadre d’étude
I.1. Le CHNU A. Le Dantec
I.2. Le laboratoire de Bactériologie-Virologie
Chapitre II : Matériel et Méthodes
II.1. Souches bactériennes
II.1.1. Souches à tester
II.1.2. Souches de référence
II.2. Méthodes d’isolement à partir des produits pathologiques
II.3. Identification des entérobactéries
II.4. L’antibiogramme
II.4.1. Matériel et réactifs
II.4.2. Principe de l’antibiogramme
II.4.3. Technique de diffusion en gélose : méthode des disques
II.5. Détection des β-lactamases à spectre étendu (BLSE) par la méthode de diffusion par double disque
II.6. Analyse des données
Chapitre III : Résultats
III.1. Prévalence des entérobactéries sécrétrices de BLSE
III.2. Distribution des entérobactéries sécrétrices de BLSE en fonction de l’âge
III.3. Distribution des entérobactéries sécrétrices de BLSE en fonction du sexe
III.4. Distribution des entérobactéries sécrétrices de BLSE en fonction de l’origine
III.5. Distribution des entérobactéries sécrétrices de BLSE en fonction du service d’accueil ou d’hospitalisation
III.6. Distribution des entérobactéries sécrétrices de BLSE en fonction du produit pathologique
III.7. Distribution des entérobactéries sécrétrices de BLSE en fonction du germe
III.8. Profil de sensibilité des souches sécrétrices de BLSE
Chapitre IV : Discussion
IV.1. Prévalence des souches d’entérobactéries sécrétrices de BLSE
IV.2. Prévalence des souches d’entérobactéries sécrétrices de BLSE en fonction de l’espèce
IV.3. Prévalence des souches d’entérobactéries sécrétrices de BLSE en fonction de l’origine
IV.4. Prévalence des souches d’entérobactéries sécrétrices de BLSE en fonction du service d’accueil
IV.5. Prévalence des souches d’entérobactéries sécrétrices de BLSE en fonction du produit pathologique
IV.6. Profil de sensibilité des souches d’entérobactéries sécrétrices de BLSE
Chapitre V : Recommandations
V.1. Prise en charge des infections nosocomiales
V.2. Le bon usage des antibiotiques
Conclusion
Bibliographie
