Pour une majoritรฉ de bactรฉries responsables de pathologies infectieuses ou de surinfections, il est hasardeux, voir impossible aujourdโhui, de connaรฎtre ร priori les antibiotiques auxquels une espรจce sera systรฉmatiquement sensible. Lโutilisation rationnelle des antibiotiques en clinique humaine passe donc par la rรฉalisation in vitro de techniques particuliรจres dโรฉtude de la souche bactรฉrienne incriminรฉe face aux diffรฉrentes molรฉcules antibiotiques. Cependant le nombre important de paramรจtres entrant dans la rรฉalisation de ces techniques impose des vรฉrifications pรฉriodiques. Pour cela, le bactรฉriologiste dispose de souches de rรฉfรฉrence dรฉlivrรฉes par des organismes spรฉcialisรฉs.
Il existe ainsi plusieurs facteurs qui peuvent affecter les rรฉsultats des tests de sensibilitรฉ et les mรฉthodes standardisรฉes sont probablement plus reproductibles que les mรฉthodes non standardisรฉes. Lโassurance qualitรฉ est le processus global par lequel la qualitรฉ peut รชtre garantie. Une grande partie de ce processus est constituรฉe par le contrรดle interne de la qualitรฉ qui, passant par le test des souches de rรฉfรฉrence, est couramment utilisรฉ pour surveiller la reproductibilitรฉ et lโexactitude des tests. Cependant, il existe des aspects supplรฉmentaires qui contribuent ร lโassurance qualitรฉ, incluant surtout la participation ร des systรจmes dโรฉvaluation externe de la qualitรฉ dans laquelle des rรฉsultats discordants peuvent รชtre dรฉtectรฉs.
GENERALITES SUR LA SENSIBILITEย
NOTION DE SENSIBILITEย
En bactรฉriologie mรฉdicale, les antibiotiques sont des composรฉs chimiques, รฉlaborรฉs par un micro-organisme ou produits par synthรจse et dont lโactivitรฉ spรฉcifique se manifeste ร dose faible sur les microorganismes. Ces micro-organismes sont dits sensibles [4, 39, 42]. Une bactรฉrie est dite sensible ร un antibiotique si elle fait partie de son spectre dโactivitรฉ, cโest ร dire lโรฉventail dโespรจces bactรฉriennes susceptibles dโรชtre inhibรฉes par des concentrations de cet antibiotique (surtout in vivo aprรจs utilisation dโune posologie standard). La sensibilitรฉ dโune bactรฉrie est connue aprรจs dรฉtermination de sa concentration minimale inhibitrice (CMI). Celle-ci est obtenue par la mise en ลuvre de certaines techniques classiques [3, 4, 5, 41]. Le corollaire du spectre dโactivitรฉ est la rรฉsistance naturelle des bactรฉries aux antibiotiques. La rรฉsistance naturelle est un caractรจre dโespรจce, elle touche toutes les souches dโune espรจce bactรฉrienne donnรฉe. Mais dans la rรฉalitรฉ, la situation est beaucoup plus complexe car les bactรฉries peuvent acquรฉrir une rรฉsistance aux antibiotiques par modification de leur capital gรฉnรฉtique [4, 41, 43].
METHODES DโETUDE DE LA SENSIBILITEย
Lโรฉtude de la sensibilitรฉ des bactรฉries aux antibiotiques est toujours dโactualitรฉ et une nรฉcessitรฉ quotidienne pour tout prescripteur dโantibiotiques, qui est obligรฉ dโy recourir en permanence. Elle comporte en prioritรฉ une รฉvaluation de lโeffet bactรฉriostatique des antibiotiques par la dรฉtermination de la CMI.
Par dรฉfinition, la CMI est la plus faible concentration dโantibiotique capable de provoquer une inhibition complรจte de la croissance dโune bactรฉrie donnรฉe, apprรฉciable ร lโลil nu, aprรจs une pรฉriode dโincubation donnรฉe. Lโantibiogramme est la technique classique la plus simple de sa mise en รฉvidence. Plusieurs mรฉthodes concourent ร sa rรฉalisation :
– Mรฉthodes de dilution (sur milieu liquide et sur milieu solide),
– Mรฉthode de diffusion ou antibiogramme standard,
– E-test (Epsillometer-test).
Mรฉthodes de dilutionย
Sur milieu liquideย
Macrodilution
โย Principe
La mรฉthode de dilution sur milieu liquide ou macrodilution consiste ร mettre un inoculum bactรฉrien standardisรฉ au contact de concentrations croissantes dโantibiotique selon une progression gรฉomรฉtrique de raison 2.
โย Lecture
La lecture se fait au bout du temps dโincubation. La CMI est indiquรฉe par le tube qui contient la plus faible concentration dโantibiotique et oรน aucune croissance bactรฉrienne nโest visible.
La CMI de la souche de rรฉfรฉrence est lue en premier lieu pour attester la validitรฉ des rรฉsultats.
Microdilution
Dans la perspective de mise au point de techniques directement applicables en routine, le laboratoire initie une nouvelle mรฉthode manuelle de lโantibiogramme utilisant les concentrations critiques en microplaque.
โย Principe
Une bactรฉrie attaquant le glucose est incubรฉe en prรฉsence dโune ou de deux concentrations critiques dโun antibiotique donnรฉ. Aprรจs 18 heures la croissance est dรฉcelรฉe et traduite grรขce ร un indicateur colorรฉ, le rouge de phรฉnol.
โย Lecture
Le virage ou non de lโindicateur colorรฉ est apprรฉciรฉ. Les rรฉsultats obtenus sont comparรฉs ร ceux obtenus par la mรฉthode de E-test qui est la mรฉthode de rรฉfรฉrence. Cette comparaison permettra de vรฉrifier la validitรฉ des rรฉsultats obtenus avec la micromรฉthode.
Sur milieu solide
โ Principe
Cโest le mรชme principe que sur milieu liquide : mettre un inoculum bactรฉrien standardisรฉ au contact de concentrations croissantes dโantibiotique selon une progression gรฉomรฉtrique de raison 2 [4, 5, 19, 41]. Cette mรฉthode, utilisant un milieu solide (gรฉlose), offre la possibilitรฉ dโรฉtudier simultanรฉment plusieurs types de bactรฉries par rapport ร un antibiotique [12].
โย Lecture
Aprรจs avoir lu la CMI de la souche de rรฉfรฉrence, celle de la souche ร tester est dรฉterminรฉe en partant de la boite contenant la plus faible concentration de lโantibiotique vers la boite contenant la plus grande concentration. La CMI est donnรฉe par lโinhibition de la croissance sur le milieu contenant la plus faible concentration dโantibiotique [41].
Mรฉthode de diffusion ou antibiogramme standard
โ Principe
Des disques de papier buvard imprรฉgnรฉs dโune quantitรฉ dรฉfinie dโantibiotique sont dรฉposรฉs ร la surface dโun milieu gรฉlosรฉ (qui est gรฉnรฉralement le milieu Mueller-Hinton) prรฉalablement ensemencรฉ avec une suspension de bactรฉries en phase exponentielle de croissance.
Lโantibiotique diffuse dans toutes les directions et il se forme un gradient de concentration ร partir de la source (disque). Aprรจs incubation, on constate que chaque disque est entourรฉ dโune zone dโinhibition de la croissance bactรฉrienne dont le diamรจtre est plus ou moins large .
โย Lecture
Aprรจs incubation, les diamรจtres dโinhibition autour des disques des souches de rรฉfรฉrence et des souches ร tester sont respectivement mesurรฉs ร lโaide dโune rรจgle ร coulisse .
E-test (Epsillometer-test)
โย Principe
Le E-test permet de dรฉterminer la CMI grรขce ร lโutilisation de bandelettes imprรฉgnรฉes dโun gradient de concentrations exponentiel continu de lโantibiotique ร tester. Les bandelettes (supports inertes, hydrophobes, de 5mm de large et de 50mm de long) sont appliquรฉes sur la surface dโun milieu gรฉlosรฉ prรฉalablement ensemencรฉ avec un inoculum de la souche ร รฉtudier [12, 28, 41].
โย Lecture
Les boites sont lues ร condition dโavoir une ellipse dโinhibition clairement visible. La CMI est lue au point dโintersection de lโellipse et de la bandelette, celle de la souche de rรฉfรฉrence est lue en premier lieu .
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Table des matiรจres
INTRODUCTION
Premiรจre partie : GENERALITES
I/ GENERALITES SUR LA SENSIBILITE
I-1 Notion de sensibilitรฉ
I-2 Mรฉthodes ude sensibilitรฉ
I-2-1 thod dilution
I-2-1-1 Sur milieu liquide
I-2-1-1-1 Macrodilution
I-2-1-1-2 Microdilution
I-2-1-2 Sur milieu solide
I-2-2 Mรฉthode de diffusion ou Antibiogramme standard
I-2-3 E-test (Epsillometer-test)
I-3 Conditions dโapplication et limites des techniques dโรฉtude de la sensibilitรฉ
I-4 Rรฉsultats
I-4-1 Expression des rรฉsultats
I-5-2 Interprรฉtation des rรฉsultats
I-6 Intรฉrรชt de lโรฉtude de la sensibilitรฉ
II/ GENERALITES SUR LโASSURANCE QUALITE
II-1 Historique
II-2 Concept de lโassurance qualitรฉ
II-2-1 Dรฉfinition de la qualitรฉ
II-2-2 Concept de lโassurance qualitรฉ
II-3 Mise en place du systรจme qualitรฉ
II-4 Types dโassurance qualitรฉ
II-4-1 Assurance qualitรฉ interne
II- 4-2 Assurance qualitรฉ externe
Deuxiรจme partie : TRAVAIL PERSONNEL
I/ MATERIEL
I-1 Cadre dโรฉtude
I-2 Matรฉriel
II/ METHODOLOGIE
II-1 Contrรดle interne de la qualitรฉ de la sensibilitรฉ
II-1-1 Organisation du laboratoire
II-1-1-1 Exigences
II-1-1-2 Manuel qualitรฉ du laboratoire
II-1-2 Entretien du matรฉriel
II-1-3 Validation des rรฉsultats des รฉtudes de sensibilitรฉ : utilisation des souches de rรฉfรฉrence
II-1-3-1 Dรฉfinition des souches de rรฉfรฉrence
II-1-3-2 Obtention
II-1-3-3 Conservation
II-1-3-4 Rรฉgรฉnรฉration
II-1-3-5 Utilisation
II-1-4 Contrรดle de la qualitรฉ des milieux de culture
II-1-4-1 Prรฉparation
II-1-4-2 Contrรดle de la qualitรฉ
II-1-4-2-1 Contrรดle de la profondeur
II-1-4-2-2 Contrรดle du pH
II-1-4-2-3 Contrรดle de la stรฉrilitรฉ
II-1-4-2-4 Contrรดle de lโefficacitรฉ
II-1-4-3 Conservation des milieux prรฉparรฉs
II-1-5 Contrรดle de la qualitรฉ de lโinoculum
II-1-6 Autres contrรดles
II-1-7 Documentation
II-1-8 Audit
II-2 Contrรดle externe de la qualitรฉ de la sensibilitรฉ
II-2-1 Souches testรฉes
II-2-2 Profil de sensibilitรฉ aux antibiotiques
II-2-3 Recherche de bรฉta-lactamase
II-2-4 Rรฉfรฉrences utilisรฉes pour les valeurs critiques
III/ RESULTATS
III-1 Contrรดle interne de la qualitรฉ de la sensibilitรฉ
III-1-1 Rรฉsultats des contrรดles effectuรฉs
III-1-2 Figures rรฉsultant des contrรดles de qualitรฉ
III-2 Contrรดle externe de la qualitรฉ de la sensibilitรฉ
III-2-1 Souches testรฉes
III-2-2 Profil de sensibilitรฉ aux antibiotiques
III-2-3 Recherche de bรฉta-lactamase
IV/ DISCUSSION
IV-1 Contrรดle interne de la qualitรฉ de la sensibilitรฉ
IV-1-1 E-test
IV-1-2 Les souches de rรฉfรฉrence
IV-2 Contrรดle externe
IV-2-1 Mรฉthodes utilisรฉes
IV-2-2 Profil de sensibilitรฉ aux antibiotiques
CONCLUSION
BIBLIOGRAPHIE