Soutenance mémoire
Les bactéries à Gram négatif des genres Klebsiella, Enterobacter et Serratia sont d’importants pathogènes opportunistes [68]. La majorité des souches impliquées sont très résistantes à un nombre croissant d’antibiotiques comme le montre l’apparition de plusieurs BLSE dans le genre de Klebsiella isolées d’infections nosocomiales [73]. Ces pathogènes opportunistes sont isolées d’infections suppuratives, urinaires, respiratoires, biliaires qui peuvent être à l’origine de bactériémie et surtout de septicémie de pronostic sévère, principalement chez les malades immunodéprimés, cancéreux, brûlés, cirrhotiques, diabétiques, chez les personnes âgées, nourrissons, nouveau-nés et prématurés [5, 49, 70, 71]. K. pneumoniae est distribuée dans tous les services hospitaliers surtout les unités de soins intensifs (USI) [4, 47, 55], elle a la particularité d’acquérir des marqueurs de résistance, elle se trouve souvent la première entérobactérie engagée dans un mécanisme de résistance à une nouvelle molécule .
Le problème majeur auquel est confrontée la gestion des infections nosocomiales est l’émergence d’entérobactéries productrices de β-lactamases à spectre étendu (BLSE). Ces enzymes, décrites pour la première fois en 1983 en Allemagne à partir des souches de K. pneumoniae [8, 59], ont été rapportées à travers le monde et s’étendent à différentes espèces d’entérobactéries. Elles confèrent une résistance non seulement aux aminopénicillines et aux céphalosporines de première et de deuxième génération mais aussi aux céphalosporines de troisième génération (CSPIII) et aux monobactames. Deux des principaux facteurs incriminés dans la multirésistance des bactéries aux antibiotiques sont : la prescription et la consommation abusive des antibiotiques et le mauvais usage de ces antibiotiques [9, 50]. En bactériologie clinique il est habituel de lier la baisse de la sensibilité aux antibiotiques à l’augmentation de la consommation de ces antibiotiques . En effet, des études ont montrés qu’une diminution de la consommation peut s’accompagner d’un retour à la sensibilité .
C’est dans ce contexte que cette étude rétrospective sur l’épidémiologie et la sensibilité des souches KES isolées au laboratoire de Bactériologie du CHNU Aristide Le Dantec a été effectuée entre 2011 et 2013. Cette étude aura comme objectifs :
– de déterminer la prévalence des KES au cours de ces trois dernières années,
– d’évaluer leur distribution en fonction de l’âge, du sexe, des produits pathologiques, des services d’accueil ou d’hospitalisation ;
– d’établir leur profil de sensibilité par rapport à diverses familles d’antibiotiques.
Généralités sur Klebsiella, Enterobacter et Serratia (KES)
Genre Klebsiella
Définition et Classification
Les Klebsiella sont des Enterobacteriaceae toujours immobiles possédant généralement une capsule et fermentant de nombreuses glucides. Elles ne possèdent ni ODC (Ornithine Décarboxylase), ni ADH (Arginine Dihydrolase), ni tryptophane désaminase (TDA), ni lipase et ne produisent pas d’H2S (sulfure d’hydrogène). La classification des différentes espèces de Klebsiella est discutée. Néanmoins six espèces sont usuellement reconnues : Quatre espèces ont un pouvoir pathogène pour l’homme : K. pneumoniae (espèce type), K. oxytoca, K. ozaenae et K. rhinoscleromatis. Deux espèces sont trouvées dans l’environnement et sont rarement pathogènes, ce sont K. turigena et K. planticola qui ne seront pas décrites ici [3].
Habitat et Pouvoir pathogène
K. pneumoniae et K. oxytoca sont les espèces les plus souvent rencontrées. Elles sont fréquemment isolées des eaux, du sol et des végétaux. Elles sont présentes dans la flore fécale de l’homme et sont souvent commensales de la peau, des muqueuses et des voies respiratoires. Les malades s’infectent soit avec leurs propres souches soit avec des souches responsables de petites épidémies hospitalières. Elles sont alors manuportées de malade en malade. K. pneumoniae, de loin l’espèce la plus rencontrée, et K. oxytoca sont isolées principalement de broncho-pneumopathies aigues ou subaiguës mais aussi d’infections urinaires, hépatobiliaires ou de pus divers.
En raison du terrain débilité sur lesquels elles se développent, les septicémies à Klebsiella ont un pronostic très sévère. K. ozaenae n’est pratiquement pas isolée d’infections respiratoires chroniques. Elle est rarement isolée d’urine ou d’hémoculture. Il en est de même que K. rhinoscleromatis qui est rarement rencontrée en France. Elle est plus fréquente en Afrique. Le rôle de K. ozaenae comme agent étiologique de l’ozène et celui de K. rhinoscleromatis comme agent du rhinosclérome sont imparfaitement établi particulièrement dans le pouvoir pathogène.
❖ K. pneumoniae subsp. ozaenae et K. pneumoniae subsp. rhinoscleromatis sont isolées d’expectorations et de pus de sinus et elles sont responsables d’infections souvent chroniques et sévères de l’appareil respiratoire [3].
❖ K. pneumoniae subsp. ozaenae est responsable de l’ozène qui se manifeste par une ulcération chronique de la muqueuse nasale et par des écoulements nasaux purulents et nauséabonds.
❖ Cette sous-espèce est également isolée de bronchites chroniques, de surinfections de plaies, d’ulcères de la cornée, de bactériémies, de méningites, d’infections urinaires et d’abcès.
❖ K. pneumoniae subsp. rhinoscleromatis est l’agent du rhinosclérome ou infection granulomatose chronique des voies respiratoires supérieures.
❖ Les souches de K. variicola, isolées chez l’homme, proviennent principalement de bactériémies et de septicémies.
❖ Classiquement, les klebsielles ne sont pas considérées comme des agents de toxiinfections alimentaires. Toutefois, lors d’une toxi-infection alimentaire consécutive à la consommation de viande de dinde, une souche de K. pneumoniae subsp. pneumoniae du type capsulaire 15 est capable de produire une entérotoxine de type LT qui a été isolée de la viande et des selles des malades. Les principaux symptômes consistaient en une diarrhée aqueuse accompagnée de crampes abdominales en l’absence de tout vomissement.
Les souches de K. pneumoniae et de K. oxytoca, produisant de l’histamine, sont en fait des souches de Raoultella spp. Et les klebsielles ne sont plus considérées comme responsables d’intoxications histaminiques [28].
Diagnostic bactériologique
K. oxytoca, K. pneumoniae et K. variicola se cultivent sur les milieux classiquement utilisés pour les entérobactéries :
❖ Gélose nutritive,
❖ Gélose trypticase soja,
❖ Gélose au sang,
❖ Gélose de MacConkey,
❖ Gélose lactosée au pourpre de bromocrésol (BCP),
❖ Gélose éosine bleu de méthylène (EMB),
❖ Gélose de Drigalski…
K. oxytoca, K. pneumoniae subsp. pneumoniae et K. variicola se cultivent en 24 heures. K. pneumoniae subsp. ozaenae, K. pneumoniae subsp. rhinoscleromatis ainsi que quelques souches de K. pneumoniae subsp. pneumoniae du type capsulaire K1 se cultivent plus lentement. Sur les milieux contenant du lactose et un indicateur de pH, les colonies de K. oxytoca, de K. pneumoniae subsp. pneumoniae et de K. variicola apparaîssent lactose positive. Le diagnostic de genre est orienté par :
● l’immobilité constante,
● la morphologie des colonies,
● le grand nombre de sucres fermentés.
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Table des matières
Introduction
Première partie : Rappels bibliographiques
A. Généralités sur Klebsiella, Enterobacter et Serratia (KES)
I. Genre Klebsiella
I.1. Définition et Classification
I.2. Habitat et Pouvoir pathogène
I.3. Caractéristiques bactériologiques
I.4.Diagnostic bactériologique
II. Genre Enterobacter
II.1. Définition et Classification
II.2. Habitat et épidémiologie
II.3. Pouvoir pathogène
II.4. Caractères bactériologiques
III. Genre Serratia
III.1. Définition et classification
III.2. Habitat et Pouvoir pathogène
III.3. Caractères bactériologiques
III.4. Diagnostic bactériologique
B/Notions générales sur les différentes familles d’antibiotiques
I. Définition
II. Caractéristiques des antibiotiques
III. Classification des antibiotiques
III.1. Antibiotiques inhibiteurs de la synthèse du peptidoglycane
III.2. Antibiotiques actifs sur les membranes
III.3. Antibiotiques inhibiteurs des synthèses protéiques
III.4. Antibiotiques inhibiteurs des acides nucléiques
III.5. Antibiotiques inhibiteurs de la synthèse des folates
III.6. Antibiotiques anti tuberculeux
C/ Résistance bacterienne aux β-lactamines
I. Notion de résistance
II. Types de résistance
II.1. résistance naturelle
II.2. Résistance acquise
II.3. Résistance clinique
III. Support génétique de la résistance
III.1. résistance chromosomique par mutation
III.2. résistance par acquisition de gène
III.3. Résistance par dérépression de gène
IV. Mécanisme de résistance aux β-lactamines
IV.1. Résistance par production d’enzymes
IV.2. Résistance non enzymatique aux β-lactamines
Deuxième partie : Travail personnel
I. Cadre d’étude
I.1. Présentation du laboratoire de Bactériologie : l’accueil
I.2. La salle d’attente et la salle de prélèvement
I.3. L’unité de bactériologie
I.4. La salle de stérilisation
II. Matériel et méthodes
II.1. Souches bactériennes
II.2. Traitement des produits pathologiques au laboratoire
II.3. Identification des KES
II.4. L’antibiogramme
II.5. Détection des β-lactamases à spectre étendu (BLSE) par la méthode de diffusion par double disque
II.6. Analyse des données
III. Résultats
III.1. Prévalence des KES par rapport aux entérobactéries
III.2. Distribution des KES selon l’âge
III.3. Distribution des KES selon le sexe
III.4. Distribution de la prévalence des souches de KES selon l’espèce
III.5. Distribution des souches de KES selon l’origine
III.6. Distribution de la prévalence des KES selon le produit pathologique
III.7. Distribution de la prévalence des souches KES selon le service d’accueil
III.8. Profils de sensibilité des souches de KES aux antibiotiques
IV. Discussion
V. Recommandations
Conclusion
Références bibliographiques
