Soutenance mémoire
L’observation des grands singes dans leurs habitats naturels à travers le tourisme prend de plus en plus de l’ampleur. Cette activité bénéfique est présente en Afrique au Parc National de Kahuzi- Biega en République Démocratique du Congo (YAMAGIWA et al, 2005) ; en Ouganda au Parc National impénétrable de Bwindi (KALEMA, 2004). Au Gabon, la forte densité des gorilles dans le Parc National de Moukalaba Doudou (TAKENOSHITA et al, 2010), fait de lui un atout majeur. Cependant l’écotourisme basé sur les observations directes des grands singes par une grande proximité entre ces animaux et les hommes augmentent l’incidence des épidémies de zoonoses qui peuvent entraîner la diminution des populations. (PUSEY et al, 2008) .
Ces zoonoses peuvent être émergentes ou non, leurs réservoirs se trouvent dans la faune sauvage qui exprime rarement ou jamais la maladie (DASZAK et al, 2001). Ainsi, dans le cadre de la mise en œuvre des activités touristiques, il serait important de connaître ces pathogènes de la faune sauvage, de caractériser leur rapports avec l’homme pour mieux proposer des stratégies de contact sanitaire sécurisé. C’est dans cette optique que la présente étude a été entreprise. Elle s’inscrit dans le cadre d’un projet de conservation de la biodiversité en forêt tropicale à travers la coexistence durable entre l’homme et l’animal (PROCOBHA) qui va, à terme proposer un écotourisme basé sur la connaissance scientifique centrée sur l’observation des grands singes (gorilles et autres ) dans le Parc National de Moukalaba Doudou du Gabon. En effet, pour réaliser cet écotourisme, il est important de préciser les conditions de contamination entre les hommes et les gorilles (FUJITA ,2008 ; CIPOLLETTA ,2009). Mais l’atteinte de cet objectif passe par l’étude de certains pathogènes zoonotiques qui pourraient avoir un impact négatif sur ces animaux et sur les hommes (villageois, pisteurs, chercheurs, touristes…) tels que les Campylobactéries agents de zoonose.
Campylobacter, est responsable de toxi-infection alimentaire chez l’homme. Ce dernier se contamine par ingestion d’aliments contaminés, mais aussi par contacts direct avec un réservoir humain, hydrotellurique ou animal (SHANE, 1992). Différents auteurs ont rapporté la présence de Campylobacter dans le tractus intestinal de nombreuses espèces animales domestiques et sauvages (BERNDTSON et al, 2000). Une étude réalisée en Ouganda (NIZEYI, et al 2001) a rapporté une prévalence de 19% de Campylobacter isolés à partir des fèces de Gorille de Montagne.
GENERALITES SUR CAMPYLOBACTER ET LE PARC NATIONAL DE MOUKALABA DOUDOU
GÉNÉRALITÉS SUR LES CAMPYLOBACTERIES
Définition
Campylobacter (du grec campylo = incurvé et bacter = bacille), est une bactérie très largement présente dans le tube digestif des Hommes et des Animaux. Campylobacter est un genre de bactérie à Gram négatif, micro-aérophile, oxydase positive, non sporulant, provoquant des intoxications alimentaires. Campylobacter est considéré comme sources de zoonose mineure et comme étant l’une des causes bactériennes de gastroentérite après les salmonelles dans le monde. Les infections dues à Campylobacter sont rares et/ou bénignes, et curables.
Classification
Règne : Bacteria
Embranchement : Proteobacteria
Ordre : Campylobacterales
Famille : Campylobacteraceae
Genre : Campylobacter
Genre : Arcobacter.
La catalase permet de diviser le genre Campylobacter en deux groupes :
Groupe catalase négative
Les espèces qui forment ce groupe ne sont pas pathogènes pour l’homme. Campylobacter sputorum est subdivisé en trois sous espèces :
✦ Subspecies sputorum, trouvée dans la flore buccale normale ;
✦ Subspecies bubulus, trouvée dans les sécrétions préputiales du taureau ;
✦ Subspecies mucosalis, isolée d’adénomes intestinaux du porc (AVRIL, 1992 KLAILOVA, 2000).
Groupe catalase positive
Dans ce groupe, on distingue :
✦ Campylobacter fetus, avec deux sous espèces, à savoir :
– Campylobacter fetus subspecies fetus, responsable de septicémies chez les immunodéprimés. Il est aussi pathogène pour les bovins et les ovins.
– Campylobacter fetus subspecies venerealis, responsable des avortements et de la stérilité des animaux.
✦ Campylobacter jejuni. Il est aujourd’hui reconnu comme une bactérie fréquemment responsable de diarrhées chez l’homme.
✦ Campylobacter coli. Il est proche de Campylobacter jejuni et a un pouvoir pathogène identique (LARPENT et al, 2000).
Autres espèces
Récemment reconnues, d’autres espèces sont rattachées au genre Campylobacter :
✦ Campylobacter laridis, fréquent chez les mouettes ;
✦ Campylobacter fecalis, trouvé chez les animaux, mais pas chez l’homme ;
✦ Campylobacter hyointestinalis. Il donne des entérites chez et le porc.
Le Campylobacter cryaerophila et le Campylobacter nitrofigilis n’ont été trouvés que dans l’environnement. Campylobacter pylori ou Campylobacter pyloridis, souvent associés à des lésions de la muqueuse de l’estomac, est aujourd’hui classé dans le genre Helicobacter (AVRIL et al, 1992). Au total, dix sept espèces et six sous espèces sont assignées au genre Campylobacter.
Morphologie et structure de Campylobacter
Morphologie
Les Campylobactéries sont des bacilles à Gram négatif, fins et incurvés de 0,2 à 0,5 micron de diamètre sur 1 à 8 microns de long. Ils se présentent sous plusieurs formes : en virgule, en S, en hélice ou en spirale. Ils présentent une ou plusieurs ondulations (Figure1) . Après plusieurs jours de culture, apparaissent des formes arrondies ou coccoides (0,5 micron de diamètre) se colorant plus faiblement (FEDERIGHI, 1999) .
Structure
Le flagelle
Les Campylobactéries possèdent un unique flagelle polaire de 20 nm de diamètre, mais peuvent avoir un flagelle à chaque pole dans les stades de pré-division. Ces flagelles assurent une mobilité, car c’est un facteur très important dans l’identification: mobilité très caractéristique et très rapide (en- vol de moucherons). L’ultrastructure d’un flagelle, en microscopie électronique, montre un corps basal, un crochet et un filament flagellaire qui sont autant d’unités antigéniques. Le corps basal est semblable à celui de nombreuses bactéries à Gram négatif formé de 4 anneaux et 1 core. Le filament flagellaire est formé de flagelline polymérisée. Le flagelle est épais et non engainé. La fonction principale du flagelle est d’assurer la mobilité au germe, mais des travaux ont montré qu’il joue aussi un rôle dans la colonisation du tractus digestif des hommes et des animaux (FEDERIGHI, 1999 ; MEKKAOUI, 2008- 2009).
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Table des matières
INTRODUCTION
PREMIERE PARTIE : GENERALITES SUR CAMPYLOBACTER ET LE PARC NATIONAL DE MOUKALABA DOUDOU
CHAPITRE I – GÉNÉRALITÉS SUR CAMPYLOBACTER
I-1- Définition
1.2-Classification
1.2-1. Groupe catalase négative
1.2-2. Groupe catalase positive
1.2-3. Autres espèces
1.3 – Morphologie et structure de Campylobacter
1.3-1. Morphologie
1.3-2. Structure
1.3-2.1. Les flagelles
1.3-2.2 Les enveloppes cellulaires
1.3.2.3 Le cytoplasme
1.3-2.4. L’appareil nucléaire et le plasmide
1.3-3. Biologie de Campylobacter
1.3-3.1. Ecologie
1.3-3.2. Conditions de culture
1.3-3.2.1. Conditions respiratoires
1.3.3.2.2. Température d’incubation
1.3-3.2.3. pH
1.3-3.2.4. Chlorure de sodium (Nacl)
1.3-3.2.5. Durée d’incubation
1.3-3. 3. Milieux de culture
1.3-3.4.Aspect de cultures
1.3-4.Caractères biochimiques
1.3.5. Caractères antigéniques
1.4 – Pouvoir pathogène
1.5. Epidémiologie
1.5.1. Sources et matières virulentes
1.5.2. Réceptivité et sensibilité
1.5.2.1. Facteurs intrinsèques
1.5.2.2. Facteurs extrinsèques
1.5.3. Mode de transmission
1.5.4. Evolution dans l’espace
1.5.5. Evolution dans le temps
1.6. Diagnostic
1.6-1. Sur le terrain
1.6-1.1. Les éléments épidémiologiques
1.6-1.2. Les éléments cliniques
1.6-1.3 Diagnostic différentiel
1.6-1.3.1 Les infections bactériennes
1.6.1.3.2 Les infections virales
1.6.1.3.3. Les infestations parasitaires
1.6-2.1 L’examen direct au microscope
1.6-2.3 L’épreuve basée sur la capture antigénique
1.6-2.4. La P.C.R
1.6-2.5 Les épreuves sérologiques
1.7. Traitement
1.7.1. Les molécules utilisées
1.7-2 Résistance des Campylobactéries aux antibiotiques
CHAPITRE II : GÉNÉRALITÉS SUR LE PARC NATIONAL DE MOUKALABA DOUDOU (PNMD)
2.1. Historique et présentation des Parcs du Gabon
2-1-1 L’histoire des Parcs Nationaux
2-1-2 Présentation des Parcs Nationaux du Gabon
2.2. Création du PNMD
2.3. Relief
2.4. Climat et végétation
2.4.1. Climat
2.4.2. Végétation
2.5. Hydrographie
2.7-Les moyens et grands mammifères de la partie Nord du PNMD
DEUXIEME PARTIE: TRAVAIL EXPERIMENTAL
CHAPITRE 1 : CADRE – MATERIEL ET METHODES DE L’ETUDE
1.1. Cadre de l’étude : La zone Boutsiana
1.1.1. Situation géographique
1.1.2. Population cible : Les Gorilles de l’espèce Gorilla gorilla gorilla
1.1.2.1. Classification des Gorilles
1.1.2.2. Population de gorilles ressources : le groupe Gentil (GG)
1.1.2.3. Habitat des gorilles de la zone Boutsiana
1.1.2.4- Régime alimentaire des gorilles de la zone Boutsiana
1.1.2.5- Activités des Gorilles
1.2. Les objectifs de l’étude
1.2.1. L’ objectif général
1.2.2. Objectifs spécifiques
2.1. Matériel et méthodes
2.1.1. Matériel
2.1.1.1. Matériel biologique
2.3.1.2. Matériel utilisé sur le terrain
2.3.1.3. Matériel utilisé au laboratoire
2.3.1.3.1. Matériel d’analyse
2.3.1.3.2. Milieu de culture
2.3.1.3.3. Réactifs
2.3.1.3.4. Matériel de lecture
2.3.2. Méthodes
2.3.2.1. Période de la collecte des crottes
2.3.2.2. Collecte de crottes
2.3.2.3. Examens de laboratoire
2.3.2.3.1. Coproculture
2.3.2.3.1.1. Isolement
2.3.2.3.1.2. Repiquage et purification
2.3.2.3.1.3 Identification
2.3.2.4. Recherche de la résistance aux antibiotiques
CHAPITRE 2: RESULTATS- DISCUSSION- RECOMMANDATIONS ET PERSPECTIVES
2.1 RESULTATS
2.1.1 Prévalence des souches de Campylobacter
2.1.2 Résistance aux antibiotiques
2.2 DISCUSSION
2.3 RECOMMANDATIONS ET PERSPECTIVES
CONCLUSION GENERALE
