Soutenance mémoire
Les infections sexuellement transmissibles (IST) sont des maladies provoquées par des microbes (virus, bactéries, parasites) qui passent d’une personne à l’autre au cours des relations sexuelles. Selon les estimations de l’OMS, on enregistre chaque année dans le monde 448 millions de nouveaux cas d’IST guérissables (syphilis, gonorrhée, chlamydiose et trichomonase) chez des adultes âgés de 15 à 49 ans. Ces IST posent un problème majeur de santé avec l’infection par le virus de l’immunodéficience humaine [89]. La méconnaissance du diagnostic et l’absence de traitement des IST dès le début de la maladie peuvent être à l’origine de complications et de séquelles graves, notamment infécondité, perte du fœtus, grossesse extra-utérine, cancer ano-génital et décès prématuré, ainsi que des infections du nouveau-né et du nourrisson. Pour mieux prendre en charge ses IST, il est souhaitable de développer des stratégies de diagnostic rapides et fiables qui couvriront à la fois la contrainte du grand nombre et le besoin de sûreté des résultats. L’évolution des outils de biologie moléculaire a permis des progrès sans précédents dans les cas de diagnostic des infections à Neisseria gonorrhoeae et à Chlamydia trachomatis, durant les enquêtes à grande échelle, [25]. Il est désormais possible de diagnostiquer ces infections rien qu’à partir des urines des patients, rendant ainsi les prélèvements moins contraignants par rapport aux méthodes classiques. La mise en évidence des bactéries peut se faire en quelques heures seulement par la détection de l’ADN.
Les techniques moléculaires manuelles requièrent du temps et peuvent livrer des résultats faussement positifs ou négatifs [73]. Il existe en effet un important risque de contamination croisée ou de dégradation des acides nucléiques lors des manipulations au cours de la réaction de polymérisation en chaîne communément appelée PCR.
Les techniques moléculaires automatiques s’affranchissent de toutes ces contraintes. Plusieurs études ont montré qu’elles sont les meilleures dans le diagnostic surtout précoce des infections à C. trachomatis et à N. gonorrhoeae [59]. Les plus utilisées sont basées sur la PCR qui a l’avantage d’avoir une grande sensibilité, une grande spécificité ainsi qu’une bonne fiabilité et reproductibilité des résultats [81]. Cependant, depuis leur mise en œuvre, ces techniques moléculaires ont beaucoup évolué jusqu’à l’avènement des techniques de PCR en temps réel comme le nouveau système m2000 Abbott de diagnostic des infections à Neisseria gonorrhoeae et à Chlamydia trachomatis qui a été récemment introduit dans les laboratoires.
En outre en matière de santé, les erreurs de diagnostic qui souvent ne manquent pas,peuvent être fatales et irréversibles vis-à-vis des conséquences médicales et psychosociales qu’elles engendrent. En effet, au laboratoire, chaque étape comporte un risque d’erreur, depuis la collecte du prélèvement jusqu’au rendu du résultat. Les erreurs résultent souvent de l’association de plusieurs facteurs, l’erreur initiale étant aggravée par l’absence de vérification au laboratoire. Cette vérification passe par les programmes de contrôle de qualité qui jouent un rôle indispensable dans ce processus de vérification de la fiabilité d’un résultat d’analyse et d’évaluation des performances.
GENERALITES SUR LES CONTROLES DE QUALITE
Les laboratoires d’analyses sont au service du clinicien et donc du malade. De plus en plus, et pour de nombreuses raisons, médicales ou non médicales, le clinicien a recours à l’analyse biologique. Il le fait le plus souvent pour obtenir un ou des élément(s) complémentaires de son diagnostic. Le médecin exigera donc du biologiste des mesures fiables, imposant une qualité constante, vérifiée en permanence par la mise en œuvre d’un contrôle de qualité interne et externe [57]. Ainsi ce contrôle de qualité est maintenant devenu une notion bien ancrée dans la pratique des laboratoires d’analyses de biologie médicale. C’est un outil de travail pour tous les laboratoires et un élément essentiel de toute démarche d’assurance qualité [80, 86]. Les laboratoires d’analyses de biologie médicale doivent avoir une parfaite maîtrise des « dispositifs médicaux de diagnostic in vitro » afin d’assurer la qualité de leurs résultats analytiques [4]. C’est l’ensemble du système analytique qui comprend l’instrument, la méthode, les réactifs, les matériaux d’étalonnage (étalons ou calibrateurs) que la directive européenne 98/79/CE regroupe sous le vocable de dispositifs médicaux de diagnostic in Vitro [26].
Quelques définitions
La qualité
La qualité est l’aptitude d’un produit à satisfaire les besoins exprimés ou implicites de l’utilisateur. Dans le domaine de la biologie médicale, c’est l’adéquation entre les moyens mis en œuvre et les informations attendues par le médecin prescripteur, ainsi que les attentes du patient [57].
L’assurance qualité
C’est l’ensemble des actions préétablies et systématiques nécessaires pour qu’un produit ou un service satisfasse aux exigences de qualité. Dans le domaine de la biologie médicale, l’assurance qualité permet de maîtriser l’organisation des tâches conduisant à la qualité. Elle couvre les étapes pré-analytiques, analytiques et postanalytiques [57].
Évaluation Externe de la Qualité (E.E.Q.)
Elle correspond au contrôle par un organisme extérieur, de la qualité des résultats fournis par un laboratoire. Ce contrôle rétrospectif permet une confrontation interlaboratoires en vue d’améliorer la qualité du travail de l’ensemble des participants. L’organisme extérieur envoie les mêmes échantillons aux différents laboratoires, collecte les résultats obtenus, en fait une analyse puis transmet les commentaires aux laboratoires participants [7].
Contrôle de Qualité Interne
Il s’agit de l’ensemble des procédures mises en œuvre dans un laboratoire en vue de permettre un contrôle de qualité des résultats des analyses au fur et à mesure de leur exécution [7].
Objectif des systèmes d’EEQ pour les laboratoires
L’objectif des systèmes d’EEQ est de donner la confiance aux clients (patients et prescripteurs) autant qu’aux personnels du laboratoire. Le véritable sens du contrôle de qualité est d’assurer la fiabilité des résultats d’analyses biologiques afin de permettre aux cliniciens d’établir un bon diagnostic et d’assurer des traitements adéquats aux patients. Les systèmes d’EEQ ont également pour objectif de :
● Déterminer la performance des laboratoires et surveiller la continuité de leurs performances ;
● Effectuer des comparaisons entre de nouveaux et d’anciens dispositifs médicaux de diagnostic in Vitro [42, 67] ;
● Démontrer la faisabilité du transfert des procédures analytiques entre laboratoires ;
● Mettre en évidence les difficultés et déficiences dans leur fonctionnement ;
● Assurer l’éducation des fournisseurs et utilisateurs quant aux avantages et limites des différents méthodes, instruments et automates [42, 67] ;
● Identifier la Non-Qualité et y remédier [29] ;
● Garantir que les performances des méthodes soient en adéquation avec les besoins cliniques [29] ;
Buts d’un contrôle de qualité
Le contrôle de qualité a pour buts de :
● Réduire les coûts dus aux faux rejets (valeurs attendues mal définies), aux répétitions inutiles (patients, contrôles) et aux retards du diagnostic suite à une défaillance du système ;
● Donner la garantie au patient d’obtenir des résultats parfaitement comparables indépendamment du choix du laboratoire ;
● Exploiter au maximum les résultats obtenus aux contrôles internes et externes grâce à une bonne analyse statistique et permettre des recoupements entre laboratoires et méthodes ;
● Donner une image de marque et de marketing.
GENERALITES SUR LES INFECTIONS A CHLAMYDIA TRACHOMATIS
GENERALITES
Historique
Les Chlamydiae ont été découvertes en 1907 dans des frottis conjonctivaux de patients atteints de trachome par Halberstadt et Von Prowazek. Elles ont longtemps été considérées comme des parasites puis des virus [13]. En 1910, Linder individualisa des inclusions intra-cytoplasmiques dans les cellules épithéliales de l’urètre. Ces inclusions étaient identiques à celles observées par Halberstadt et Von Prowazek. Elles furent aussi retrouvées dans les conjonctivites des nouveau-nés et dans le col de l’utérus de leur mère. Linder émit l’hypothèse que le trachome, les conjonctivites, les cervicites et les urétrites à inclusion pourraient être causés par le même agent infectieux [16]. En 1930, lors de la grande épidémie qui sévissait en Europe, principalement en Allemagne, Bedson mit en évidence, dans les macrophages de souris inoculées par voie intra-péritonéale avec des crachats de sujets atteints de pneumopathie grave, des inclusions semblables à celles du trachome. En 1940, Rake et Jones décrivirent ces mêmes inclusions dans certaines cellules obtenues par ponction de ganglions hypertrophiés d’un malade atteint de lymphogranulomatose vénérienne. La culture sur milieux bactériologiques acellulaires étant impossible et la coloration étant violette après Giemsa, l’agent pathologique fut désigné sous le nom de« virus basophile« ou de « bedsonia« . Les chlamydiae furent identifiées à la suite des travaux de Moulder, comme des bactéries[66].
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Table des matières
INTRODUCTION
Chapitre I : GENERALITE SUR LES CONTROLE DE QUALITE
1. Quelques définitions
1.1. La qualité
1.2. L’assurance qualité
1.3. Évaluation Externe de la Qualité (E.E.Q.)
1.4. Contrôle Qualité Interne (C.Q.I.)
2. Objectif des systèmes d’EEQ pour les laboratoires
3. Buts d’un contrôle de qualité
4. Outils statistiques d’évaluation de la qualité d’un test
CHAPITRE II: GENERALITES SUR L’INFECTION A CHLAMYDIA TRACHOMATIS
1. Généralités
1.1. Historique
1.2. Taxonomie
1.3. Caractères bactériologiques
1.3.1. Morphologie
1.3.2. Habitat et cycle de multiplication
1.3.3. Phase de pénétration et internalisation du corps élémentaire
1.3.4. Phase de multiplication
1.3.5. Phase de libération
1.4. Structures antigéniques
1.4.1. Antigène de genre ou LPS
1.4.2.Antigène spécifique d’espèces
1.4.3.Antigènes spécifiques de types
1.4.4. Les immunotypes
1.4.5. Pouvoir pathogène
2. Manifestations cliniques
2.1. Le trachome
2.1.1. Epidémiologie du trachome
2.1.2. Symptomatologie du trachome
2.2. Les infections uro-génitales
2.2.1. Transmission et la prévalence de Chlamydia trachomatis
2.2.2. Manifestations cliniques
2.2.3. Evolution et complications
2.2.4. Les infections néonatales
2.3. La lymphogranulomatose vénérienne ou maladie de Nicolas Favre
2.3.1. Epidémiologie
2.3.2. Symptomatologie
2.4. Réponse immune à Chlamydia
3. Diagnostic biologique des infections à Chlamydia trachomatis
3.1. Le prélèvement, transport des prélèvements et conservation
3.2. Examen microscopique direct
3.3. Isolement de Chlamydia trachomatis en culture cellulaire
3.4. Méthodes rapides et directes de détection d’Ag de C. trachomatis
3.5. Détection d’anticorps sériques
3.6. Diagnostic moléculaire
4. Traitement et prévention
4.1. Sensibilité de Chlamydia trachomatis
4.2. Traitement
4.3. Prévention
Chapitre III: INFECTION A NEISSERIA GONORRHOEAE
1. Généralités
1.1. Définition
1.2. Historique
1.3. Classification
1.4. Caractères bactériologiques
1.4.1. Morphologie
1.4.2. Caractères culturaux
1.4.3. Caractères biochimiques
1.4.4. Structures antigéniques
2. Epidémiologie
2.1. Transmission
2.2. Prévalence
3. Manifestations cliniques
3.1. La blennorragie
3.1.1. Chez l’homme
3.1.2. Chez la femme
3.2. Les complications et les formes extra-génitales
3.2.1. Evolution et complications
3.2.2. Autres complications susceptibles de survenir après une gonococcie
3.2.3. Cas particuliers
3.3. Immunité et réponses immunitaires
4. Diagnostic biologique de la gonococcie
4.1. Les prélèvements
4.1.1. Chez l’homme
4.1.2. Chez la femme
4.1.3. Les prélèvements dans les deux sexes
4.2. Examen microscopique direct
4.3. La culture
4.4. Diagnostic moléculaire
5. Traitement et Prévention
5.1. Traitement
5.1.1. Etude de la sensibilité de la bactérie
5.1.2. Schémas thérapeutiques
5.2. Prévention
Chapitre IV: DIAGNOSTIC MOLECULAIRE DES INFECTION A CHLAMYDIA TRACHOMATIS ET A NEISSERIA GONORRHOEAE
1. Les types de prélèvement
2. Avantages et contraintes des techniques de biologie moléculaire
3. Les différentes techniques
3.1. Hybridation moléculaire
3.1.1. Détection des ARN de C. trachomatis
3.1.2. Détection de l’ARN de Neisseria gonorrhoeae
3.2. Techniques utilisant l’amplification des acides nucléiques
3.2.1. La ligase Chain Reaction (LCR)
3.2.2. La Transcription Mediated Amplification (TMA)
3.2.3. La polymérase Chain Reaction (PCR)
CONCLUSION
