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Généralité sur les chauves-souris
Chauves-souris
Les chauves-souris sont présentes dans presque toute la partie de la Terre à l’exception des zones Arctique, Antarctique et de certaines îles océaniques éloignées. Elles regroupent 1120 espèces constituant environ un cinquième des mammifères décrits sur notre planète (1). Dans plusieurs campagnes du monde, les chauves-souris sont les constituants majeurs de la biodiversité des mammifères; dans certaines îles océaniques, elles sont même les seuls mammifères indigènes et ainsi pourraient jouer un rôle comme espèces clés dans l’écosystème (4). Certains facteurs liés au mode de vie et à l’écologie des chiroptères participent au maintien de la circulation des virus et d’autres agents pathogènes chez eux. En effet, une connaissance générale sur ces points est essentielle dans l’étude de la circulation des virus chez ces animaux.
Du point de vue moléculaire, l’ordre des chiroptères se subdivise en 2 sousordres : Yinpterochiroptera incluant les Mégachiroptères et 5 familles de Microchiroptères (Craseonycteridae, Hipposideridae, Megadermatidae, Rhinopomatidae et Rhinolophidae) et Yangochiroptera incluant tous les Microchiroptères à l’exception des 5 familles précédentes. Comme alternative, des chercheurs ont proposé le terme Ptéropodiformes qui remplacerait Yinpterochiroptera et le terme Vespertilioniformes qui remplacerait Yangochiroptera.
Morphologie
La taille et le poids des chauves-souris sont très diversifiés. La plus petite est la Craséonycte de Thaïlande de la famille des Craseonoycteridae (2g, 3cm et une envergure des ailes déployées de 15cm). Le genre Pteropus renferme les plus grands des renards volants. Parmi les plus grandes se trouve la Roussette de Malaisie : Pteropus vampirus même s’il pourrait être quelques fois excédé par Acerodon jubatus dont l’envergure des ailes déployées atteint 1,550 mètre et d’un poids de 900 à 1200g .
Distribution géographique
Les chiroptères sont cosmopolites. Ils sont présents dans presque toute la partie de la Terre, excepté les zones très froides comme l’Arctique et l’Antarctique, et aussi dans certaines îles océaniques (5). Le nombre d’espèces augmente au fur et à mesure vers l’équateur, là où la nourriture est de plus en plus disponible et de types variés. Ainsi environ 120 espèces se trouvent dans la partie Nord de l’Amérique du Sud, mais seulement environ 45 espèces dans toute l’Amérique du Nord. Certaines régions ont une grande diversité particulière : par exemple, approximativement 100 espèces de chauves-souris sont présentes en Asie du Sud-est, mais seulement une soixantaine en Afrique centrale et un nombre similaire en Australie. Moins d’espèces se trouvent dans les petites îles que dans les larges continents. Ainsi, l’Europe possède en tout à peu près 30, la Grande Bretagne 16 et l’Irlande seulement 7 espèces. Chaque espèce est limitée dans leurs zones par la disponibilité de la nourriture, la température et leur site de repos; mais certaines espèces peuvent être trouvées sur une zone très étendue. Par exemple la chauve-souris Daubenton, Myotis daubentonii, a été trouvée à travers l’Europe et vers l’Est jusqu’au Japon ; Miniopterus schreibersii, se déplace de l’Europe du Sud jusqu’en Afrique du Sud, à l’Est du Japon et en Australie du Sud. D’autres espèces, par contre, n’ont qu’un petit domaine. Un certain nombre de renards volant sont limités sur quelques îles tropicales au milieu des océans, comme les chauves-souris frugivores de Rodrigues, Pteropus rodricencis, qui ne se trouvent que sur l’île Rodrigues dans l’Océan Indien.
Chauves-souris de Madagascar
Origine
La majorité des genres de chauves-souris de Madagascar sont probablement d’origine Africaine et Asiatique. En effet, d’après les données fossiles, la première apparition de chauve-souris à Madagascar se situe à environ 100 millions d’années après la séparation de Madagascar des autres masses terrestres avec lesquelles il formait le grand continent ou Gondwana. La seule explication plausible de l’apparition des chauves-souris à Madagascar serait donc qu’elles seraient venues en volant par-delà les océans à partir d’autres régions de la planète dont les plus proches sont le continent Africain et Asiatique. Ce qui justifierait également le fait que les espèces rencontrées à Madagascar sont d’excellentes voleuses. Les chauves-souris venant de l’Afrique auraient donc colonisées Madagascar en traversant le Canal de Mozambique et ceux d’origine asiatique en traversant l’Océan Indien occidental .
Différentes espèces et leur distribution
Les chauves-souris sont connues sous plusieurs noms suivant les différentes régions de la grande île. Dans la plupart des régions, les chauves-souris de petite taille sont généralement appelées « Ramanavy » et celles de plus grande taille « Fanihy ».
Vers la fin de l’année 2010, 43 espèces de chauves-souris ont été répertoriées à Madagascar dont 31 sont endémiques (72%). Par rapport aux autres grandes îles, ce niveau d’endémisme est très élevé : Bornéo qui est la 3ème plus grande île compte 92 espèces de chauves-souris dont 5 sont endémiques (environ 5%) ; Australie compte 75 espèces de chauves-souris dont 48 sont endémiques (64%). Ces observations permettent de conclure que la faune de chauves-souris de Madagascar est unique (1). Quant à leur distribution, on rencontre plus d’espèces de chauves-souris dans la partie Ouest de la grande île par rapport à la partie Est et cela pour deux raisons :
– la région Ouest contient des roches sédimentaires calcaires ou gréseuses érodées par l’eau avec de nombreuses crevasses, des abris sous roches et des grottes qui offrent des gîtes idéaux pour la journée. De plus, la complexité des grottes (longueur, aspects des couloirs, taille de l’entrée) fournit différents micro-habitats pour les chauves-souris ;
– les précipitations fréquentes et intenses dans la région Est gênent le déplacement des chauves-souris et la capture des insectes volants, principale source de nourriture .
Chauves-souris et la chasse
A Madagascar, les Pteropodidae font partie des viandes sauvages (bush meat) et figure dans le menu des restaurants. Durant ces dernières années, de plus en plus d’espèces de chauves-souris sont consommées surtout les plus grosses pour leur grande valeur nutritive. En période de soudure ou de famine, elles constituent une source de protéine d’urgence. En effet, avant l’arrivée de la saison fraîche et sèche, les animaux accumulent beaucoup de graisse, ce qui coïncide avec la rareté de la nourriture dans les régions sèches de l’île (1). En outre, les chauves souris sont chassées et vendues au marché comme source d’argent pour le chasseur. Leur viande est très appréciée donc la vente n’est pas difficile. Un Pteropus rufus (Fanihy) moyen se vend environ à trois milles ariary. Certaines espèces sont également capturées puis cuites et offertes comme nourriture aux animaux surtout les porcins (1). A part leur chasse pour constituer de la nourriture, les chauves-souris sont également persécutées par l’homme à cause des nuisances qu’elles occasionnent : quand elles s’accumulent dans les constructions humaines, leurs déjections, leurs urines et leurs parasites externes nuisent à la santé humaine. De plus, les cultivateurs de litchi les piègent car elles mangent les fruits en train de mûrir.
Les impacts de cette chasse et les perturbations de leur gîte entraînent des graves conséquences telles que l’abandon des grottes, voire même le déclin des espèces car leur taux de reproduction est très faible .
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Table des matières
INTRODUCTION
Première partie : REVUES BIBLIOGRAPHIQUES
I. Généralité sur les chauves-souris
I.1. Chauves-souris
I.2. Morphologie
I.3. Distribution géographique
II. Chauves-souris de Madagascar
II.1. Origine
II.2. Différentes espèces et leur distribution
II.3. Chauves-souris et chasse
III. Chauves-souris et virus
III.1. Chauves-souris, hôtes réservoirs de virus
III.2. Immunologie chez les chauves-souris
III.3. Virus détectés et isolés chez les chauves-souris
IV. Lyssavirus
IV.1. Généralité sur les infections par les lyssavirus
IV.2. Taxonomie
IV.3. Différents génotypes
IV.4. Caractéristiques
IV.4.1. Morphologie
IV.4.2. Organisation structurale
IV.4.2.1. Nucléocapside
IV.4.2.2. Enveloppe
IV.5. Multiplication virale
IV.6. Epidémiologie
IV.7. Pathogenèse
IV.8. Immunité
IV.9. Mode de transmission
IV.10. Symptômes
IV.11. Diagnostic
IV.12. Traitement et prophylaxie
IV.12.1. Traitement
IV.12.2. Prophylaxie
V. Réaction de polymérase en chaîne (PCR)
V.1. Historique et applications
V.2. But et principe
V.3. Eléments indispensables à la PCR
V.4. Différentes étapes d’une PCR
Deuxième partie: MATERIELS ET METHODES
MATERIELS
I. Matériels pour la capture et la collecte de prélèvements sur les chauves-souris
II. Matériels pour le diagnostic de laboratoire
METHODES
I. Capture et collecte de prélèvements sur les chauves-souris
I.1. Préparation des matériels de prélèvement
I.2. Capture des chauves-souris
I.2.1. Sites de capture des chauves-souris
I.2.2. Techniques de capture
I.2.2.1. Capture de Pteropus rufus
I.2.2.2. Capture de Rousettus madagascariensis
I.3. Collecte de prélèvements sur les chauves-souris
I.3.1. Préparation du mini laboratoire de prélèvement
I.3.2. Techniques de prélèvement et natures des prélèvements
I.3.3. Conservation des prélèvements
I.4. Relâchement des chauves-souris
II. Diagnostic de laboratoire
II.1. Broyage et homogénéisation de caillots sanguins
II.1.1. Préparation du milieu de broyage
II.1.2. Préparation des matériels
II.1.3. Préparation des échantillons (sous une PSM II)
II.1.4. Broyage et l’homogénéisation proprement dit
II.1.5. Centrifugation
II.1.6. Récolte du surnageant
II.2. Constitution de pools
II.2.1. But
II.2.2. Principes
II.3. Extraction de l’ARN viral
II.3.1. Extraction d’ARN par le kit Quia gène
II.3.2. Extraction d’ARN au TRIzol LS
II.3.2.1. Réactifs TRIzol et TRIzol LS
II.3.2.2. Isolation de l’ARN viral avec le TRIzol LS
II.3.3. Extraction par le LabTurbo
II.3.4. Comparaison de la sensibilité de l’extraction au TRIzol LS et l’extraction au LabTurbo
II.3.5. Comparaison de la sensibilité de l’extraction au kit Quia gène QIAamp et l’extraction au LabTurbo
II.4. RT-PCR Nichée lyssavirus
II.4.1. Transcription inverse (RT)
II.4.2. PCR
II.4.3. Bêta actine (ß actine)
II.4.4. PCR nichée (nested PCR)
II.5. Electrophorèse
II.5.1. Principe
II.5.2. Support de migration
II.5.3. Milieu de migration
II.5.4. Révélation de l’ADN
II.5.5. Interprétation
II.6. Purification des produits PCR
II.7. Séquençage
Troisième partie: RESULTATS
I. Captures et prélèvements
II. Comparaison de l’extraction au LabTurbo, au kit Quia gène QIAmp et au TRIzol LS
III. PCR-nested Lyssavirus
Quatrième partie: DISCUSSION
RECOMMANDATIONS
CONCLUSION
BIBLIOGRAPHIE
ANNEXES
