Examen cyto-bactériologique des urines

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Vessie

La vessie est un réservoir musculaire dans lequel l’urine venant des uretères s’accumule et séjourne entre deux mictions.
Chez l’homme, elle est située au-dessus du plancher pelvien et de la prostate, en avant et au-dessus du rectum et des vésicules séminales.
Chez la femme, elle est placée au-dessus du plancher pelvien, en avant de l’utérus et du vagin.

Urètre

L’urètre est le canal excréteur de la vessie.
Chez l’homme, il livre aussi au passage du sperme à partir des orifices d’abouchement des canaux éjaculateurs. Il est long et mesure, quand la verge est à l’état de flaccidité, 16 cm de longueur environ. Il commence au col de la vessie et se termine à l’extrémité de la verge.
Chez la femme, il est plus court, s’étend du col de la vessie à la vulve. Sa direction, légèrement oblique en bas et en avant, ste très rapprochée de la verticale et à peu près parallèle à celle du vagin placé derrièrelui. Il mesure 3 cm de long.

Escherichia coli (Annexe 1)

Escherichia coli, germe le plus fréquent rencontré au cours de l’infection urinaire, est un bacille à Gram négatif, oxydase négative, droit, mobile par une ciliature péritriche, de culture aisée, aéro-anaérobie facultatif. Il possède un nitrate réductase révélé par les bandelettes réactives et d’autres zymesen comme la β-glucuronidase et la β-galactosidase mises en évidence par des milieux deculture chromogènes. Il possède des facteurs de virulence propre comme les adhésine , les sidérophores.

Colonisation bactérienne de l’appareil urinaire

Selon la littérature, le mode de contamination de l’urine et de l’appareil urinaire se fait selon trois voies:
– Voie ascendante canalaire ou retrograde ouurogène : la contamination se fait soit spontanément par reflux vésico-uréteral, soitprovoqué par des manœuvres instrumentales.
– Voie hématogène : la contamination se fait à partir d’un foyer infectieux à distance avec atteinte primaire du parenchyme renal.
– Voie lymphatique : la contamination est possible par l’existence de connection entre le côlon et le rein droit et/ou entre l’utérus et les voies urinaires.
Force est de constater que l’infection urinaire communautaire est avant tout une infection ascendante.

Facteurs pathogènes

L’arbre urinaire est normalement stérile. Le sphincter vésico- urétéral et le flux permanent de l’urine assurent la protection du rein contre l’invasion bactérienne. Toutefois, les flores digestive (entérobactérie, Streptocoques, anaérobies), cutanée (Staphylocoques à coagulase négative), et génitale(9) peuvent contaminer l’urètre distal, sans être une infection urinaire. Ces germes sont des commensaux du tractus urinaire si leur quantité est inférieure à 100 UFC/ml.
A cause de la flore digestive normale, réservoir des bactéries, et la présence d’une anomalie fonctionnelle ou organique de l’a ppareil urinaire, le risque d’une infection urinaire est important. En plus, certains facteurs spécifiques de virulence bactérienne favorisent une diffusion rapide de l’infection. L’infection urina ire débute par une colonisation du tube digestif avec une souche uropathogène puis elle gagne les autres régions : l’aire periurétrale, la vessie, l’urètre et enfin les reins.

Facteurs favorisants et facteurs de risque

Certains facteurs favorisent la survenue d’infection urinaire.
En général, les nourrissons ont une immaturité vésicale et une exonération fréquente; les femmes ont un méat urinaire-anus très proche et un urètre très court; les femmes enceintes ont des voies urinaires plus dilatées et les personnes âgées ont des stases urinaires liées au résidu vésical post mictionnel et à la maladie prostatique chez l’homme et des troubles trophiques vaginaux liées à une imprégnation oestrogénique insuffisante chez la femme(10)(11).
Certains états constituent un facteur de risque supplémentaire : la présence de sucre dans les urines chez les diabétiques, l’existence d’une uropathie ou d’un état d’immunodépression chez les enfants(12).

Infection urinaire chez la femme

La cystite, un terme réservé à la femme,se traduit par les brûlures urinaires, la pollakiurie et parfois une hématurie due à un purpura de la muqueuse vésicale voire une rétention urinaire. Il n’y a pas de fièvre (14).
Il faut distinguer la cystite unique ou survenant à intervalles très espacés de la cystite récidivante survenant plus de 3 ou 4 fois dans l’année et dont le dernier épisode s’est passé en moins de 3mois. Ce dernier cas est souvent du à un foyer méconnu de pyélonéphrite, à un traitement mal adapté ou à une anomalie de l’appareil urinaire.

Infection urinaire chez l’homme

La prostatite aiguë, fréquente et facilement méconnue, est souvent consécutive à une infection urétrovésicale ou fait suite à une infection à distance par voie hématogène. Elle associe un tableau infectieux (fièvre brusque à 40°C, frissons et malaise général) et des signes urinaires (pollakiurie, brûlure mictionnelle, dysurie, émission d’urine purulente voire une rétention d’urine). Cependant, ces signes peuvent manquer et conduire à un faux diagnostic source d’un retard de traitement mais le toucher rectal pourrait y remédier en mettant en évidence une prostate douloureuse et oedématiée. Un choc à Gram-négatif peut survenir lors de ces prostatites méconnues négligées et les localisations secondaires à distance sont à craindr e(15).
La forme chronique fait suite à une prostatite aigu ë ou apparait progressivement sans que l’on puisse en dater le début. Elle est associée à des lésions infectieuses de l’urètre et des voies spermatiques. Au toucher, la prostate est hypertrophique, parfois œdémateuse ou pseudo-adénomateuse et surtout douloureuse.
Les infections urinaires masculines sont rarement primitives. Une enquête uro-radiologique est toujours proposée à la recherche d’une anomalie de l’appareil urinaire.

Infections urinaires chez l’enfant

Les signes de l’infection urinaire chez l’enfant s ont légèrement différents. Une infection urinaire néonatale, survenant surtoutchez les garçons, se traduit par une perte de poids, une cyanose, un ictère, un gros foie et parfois une méningite. La recherche d’une uropathie malformative est systématique.
Chez les enfants, les signes sont dominés par la fièvre, les vomissements, l’énurésie, les plaintes ou les pleurs au moment d’uriner. Les uropathies malformatives sont fréquentes et plus particulièrement le refluxvésico-urétéral. Cependant une cystite simple peut survenir chez la petite fille par manque d’hygiène à cet âge (17).

Pyélonéphrites du sujet âgé

Les vieillards, surtout alités, ont fréquemment despyélonéphrites aiguës, qu’ils soient porteurs d’une hypertrophie prostatique ou qu’ils n’aient aucune anomalie urologique. Des septicémies peuvent survenir dans 30% des cas surtout en milieu hospitalier. L’évolution de ces septicémies d’origine urinaire est assez souvent mortelle faute de diagnostic précoce et du retard de prise en charge (18). L’absence de douleurs lombaires et les troubles de la conscience sont source de retard de diagnostic. Ainsi, toute fièvre chez un vieillard alité doit motiver une uroculture.

Pyélonéphrites chez la femme enceinte

La grossesse est un état physiologique d’immunodépression acquise. Les pyélonéphrites gravidiques surviennent essentiellement chez des femmes porteuses d’une bactériurie asymptomatique, la fièvre et l’infection entraînent des contractions utérines qui peuvent aboutir à un accouchement prématuré (19).

Pyélonéphrites des diabétiques

Chez les diabétiques, une bactériurie asymptomatique est fréquente. Elle peut se compliquer de nécrose papillaire. Le tableau est celui d’une pyélonéphrite grave, septicémique souvent indolore en raison d’une neuropathie autonome. Deux signes doivent attirer l’attention: l’hématurie macroscopique et l’élimination dans les urines de fragments tissulaires. La pyélonéphrite peut entraîner une acidocétose, souvent grave imposant une hospitalisation

Bandelette Urinaire

La bandelette urinaire est facile et très utile pour détecter les infections urinaires asymptomatiques. Elle permet d’orienter le diagnostic douteux vers une infection urinaire. Ces bandelettes réactives utilisant des méthodes colorimétriques permettent de déceler la présence des deux stigmates essentiels de l’infection urinaire : la leucocyturie et la bactériurie.
La présence de leucocyte se traduit par l’expression d’une enzyme : la leucocyte estérase qui réagit avec la bandelette lorsque le ombren de leucocyte est supérieur à 10.000 par mm3(20). La présence des bactéries possédant un nitrite réductase est révélée par la positivité du nitrite. Toutefois toutes les bactéries responsables d’une infection urinaire ne sont pas capables d’élaborer de nitrites.
L’ensemble leucocyturie – nitriturie dépiste mieux une infection urinaire. Ces tests ont l’intérêt de permettre un diagnostic plusrapide et d’essayer de limiter le nombre d’ECBU demandé au laboratoire de bactériologie(21).
Certaines conditions doivent être suivies :
– Le test de bandelette urinaire doit être réalisé rsules urines matinales ayant séjourné au minimum 4 heures dans la vessie.
– Les bandelettes doivent être en cours de validitét ebien conservées.
– Le prélèvement doit être représentatif de l’étates dvoies urinaires.
En bref, la bandelette urinaire est un test de dépistage mais pas de diagnostic. Les bandelettes ont une bonne valeur prédictive négative si l’on considère à la fois la négativité des leucocytes et des nitrites.

Examen cytobactériologiques des urines (ECBU)

L’ECBU autorise le diagnostic de certitude de l’in fection urinaire. Il isole le microorganisme responsable et permet de déterminerla sensibilité de la ou des bactéries isolées aux antibiotiques par antibiogramme. Sa réalisation et son interprétation passent par plusieurs étapes à qualité exigeante.

Prélèvement d’urine

La qualité de prélèvement d’urine est essentielle.Ainsi le respect des procédures de prélèvement est fondamental pour permettre l’évaluation et le diagnostic.
L’objectif majeur est de recueillir l’urine vésicale, normalement stérile, en évitant sa contamination lors de la miction par laflore commensale qui colonise l’urètre et la région périnéale. Ainsi, le recueil des urines doit être précédé d’une désinfection soigneuse de la région périnéale au savon et avecnuantiseptique suivie d’un rinçage à l’eau. Il peut se dérouler au laboratoire ou à domicile. Le prélèvement d’urine matinal serait l’idéal pourdeux raisons : les bactéries ont le temps de se multiplier toute la nuit dans la vessie et que le jeûne nocturne augmente la concentration des urines.
En général la technique de prélèvement la plus simple est le recueil des urines au milieu du jet. Elle consiste, après toilette locale des organes génitaux externes, à prélever dans un récipient stérile le second jetd’urines en prenant soin d’éliminer le premier jet souvent contaminé par la flore commensale urétrale et périnéale. Cette technique n’est valable que pour les grands enfants et l’adulte non sondé (22).
Pour les enfants de moins de 3 ans, on utilise un collecteur d’urine ou poche à urine. La poche adhésive doit être enlevée dès émissionl’ des urines et ne doit pas rester en place plus de 30 mn pour réduire le risque de contamination.
Pour les nourrissons et le porteur de sonde urinaire ou devant des résultats douteux persistants après plusieurs prélèvements oulors d’une suspicion des bactéries anaérobies, on fait le prélèvement par ponction suspubienne (23).
D’autres modes de prélèvement comme le sondage ou el cathéterisme sont relégués au second plan.

Conservation et transport des urines

Pour limiter la pullulation microbienne des bactéries contaminantes, un transport rapide et une conservation adaptée sont ndispensables. Il faut tenir compte du délai entre le prélèvement et l’ensemencement, de al température de l’échantillon pendant ce temps et de la rapidité de la multiplication des germes probables.
En théorie, les urines recueillies dans un récipient stérile doivent être ensemencées dans les 20 minutes. Elles ne doivent jamais être conservées plus de 2 heures à température ambiante ou à défaut conservée à 4°C pour une durée maximale de 24 heures. Des milieux de transport contenant de l’acide borique permettent de conserver les urines pendant 48 heures. .

Examen microscopique après coloration de Gram (Annexe 2)

L’examen direct au microscope avec coloration de Gram est une étape capitale pour le diagnostic rapide. Il permet de retrouver des cellules et de reconnaître une bactériurie. L’examen direct doit être fait systématiquement et réalisé en moins d’une heure.
En pratique, la présence de bactéries à l’examen direct après coloration de Gram au fort grossissement (fois 1000) correspond à une bactériurie supérieure à 105UFC (unité formant colonie) par millilitre. La coloration de Gram permet d’orienter d’emblée le traitement antibiotique dans certains cas.
La découverte de cocci à Gram positif en chaînette suggère la possibilité d’une infection à entérocoque.
Des bactéries de forte abondance à l’examen direct avec une culture négative en 24 heures évoque la présence de bactéries ne secultivant pas sur les milieux usuels comme les Corynébactéries, leslactobacilles, Haemophilus ou une infection urinaire décapitée par une prise préalable d’antibiotique.26)(
En cas de discordance majeure entre leucocyturie et bactériurie, un deuxième ECBU pratiqué le lendemain et dans des conditions techniques rigoureuses permet le plus souvent de trancher. En somme, l’absence de leucocyturie et de bactériurie à l’examen direct des urines a une excellente valeur prédictive négative,proche de 100% pour exclure une infection urinaire. L’examen direct doit être faitsystématiquement et réalisé en moins d’une heure.

Type d’étude

Il s’agit d’une étude rétrospective descriptive éaliséer au sein du laboratoire de Bactériologie du CHU-JRA Antananarivo pendant 6 mois durant l’année 2009.
Elle a intéressé les examens cytobactériologiquesdes urines (ECBU) réalisés au laboratoire durant cette période à la recherche d’une infection urinaire.

Population d’étude

Elle est représentée par tous les malades ayant fait l’objet d’une demande d’examens cytobactériologiques des urines quelque soit leur provenance.

Critères d’inclusion 

Ont été retenus les patients qui ont fait une infection urinaire à Escherichia coli lors de l’ECBU.

Variables étudiées

Les variables suivantes ont été étudiées:
· les souches retrouvées.
· la provenance.
· le sexe.
· l’âge.
· les renseignements cliniques.
Les 4 derniers paramètres concernent uniquement les souches d’ E. coli retrouvées Pour affirmer une infection urinaire, il faut analyser les trois paramètres suivants: la leucocyturie, la bactériurie et le type de flore.
Nous avons retenu comme patients faisant une infection urinaire ceux qui ont une leucocyturie ≥ 104 / ml et une bactériurie ≥ 105 UFC/ml et dont la culture est monomorphe.
On a fait le dépouillement de ces paramètres à partir des résultats de registre d’examens cytobactériologiques des urines du laboratoire de Microbiologie du CHU-JRA.

Table des matières

PREMIERE PARTIE : RAPPEL THEORIQUE
1. Définition
2. Epidémiologie
3. Physiopathologie
3.1 Appareil urinaire
3.1.1 Reins
3.1.2 Uretères
3.1.3 Vessie
3.1.4 Urètre
3.2 Germes responsables
3.2.1 Bactéries
3.2.2 Escherichia coli
3.3 Colonisation bactérienne de l’appareil urinaire
3.3.1 Mode de contamination
3.3.2 Facteurs pathogènes
3.3.3 Facteurs favorisants et facteurs de risque
4. Clinique
4.1 Aspect général
4.1.1 Infection urinaire chez la femme
4.1.2 Infection urinaire chez l’homme
4.1.3 Pyélonéphrite aigue
4.2 Aspect particulier selon l’âge et le terrain
4.2.1 Infections urinaires chez l’enfant
4.2.2 Pyélonéphrites du sujet âgé
4.2.3 Pyélonéphrites chez la femme enceinte
4.2.4 Pyélonéphrites des diabétiques
5. Moyens de diagnostic
5.1 Bandelette urinaire
5.2 Examen cyto-bactériologique des urines
5.2.1 Prélèvement d’urine
5.2.2 Conservation et transport des urines
5.2.3 Examen des urines
5.2.3.1 Examen de l’aspect macroscopique
5.2.3.2 Examen microscopique à l’état frais
5.2.3.3 Examen microscopique après coloration de Gram
5.2.4 Culture
5.2.4.1 Dénombrement des bactéries
5.2.4.2 Résultats des cultures
5.2.5 Interprétation de l’ECBU
5.2.6 Antibiogramme
DEUXIEME PARTIE : NOTRE ETUDE
1. Cadre de travail
2. Objectif
3. Matériel et méthodes
3.1 Type d’étude
3.2 Population d’étude
3.3 Critères d’inclusion
3.4 Variables étudiées
4. Résultats
4.1 Données générales
4.2 Données sur les infections à Escherichia coli
4.2.1 Données selon la provenance des prescriptions .
4.2.2 Données selon le sexe
4.2.3 Données selon l’âge
4.2.4 Données selon les renseignements cliniques
4.2.5 Données concernant l’antibiogramme
TROISIEME PARTIE : COMMENTAIRES ET DISCUSSION
1. Données générales
2. Données sur les infections à Escherichia coli
2.1 Selon la provenance des échantillons
2.2 Selon le sexe des patients
2.3 Selon l’âge des patients
2.4 Selon les renseignements cliniques
2.5 Selon l’antibiogramme
3. Suggestions
CONCLUSION
ANNEXE
BIBLIOGRAPHIE

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