Soutenance mémoire
Marqueurs moléculaires utilisés en phylogénie
On peut distinguer deux types de génomes en fonction de leurs localisations dans les cellules eucaryotiques animales: le génome nucléaire (ADNn) et le génome mitochondrial (ADNmt).
Les séquences mitochondriaux
L’ADN mitochondrial (ADNmt) a été utilisé pour étudier l’écologie moléculaire et la phytogéographie depuis 25 ans (Ballard et Whitlock, 2004). Chez les animaux supérieurs, l’ADNmt est une petite molécule circulaire environ 16-20 kb de long (Avise et al., 1987). La présence, dans plusieurs ADNmt, de petits fragments non codants avec des fonctions qui peuvent être aussi régulatrices a été décrit (Boore, 1999). L’ADN mitochondrial a une place importante dans les analyses phylogéniques car il répond, en grande partie, aux caractéristiques du « système idéal » (Avise et al., 1987). Cet ADN s’est montré extrêmement informatif dans les études phylogéographiques, car il ne subit pas de recombinaison et a un taux de mutation rapide (Avise et al., 2000). Son taux de mutation inférieur à 1% par million d’années: il permet de travailler à une échelle de milliers de générations. Il a des caractéristiques spécifiques qui diffèrent de l’ADN nucléaire. Il est court et compact de 16 569 paires de base. Il existe de 2 à 10 copies de cette molécule dans chaque mitochondrie, ce qui entraîne la présence de plusieurs milliers de génomes mitochondriaux par cellule (Doutremepuich, 1998). Son taux de mutation est cinq à dix fois plus important que celui de l’ADN nucléaire (Hewitt, 2001). La détection de L’ADNmt est plus facile car il est présent en de nombreuses copies dans la cellule. Le génome mitochondrial est révélé polymorphe et discriminant chez les insectes dans des études antérieures (Sembène, 2000). Il présente plusieurs particularités : transmission uniparentale et maternelle, évolution moléculaire rapide, absence de recombinaison (Avise, 2000). Les mutations dans le génome mitochondrial sont supérieures à celles des séquences nucléaires. Selon Boursot et Bonhomme (1989), la possibilité d’utiliser le génome mitochondrial comme marqueur génétique suppose que les différentes copies d’ADNmt contenues dans un individu présentent une certaine homologie de séquence (hétéroplasmie faible par rapport à l’hétérogénéité interindividuelle). Les marqueurs mitochondriaux présentent l’avantage d’exister au sein d’un même individu sous forme haplotypique ce qui facilite leur séquençage direct. C’est une molécule haploïde et son hérédité est maternelle. Il se présente dans la cellule en copies multiples (Boursot et Bonhomme, 1989), ce qui est un avantage si l’on travaille avec du matériel dégradé.
Plusieurs facteurs contribuent sans doute au taux d’évolution rapide de l’ADNmt (Avise, 2009):
– des mécanismes relativement inefficaces de réparation de l’ADN des mitochondries
– la richesse en oxygène dans la mitochondrie, environnement auquel les molécules d’ADN sont exposées
– contraintes fonctionnelles
– au fait également que l’ADNmt est nu (c’est à dire qu’il n’est pas associé à des protéines histones qui peuvent limiter le taux d’évolution de l’ADN nucléaire).
L’inconvénient majeur du marqueur d’ADN mitochondrial est sa transmission monoparentale, ce qui entraine une information limitée lorsque la dispersion est liée au sexe (Ballard et Whitlock, 2004). L’origine de réplication de l’ADNmt se trouve dans une région non codante la boucle D (Displacement Loop) qui est constituée de deux zones hypervariables de 1200pb : HV1 et HV2 (Doutremepuich, 1998).
Le génome mitochondrial de T. castaneum renferme 15881pb et code pour deux ARN Ribosomique (16 S et 12S), 22 ARNts et 13 protéines (COI-III, Cytb, ND1-6, ND4L, ATP6 et ATP8) (Friedrich & Muqim in presse). Dans le gène du cytochrome b de T. castaneum, on rencontre des zones non codantes et des unités chevauchantes (tableau 1).
Les gènes mitochondriaux les plus utilisés sont les gènes codant les sous-unités I et II du cytochrome oxydase (COI, COII) et ceux codant les ARN ribosomiques (16S et 12S) (Sezonlin, 2006). Les gènes codant la sous-unité III du cytochrome oxydase (COIII), la NADH déshydrogénase, la région de contrôle de l’ADN mitochondrial ont fait l’objet de quelques étudeset pour d’autres gènes comme les gènes ND1, ND2, ND4, ils n’ont fait l’objet que d’analysesisolées. Enfin, le reste des gènes mitochondriaux a été le plus souvent ignoré (Sezonlin, 2006).
Le génome mitochondrial renferme plusieurs gènes mitochondriaux bien délimités (tableau 2).
Les séquences nucléaires
La constatation que les données des gènes mitochondriaux peuvent représenter seulement un volet, parfois, partiellement biaisé (par les contraintes évolutives ou par les méthodes des reconstructions phylogénétiques) a conduit les systématiciens moléculaires à s’orienter vers des marqueurs nucléaires pour compléter les données mitochondriales. L’ADN nucléaire est transmis par les deux parents via un brassage de deux jeux de chromosomes. Quelques gènes nucléaires sont utilisés actuellement en systématique moléculaire. Les séquences des différents gènes nucléaires les plus fréquemment utilisés chez les arthropodes sont : l’ARN ribosomique 28S, l’ARN ribosomique 18S, le facteur d’élongation (EF1-α), le gène wingless (Wg). Dans certaines études isolées, quelques autres gènes nucléaires ont été étudiés : le gène de phosphoenolpyruvate carboxykinase (PepCK), le gène de dopa décarboxylase (DDC), le gène de tektin (tektin), le gène de l’histone H3 (H3) (Mallatt et al., 2004). Les espaceurs ITS1 et ITS2 sont des régions intergéniques utilisés en phylogénie et sont assez discrimants.
On rencontre dans l’ADN nucléaire des régions non codantes telles que les introns, les pseudogènes, les ADN intergéniques ou intragéniques etc. Dans l’ADN intergénique ou parfois dans les introns, il existe des séquences répétées et dispersées dans le génome en plusieurs copies sans fonction apparente.
Application des marqueurs moléculaires dans l’entomologie
Dans le cas de l’espèce Busseola fusca, des études au niveau génétique ont permis de mettre au point des marqueurs mitochondriaux (Sezonlin et al., 2006). Drury et al. (2009) et Semeao et al. (2010) ont utilisés les marqueurs microsatellites pour une étude de différenciation génétique des populations de T. castaneum. Les marqueurs moléculaires comme les microsatellites et l’ITS1 ont permis à Sembène (2000) de démontrer l’origine de l’infestation de l’arachide par l’insecte Caryedon serratus. L’utilisation des marqueurs moléculaires a permis aussi de démontrer que le même biotype infeste l’arachide dans la sous-région ouest africain (Diome et al., 2011 ; Ndiaye et Sembène, 2011 ; Ndong et al., 2011). Une étude basée sur l’analyse de loci microsatellites hypervariables et une approche phylogéographique basée sur l’ADNmt ont clairement mis en évidence l’existence de deux populations génétiques très différenciées et distinctes de l’espèce Bemisia tabaci sur un ensemble d’individus de Tunisie et de Grèce (Saleh, 2008). Les résultatsde Kébé (2013) ont montré que les populations ouest-africaines de Calosobruchus maculatusforment une unité génétique homogène à l’exception de quelques populations provenant du Tigo.
Discussion
L’objectif de ce chapitre est d’étudier l’effet de la nature de l’aliment (maïs et mil) et de la transformation des grains en farine sur le cycle de développement et le poids de T. castaneum ravageur des grains secs entreposés et des farines de céréales au Sénégal. Les résultats obtenus sur les grains de maïs et de mil montrent que la nature du support alimentaire a un effet sur le développement de l’insecte. La durée moyenne de développement est plus courte sur les grains de mil (29,66 ± 1,07 jours) que sur ceux du maïs (36,3 ± 1,42 jours) avec une différence significative (P = 6,67494 10 -11< 0,05). Ceci montre que les grains de mil sont plus favorables audéveloppement de T. castaneum que ceux du maïs. L’infestation de ces grains pouvait êtrefavorisée par leur odeur et leur composition en nutriment qui auraient des effets attractifs sur l’insecte T. castaneum. En plus de ce facteur, le degré d’attaque dépendrait en parti de la dureté du tégument du grain infesté. Selon Kouassi (1991), plus le grain est protégé par une enveloppe résistante, moins il est imprégné d’humidité et plus courte est la durée de développement des insectes. Notons que la plupart des grains de maïs et de mil utilisés ont été faiblement attaqués en milieu paysan par des insectes comme les Lépidoptères et certains Coléoptères tels que Sitophilus zeamais, Sitophilus oryzae, R. dominica, T. castaneum…au cours du stockage (Thiaw et al., 2013). Les trous laissés par certains ravageurs primaires et les brisures provoqués dans les grains au cours du battage pourraient accélérer le développement de l’insecte T. castaneumdans les grains utilisés au cours de l’expérimentation. Ceci pourrait être appuyé par les résultats de Seck et al. (1992) selon qui, la multiplication de l’insecte T. castaneumest accélérée sur des grains de mil brisés.
Par ailleurs, le poids des individus de T. castaneumayant accompli leur développement dans le maïs est le même que celles l’ayant accompli dans le mil. En se référant à la taille des grains, on peut dire que plus le grain infesté est volumineux, plus grande est la quantité de nourriture disponible. Tribolium castaneumprésente le même poids dans ces deux types de céréales, ce qui montre que la taille et la nature des grains n’ont pas d’effet sur sa croissance.
Nos résultats sont différents de ceux de Farjan (1983) et de Bekon (1984)in Kouassi (1991), qui en utilisant des Sitophilus rapportent que le poids de ces derniers n’est élevé que sur des céréales dont la taille des grains est suffisamment grande. Cette différence peut être expliquée par le fait que les larves de T. castaneumcirculent librement dans la denrée, ce qui leur permet d’accéder à d’autres grains contrairement au Sitophilus dont le développement est hypogé. En dehors de (Coleoptera, Tenebrionidae) l’influence de la quantité de nourriture disponible, la qualité nutritive de ces grains n’a pas une influence sur le poids des insectes. Selon Kouassi (1991), le rapport carbone/protéines qui exprime de façon indirecte, le rapport carbone/azote est de 5,03 pour le maïs et de 3,74 pour le mil. La différence de composition carbone azote n’entraine pas une différence de poids entre les individus de Tribolium qui se développent sur des supports alimentaires différents comme le maïs et le mil.
En ce qui concerne le sex-ratio, il est resté globalement en faveur des mâles sur chaque support alimentaire malgré les variations en faveur de l’un ou de l’autre sexe. Une variation de ce ratio en faveur de l’un ou de l’autre sexe aurait eu pour conséquence une plus grande variation du succès reproducteur chez les uns que chez les autres.
Les résultats obtenus sur la farine de maïs et de mil montrent que le nombre moyen de larves de
T. castaneumest sensiblement le même au premier jour d’apparition (7,33 et 7,57 larves). Elle diminue au deuxième et troisième jour jusqu’à s’annuler à partir de la quatrième journée dans le maïs. Alors que, dans le mil ce nombre moyen de larves se stabilise entre la troisième et la quatrième journée pour augmenter jusqu’à 1,8 à la fin de la cinquième journée.
La durée moyenne entre la ponte et l’apparition des nymphes (durée ponte-nymphe) de T. castaneum est plus longue dans la farine de mil (25,22 ± 0,83 jours) que dans celle du maïs (21,25 ± 0,71 jours). Ce qui montre que la glumelle éliminée entraine un ralentissement du développement de T. castaneum.
La durée nymphe-adulte est sensiblement la même pour T. castaneum aussi bien dans la farine de maïs que dans celle du mil respectivement à savoir, à savoir 6,25± 0,71 jours et 7,44 ± 1,51 jours.En effet, au cours de la mue imaginale, la nymphe ne se nourrit pas et cela n’influe pas sur le développement de T. castaneum entre les deux céréales.
La durée moyenne de développement de T. castaneumdans la farine est de 30,55 ± 1,13 jours dans le mil et de 26,37 ± 0,52jours dans le maïs. Il apparaît que les durées moyennes du cycle de développement de T. castaneum dépendent, à la fois de 1’humidité, de la nature du support alimentaire et de la protection du grain. La différence des durées moyennes de développement de T. castaneumentre ces deux aliments pourrait aussi être due à une différence de valeur nutritive entre ces derniers. En effet, les deux céréales sont transformées d’une façon différente en farine chez les consommateurs. Pour le maïs, c’est l’ensemble du grain qui est transformée en farine contrairement au mil où le son est éliminé au cours de la transformation. Cela entrainerait une (Coleoptera, Tenebrionidae) diminution de la valeur nutritive dans la farine de mil, donc un ralentissement du développement de l’insecte par rapport à la farine de maïs où le développement est plus rapide. Ceci pourrait être confirmer par Afrique vert & Inran (2007), qui affirment que la farine est un produit destiné à la consommation humaine qui est obtenue à partir des grains du mil (chandelle), par un procédé de mouture industriel (commercial) au cours duquel le germe est en grande partie éliminé et l’endosperme réduit en poudre suffisamment fine.
La durée moyenne de développement de T .castaneum est plus longue sur les grains de maïs (36,3 ± 1,42 jours) que sur la farine de maïs (26,25 ± 0,46 jours). Le contraire est observé pour le mil où on a presque les mêmes durées : 29,66 ± 1,07 jourssur les grains et 30,55 ± 1,13 jours sur la farine. La durée moyenne de développement de l’insecte sur les grains de mil intacts est légèrement supérieure à celle trouvée sur les grains brisés de la même céréale (Seck et al., 1992).
Ainsi, le maïs transformé en farine n’a plus un moyen de résistance contreT. castaneum. En plus, aucune substance n’est éliminée au cours de cette transformation, ce qui accélèrerait ledéveloppement de l’insecte. Cependant, T. castaneum trouve moins d’obstacles dans la farine contrairement aux grains dont l’enveloppe constitue un obstacle pour le développement de ce dernier. En revanche, dans le mil, la durée de développement ne varie pas entre les grains et la farine, ce qui serait du à l’élimination du tégument et du germe des grains au cours de la transformation.
Il n’y a pas une différence de poids entre les individus de T. castaneumélevés dans les grains et dans la farine de mil. Ce qui nous permet de dire que la transformation du mil en farine n’a pas d’effet sur la croissance pondérale de l’insecte. Cette transformation n’entrainerait également pas une réduction du rapport carbone/azote qui selon Bekon et Fleurat-Lessard (1988), influe sur la croissance de T. castaneum. En revanche, dans le maïs, les valeurs moyennes des poids de l’insecte sur les grains et la farine sont sensiblement les mêmes. La farine et les grains de maïs auraient les mêmes influences sur la croissance pondérale de l’insecte.
Le sex-ratio est en faveur des mâles de T. castaneumaussi bien sur les grains que sur la farine.
Nous pouvons dire que les femelles qui tendent à avoir un rôle prépondérant dans l’infestation des grains stockés en augmentant l’importance des dégâts dans les endroits de stockage sont prédominées par les mâles. Ceci pourrait réduire l’importance des dégâts qu’entraine T. castaneumdans les grains de mil et de maïs. La dominance des mâles conduira probablement àune compétition pour les femelles disponibles.
Conclusion
L’étude comparative entre les populations de T. castaneuminféodées dans les deux céréales maïs et mil montre que la durée moyenne du cycle de développement de cet insecte est plus longue dans les grains de maïs que dans ceux du mil. En revanche, cette durée est plus allongée dans la farine de mil que dans celle du maïs. Le degré d’infestation des grains de ces deux céréales par T. castaneumest alors plus limité dans les grains de maïs que dans ceux du mil et l’effet inverse est constaté dans la farine. Cette étude de l’effet de l’aliment nous a permis de montrer que dans les grains, ceux du mil sont plus favorables au développement de T. castaneum. La nature du support alimentaire a donc un effet net sur le développement de l’insecte.
La transformation des grains de ces deux céréales en farine modifie la durée du cycle de développement de T. castaneumqui est réduite dans la farine de maïs et allongée dans celle du mil. Cela montre que la farine de maïs est plus favorable au développement de l’insecte que celle du mil. La croissance pondérale de l’insecte ne varie pas ni en fonction de la nature ni en fonction de l’état de l’aliment. Donc la nature et l’état de l’aliment n’ont pas d’effet sur la croissance deT. castaneum.La farine de maïs devrait, dans ces conditions et dans la mesure du possible, être spécialement stockée dans des endroits éloignés de ceux réservés à la conservation ou au stockage de la farine de mil.
Réseaux d’haplotypes et reconstructions phylogénétiques
Le réseau d’haplotype a été construit par le logiciel TCS1.21 (Clement et al., 2000). Cette méthode produit une estimation de la plausibilité des liens entre les haplotypes dans l’arbre qui doit être au minimum de 95 % pour qu’ils soient représentés.
L’arbre phylogénétique du maximum de vraisemblance a été construit par le logiciel MEGA5 (Tamura et al., 2011). Nous avons utilisé le Critère d’Information d’Akaike (Akaike Information Criterion, AIC) pour estimer le meilleur modèle d’évolution. La robustesse des nœuds a été évaluée pour 1000 répétitions de bootstrap.
Le logiciel Mrbayes 3.1.2 (Huelsenbeck et Ronquist, 2001) a été utilisé pour l’inférence bayésienne. La distribution des probabilités postérieures dans la reconstruction de l’arbre a été estimée par MC3 en utilisant quatre chaînes simultanément (dont trois ont été « chauffées » de façon graduelle). Un million (1 000 000) de générations ont été réalisées pour chacune des chaînes en échantillonnant les différents paramètres toutes les 1 000 générations. Le degré de convergence des chaînes peut être vérifié en examinant l’évolution de la fonction de vraisemblance pendant le parcours de la chaîne « froide» afin de déterminer la période d’allumage. Les générations réalisées pendant cette période sont éliminées des analyses etestimations subséquentes. De manière conservative, les 250 000 premières générations ont été éliminées (25%) et les inférences sont alors réalisées sur les 750 000 générations suivantes. Lesreconstructions ont été enracinées avec une séquence de Tribolium confusum (Coleoptera, Tenebrionidae).
Résultats et discussion
Résultats
Marqueur mitochondrial : cytochrome b
Polymorphisme et diversité génétique du cytochrome b de T. castaneum
Le génome mitochondrial total de T. castaneumest constitué de 15881 pb. Le cytochrome b se situe entre 10280 et 11419 pb soit 1140 pb. La région du cytochrome b comprise entre 10733 et 11131 pb soit 399 pb a été séquencée. Le nombre de sites invariables est de 390 et celui de sites variables est de 9 sites (figure III-3) dont 4 sites singletons et 5 sites qui sont informatifs en parcimonie. Les sites singletons sont situés en position 462, 477, 498, et 657 pb et les sites parcimonieux informatifs en position 516, 666, 727, 756 et 849 pb du cytochrome b. La région allant de la position 517 à la position 656 du gène du cytochrome b est conservée dans l’échantillon étudié. L’état de désordre des séquences est représenté dans la figure 11.
Matériel et Méthodes
Echantillonnage des grains de mil
Pour réaliser les expériences, des grains de mil ont été prélevés dans les magasins de Djilas (14° 14’ 45’’N, 16°38’04’’O), Karang (13° 35’N, 16° 42’W) et de Diaroumé (12° 59’ 08’’N, 15° 37’ 04’’O). La technique d’échantillonnage est la même que celles décrites dans les chapitres précédantes. Le choix de ces localités s’explique par leur différenciation génétique démontrée dans le chapitre précédent. Les grains provenant de ces localités ont été échantillonnés dans des magasins de producteur. Une partie a été conservée au congélateur pendant 15 jours pour éliminer d’éventuelles infestations et l’autre partie a été mise dans des bocaux pour un élevage de masse.
Elevage de T. castaneum
Des couples ont été choisis parmi les premiers adultes émergés des bocaux pour obtenir d’autres générations. La première génération a été choisie pour l’étude génétique. Durant les expérimentations, la température du laboratoire variait de 25 à 31°Cet l’humidité relative de 41 à 68 %.
Etude expérimentale du cycle de développement de T. castaneum
L’expérience a été réalisée sur du mil battu. On dispose de 8 boites numérotées de 1 à 8 pour chaque population et correspondant à 8 répétitions. Dix (10) grammes de grains sont utilisés par répétition afin d’offrir aux insectes une surface de ponte sensiblement identique (Figure 21). Le contenu des boites est infesté par trois couples de T. castaneumâgés de trois jours au moins et de 10 jours au plus pour s’assurer que la ponte a bien commencé.
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Table des matières
REMERCIEMENTS
DEDICACES
RESUME
ABSTRACT
LISTE DES ABREVIATIONS
LISTE DES SIGLES ET ACRONYMES
LISTE DES TABLEAUX
LISTE DES FIGURES
LISTE DES ANNEXES
TABLE DES MATIERES
INTRODUCTION GENERALE
CHAPITRE I : SYNTHESE BIBLIOGRAPHIQUE
I.1PRESENTATION DE LA PLANTE HOTE PENNISETUM GLAUCUM
I.1.1 Systématique, origine, distribution et production
I.1.1.1 Systématique
I.1.1.2 Origine, distribution et production
I.1.2 Pratiques culturales et commercialisation
I.1.3 Variabilité génétique et groupes de cultivars
I.1.4 Contraintes liées à la culture du mil
I.2 LES LIEUX DE STOCKAGE ET LES ZONES AGRO-ECOLOGIQUES
I.2.1 Les lieux de stockage
I.2.2 Zones agro-écologiques du Sénégal
I.3 LE RAVAGEUR TRIBOLIUM CASTANEUM
I.3.1 Origine, taxonomie et répartition géographique
I.3.2 Morphologie
I.3.3 Bio-écologie
I.3.4 Dégâts et importance
I.4 METHODES DE LUTTE CONTRE LES INSECTES
I.4.1 lutte chimique
I.4.2 Lutte physique
I.4.3 Lutte biologique
I.5 PRINCIPAUX MARQUEURS MOLECULAIRES
I.5.1 Marqueurs nucléaires dominants
I.5.2 Marqueurs nucléaires codominants
I.5.3 Marqueurs moléculaires utilisés en phylogénie
I.5.3.1 Les séquences mitochondriaux
I.5.3.2 Les séquences nucléaires
I.5.3.3 Application des marqueurs moléculaires dans l’entomologie
CHAPITRE II : EFFET DE LA NATURE ET DE LA TRANSFORMATION DE L’ALIMENT SUR LE CYCLE DE DEVELOPPEMENT DE TRIBOLIUM CASTANEUM HERBST
INTRODUCTION
II.1 MATERIEL ET METHODES
II.1.1 Elevage de masse et choix des couples
II.1.2 Etude du développement de T. castaneum sur les grains de maïs et de mil
II.1.3 Analyses statistiques
II.2 RESULTATS ET DISCUSSION
II.2.1 Résultats
II.2.1.1 Durée moyenne du cycle de développement de T. castaneum dans les grains
II.2.1.2 Poids moyen des adultes dans les grains de maïs et de mil
II.2.1.3 Sex-ratio
II.2.1.4 Cinétique d’apparition des larves de T. castaneum élevé dans la farine des deux céréales
II.2.1.5 Durées moyennes ponte-nymphe et nymphe-adulte de T. castaneum élevé dans la farine
II.2.1.6 Durées moyennes du cycle de développement dans la farine
II.2.1.7 Poids des adultes dans la farine de maïs et de mil
II.2.1.8 Sex-ratio de T. castaneum dans la farine de maïs et de mil
II.2.1.9 Durée moyenne du cycle de développement dans les grains et les farines
II.2.1.10 Poids des adultes dans les grains et la farine de maïs et de mil
II.2.1.11 Sex-ratio en fonction de la nature de la céréale
II.2.2 Discussion
CONCLUSION
CHAPITRE III : EVOLUTION DEMOGRAPHIQUE ET STRUCTURATION GENETIQUE DES POPULATIONS DE TRIBOLIUM CASTANEUM(HERBST) EN FONCTION DES INFRASTRUCTURES DE STOCKAGE ET DES ZONES AGROECOLOGIQUES DU SENEGAL
INTRODUCTION
III.1 MATERIEL ET METHODES
III.1.1 Echantillonnage
III.1.2 Analyse de l’ADN
III.1.2.1 Extraction de l’ADN de T. castaneum
III.1.2.1.1 Extraction par la méthode du direct PCR
III.1.2.1.2 Extraction par la méthode Qiagen
III.1.2.2 PCR (Réaction de Polymérase en Chaine)
III.1.2.3 Séquençage
III.1.2.4 Analyse génétique
III.1.2.4.1 Nettoyage et alignement des séquences
III.1.2.4.2 Polymorphisme et diversité génétique
III.1.2.4.3 Démographie, différenciation et structure génétique des populations de T. castaneum
III.1.2.4.4 Réseaus d’haplotypes et reconstructions phylogénétiques
III.2 RESULTATS ET DISCUSSION
III.2.1 Résultats
III.2.1.1 Marqueur mitochondrial : cytochrome b
III.2.1.1.1 Polymorphisme et diversité génétique du cytochrome b de T. castaneum
III.2.1.1.2 Structuration en fonction des lieux de stockage
III.2.1.1.2.1 Diversité haplotypique et nucléotidique des populations de T. castaneum dans les lieux de stockage
III.2.1.1.2.2 Différenciation génétique des populations de T. castaneum entre les lieux de stockage
III.2.1.1.2.3 Evolution démographique des populations de T. castaneum dans les lieux de stockage
III.2.1.1.2.4 Corrélation entre distance géographique et différenciation génétique
III.2.1.1.3 Structuration génétique des populations de T. castaneum entre les zones agro-écologiques
III.2.1.1.3.1 Diversités haplotypique et nucléotidique de T. castaneum dans les zones agro-écologiques
III.2.1.1.3.2 Evolution démographique des populations de T. castaneum dans les zones agro-écologiques
III.2.1.1.3.3 Différenciation génétique des populations de T. castaneum entre les zones agro-écologiques
III.2.1.1.3.4 Analyse de Variance Moléculaire (AMOVA)
III.2.1.1.3.5 Réseaux d’haplotypes et reconstructions phylogénétiques
III.2.1.1.3.5.1 Réseau d’haplotypes et distribution des haplotypes de T. castaneum
III.2.1.1.3.5.2 Reconstructions phylogénétiques
III.2.1.1.4 Marqueur nucléaire 28S
III.2.1.1.4.1 Polymorphisme du gène ribosomal 28S de T. castaneum
III.2.1.1.4.2 Réseau d’haplotype et distribution des haplotypes nucléaires du gène ribosomal 28Sde T. castaneum
III.2.2 Discussion
CONCLUSION
CHAPITRE IV : CORRELATION ENTRE DIFFERENCIATION GENETIQUE ET CYCLE DE DEVELOPPEMENT DE TROIS POPULATIONS DE T. CASTANEUM (HERBST) (COLEOPTERA : TENEBRIONIDAE)
INTRODUCTION
IV.1 MATERIEL ET METHODES
IV.1.1 Echantillonnage des grains de mil
IV.1.2 Elevage de T. castaneum
IV.1.3 Etude expérimentale du cycle de développement de T. castaneum
IV.1.4 Analyse statistique
IV.2 RESULTATS ET DISCUSSION
IV.2.1 Résultats
IV.2.1.1 Durée moyenne du développement embryonnaire de la première (F1) et de la deuxième génération (F2) de T. castaneum
IV.2.1.2 Durées moyennes de la ponte-nymphe des deux générations F1 et F2 de T. castaneum
IV.2.1.3 Durées moyennes de la ponte-adulte de la F1 et de la F2 de T. castaneum
IV.2.1.4 Le sex-ratio de la F1 de T. castaneum en fonction des populations différenciées
IV.2.1.5 Taux de mortalité dans les deux générations F1 et F2
IV.3 DISCUSSION
CONCLUSION
CONCLUSION GENERALE ET PERSPECTIVES
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
ANNEXES 1
ANNEXES 2
ANNEXES 3
ANNEXES 4
