Soutenance mémoire
Le Syndrome de l’Immunodéficience Acquise, plus connu sous son acronyme SIDA, est un ensemble de symptômes consécutifs à la destruction de plusieurs cellules du système immunitaire par un rétrovirus. Il existe plusieurs rétrovirus responsables du SIDA, chacun infectant une espèce particulière et le plus connu d’entre eux est le Virus de l’Immunodéficience Humaine (VIH), infectant l’homme. L’infection à VIH/SIDA est actuellement une des plus importantes et plus meurtrières pandémies dans le monde. Deux types de VIH, appartenant à la famille des Retrovirideae et du genre des lentivirus, sont aujourd’hui décrits, à savoir, le VIH de type 1 (VIH-1) et le VIH de type 2 (VIH-2) (1) qui sont des virus à ARN caractérisés par la présence d’une enzyme spécifique appelée la transcriptase inverse. Le VIH-1 est assez répandu dans le monde entier alors que le VIH-2 reste particulièrement confiné en Afrique de l’Ouest (2). Le VIH-1 est subdivisé en quatre groupes, dont le groupe majoritaire, dénommé M, avec 98% des infections dans le monde, le groupe O où « outlier » et les très rares variantes des groupes N et P (3). Au sein du groupe M, il existe 9 soustypes purs (A, B, C, D, F, G, H, J et K) et des formes recombinantes uniques ou circulants (4). Le VIH-2 quant à lui, est subdivisé en 9 groupes (5, 6). Cette grande variabilité génétique du VIH couplée avec son pouvoir pathogène, sont responsables de la pandémie du VIH dans le monde. Ainsi les derniers statistiques de 2015 de l’ONUSIDA ont fait état de 36,9 millions de personnes [34,3–41,4 millions] vivant avec le VIH dont 2 millions [1,9 millions-2,2 millions] de personnes nouvellement infectées. L’Afrique Subsaharienne reste la région la plus touchée avec un nombre total de 25,8 millions [24,0 millions–28,7 millions] de personnes vivant avec le VIH en fin 2014 (7). Au Sénégal où l’épidémiologie du VIH est de type concentré, la prévalence en fin 2014 est estimée à 0,5% [0,4% -0,6%] (8) au niveau de la population générale avec des prévalences élevées dans les populations clés telles que les professionnelles du sexe.
L’évolution rapide de l’infection à VIH et sa prévalence élevée ont provoqué la mobilisation du monde scientifique et de la pharmacie industrielle autour du développement de molécules antirétrovirales (ARV). Ces dernières ont pour rôle de bloquer la réplication virale et de retarder la progression de la maladie et ainsi de réduire considérablement la morbidité et la mortalité liées au VIH, grâce aux programmes d’accès aux traitements antirétrovirale (TARV) (9). Cependant, le suivi thérapeutique des personnes infectées par le VIH est très souvent perturbé par des cas d’échec thérapeutiques. Ainsi l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) recommande d’intégrer le monitoring immunologique par la numération du taux de lymphocytes T CD4+ et le suivi virologique par la quantification de la charge virale (CV) plasmatique dans les programmes d’accès au TARV (10). La CV est utilisée comme le marqueur biologique de référence pour s’assurer de l’efficacité des schémas thérapeutiques utilisés chez les adultes comme chez les enfants (11). La quantification de la CV, pour les adultes infectés par le VIH, est le plus souvent effectuée à partir d’un prélèvement de sang total sur tube EDTA et ceci au niveau des laboratoires de référence. A côté d’un prélèvement de sang sur tube, le prélèvement sur papier buvard (Le Dry Blood Spot (DBS)) constitue une bonne alternative comme support de prélèvement et utilisé pour les adultes comme pour les enfants qui sont suivis dans les zones décentralisées (12). En effet plusieurs contraintes sont liées au prélèvement sur tube à savoir le problème de volume minimal de sang, les risques de coagulation, les contraintes de centrifugation, le maintien de la chaine de froid pendant le transport depuis les zones décentralisées vers les laboratoires de référence. Au Sénégal, depuis 2008, le DBS a été validé pour la quantification de la CV et l’étude des mutations de résistance (13). Cependant, le renforcement de la prise en charge thérapeutique des enfants infectés par le VIH, dans toutes les régions décentralisées du Sénégal, a été instauré à travers le projet EnPRISE. Des études préliminaires ont montré des résultats concluants en termes de CVs effectuées à partir de volume connu de sang total sur DBS réalisés avec une micropipette calibrée. Cette dernière est un outil qui, est non seulement pas toujours disponible dans les laboratoires en zone décentralisée, mais aussi qui nécessite des calibrations régulières par un service de métrologie qui fait souvent défaut dans ces zones. Disposer d’un autre système de pipetage à usage simple et moins onéreux ne nécessitant pas de calibration pour la confection des DBS, serait d’un grand apport dans la prise en charge et le suivi thérapeutique des enfants infectés par le VIH en zones décentralisées. Nous postulons que, la pipette pasteur ou pipette de transfert serait une bonne alternative à la micropipette pour la confection des spots de sang pour la quantification de la CV et l’étude des mutations de résistance chez les PvVIH, plus particulièrement chez les enfants en milieu décentralisé. Ainsi nous nous proposons comme objectif d’évaluer la pipette pasteur comme outil alternatif à la micropipette pour la confection des DBS et de mesurer l’efficacité virologique chez les enfants infectés par le VIH en milieu décentralisé au Sénégal.
HISTORIQUE ET ORIGINE DU VIH/SIDA
Historique
Les origines du VIH seraient liées au virus de l’immunodéficience simien (VIS) infectant les singes. Selon des données épidémiologiques moléculaires, ces deux virus ont montré des liens phyllogénétiques suggérant que l’Homme serait infecté à partir du singe (1). Les SIVs, qui n’étaient pas responsables d’une immunodéficience chez les singes, auraient franchi la barrière d’espèce et infecté l’Homme pour donner naissance au VIH. Ce dernier, est responsable d’une destruction massive des cellules immunitaires de l’Homme et provoque, dans le long terme, une maladie dénommée Syndrome de l’Immunodéficience Acquise (SIDA) (14). Les conditions et les circonstances de ces transferts du singe vers l’Homme demeurent mal comprises, mais cela a dû arriver à la suite d’une morsure par un animal, ou par une écorchure à l’occasion du dépeçage d’un animal infecté (1). Ce phénomène se serait produit dans l’ouest de l’Afrique centrale dans des pays comme le Cameroun, la Guinée équatoriale, le Gabon et le Congo Brazzaville. A partir de ces pays, le virus aurait remonté le fleuve Congo pour gagner d’abord d’autres parties de ce qui est aujourd’hui la République démocratique du Congo pour se répandre ensuite dans d’autres régions d’Afrique (15). Le SIDA a été rapporté pour la première fois aux États-Unis en 1981 par les Centers for Disease Control and Prevention (CDC) dans la littérature médicale (Morbidity and Mortality Weekly Report 5 juin 1981). Cette publication décrivait l’état de cinq jeunes homosexuels mâles à Los Angeles souffrant d’immunodéficience sévère accompagnée d’une rare pneumonie causée par le Pneumocystis carinii (http://www.cdc.gov/mmwr/preview/mmwrhtml/june_5.htm:). D’autres rapports ont rapidement suivi dans la littérature et en l’espace de quelques mois l’épidémie avait pris racine. Les premiers malades étant exclusivement des homosexuels et le syndrome a été appelé par certains le gay-related immunodeficiency disease (GRID) (16). Toutefois, entre 1981 et 1983 il est apparu évident qu’une immunodéficience similaire touchait d’autres groupes d’individus. Il s’agissait des Haïtiens récemment immigrés, les hémophiles, les transfusés, les toxicomanes, les usagers de drogues… Ces patients souffraient tous d’une déplétion marquée des lymphocytes T CD4+ dans le sang périphérique (http://www.cdc.gov/mmwr/preview/mmwrhtml).
C’est en 1983 que les soupçons vont être portés sur un agent infectieux viral présentant une activité enzymatique (transcriptase inverse) ainsi qu’un phénomène de mort des lymphocytes CD4. L’agent étiologique de ce syndrome qui a été isolé à la même date fut dénommé VIH-1 (17). Et en 1985, un deuxième virus similaire au VIH-1 mais avec quelques différences génétiques a été isolé et décrit en 1986 à partir de Peripheral Blood Mononuclear Cell (PBMC) et fut dénommé VIH-2 (18).
Origine
Des études d’épidémiologie moléculaire ont démontré une origine simienne des VIH et ceci à travers plusieurs épisodes de franchissements de la barrière d’espèce donnant naissance aux types et groupes de VIH (19).
Origine du VIH-1
Les VIH-1 du groupe M et N proviennent des chimpanzés vivant au Cameroun plus particulièrement l’espèce Pan troglodytes troglodytes alors que l’ancêtre du VIH-1 du groupe O est associé à d’autres types à savoir les gorilles avec l’espèce Gorilla gorilla (20). Les analyses phylogénétiques laissent suggérer que les gorilles auraient été infectés à partir des chimpanzés. Ceci laisse supposer que les VIH-1 proviendraient d’une seule et unique lignée de SIVcpz/SIVgor mais par l’intermédiaire d’au moins quatre transmissions indépendantes des virus de cette lignée, donnant ainsi les 4 groupes M, N, O et P (21). En effet, les relations phylogénétiques entre SIVcpz, SIVgor et VIH-1 indiquent que les chimpanzés représentent le réservoir original des SIVs qui sont aujourd’hui présents chez les chimpanzés, les gorilles et chez l’homme (20).
Origine du VIH-2
Une relation phylogénétique, a également été observée entre les SIVsmm du mangabey enfumé, Cercocebus atys et le VIH-2 d’Afrique de l’Ouest. Du point de vue taxonomique, huit groupes de VIH-2 (A à H) ont été décrits, mais seuls les groupes A et B sont responsables de l’épidémie à VIH-2 et circulent principalement en Guinée Bissau et au Sénégal pour le groupe A et en Côte d’Ivoire pour le groupe B (5). Les autres groupes n’infectent que peu d’individus et sont représentés dans des pays comme le Libéria et la Sierra Léone (22). Une étude menée en 2013 a identifié une nouvelle souche de VIH-2 (07IC-TNP03) distincte des groupes existants et qui serait dénommé 9ème groupe du VIH-2 (6).
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Table des matières
INTRODUCTION
PREMIERE PARTIE : GENERALITE SUR LE VIH/SIDA
1. HISTORIQUE ET ORIGINE DU VIH/SIDA
1.1. Historique
1.2. Origine
1.2.1. Origine du VIH-1
1.2.2. Origine du VIH-2
2. BIOLOGIE DU VIH
2.1. Définition et classification des VIH
2.2. Morphologie et structure du VIH-1
2.3. Organisation génomique du VIH-1
2.3.1. Les gènes de structure
2.3.2. Les gènes de régulation
2.3.3. Les gènes accessoires
2.3.4. Les LTR (pour long terminal repeat)
2.4. Tropisme du VIH
2.5. Cycle réplicatif du VIH
2.5.1. La phase précoce
2.5.2. La phase tardive
3. VARIABILITE GENETIQUE ET EPIDEMIOLOGIE MOLECULAIRE DU VIH
3.1. Variabilité génétique
3.2. Epidémiologie moléculaire du VIH
4. TRANSMISSION ET PHYSIOPATHOLOGIE DE L’INFECTION A L’INFECTION A VIH
4.1. Modes de transmission du VIH
4.1.1. La transmission horizontale
4.1.2. La transmission verticale
4.2. Physiopathologie de l’infection à VIH
4.2.1. La primo-infection
4.2.2. La phase asymptomatique
4.2.3. La phase chronique
5. PRISE EN CHARGE DE L’INFECTION A VIH
5.1. Diagnostic biologique du VIH
5.1.1. Le prélèvement
5.1.1.2. Le prélèvement sanguin sur tube
5.1.2. Les outils de diagnostic du VIH
5.2. Traitement de l’infection à VIH
5.2.1. Les molécules antirétrovirales
5.2.2. Le choix thérapeutique (OMS, 2015)
5.3. Quantification du VIH ou charge virale
5.3.1. Définition
5.3.2. Les techniques de quantification du VIH-1
5.4. Prise en charge des enfants infectés par le VIH
5.4.1. Le diagnostic de l’infection par le VIH chez l’enfant selon l’OMS 2013
5.4.2. Le suivi biologique de l’infection
5.4.3. Le traitement ARV chez l’enfant
5.4.4. L’échec thérapeutique
6. UTILITE DU PAPIER BUVARD DANS LE MONITORING VIROLOGIQUE
6.1. Propriétés du papier buvard
6.2. Les avantages du papier buvard
DEUXIEME PARTIE : TRAVAIL EXPERIMENTAL
1. CONTEXTE, JUSTIFICATIFS ET CADRE D’ETUDE
1.1. Contexte et Justificatifs de l’étude
1.2. Cadre de l’étude
2. METHODOLOGIE
2.1. Echantillonnage
2.1.1. Matériels de prélèvement et de confection des DBS
2.1.2. Confection, acheminement et stockage des DBS
2.4. Approche analytique
2.4.1. Les matériels et réactifs d’extraction et d’amplification de l’ARN du VIH à partir de DBS par la technologie NucliSENS EasyQ HIV-1 V 2.0
2.4.2. L’extraction des acides nucléiques (ARN du VIH) par NucliSENS EasyMag ou MiniMag
2.4.3. L’amplification et la détection par la technologie NucliSENS EasyQ HIV-1 V2.0
2.5. Analyse statistique des données
3. RESULTATS
3.1. Echantillon étudié
3.2. Caractéristiques de la population d’étude
3.2.1. La répartition du nombre d’inclusions en fonction des axes
3.2.2. La répartition des patients inclus selon l’âge
3.2.3. La répartition des patients inclus selon le traitement ARV
3.3. Etude comparative
3.3.1. Les résultats de la CV obtenue à partir des DBSµP
3.3.2. Les résultats de la CV obtenue à partir des DBSPP
3.3.3. La comparaison des valeurs de CV des deux méthodes
3.3.4. La droite de régression linéaire et la concordance entre les deux techniques (DBSµP et DBSPP)
3.4. Evaluation virologique
3.4.1. Les résultats de la CV
3.4.2. Les résultats de la CV en fonction de la durée de suivi du TARV
3.4.3. L’échec virologique en fonction du schéma thérapeutique
COMMENTAIRES ET DISCUSSION
CONCLUSION
