ETUDE DE L'EFFET DE L'INOCULUM ET DU TEMPS D'INCUBATION SUR L'IDENTIFICATION DES COCCI A GRAM POSITIF

Définition et historique

Les espèces du genre Staphylococcus sont des bactéries à Gram positif de forme sphéroïde, d’environ un micromètre de diamètre possédant une catalase [25]. Elles sont dépourvues d’oxydase à part Staphylococcus sciuri et Staphylococcus caseolyticus [4]. En microscopie optique, les staphylocoques ont la particularité de former des amas cellulaires ayant l’apparence de grappes. Les staphylocoques sont immobiles, ne forment pas de spores et sont généralement acapsulès ou possèdent la capacité d’élaborer une capsule réduite [25]. La plupart des espèces sont anaérobies facultatives [25]. Les staphylocoques ont été découverts par d’éminents microbiologistes tels que Koch, Pasteur, Ogston, Rosenbach. En 1878, Koch souligne le rôle pathogène des bactéries sous forme de cocci colorés positivement par le réactif de Gram. Ces cocci seront ensuite isolés et identifiés d’un pus par Pasteur en 1880, puis baptisés par Ogston sous le nom de staphylocoques en 1883 [29]. En 1884, Rosenbach obtient des cultures pures de ces cocci et les scinde en deux groupes en fonction de la coloration blanche ou dorée de leurs colonies [41].

Caractères morphologiques

A l’examen microscopique, les staphylocoques se présentent sous forme de coques groupées en petits amas, en diplocoques ou en très courtes chaînettes positivement colorés au Gram. Le mode de groupement en amas (plus caractéristique après culture sur milieu gélosé) s’explique par le mode de division cellulaire des staphylocoques. Cette division s’effectue en trois plans successifs et perpendiculaires les uns aux autres, et les cellules filles ne se séparent pas complètement de la cellule mère dont elles sont issues. Sur le plan individuel, ce sont des cocci mesurant entre 0,5 et 1,2 µm, immobiles, non sporulés, généralement non capsulés ou ayant une faible capacité de synthèse de capsule.

Production de bêta-galactosidase

La f}-galactosidase est une enzyme bactérienne inductible existant à un niveau de base dans le milieu intracellulaire. Cette enzyme est capable de scinder la molécule de lactose en sucres simples que sont le glucose et le galactose après avoir traversé la paroi cellulaire sous l’action de la f}-galactosidase perméase. Le terme ONPG hydrolase est plus à propos que celui de f}-galactosidase dans la mesure où il précise que le substrat utilisé est l’ONPG et non le lactose. Le test à l’ONPG est une technique relativement simple basée sur l’action directe de l’enzyme sur une molécule chromogène pouvant être l’ortho-nitrophényl-f} Dgalactopyranoside, ou le 2-naphtol f}-D-galactopyranoside.

Métabolisme général

Pour pénétrer dans la cellule, les nutriments doivent franchir la paroi et la membrane plasmique. Certains nutriments comme le glycérol le font par simple diffusion passive (sans apport d’énergie) grâce à un gradient de concentration La diffusion peut être accélérée par des enzymes membranaires inductibles : les perméases. D’autres nutriments (sucres, acides aminés) nécessitent un transport actif avec un apport énergétique fourni par l’ATP. Ce type d’absorption se fait contre un gradient de concentration et fait intervenir des systèmes transmembranaires comme les protéines de transport. Les sucres sont synthétisés lors de la photosynthèse chez les phototrophes. Chez les organotrophes, ils sont retrouvés dans le milieu sous forme de mono ou de polysaccharides ou alors synthétisés à partir de molécules organiques. Le catabolisme des lipides peut également fournir des sucres. Pour le catabolisme des glucides, la glycolyse et le cycle de Krebs constituent les voies les plus importantes. Ces voies fonctionnent dans les 2 sens et fournissent à la cellule de l’énergie et des matières premières carbonées à partir desquelles beaucoup de composés bactériens sont synthétisés. Par exemple, le glucose peut être oxydé selon plusieurs voies dont : la voie des pentoses, la glycolyse et la voie d’Entner-Doudorroff. Les acides aminés peuvent être soit des facteurs de croissance soit synthétisés par la bactérie elle-même. Les squelettes carbonés sont fournis à la suite de la dégradation des glucides par la voie intermédiaire et l’azote aminé est apporté par l’ammoniac, les nitrates et les nitrites. Beaucoup de bactéries dégradent fortement les protéines grâce à des protéases. Ces réactions sont impliquées dans le processus infectieux de la dégradation des aliments protéiques et des cadavres. Les acides aminés sont catabolisés par désamination. Les acides organiques obtenus peuvent alors être incorporés dans les voies amphiboliques du métabolisme intermédiaire, notamment dans le cycle de Krebs. De cette façon, les bactéries peuvent utiliser les protéines comme source d’énergie et de carbone. Les lipides bactériens sont des esters de glycérol et d’acides gras monocarboxyliques à chaîne le plus souvent non ramifiée et à nombre paire. Le nombre de carbone est en moyenne de 18 unités. Ils sont retrouvés surtout dans les membranes et la paroi. Les acides gras bactériens peuvent être saturés ou non, ils sont synthétisés à partir de l’acétyl-CoA par des réductions impliquant le couple NADPH,H+ / NADP+. Les lipides sont catabolisés par des lipases bactériennes en glycérol et en acides gras. Le glycérol phosphorylé en glycérol phosphate, puis oxydé en dihydroxyacetone-phosphate est incorporé dans la glycolyse et constitue ainsi une source d’énergie. Les acides gras sont dégradés par 13-oxydation en acétyl-CoA qui est incorporé au cycle de Krebs.

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Table des matières

INTRODUCTION
PREMIERE PARTIE : RAPPELS BIBLIOGRAPHIQUES
I. GENERALITES SUR LES STPAPHYLOCOQUES
1.1. Définition et historique
1.2. Classification
1.3. Habitat
1.4. Pouvoir pathogène
1.5. Caractères bactériologiques
II. GENERALITES SUR LES STREPTOCOQUES ET ENTEROCOQUES
II.1. Définition et historique
II.2. Taxonomie
II.3. Pouvoir pathogène naturel
II.4. Habitat
II.5. Caractères bactériologiques
III. PHYSIOLOGIE ET CROISSANCE BACTERIENNES
III.1. Nutrition
III.2. Métabolisme bactérien
III. 3. Croissance bactérienne
IV. VALIDATION PAR ETUDE DE LA LINEARITE
DEUXIEME PARTIE: TRAVAIL PERSONNEL
1. METHODOLOGIE
1.1. Matériel
1.2. Milieux pour l’isolement, l’enrichissement et la conservation des souches
1.3. Réactifs pour l’identification des souches
1.4. Contrôle de qualité des tests effectués
1.5. Méthodes
II. RESULTATS ET COMMENTAIRES
II.1. Staphylococcus aureus
II.2. Staphylococcus epidermidis
II.3. Streptococcus pyogenes ou streptocoque du groupe A
II.4. Enterococcus faecalis
Ill. VALIDATION DE LA METHODE PAR ETUDE DE LA LINEARITE
111.1. Paramètres de détermination de la droite de régression
111. 2. Staphylococcus aureus
111.3. Staphylococcus epidermidis
111.4. Streptococcus pyogenes
111.5. Enterococcus faecalis
V. DISCUSSION
IV.1. Les souches bactériennes
IV.2. Etude de la croissance par la méthode de dénombrement sur boîte de pétri
IV.3. Recherche de l’effet de l’inoculum et du temps d’incubation sur l’identification
IV.4. Validation
CONCLUSION
BIBLIOGRAPHIE