Etude bibliographique sur l’antibiorésistance

L’ANTIBIORESISTANCE

Les mécanismes d’émergence et de transmission à l’échelle cellulaire

Les mécanismes de résistance développés au fur et à mesure de l’évolution sont énumérés ci-après. La bactérie peut prévenir l’entrée du produit grâce à une paroi imperméable en modifiant ses peptidoglycanes (cas de certains Staphylocoques) ou en exportant l’antibiotique par des mécanismes de pompe à efflux les faisant sortir du cytoplasme (surtout valable pour les tétracyclines), la synthèse enzymatique qui permet d’inactiver (phosphorylation, adénylation, acétylation de l’antibiotique en particulier les aminosides) ou de détruire la molécule (synthèse de bêta lactamase qui clive la pénicilline et l’inactive et qui existe depuis plusieurs milliers d’années). Enfin, il peut y avoir une modification de la cible de l’antibiotique (modification de la transpeptidase qui est impliquée dans la synthèse de la paroi de la bactérie ce qui ne permet plus la fixation des bêta-lactamines).Une combinaison de plusieurs mécanismes est également possible comme pour les fluroquinolones. Il peut y avoir une modification de l’ADN-gyrase (cible des fluoroquinolones qui entraine ainsi la fragmentation de l’ADN et la lyse de la bactérie), une augmentation de l’efflux, une inactivation de l’antibiotique par une aminoglycoside N-acétyltransférase, et la protection de la cible par une protéine (Qnr) qui s’attache sur l’ADN. Il s’agit donc d’un processus adaptatif relativement complexe puisque faisant intervenir plusieurs modifications géniques (Holmes et al., 2016).Ces modifications peuvent s’acquérir de plusieurs façons. Soit par des mutations chromosomiques spontanées soit par le transfert de gènes de résistance d’une cellule à une autre de façon horizontale. Les bactéries ont en effet la possibilité d’acquérir des gènes exogènes par transformation bactérienne (le gène est relégué dans le milieu extérieur), transduction (phage) ou conjugaison bactérienne avec transfert de plasmides, intégration d’éléments de conjugaison ou d’ADN chromosomique. Ces gènes confèrent alors un avantage adaptatif et sont donc fréquemment codés sur des éléments mobiles. De plus, un même plasmide peut présenter des gènes de résistances pour plusieurs antibiotiques d’où l’apparition de bactéries multi-résistantes (fig. 3) (Modi et al., 2014).

Résistance naturelle et acquise

L’apparition de résistance résulte de la pression de sélection exercée sur une colonie bactérienne par des agents antimicrobiens. Les bactéries s’adaptent à cet environnement en développant des mutations leur conférant un avantage adaptatif. Ces modifications assurant leur développement conduisent à sélectionner ces bactéries puisque les organismes dits sensibles sont éliminés. Il existe une résistance naturelle et une résistance acquise d’origine anthropique. Par exemple, les Escherichia coli sont naturellement résistantes aux bêtalactamines. En effet, les bactéries saprophytes (majoritairement les actinomycètes) et les champignons produisent naturellement des antimicrobiens. Ainsi, au contact de ces organismes certaines bactéries se sont adaptées et deviennent résistantes. Ce phénomène existe donc depuis l’apparition des premières bactéries.
En revanche, cela ne peut expliquer en totalité le phénomène mondial actuel et ne semble avoir qu’une petite part de responsabilité dans l’origine des résistances. L’autre part, beaucoup plus importante est imputée à l’utilisation massive d’antibiotiques en médecine humaine, animale et en agriculture. En effet, longtemps considérés comme un produit miracle depuis la découverte de la pénicilline par Alexandre Flemming en 1928, ces produits ont été largement employés durant plusieurs décennies.La majorité des antibiotiques dérivent directement des antibactériens produits par les bactéries saprophytes ou les champignons (par exemple la pénicilline) ou en sont une modification synthétique de ceux-ci. La proportion des antibiotiques d’origine entièrement synthétique tels que les fluroquinolones et les sulfonamides est faible (Holmes et al., 2016). Le développement de résistances suit le même processus que le phénomène naturel mais est accéléré par une pression de sélection plus importante. Ainsi, des cas de résistances apparaissent très rapidement suite à la découverte d’un antibiotique (OMS, 2014).Les gènes de résistances touchent des bactéries non pathogéniques mais également des bactéries pathogènes porteuses de gènes de virulence. L’impossibilité de traiter ces infections représente une préoccupation majeure. Par exemple, les réservoirs humains et environnementaux de bactéries résistantes aux carbapénèmes, jusqu’alors utilisées comme dernier recours pour traiter les bactéries gram négative multirésistantes sont en augmentation depuis plusieurs années. De plus, ces bactéries ont également émergé chez les animaux d’élevage, les animaux de compagnie et la faune sauvage (Guerra et al., 2014) ce qui est particulièrement préoccupant.

Table des matières

INTRODUCTION
PREMIERE PARTIE : CONTEXTE DE L’ETUDE, ANTIBIORESISTANCE ET MARCHE DU MEDICAMENT A MADAGASCAR
CHAPITRE 1 : ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE SUR L’ANTIBIORESISTANCE
1. Origine et conséquence de l’antibiorésistance
1.1. Conditions d’émergence
1.1.1. Résistance naturelle et acquise
1.1.2. Les principaux moteurs de l’antibiorésistance
1.2. Les mécanismes d’émergence et de transmission à l’échelle cellulaire
2. Contribution de l’élevage à l’émergence de résistances
2.1. Evaluation de la consommation d’antibiotiques
2.2. Des utilisations favorisant l’apparition de résistances
2.3. Transmission de résistances
2.3.1. Transmission alimentaire
2.3.2. Les résidus d’antibiotiques
2.3.3. Transmission par contact direct
2.3.4. Contamination environnementale
2.3.5. Cas des E. coli productrices de bêta-lactamase à spectre étendu
2.4. Perspective et moyens de luttes en élevage
3. Etat des lieux de la situation dans le monde et à Madagascar
3.1. Les stratégies des organisations intergouvernementales
3.2. Exemples d’actions
3.3. Des efforts inégaux selon les états
CHAPITRE 2 : LE CIRCUIT DU MEDICAMENT A MADAGASCAR
1. Présentation de Madagascar
2. L’élevage de porcs et de volailles
2.1. Part du secteur de l’élevage
2.2. Filière porcine
2.2.1. Les différents systèmes de production
2.2.2. Les principales pathologies
2.2.3. Commercialisation de la viande
2.3. Filière avicole
2.3.1. Les différents systèmes de production
2.3.2. Commercialisation de la viande
3. Organisation du système de santé vétérinaire
3.1. Niveau central
3.2. Niveau régional
3.3. Les professionnels de la santé
3.3.1. Les professionnels habilités par l’état
3.3.2. Les acteurs indépendants
4. Réseau de distribution du médicament
4.1. Préambule
Définitions
4.2. Importation, vente en gros et au détail
4.2.1. Conditions d’obtention de l’AMM
4.2.2. Conditions d’importations et de vente en gros
4.2.3. Conditions de vente au détail
4.2.4. Le cas particulier des dépôts de médicaments
4.3. Contrôle des médicaments vétérinaires
4.4. Réseau informel de distribution du médicament
5. Etudes préalables sur l’utilisation des médicaments vétérinaires
DEUXIEME PARTIE : INTRODUCTION A LA QUESTION D’ETUDE ET EPIDEMIOLOGIE PARTICIPATIVE
CHAPITRE 1 : INTRODUCTION A LA QUESTION D’ETUDE
1. Développer des stratégies de communication efficaces : comprendre les perceptions
2. Cibler les acteurs clés
2.1. Les éleveurs
2.2. Les vétérinaires
2.3. Relation vétérinaires-éleveurs
3. Combattre l’antibiorésistance : utilisation raisonnée et alternatives aux antibiotiques
3.1. Qu’est-ce qu’une utilisation raisonnée ?
3.2. Les alternatives existantes
3.3. Etudes préalables sur la perception et la mise en place des méthodes alternatives
4. Méthodologie employée
CHAPITRE 2 : EPIDEMIOLOGIE PARTICIPATIVE
1. L’évaluation participative
1.1. L’évaluation rurale rapide et l’évaluation rurale participative
1.2. L’épidémiologie participative
1.3. Principes des approches participatives
2. Les différents niveaux de participation
3. Méthodes de l’épidémiologie participative70 3.1. Généralités
3.2. Les entretiens informels
3.3. Les données secondaires
3.4. L’observation directe
4. Limites et biais
TROISIEME PARTIE : ENQUETE SUR LA PERCEPTION DES RISQUES LIES A L’UTILISATION DES ANTIBIOTIQUES
CHAPITRE 1 : MATERIEL ET METHODE
1. Présentation de la zone et de la population d’étude
2. Validation auprès du comité d’éthique
3. La méthode Q
3.1. Construction du concourse
3.1.1. Etude bibliographique
3.1.2. Entretiens individuels semi-structurés
3.2. Elaboration du Q-set
3.2.1. Réduction du concourse
3.2.2. Etudes pilotes et sélection des affirmations finales
3.3. Sélection du P-set
3.4. Déroulement des entretiens : génération du Q-sort
3.5. Analyse quantitative des Q-sorts et des variables explorées
3.6. Analyse qualitative
CHAPITRE 2 : RESULTATS
1. Constitution du Q-set
2. Enquêtes auprès des éleveurs de porcs et/ou de volailles
2.1. Présentation du P-set
2.2. Détermination des facteurs
2.3. Présentation du Q-set et des résultats
2.4. Affirmations faisant consensus parmi les éleveurs
2.5. Identification des trois groupes
2.5.1. Groupe A : « confiance dans les antibiotiques »
2.5.2. Groupe B : « croyance dans les méthodes alternatives »
2.5.3. Groupe C : « vision modérée de l’utilisation des antibiotiques »
3. Enquêtes auprès des vendeurs de médicaments vétérinaires
3.1. Présentation du P-set
3.2. Détermination des facteurs
3.3. Présentation du Q-set et des résultats
3.4. Affirmations faisant consensus parmi les vendeurs
3.5. Identification des trois groupes
3.5.1. Groupe A : « confiance dans l’utilisation des antibiotiques »
3.5.2. Groupe B : « croyance dans les méthodes alternatives »
3.5.3. Groupe C : « vision modérée de l’utilisation des antibiotiques »
4. Restitution des résultats auprès des enquêtés
CHAPITRE 3 : DISCUSSION
1. Mise en place de stratégies de communication efficaces
1.1. Déterminer les acteurs clés dans l’émergence des résistances en élevage
1.2. Identification des opinions communes
1.2.1. Consensus parmi les éleveurs
1.2.2. Consensus parmi les vendeurs de médicaments
1.3. Mise en évidence de trois groupes partageant des discours différents
1.3.1. Discours A « confiance dans les antibiotiques »
1.3.2. Discours B « croyance dans les méthodes alternatives »
1.3.3. Discours C « vision modérée de l’utilisation des antibiotiques »
1.4. Développer des messages clés adaptés aux discours
1.5. Identifier le support et les interlocuteurs clés pour développer des recommandations
2. Limites de l’étude et de la méthodologie employée
CONCLUSION
BIBLIOGRAPHIE

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