Soutenance mémoire
ETIOLOGIES DES INFECTIONS RESPIRATOIRES
Les infections respiratoires aiguës sont la plus part du temps dues à des virus. Les bactéries sont généralement des agents de surinfection.
LES VIRUS RESPONSABLES D’INFECTION RESPIRATOIRES
Les virus représentent environ 80% des causes d’infections respiratoires chez les enfants. La gravité d’une infection virale est fonction du virus respiratoire et d’une susceptibilité individuelle aux agents de surinfection qui sont souvent des bactéries. Les virus les plus fréquemment retrouvés sont : le Rhinovirus, le Virus Syntial Respiratoire, le virus para influenzae 2 et l’Adénovirus. Les virus plus rarement retrouvés sont : le virus Influenzae B et le virus Para influenzae 1. Ces virus peuvent provoquer des manifestations respiratoires associées à d’autres manifestations cliniques.
PRINCIPALES BACTERIES
Les principales bactéries retrouvées dans les infections respiratoires aiguës sont :
❖ Streptocoques
❖ Moraxella
❖ Haemophilus.
STREPTOCOQUES
Taxonomie et nomenclature
Les streptocoques peuvent être responsables d’infections et comportent plusieurs genres : Streptococcus et Enterococcus sont rencontrés très souvent en pathologie humaine ; Aerococcus, Gemella, Leuconostoc, bactéries opportunistes et rarement signalées en pathologies humaines. Le genre Streptococcus renferme beaucoup d’espèces (commensales ou pathogènes) qui peuvent être classées en fonction de critères immunologiques, de caractères métaboliques et bactériologiques.
Streptococcus pneumoniae
Caractères bactériologiques
Examen microscopique : Streptococcus pneumoniae se présente sous forme de diplocoques en flamme de bougie, regroupés en courtes chaînettes. La coloration de Gram montre des cocci Gram (+).
Culture bactérienne : Le pneumocoque est un germe exigeant. Les milieux employés sont des milieux enrichis au sang. Sur ces milieux (gélose au sang cuit), le germe développe une hémolyse alpha-viridan.
Aspect biochimique : Le pneumocoque ne possède ni catalase, ni peroxydase, ce qui entraîne l’accumulation de peroxyde d’hydrogène responsable en partie de son autolyse.
La sensibilité à l’optochine et la lyse par les sels biliaires sont spécifiques aux pneumocoques.
Epidémiologie
L’homme est l’hôte habituel. La flore commensale du nasopharynx est relativement constante chez le sujet sain. Le plus souvent, il s’agit de souches peu virulentes de sérotypes 23, 6, 14 et 19. La colonisation du nasopharynx se modifie au cours du temps et peut être influencée par la vie en collectivité (crèche, jardin d’enfants) et l’âge (enfants et vieillards). Les pneumocoques sont responsables d’infections très sévères, surtout chez les nourrissons et les vieillards (otites, sinusites).
Facteurs de virulence
La capsule : Peu immunogène, la capsule constitue chez les pneumocoques le facteur essentiel de virulence. Elle empêche l’opsonisation et l’ingestion du germe par les cellules phagocytaires, en masquant les récepteurs pariétaux où se fixent les fragments C3b du complément. Les pneumocoques non capsulés ne sont pas virulents.
La pneumolysine : Elle est responsable de l’hémolyse alpha observée sur gélose au sang.
Cette pneumolysine constitue aussi un facteur de pathogénicité. Elle a deux modes d’action :
– une action cytotoxique, par activation du complément ;
– une modification de la fonction des cellules de l’immunité.
La pneumolysine induit également une baisse des battements ciliaires des cellules épithéliales.
La protéine A de surface : La protéine A est présente sur la plupart des souches de Streptococcus pneumoniae. Sa virulence découle de son pouvoir à lier le facteur H du système complémentaire, qui est une protéase active sur le composé C3 du complément.
Streptococcus pyogenes
Caractères bactériologiques
Examen microscopique : Streptococcus pyogenes présente la morphologie classique des streptocoques. Ce sont des coques sphériques ou ovoïdes regroupés en chaînettes. A la coloration de Gram, les souches jeunes apparaissent sous forme de cocci Gram (+).
Culture bactérienne : Streptococcus pyogènes est cultivé sur milieu au sang sous un pH ne dépassant pas 7,8. Les milieux de culture utilisés sont des milieux nutritifs supplémentés de 5% de sang défibriné de mouton, de lapin ou de cheval.
Sur gélose au sang ordinaire, le germe développe une hémolyse de type bêta.
Caractères biochimiques : Le streptocoque du groupe A ne présente ni catalase, ni peroxydase. L’utilisation de micro méthode (galerie micro CSB) permet l’identification biochimique de la bactérie. L’identification peut être complétée par la détermination de la sensibilité à la bacitracine et du groupage antigénique par un antisérum.
Epidémiologie
L’homme est le principal hôte de la bactérie, chez qui elle colonise le rhinopharynx, la peau et l’intestin. Le streptocoque du groupe A est remarquable par les infections suppuratives et les complications qu’il entraîne (Rhumatisme Articulaire Aigu, Glomérulo Néphrite Aigues).
Haemophilus influenzae
Taxonomie et Nomenclature
Appartenant à la famille des Pasteurellacae et au genre Haemophilus, Haemophilus influenzae est l’espèce type à côté de 15 autres espèces d’origine humaine ou animale. Ces 16 espèces sont classées suivant leur exigence en facteurs X (hémine) et V (NAD).
Les espèces exigeant les facteurs X et V :
➤ Haemophilus influenzae,
➤ Haemophilus aegyptius,
➤ Haemophilus haemolyticus .
Les espèces exigeant le facteur X seul :
➤ Haemophilus haemoglobinophilus,
➤ Haemophilus ducreyi .
Les espèces exigeant le facteur V seul :
➤ Haemophilus parainfluenzae
➤ Haemophilus parahaemolyticus
➤ Haemophilus pleuropneumoniae
➤ Haemophilus paracuniculus
➤ Haemophilus segnis
➤ Haemophilus parasuis
➤ Haemophilus paragallinarium
➤ Haemophilus avium .
Haemophilus aphrophilus présente une exigence en facteurs variable.
Caractères bactériologiques
Examen microscopique : Haemophilus influenzae est un bacille à Gram négatif, polymorphe, pouvant se présenter sous forme de coccobacilles. La bactérie est aéro-anaérobie facultative.
Culture bactérienne : Haemophilus influenzae aime le sang, elle ne pousse que sur gélose au sang et présente des exigences en facteurs X et V qui sont tous les deux apportés par le sang cuit (15 minutes à 75 – 80°C). Le germe pousse donc sur gélose au sang cuit à la température de 35 à 37°C.
Caractères biochimiques : Haemophilus influenzae possède une oxydase, une nitrate réductase, une uréase et produit de l’indole.
En effet, huit biotypes ont été définis pour l’espèce, à partir des caractères métaboliques suivants : production d’indole, activités enzymatiques (uréase et ornithine décarboxylase). Le biotypage se fait à l’aide de milieux usuels supplémentés ou de micro méthode (API – NH) avec un inoculum lourd. Le biotype II d’Haemophilus influenzae est le plus souvent impliqué dans l’étiologie des infections bronchopulmonaires et les otites.
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Table des matières
INTRODUCTION
Première partie : Généralités
I. APPAREIL RESPIRATOIRE
I.1. VOIES AERIENNES SUPERIEURES
I.2. LES VOIES RESPIRATOIRES BASSES
II. PRINICPALES INFECTIONS
III. ETIOLOGIES DES INFECTIONS RESPIRATOIRES
III.1. LES VIRUS RESPONSABLES D’INFECTION RESPIRATOIRES
III.2. PRINCIPALES BACTERIES
III.2.1. STREPTOCOQUES
III.2.1.1. Taxonomie et nomenclature
III.2.1.2. Streptococcus pneumoniae
III.2.1.2.1.Caractères bactériologiques
III.2.1.2.2.Epidémiologie
III.2.1.2.3.Facteurs de virulence
III.2.1.3. Streptococcus pyogenes
III.2.1.3.1.Caractères bactériologiques
III.2.1.3.2.Epidémiologie
III.2.1.3.3.Facteurs de virulence
III.2.2. Haemophilus influenzae
III.2.2.1. Taxonomie et Nomenclature
III.2.2.2. Caractères bactériologiques
III.2.2.3. Epidémiologie
III.2.2.4. Facteurs de virulence
III.2.3. Moraxella catarrhalis
III.2.3.1. Taxonomie et Nomenclature
III.2.3.2. Caractères bactériologiques
III.2.3.3. Epidémiologie
III.2.3.4. Facteurs de virulence
IV. PROFIL DE SENSIBILITÉ DES GERMES EN CAUSE
IV.1. Définition de l’antibiorésistance
IV.2. Types de résistance
IV.3. Mécanismes de l’antibiorésistance
IV.4. Techniques d’études de l’antibiorésistance
IV.4.1. Les méthodes de diffusions
IV.4.2. Les méthodes de dilutions
IV.5. Sensibilité des différents germes aux antibiotiques
IV.5.1. Streptococcus pneumoniae
IV.5.2. Streptococcus pyogenes
IV.5.3. Moraxella catarrhalis
IV.5.4. Haemophilus influenzae
Deuxième partie : Travail EXPERIMENTAL
I. Matériel et méthodes
I.1. Matériel
I.1.1. Cadre et période de l’étude
I.1.2. Population d’étude
I.1.3. Matériel d’étude
I.1.3.1. Matériel de prélèvement
I.1.3.2. Matériel d’isolement
I.1.3.3. Matériel pour l’identification
I.1.3.4. Matériel pour l’antibiogramme
I.1.3.4.1.Matériel pour la détection de la production de bêta – Lactamase (méthode à la céfinase)
I.1.3.4.2.Matériel pour l’évaluation de la sensibilité
I.1.3.5. Matériel d’exploitation des résultats
I.1.3.6. Matériel de conservation des souches
I.1.3.7. Contrôle de stérilité et d’efficacité
I.1.3.7.1.Contrôle de stérilité
I.1.3.7.2.Contrôle d’efficacité
I.2. Méthodes
I.2.1. Prélèvements
I.2.1.1. Conditions de réalisation des prélèvements
I.2.1.2. Transport des prélèvements
I.2.1.3. Conservation des prélèvements
I.2.2. Examen macroscopique
I.2.3. Examen microscopique après coloration de Gram et/ou au bleu de méthylène
I.2.4. Isolements
I.2.4.1. Ensemencement
I.2.4.2. Milieux de culture
I.2.5. Identification
I.2.5.1. Streptococcus pneumoniae
I.2.5.1.1.Examen macroscopique des colonies
I.2.5.1.2.Examen microscopique des colonies
I.2.5.1.3.Test à la catalase
I.2.5.1.4.Test à l’oxydase
I.2.5.1.5.Test à la bile-esculine
I.2.5.1.6.Test de lyse par les sels biliaires
I.2.5.1.7.Test de sensibilité à l’optochine
I.2.5.1.8.Test d’agglutination au latex (Slidex pneumo kit®)
I.2.5.2. Streptococcus pyogenes
I.2.5.2.1.Examen macroscopique des colonies
I.2.5.2.2.Examen microscopique des colonies
I.2.5.2.3.Test à la catalase
I.2.5.2.4.Test à l’oxydase
I.2.5.2.5.Test à la bile-esculine
I.2.5.2.6.Test de sensibilité à la bacitracine
I.2.5.2.7.Test d’agglutination au latex (Slidex strepto A®)
I.2.5.3. Haemophilus influenzae
I.2.5.3.1.Examen macroscopique des colonies
I.2.5.3.2.Examen microscopique des colonies
I.2.5.3.3.Test à la catalase
I.2.5.3.4.Test à la cytochrome oxydase
I.2.5.3.5.Mise en évidence du phénomène de satellitisme
I.2.5.3.6.Mise en évidence de l’exigence en facteur X (hémine) et en facteur V(NAD)
I.2.5.4. Moraxella catarrhalis
I.2.6. Étude de la sensibilité aux antibiotiques
I.3. Origines des souches
I.4. Souches bactériennes isolées
II. RESULTATS
III. DISCUSSIONS
Conclusion
Références
Annexes
