Soutenance mémoire
Les infections sexuellement transmissibles (IST) en plus des symptômes dont elles sont responsables, peuvent exposer à un risque d’infertilité (1), de cancer (2) ou d’infection néonatale sévère en cas d’IST au cours d’une grossesse (2). La fréquence des IST en France, est en augmentation depuis les années 1990 (3) et ce plus particulièrement chez les hommes ayant des rapports sexuels avec des hommes (HSH). En France, les principales IST sont causées par les bactéries : Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis, Treponema pallidum et Mycoplasma genitalium ; le protiste Trichomonas vaginalis ; et les virus Herpes simplex (HSV), Papillomavirus (HPV) et virus de l’immunodéficience humaine (VIH) (4). Selon l’organisation mondiale de la santé (OMS) en 2016, chaque jour, plus d’un million de personnes dans le monde ont contracté une infection sexuellement transmissible (5). La prévention des IST est donc un enjeu de santé publique mondiale.
Epidémiologie des principales IST
Les infections à C. trachomatis ont une incidence en Europe estimée en 2013 à 182 cas pour 100 000 habitants, cette incidence est en augmentation rapide (plus 68 % en 5 ans) (6). Ces infections sont surveillées en France par le réseau RenaChla et par le centre national de référence des lymphogranulomatoses vénériennes. En 2016, ces réseaux de surveillance rapportaient un taux d’infections urogénitales à C. trachomatis stable, 63 % des patients étaient des femmes. En revanche, le taux d’infections ano-rectales (90 % des patients concernés étaient des HSH) à C. trachomatis était en augmentation (7). L’incidence des cas de syphilis estimée à 5,4 cas pour 100 000 habitants en Europe en 2013 est elle aussi en augmentation (6). En France, le nombre de cas de syphilis a explosé depuis les années 2000. En 2016, les données obtenues via le réseau de surveillance ResIST montraient une tendance à la stabilisation du nombre de nouveaux cas de syphilis récentes. Les HSH représentaient 81 % des cas rapportés en 2016 (7). En Europe, l’incidence des cas de gonococcies a augmenté de 79 % en cinq ans avec une estimation en 2013 retrouvant 17 cas pour 100 000 habitants (6). Les infections à gonocoque sont surveillées en France par le réseau Renago, les données de surveillance de 2016 faisaient état d’une nette augmentation des infections (plus 32 % de nouveaux cas en un an), 69 % des patients ayant une infection étaient alors des HSH (7).
Les infections à mycoplasmes génitaux et T. vaginalis sont moins souvent dépistées. En France, une étude récente évaluait sur 2652 prélèvements génitaux à la recherche d’IST la prévalence de M. genitalium et T. vaginalis à respectivement 3,4 et 1,7 % (8). Selon l’OMS fin 2017, on comptait dans le monde environ 36,9 millions de personnes vivant avec le VIH (9). 47 % des nouvelles contaminations ont lieu chez des personnes appartenant aux groupes à haut risque d’infection : les HSH, les personnes consommant des drogues par injection, les personnes vivant en prison ou dans d’autres environnements clos, les travailleurs du sexe et leurs clients, et les personnes transgenres (9). En France, en 2016, on recensait 6000 nouveaux cas d’infection par le VIH soit 8,9 cas pour 100 000 habitants. Le nombre de nouveaux cas a diminué de 5 % par rapport à 2013 (alors que le nombre de dépistages a augmenté) (10). 44 % de ces nouveaux diagnostics ont eu lieu chez des patients HSH, qui restaient le groupe le plus touché en France (10). La survenue d’IST est un facteur de risque d’infection par le VIH (9) et la fréquence des découvertes d’infection par le VIH avec une co-infection par une autre IST est en hausse en France, cette situation représentait 17,5 % des cas de découverte de VIH en 2016, la fréquence des co-infections était particulièrement élevée chez les HSH (11). Par ailleurs, en France en 2016, les patients déjà suivis pour une infection par le VIH représentaient une grande proportion des patients diagnostiqués pour une autre IST: respectivement 76 %, 32 % et 13 % des patients diagnostiqués pour une infection à C. trachomatis, une syphilis ou une gonococcie (7). 500 millions de personnes dans le monde sont atteintes par le virus herpes simplex 2 (HSV2) responsable de la plupart des cas d’herpes génitaux (5). En France la séroprévalence pour HSV2 est de 17,5 % de la population (12). On observe par ailleurs une augmentation des cas d’herpes génitaux causés par HSV 1 (13). Les infections à papillomavirus représentent l’IST la plus répandue dans le monde (14). Le virus est rencontré au moins une fois par la plupart des personnes sexuellement actives (2), une femme a 89 % de risque par an d’avoir une infection à HPV en cas de rapports sexuels non protégés, ce risque descend à 38 % par an en cas d’usage systématique de préservatif (15). C’est la persistance du virus au sein des tissus qui entraine le risque de survenue de cancer ou de condylome. L’HPV est responsable du cancer du col de l’utérus chez la femme mais joue un rôle également dans la survenue des cancers anaux, vulvaires, péniens ou du pharynx (16). Les patients suivis pour une infection par le VIH sont particulièrement à risque de survenue de cancers secondaires à une infection par HPV (17).
Autres IST présentes en France
L’hépatite A se transmet par voie féco-orale et n’est pas habituellement considérée comme responsable d’IST. Cependant, en France en 2017, une épidémie de plus de 2900 cas (nombre de cas multiplié par plus de quatre par rapport à 2016) a concerné majoritairement les hommes (79 % des cas) avec une rôle très probable de la transmission sexuelle au sein de la communauté HSH (18). La plupart des contaminations à l’âge adulte par le virus de l’hépatite B surviennent lors des rapports sexuels et entrainent dans 2 à 6 % des cas une infection chronique (2). 280000 personnes en France sont porteuses de l’antigène HBs (hépatite B active) soit 0,65 % des 18- 80 ans (19). Les hépatites B chroniques sont responsables de décès prématurés par cirrhose ou cancer hépatocellulaire dans 15 à 25 % des cas (20). L’hépatite C se transmet habituellement par voie sanguine et très peu par les secrétions sexuelles. On assiste actuellement à une augmentation du nombre de cas d’hépatite C au sein de la communauté HSH dans les pays développés. Les principaux facteurs de risque identifiés sont une co-infection par le VIH, la syphilis, l’usage de drogue lors des rapport sexuels et certaines pratiques sexuelles à risque de lésions muqueuses (21,22). Chez l’homme, un grand nombre d’urétrites restent sans étiologie retrouvée. Certaines bactéries telles que les Haemophilus, Streptococcus ou encore le méningocoque (23) pourraient jouer un rôle pathogène.
Rôle et modalités du dépistage dans la prise en charge des IST
Dans une grande proportion des cas, les IST sont asymptomatiques. Dans une étude de 2003, aux Etats Unis, un dépistage systématique de 1631 personnes de la population générale a retrouvé que 45 % des infections à gonocoque et 77 % des infections à C. trachomatis étaient asymptomatiques (24). De même un dépistage systématique proposé aux patients HSH suivis pour une infection par le VIH dans un centre irlandais a retrouvé une IST asymptomatique chez 16 % des patients (25). Le grand nombre d’infections asymptomatiques est un argument en faveur du dépistage systématique des IST les plus fréquentes.
Devant le grand nombre d’IST asymptomatiques, il est nécessaire d’évaluer les sites de dépistage les plus à même de mettre en évidence une IST. En 2016, dans une revue de la littérature reprenant 80 études, Chan et al. retrouvaient une fréquence élevée d’infections asymptomatiques rectales et pharyngées à N. gonorrhoeae ou C. trachomatis (26). La fréquence des localisations extra génitales des IST est décrite chez les HSH (27) mais aussi chez les hommes hétérosexuels et les femmes (28). La fréquence des IST asymptomatiques est un argument contre la stratégie de prise en charge syndromique des IST de l’OMS (5) appliquée dans les pays à faible revenu. De nombreuses études mettent en avant l’absence de corrélation entre un pathogène et un syndrome génital et la nécessité d’un dépistage systématique des patients à risque asymptomatiques (29–32).
En France il est actuellement recommandé de dépister toutes les IST en cas de symptôme évocateur d’IST ou suite au diagnostic d’une autre IST. Cette recherche doit être effectuée chez le patient et ses partenaires (33). Il est également recommandé en population générale asymptomatique de proposer annuellement, si changement de partenaire, un diagnostic sérologique du VIH, de l’hépatite B (en absence de vaccination), de l’hépatite C si risque sanguin, ainsi qu’une PCR détectant C. trachomatis chez les femmes de 15 à 25/30 ans sur auto prélèvement vaginal et chez les hommes de moins de 30 ans sur premier jet d’urine. De plus pour les patients HSH asymptomatiques il est recommandé d’effectuer annuellement une sérologie VIH, une sérologie de l’hépatite C, une sérologie syphilis, une sérologie de l’hépatite B (si non vacciné), une sérologie de l’hépatite A (si non vacciné), ainsi qu’une PCR détectant C. trachomatis et le gonocoque sur premier jet d’urine, auto prélèvement anal et prélèvement pharyngé (33).
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Table des matières
Introduction
Epidémiologie des principales IST
Autres IST présentes en France
Rôle et modalités du dépistage dans la prise en charge des IST
Objectif de ce travail
Matériels et méthode
Population étudiée
Kit IST (composition, objectif)
Méthodes d’analyse utilisées au laboratoire de microbiologie
Techniques de culture bactérienne
Techniques de biologie moléculaire bactériennes et virologiques
Techniques de diagnostic des infections à HPV
Techniques de sérologie
Dépistages des IST hors kit
Recherche de résistance du gonocoque
Données recueillies, définition d’une IST
Méthodes d’analyse statistique
Résultats
Données démographiques générales
Rentabilité du kit IST en conditions symptomatiques ou asymptomatiques
Rentabilité des sites de prélèvements
Microbiologie urétrale, et urinaire
Dépistage d’HPV
Discussion
Conclusion
Références
Annexe
