Soutenance mémoire
Définition des patients
Les dossiers médicaux et imageries de chacun de ces patients ont ensuite été revus dans chaque centre hospitalier concerné afin de pouvoir décrire deux catégories de patients : ceux malades à MBNTER répondant aux critères cliniques et microbiologiques de l’ATS/IDSA 2007 (11), et les sujets porteurs sains, c’est-à-dire les patients porteurs de MBNTER dans au moins un prélèvement respiratoire mais qui ne répondaient pas à ces critères. Selon les critères diagnostiques de l’ATS/IDSA de 2007, le diagnostic de maladie pulmonaire liée à une MBNTER (MBNT-MP) repose sur:
1) des critères clinico-radiologiques : symptômes cliniques avec imagerie thoracique compatible : cavité, nodules, ou bronchectasies associées à des nodules, avec exclusion des autres diagnostics ;
2) et des critères microbiologiques avec nécessité d’au moins 2 expectorations et/ou tubages séparés positifs ou un prélèvement protégé positif comme le liquide de lavage broncho-alvéolaire.
Les patients ayant une maladie disséminée à MBNTER prouvée microbiologiquement étaient ceux présentant une atteinte respiratoire et d’un autre organe (ganglion extra thoracique, moelle osseuse, foie…). Les sujets porteurs sains correspondaient aux patients présentant un prélèvement respiratoire positif mais contaminés par une mycobactérie non pathogène de l’environnement (par exemple, M. lentiflavum, M. mucogenicum…) et aux patients colonisés ou porteurs d’une mycobactérie dans leur prélèvement respiratoire sans qu’il n’y ait de retentissement clinico-radiologique évidente. Nous avons décidé de regrouper ces deux types de patients pour limiter les confusions entre les deux. Dans la littérature, plusieurs cas ont été exposés de maladies respiratoires dûes à des mycobactéries décrites initialement non pathogènes (29,30) et le terme de colonisation des voies respiratoires pouvait prêter à confusion chez des patients n’ayant qu’un seul prélèvement respiratoire pour lesquels nous n’avions pas d’information sur le suivi. Les critères diagnostiques ATS/IDSA n’ont pas été validés pour le sous-groupe de patients séropositifs pour le VIH c’est pourquoi ils ont été classés comme ayant une MBNT-MP s’ils répondaient à tous les critères sauf l’exclusion de diagnostic différentiels puisque ce sous-groupe de patients peut présenter plusieurs co-infections.
Résultats des études en sous-groupe
Dans le groupe de malades, il y avait une prédominance significative de MAC (25/31 soit 81%). Une étude en sous-groupe a été réalisée permettant de comparer les maladies pulmonaires liées à MAC des 6 autres maladies liées à d’autres espèces principalement le groupe M. abscessus (5 de ces 6 autres patients) (tableau 7). L’autre malade était infecté à M. genavense. Les patients avec une comorbidité respiratoire ou une dénutrition avaient significativement plus de risques d’avoir une infection respiratoire à M. « non-MAC » que MAC à la différence des patients séropositifs pour le VIH (OR 15,8 avec IC 1,25-786,72 ; p=0.01). Il n’y avait pas de différence entre les deux sous-groupes concernant les autres antécédents et les présentations cliniques ou scannographiques. En revanche il y avait une différence pour l’anémie qui avait un OR de 10,29 (IC 0,76-533,74; p= 0,04) en faveur des MAC. 54% des patients avec une maladie respiratoire à MAC avaient reçu un traitement approprié dont 33% ayant eu une récidive. Il y avait plus de décès toutes causes confondues retrouvés dans le groupe « non-MAC » que dans celui de MAC avec respectivement 50% (3 sur 6 patients) et 24% (6 sur 25 patients) des patients avec une maladie respiratoire mais cette différence n’était pas significative. Il n’y avait pas assez d’informations médicales sur les causes de décès de tous les patients c’est pourquoi seul le décès toutes causes confondues à un an a été notifié. En comparant les patients qui ont une maladie respiratoire à MBNTER avec une séropositivité pour le VIH ou non, les patients positifs avaient significativement moins de comorbidités respiratoires (10 versus 73% respectivement, p=0,001), de gastrite ou RGO (5 versus 45%, p= 0,01). Parmi les 17 patients séropositifs ayant eu un scanner thoracique, 16 étaient anormaux avec principalement des formes scannographiques fibro-cavitaires (19 versus 60%, p= 0,04). L’anémie et la leucopénie représentaient respectivement 80% et 42% des patients séropositifs contre 30% et aucun dans le groupe séronégatif. Parmi les 7 patients séropositifs ayant d’autres formes scannographiques : 4 avaient des condensations alvéolaires, 1 avait un syndrome interstitiel ou aspect de verre dépoli ou une miliaire. Les patients séropositifs avaient nettement plus d’infections respiratoires à MAC (95% soit 19 sur 20 patients) et disséminées (55% soit 11 sur 20 patients) alors que chez les patients séronégatifs il n’y avait aucune infection disséminée. Il y avait presque deux fois plus de MBNT-MP dûes à M. avium dans chacun des deux groupes. Il y avait seulement 5 co-infections prouvées biologiquement dans le groupe VIH comprenant une tuberculose, pneumocystose, histoplasmose, cryptococcose et une bactérienne à pneumocoque. Par ailleurs, l’examen direct des prélèvements respiratoires était plus souvent négatif, et quand un LBA était réalisé celui-ci était positif dans 5 cas sur 6 (soit 83% des cas). Les patients VIH recevaient un traitement anti-mycobactérie moins approprié que le groupe non VIH et le taux de décès à un an toutes causes confondues était deux fois plus élevé mais de façon non significative pour ce dernier paramètre. Enfin, le taux de décès toutes causes confondues à un an était significativement de 29% pour les maladies pulmonaires à MBNTER contre seulement 9% avec un OR de 4,3 (IC 1,65- 11,20 ; p= 0,002) (tableau 6b). Le décès à un an lié aux non-MAC était deux fois supérieur que ceux lié à MAC (50 et 24% respectivement). Chez le patient séropositif pour le VIH, le taux de décès était également deux fois supérieur que chez le séronégatif (35 et 18% respectivement).
Aspects originaux de l’étude
Nous présentons ici une étude rétrospective exhaustive sur les maladies et portages respiratoires à mycobactéries non tuberculeuses à tropisme respiratoire portant sur la période 2008 à 2018 et ayant identifié 178 patients, parmi lesquels 31 ont été étiquetés in fine comme infectés par ces bactéries. A notre connaissance, il s’agit d’une rare étude exhaustive de cette envergure réalisée sur le territoire guyanais. En Amérique du sud et aux Antilles peu d’études ont étudié le profil démographique, clinico-biologique et radiologique des MBNTER présentes en Guyane mais également selon leur pertinence clinique. Un tableau récapitulatif des principales études épidémiologiques réalisées dans différentes parties du monde, Europe, Amérique latine et Caraïbes compris, est disponible en annexe (Annexe 2). Dans les Antilles françaises, les quelques études ont porté sur la répartition des espèces de MBNTER entre les DFA ou sur les facteurs prédictifs d’amélioration de la maladie à un an (8,18). En Amérique du sud, les études étaient principalement des études d’incidence et/ou de prévalence, portées sur la fréquence d’espèces de MBNT et la proportion de patients remplissant les critères ATS/IDSA 2007 mais rares ont été celles qui ont comparé les caractéristiques des malades remplissant ces critères des autres patients (36). Les points forts de cette étude étaient 1) le recueil exaustif des prélèvements respiratoires à partir de tous les laboratoires qui analysent ceux en provenance de la Guyane 2) qu’elle soit multicentrique avec révisions des dossiers médicaux et imageries thoraciques sur tous les CH de Guyane, 3) la classification des patients selon tous les critères de l’ATS/IDSA 2007 c’est-à-dire cliniques et microbiologiques. Ont été exclus de l’étude les patients ne pouvant être classés même après discussion pluri-disciplinaire pour éviter un biais de classement, 4) tous les patients ont été inclus quelque soit leur âge, le pays de naissance et le statut immunitaire pour que la population d’étude soit la plus représentative de la population guyanaise, 5) nous avons limité le biais de sélection en croisant les divers prélèvements respiratoires des 4 laboratoires qui analysent les mycobactéries.
CONCLUSION
La Guyane est un département français ayant ses propres caractéristiques en termes de population et donc de mycobactéries atypiques, comparé à la France métropolitaine. Les principales mycobactéries atypiques d’expression respiratoire identifiées dans les prélèvements respiratoires de patients sur le territoire sont les MAC suivi de M. fortuitum et M. abscessus alors que seuls MAC, M. abscessus et M.genavense ont un impact clinique bien que leurs présentations clinico-démographiques soient différentes. L’incidence des MBNTER en Guyane était comparable voire un peu plus élevée qu’en France hexagonale. De plus, la mortalité chez les malades ayant une MBNTER semble être plus importante qu’en France et aux Antilles ce qui justifie de prendre en considération ces maladies.
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Table des matières
MANUSCRIT
I-INTRODUCTION
II- MATÉRIELS ET MÉTHODES
Schéma et lieu de l’étude
Population d’étude
Source de données
Définition des patients
Définition des variables
Recueil des données
Analyses statistiques
Aspects éthiques et réglementaires
III- RÉSULTATS
Participants à l’étude
Caractéristique de la population incluse et résultats principaux
Résultats des études en sous-groupe
IV- DISCUSSION
Aspects originaux de l’étude
Principaux résultats et comparaison à la littérature médicale
Limites de l’étude
Conclusion et perspectives
V- CONCLUSION
VI- BIBLIOGRAPHIE
VII- ANNEXES
SERMENT D’HIPPOCRATE
IMPRIMATUR
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