Epidémiologie de la résistance du genre Pseudomonas

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Classification contemporaine

L’édition actuelle du Bergey’s [85] compte de nombreuses méthodes utilisées dans la classification des Pseudomonas. Ces méthodes révèlent les efforts fournis pour la caractérisation des espèces de Pseudomonas, incluant la sensibilité à certains composés, les caractéristiques génétiques et écologiques, le pouvoir pathogène et la structure antigénique [89].

Caractéristiques phénotypiques

Comprennent les tests tels que : la forme cellulaire, le type de flagelle, l’utilisation des sources de carbones tel que : les acides organiques, les polyols, les acides aminés, la capacité de croissance dans des conditions de culture variables, la synthèse d’exo-enzymes et la production d’antibiotiques (Palleroni, 2005) [85].

Études chémo-taxonomiques

Parmi les caractéristiques utilisées dans la taxonomie des Pseudomonas, l’utilité des études chémo-taxonomiques a été prouvée à maintes reprises, dans la reclassification des espèces [89]. La présence de certains lipides polaires comme le phosphatidyl-glycerol, diphosphatidyl-glycerol et la phosphatidyl-éthanolamine [19], les ARN stable (5S rRNA et tRNA) de faible poids moléculaire [47 ; 48], les systèmes quinones, en plus d’autres marqueurs ont été utilisés dans la reclassification de certains genres de Pseudomonas dans d’autres genres [56].
Auling et al. (1991) [6] ont contribué à différentier les espèces de ce groupe en étudiant la composition en polyamine chez les Protéobacteria. Janse et al. (1992), avaient analysé les acides gras d’une collection de phytopathogènes opportunistes, pour clarifier la position taxonomique de souches de P. marginalis incluses dans le groupe de P. fluorescens.
Jean-Marie Meyer et ses collaborateurs, ont utilisé le sidérotypage pour les Pseudomonas spp. fluorescents d’abord, et ensuite pour les non fluorescents. Cette approche taxonomique, est basée sur la caractérisation iso-électrophorétique des sidérophores et pyoverdines ; et la détermination de la spécificité des pyoverdines pour les souches productrices. Ceci a permis la caractérisation des espèces de Pseudomonas par la mise en évidence de pyoverdines spécifiques aux espèces [75]. Delorme et al., (2002) et Ramette et al. (2011), l’ont utilisé pour la classification et reclassification des espèces de Pseudomonas. Le pouvoir de résolution et l’exactitude de cette nouvelle technique taxonomique a été améliorée par la détermination de la masse moléculaire des pyoverdines par spectroscopie de masse [74].
Actuellement, les techniques les plus modernes d’analyse des biomolécules sont appliquées pour la taxonomie des Pseudomonas. En effet, l’empreinte génétique par spectroscopie à fluorescence (spectres d’émission de fluorophores intrinsèques : NADH, tryptophane et un complexe d’acides aminés aromatiques et d’acides nucléiques), a permis une discrimination entre les genres Pseudomonas, Burkholderia, Xanthomonas ou Stenotrophomonas avec une grande sensibilité. Mais aussi, entre les espèces de P. chlororaphis, P. lundensis, P. fragi, P. taetrolens et P. stutzeri groupé séparément de P. putida P. pseudoalcaligenes et P. fluorescens, correspondant aux classes phylogénétiques obtenues par Anzai et al. (2000) [5] et [112].
Malgré la pertinence de ces approches chémo-taxonomique avec les études phénotypiques et écologiques, c’est le séquençage des gènes qui a permis des avancées majeures dans la taxonomie des bactéries, et par la même celle des Pseudomonas.

Caractérisations génétiques

Les gènes ribosomaux sont présents chez tous les organismes, et possèdent la même fonction vitale : la synthèse protéique. Ces caractéristiques font des ribosomes d’excellents candidats d’études pour les taxonomistes. En effet ces molécules possèdent un niveau d’évolution assez élevé pour assurer une variabilité entre les différentes espèces ; mais avec un degré de conservation suffisant pour assurer que ces différences correspondent à des catégories taxonomiques stables comme les genres et les espèces.
Parmi tous les ARN ribosomaux seul le gène ARNr16S remplis ces deux caractéristiques, le gène ARNr23S est extrêmement conservé alors que le gène ARNr5S est trop petit [89]. C’est pour cela que le gène ARNr16S est devenu la molécule clé sur laquelle est basée la classification des procaryotes, incluant celle des Pseudomonas [5, 85].
Parfois l’analyse du gène ARNr16S ne permet pas la différenciation entre des espèces très proches. D’autres gènes ayant démontré leur importance pour la différenciation entre les espèces ont été analysés. Ces gènes nommés gènes de ménage : recA (recombinase A), rpoD (facteur Ϭ70 de l’ARN polymérase), gyrB (sous unité β de l’ADN gyrase), rpoB (sous unité β de l’ARN polymérase), ont permis la différentiation des espèces de Pseudomonas [45]. En effet, la discrimination entre des espèces très proches de Pseudomonas est obtenue par l’analyse du gène rpoB.
L’arbre phylogénétique obtenu avec ce gène donne une résolution 3 fois plus importante que celui obtenu avec le gène ARNr16S [2]. Et pourtant c’est le gène ARNr16S, qui a permis la différenciation des sous espèces de P. chlororaphis [93]. Cependant, l’analyse des gènes de ménage n’est pas communément utilisée dans la description des espèces de Pseudomonas. La description des gènes rpoD, gyrB, rpoB a été incluse dans des descriptions récentes de Pseudomonas : chez P. xiamenensis, chez 107 espèces de référence de Pseudomonas [76], et chez P. syringae, P. fluorescens et P. chlororaphis [98].
Un autre marqueur phylogénétique a été utilisé dans les études taxonomiques, il s’agit des ITS (intergenic spacer), région située entre ADNr 16S-23S. Cette séquence présente une grande variabilité tant du point de vue taille que de la séquence, permettent ainsi une distinction entre des espèces très proches [42].
Des protocoles spécifiques utilisant des amorces universelles, ont été désignés pour analyser cette séquence chez les Pseudomonas environnementaux [68].
Une méthode prometteuse pour l’identification des microorganismes, et qui peut analyser jusqu’à 300 échantillons en une seule fois est le MALDI-TOF-MS (matrix-assisted laser desorption ionisation-time of flight mass spectrometry), par l’analyse des protéines ribosomiques [94]. En effet, les résultats d’identification des isolats de Pseudomonas sont excellents, avec jusqu’à 100% de résultats corrects [28] [31].

Caractéristiques métaboliques

Le genre Pseudomonas est caractérisé par un métabolisme oxydatif et non fermentatif, utilisant l’oxygène comme accepteur final d’électrons, et même quelques souches utilisent la dénitrification (les nitrates sont parfois utilisés comme accepteur d’électrons ce qui permet une croissance en anaérobiose).
Les Pseudomonas spp. fluorescents saprophytes possèdent tous une cytochrome oxydase c ayant un maximum d’absorption caractéristique à 552/554 nm, qui peut être mise en évidence par l’oxalate de N, N-diméthyl-paraphenylène-diainine [65]. Elles sont aussi catalase positive, mésophile chimio-organotrophe puisqu’elles peuvent croître dans un milieu minéral ne contenant qu’une seule source de carbone. Toutefois, certaines sont chimio organotrophes facultatives et peuvent utiliser l’hydrogène comme source d’énergie et n’ont pas besoin de facteurs de 18 croissance pour se multiplier. Elles peuvent utiliser des sources de carbones variables (versatilité nutritionnelle), et certaines ont la capacité de croître même dans l’eau [108]. La plupart étant saprophytes. [14, 97].
Quelques espèces comme P. syringea, sont phytopathogènes [108], et certaines peuvent causer des infections chez l’homme. Particulièrement P. aeruginosa, reconnu comme pathogène opportuniste et causant des infectons pulmonaires mortelles chez les patients atteints de fibrose kystique. [72]
Les températures cardinales aux quelles les espèces se multiplient varient de 4° à 42°C, cette dernière est caractéristique de l’espèce P. aeruginosa, alors que la température optimale pour la croissance des espèces saprophytes est située entre 28°C et 30°C. Toutes les espèces de ce genre ne peuvent croître à pH inférieur à 4.5, ni métaboliser le lactose sur Mc Conkey, l’examen au rouge de méthyle et celui de Voges Proskauer sont négatifs. [83]
Ces bactéries ont la capacité de dégrader des composés complexes, tel que les protéines et les polysaccharides complexes comme l’amidon, la cellulose [83], certaines seulement comme P. pseudoalcaligenes peuvent dégrader le poly β-hydroxybutyrate;[84]. L’aptitude de certains isolats à dégrader des substances xénobiotiques a également retenu l’attention de différents chercheurs [14, 60]. De nombreux isolats de P. fluorescens et P. putida ont été cités en exemple comme souches capables de dégrader des molécules aromatiques plus ou moins complexes. L’assimilation de composés aromatiques semble par contre moins courante chez les isolats provenant de sols non contaminés ou de la rhizosphère. [20, 62]
Le catabolisme des xénobiotiques par les Pseudomonas spp fluorescents se caractérise en effet par la variété et la plurifonctionnalité des enzymes dégradatives. Il présente de multiples voies périphériques permettant les premières attaques d’une gamme importante de composés [40]. Enfin, certaines populations de Pseudomonas spp fluorescents ont la possibilité de dissimiler l’azote (Clays-Josserand et al., 1995) [24]. Cette dissimilation est plus ou moins complète selon le groupe taxinomique considéré [71].
Ces bactéries contribuent donc, de façon significative, à la réduction des nitrates et des nitrites qui constituent des polluants des nappes phréatiques [60]. En raison de la richesse de leurs voies métaboliques, elles sont souvent capables de résister à de nombreux antiseptiques ou antibiotiques ce qui explique leur présence de plus en plus fréquente en milieu hospitalier où elles peuvent être isolées de l’environnement humide [34].
Les espèces du genre Pseudomonas produisent une couche d’exopoly- saccharide entourant leurs cellules, la protègent de la phagocytose par les macrophages chez les mammifères. Cette couche d’exo-polysaccharide (E.P.S) leur permet de former des biofilms, grâce auxquels elles peuvent rester collées aux surfaces, de telle manière qu’il est difficile de les déloger [119]. Ce genre produit beaucoup de poly hydroxy alcanoates et d’alginates ainsi que d’autres substances métaboliques. Ce qui les rend d’un grand intérêt biotechnologique [49].

Distribution écologiquedu genre Pseudomonas

Les espèces de Pseudomonas décrites durant la dernière décennie montrent que c’est l’un des genres bactériens les plus ubiquistes dans le monde, et différentes espèces ont été isolées de niches écologiques diverses. En effet, P. plecoglossicida est un pathogène de poissons [80]; P. salomonii et P. palleroniana sont des espèces phytopathogènes [37]; P. simiae a été isolé d’un échantillon clinique de singe [115] et P. costantinii est un pathogène de champignons comestibles [77].
D’autres sont des bactéries associées aux racines, et ont été isolés de différentes plantes P. brassicacearum et P. thivervalensis isolés respectivement de plantes d’ail et de riz [1]. P. rhizosphaerae, P. lutea et P. argentinensis isolé de la rhizosphère de l’herbe [88, 90, 91].
Certaines ont été isolées de la phyllosphère des plantes, c’est le cas de P. lurida de la phyllosphère de l’herbe [9]. Quelques espèces ont été isolées d’écosystèmes marins comme c’est le cas de P. marincola [100], ou encore d’écosystèmes désertiques P. duriflava [65], P. guineae, une bactérie psychro-tolérante du sol de l’antarctique [16], P. thermotolerans, qui peut croitre à 55°C isolée d’échantillons animaux [70].
Cette distribution mondiale semble être due à une adaptabilité physiologique et génétique élevée [105]. La clé de cette adaptabilité de souches individuelles à de tels environnements, est la présence chez ce genre bactérien de nombreux ilots génomiques, c’est le cas de la souche P. aeruginosa PSE9 [8].

Epidémiologie de la résistance du genre Pseudomonas

L’harmonisation des critères de résistance des souches bactériennes au niveau européen a été élaborée en 1996 par l’EUCAST (European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing), afin de classer les souches dans les catégories sensible (S), intermédiaire (I) ou résistant (R). L’uniformisation de ces valeurs est indispensable pour comparer la prévalence de la résistance entre les différents pays de l’union européenne.
 La progression de la résistance aux aminosides, ainsi qu’aux autres molécules anti- pyocyaniques, pose actuellement des problèmes dans la prise en charge. Malgré une prise en charge précoce des infections liées à Pseudomonas par une antibiothérapie adaptée et l’utilisation de doses importantes d’antibiotiques, l’effet bactéricide sur ce genre est de plus en plus difficile à atteindre. La résistance qui en résulte, permet à la bactérie de s’adapter temporairement à son environnement.
L’acquisition d’une infection liée à une souche multirésistante de Pseudomonas chez un patient hospitalisé dépend à la fois de l’effet de la pression de sélection des antibiotiques, et de la transmission croisée.
 La prescription thérapeutique joue un rôle essentiel dans l’émergence et la diffusion de la multirésistance. L’utilisation inappropriée d’antibiotique antipyocyanique chez un patient peut conduire à l’émergence d’une résistance bactérienne se traduisant par une mauvaise réponse clinique, voire un échec thérapeutique.
Le risque relatif d’un tel événement devrait être pris en compte dans le choix et la conduite d’une bonne antibiothérapie. Cela semble d’autant plus important, que des résistances surgissent en cours de traitement chez au moins 10% des patients infectés ou colonisés par Pseudomonas. Toutefois, la plupart des études rapportées dans la littérature ne font pas la distinction, pourtant essentielle, entre l’acquisition de caractères de résistance par une souche présente initialement chez un malade et l’implantation chez ce même malade d’une autre souche de Pseudomonas plus résistante que la première et qui, éventuellement, supplantera celle-ci. Cette distinction nécessite l’analyse génotypique des isolats de Pseudomonas de chaque patient au cours du temps qui seule peut permettre de faire la part entre ces deux phénomènes très différents, nécessitant des mesures de prévention spécifiques. En effet, la maîtrise de la dissémination des souches multirésistantes passe essentiellement par des mesures d’hygiène (détection des porteurs, mesures d’isolement, décontamination des réservoirs environnementaux éventuels), tandis que la prévention de l’émergence de mutants résistants passe par une optimisation de l’antibiothérapie individuelle (nature et posologie des antibiotiques utilisés).
En l’absence de données génotypiques précises sur les isolats de Pseudomonas, il paraît assez difficile d’évaluer l’impact réel d’un antibiotique ou d’un schéma thérapeutique particulier sur la génèse de mutants résistants dans une unité de soins. Diverses études arrivent cependant à la conclusion que l’exposition à certains antibiotiques, notamment l’imipénème ou les fluoroquinolones, constitue un facteur de risque significatif pour l’émergence ou l’acquisition de souches résistantes.
Cette observation s’accorde avec le fait que le développement de la résistance aux fluoroquinolones ou aux carbapénèmes dépend de mutations spontanées relativement peu spécialisées ayant toutes les chances de se produire lorsque les inoculums infectieux sont importants, notamment au niveau pulmonaire. Toutefois, les exemples pourraient être multipliés avec d’autres antibiotiques anti-pyocyanique puisque l’administration de pipéracilline-tazobactam ou de ceftazidime apparaît, elle aussi, comme un facteur de risque pour le portage ou l’émergence de souches résistantes à ces β-lactamines.
Ainsi, à l’échelle d’un service ou d’un hôpital, la prescription accrue d’un antibiotique antipyocyanique se traduit fréquemment par une augmentation des isolats résistants de Pseudomonas.
Même s’il n’existe pas de moyens pour éviter l’acquisition par une souche donnée de Pseudomonasde matériel génétique étranger portant des gènes de résistance, il est possible d’optimiser l’antibiothérapie afin de minimiser l’émergence de mutants résistants. Car le fait de recevoir un antibiotique augmente le risque d’être secondairement colonisé et/ou infecté par des bactéries résistantes. Pour cela, le choix des antibiotiques antipyocyaniques revêt une grande importance puisqu’il conditionne la nature même des mutants susceptibles de se développer.
Certains antibiotiques, comme l’imipénème (ou la fosfomycine) sélectionnent des 23 résistances très spécifiques et n’affectant qu’eux-mêmes. Par contre, les autres β-lactamines (y compris le méropénème), les fluoroquinolones et plus rarement les aminosides peuvent favoriser le développement d’une résistance à plusieurs antibiotiques apparentés et créer une co-résistance, ou à des produits appartenant à des familles différentes et donnant lieu à une résistance croisée.
Par exemple, les fluoroquinolones présentent une aptitude particulière à sélectionner in vivo des mutants multirésistants par efflux actif, et la surproduction de systèmes d’efflux actif ou d’enzymes inactivatrices, ce qui est à l’origine d’une résistance aussi bien aux β -lactamines qu’aux aminosides. Ainsi, l’emploi simultané de deux antibiotiques pourrait donc, en théorie, réduire le risque d’émergence de bactéries mutantes grâce à une synergie d’action, sous réserve que les produits en question ne soient pas affectés par le même mécanisme de résistance, comme l’efflux actif.
Particulièrement à l’hôpital, cette bactérie pose beaucoup de problèmes de traitement parce qu’elle devient facilement résistante aux antibiotiques (ATB).

Epidémiologie des infections à Pseudomonas

Les infections graves à Pseudomonas sont connues depuis la fin du XIXè siècle, mais elles sont restées rares jusque vers 1950, date de l’introduction des antibiotiques en pratique courante. L’usage intensif de ces produits, surtout en milieu hospitalier a conduit à la sélection fréquente des souches de Pseudomonas unerésistance à ces antibiotiques. Par conséquent, cette résistance accrue crée une allure épidémique ; c’est pourquoi de très nombreux travaux ont été consacrés à l’épidémiologie des infections à Pseudomonas.

Sources de contamination

Le réservoir naturel de Pseudomonas, bactérie saprophyte est l’eau douce ou l’eau de mer, les végétaux au contact de cette eau et les sols humides. Réglementairement, l’eau potable ne doit pas contenir de souche de Pseudomonas. Dans les habitations les réservoirs peuvent être des sources potentielles de bacilles pyocyaniques. Des instruments contaminés peuvent être en cause : solutions pour lentilles de contact, cosmétiques. En milieu hospitalier, sont sources de contamination, nébuliseurs et respirateurs artificiels, cathéters veineux, sondes urinaires, perfuseurs et aiguilles mal stérilisées, solutions d’antiseptiques, matériels opératoires (ciseaux, bistouris…).
Il a été démontré que le genre Pseudomonas peut survivre et se multiplier dans l’eau distillée sans donner de trouble visible à des concentrations bactériennes de 10 bactéries/m I.

Formes cliniques à Pseudomonas 

Les infections à Pseudomonas peuvent revêtir différentes formes cliniques allant de la simple surinfection des plaies, aux infections graves généralisées à pronostic sévère. Les infections les plus fréquentes sont les infections urinaires, pulmonaires, cutanées, ORL, oculaires, les endocardites, les ostéites. D’autres sont plus rares: les gastroentérites et méningites.

Les infections urogénitales

Ce sont les plus fréquentes. Elles sont en recrudescence, ne sont jamais primitives mais toujours secondaires à une exploration des voies urinaires : sonde vésicale, sonde urétrale à demeure ou intervention rénale, prostatique, vésicale. STEG et ALBOUKER [109] donnent une très bonne description de l’infection urinaire dans laquelle ils soulignent l’importance du rôle des examens locaux dans la survenue de ces infections.
Les infections urinaires causées par Pseudomonas sont généralement acquises à l’hôpital et liés à un cathétérisme des voies urinaires, de l’instrumentation ou de la chirurgie. Pseudomonas est la troisième cause des infections nosocomiales urinaires acquises, ce qui représentent environ 12 % de toutes les infections de ce type. La bactérie semble être parmi les plus adhérentes de pathogènes urinaires à l’épithélium de la vessie. En outre, Pseudomonas peut envahir la circulation sanguine au niveau du tractus urinaire, et c’est la source de près de 40 % des bactériémies.
L’âge avancé de certains malades, l’antibiothérapie et la fréquence d’anomalies au niveau de l’appareil urinaire jouent un rôle capital dans l’apparition de ces infections.

Les infections pulmonaires

Les bronchopneumonies à bacille pyocyanique ne représentent que 2 à 3 % des pneumonies et elles s’observent surtout chez les patients atteints de fibrose kystique, de pneumopathies chroniques, de diabète, de cancer, de leucémie, et chez les trachéotomisés. Ces pneumonies sont très rarement primitives chez le sujet sain. Les formes cliniques sont le plus souvent des lésions pulmonaires hémorragiques et nécrotiques alors que les réactions inflammatoires sont souvent absentes.
Dans la fibrose kystique, la colonisation des bronches et des poumons par Pseudomonas est presque inéluctable au cours de l’évolution.
Ce genre est rencontré lors d’infections respiratoires chroniques telles que la mucoviscidose, la broncho-pneumopathie chronique obstructive et la dilation des bronches. L’inflammation du tractus respiratoire causée par une infection 26
chronique à Pseudomonas est la cause majeure de morbidité et de mortalité chez les patients mucoviscidosiques.
Ces infections respiratoires causées par Pseudomonas se produisent presque exclusivement chez les individus avec un compromis des voies respiratoires inférieures ou un mécanisme de défense compromis systémique. Pneumonie primaire chez les patients avec une maladie pulmonaire chronique et d’insuffisance cardiaque congestive.
Les pneumopathies communautaires surviennent suite à l’inhalation d’eau contaminée sous forme d’aérosol. Elles sont particulièrement fréquentes chez les patients atteints de mucoviscidose dès les premières années de vie, chez les patients bronchopates chroniques, porteurs de dilatation des bronches, ou séropositifs pour le VIH. [52]. Elles sont occasionnellement décrites chez des patients immunocompétents et sans pathologie respiratoire préexistante, souvent fumeurs, et sont d’une grande gravité [101].

Les infections cutanées

Elles sont regroupées en deux : l’infection des plaies et brûlures et le gangrenosum d’EHLERS qui est caractéristique du bacille pyocyanique.
 Chez les brûlés : l’infection débute par une escarre qui s’étend aux tissus de Voisinage et peut conduire à une septicémie brutale.
 Ecthyma gangrenosum est spécifique de Pseudomonas aeruginosa et se manifeste par des bulles hémorragiques qui se rompent et se nécrosent. Ces bulles sont localisées au niveau de l’aine, du dos, des mains, des pieds et des fesses.
Il existe d’autres formes cliniques : « ongle-vert » avec péri-onyxis, intertrigo des orteils.
Pseudomonas peut provoquer une variété d’infections de la peau, à la fois localisées et diffuses. Les personnes atteintes du sida sont facilement infectées. Pseudomonas a également été impliquée dans la folliculite et formes de l’acné vulgaire.
Il existe fréquemment des manifestations cutanées associées (vésicules et pustules, ecthyma gangrénosum, cellulite nodulaire) dont les lésions sont riches en P.aeruginosa.

Les gastroentérites

Les gastroentérites surviennent sous formes d’épidémies dans les unités néonatales (prématurés, crèches).
Elles sont sévères. La mort survient dans un tableau d’acidose par déshydratation. Les entérites d’origine hydrique, dite fièvre de Shangaï sont provoquées par ingestion d’eau potable, accidentellement contaminée par Pseudomonas aeruginosa.
Pseudomonas peut provoquer la maladie dans tout ou partie du tube digestif de l’oropharynx au rectum. Comme dans d’autres formes de la maladie de P.aeruginosa, ceux impliquant le tractus gastro-intestinal surviennent principalement chez les sujets immunodéprimés.

Les endocardites

La responsabilité du bacille pyocyanique est faible : 1% des cas. Les endocardites s’observent surtout dans les interventions chirurgicales : cathéter, artériographies, hémodialyse.

Les septicémies

La septicémie à bacille pyocyanique est la forme grave car mortelle dans plus de la moitié des cas. Le plus souvent elle succède à une infection localisée à Pseudomonas : cutanée, pulmonaire, génito-urinaire.
Plus de 80% des septicémies à Pseudomonas apparaissent à l’hôpital dont 50% après une intervention chirurgicale ou instrumentale. Le tableau clinique peut montrer un choc brutal toxi-infectieux mortel en quelques heures ou une forme moins brutale avec coagulation intravasculaire disséminée, une jaunisse ou des hémorragies intestinales.

Les méningites

Ce sont aussi des infections graves dues aux Pseudomonas (2% des cas). La plupart des méningites à Pseudomonas sont secondaires soit d’une septicémie soit d’une infection par propagation à partir d’une lésion voisine : otite maligne externe, sinusite ; soit après des interventions neurochirurgicales. L’isolement du germe est fait à partir du liquide céphalorachidien.

Les infections ostéo-articulaires.

Les tableaux cliniques d’infections osseuses sont différents suivant le siège et le type :
Ostéomyélite aiguë avec fièvre élevée et douleur.
Arthrites de l’épaule et de l’articulation sterno-claviculaire avec douleur, fièvre et inflammation. La ponction du liquide articulaire permet l’isolement du germe.

Les infections oculaires

L’infection oculaire à Pseudomonas est rare mais grave car entraîne des ulcères cornéens (dans 10 à 20% des cas). Elle est fréquente chez les cancéreux sans cause 29
locale apparente, les utilisateurs de lentilles de contact éventuellement souillées par des liquides d’entretien contaminés, l’emploi de collyres accidentellement contaminés.
Cette infection à Pseudomonas est l’une des causes les plus courantes de kératite bactérienne, et a été isolé comme l’agent étiologique de l’ophtalmie néonatale. Pseudomonas peut coloniser l’épithélium oculaire au moyen d’une fixation à des récepteurs fimbriaux. Si les défenses de l’environnement sont défaillantes, la bactérie peut se multiplier rapidement et la production d’enzymes telles que l’élastase, la protéase alcaline et une exotoxine, et causer une infection rapidement destructrice qui peut entraîner la perte de l’œil entier.
Les souches de Pseudomonas sont responsables de 10% des ostéites et 20% des arthrites. L’isolement du germe se fait à partir du prélèvement effectué par écouvillonnage oculaire.

Les infections O.R.L.

Le bacille pyocyanique n’est pas saprophyte normal du conduit auditif externe. Selon une enquête datant de 1952 [41], cette infection est retrouvée chez 1% d’individus sains.
 L’otite externe maligne, décrite par CHANDLER en 1968, est observée principalement chez les diabétiques âgés. Une mauvaise vascularisation, par atteinte artérielle athéromateuse, constituerait le facteur principal favorisant l’infection. Les manifestations vont d’un simple écoulement purulent dû à un foyer inflammatoire qui s’étend aux régions voisines (nerf facial, mastoïdes, os du crâne). La mortalité atteint 50% si le traitement n’est pas correct.
 Récemment une nouvelle forme d’otite externe à bacille pyocyanique a été décrite sous le terme « d’oreille des plongeurs ». Elle s’observe après une immersion prolongée dans de l’eau tiède ; par exemple dans les bains de piscines publiques ; chez les plongeurs de stations de recherche pétrolière en Mer du Nord [63].
 L’otite moyenne aiguë à bacille pyocyanique est rare, mais des cas ont été rapportés chez des nourrissons de moins d’un an ayant reçu une antibiothérapie prolongée pour d’autres infections. Le germe est isolé à partir du pus d’otite.

Diagnostic biologique

Le diagnostic est d’abord clinique, évoqué devant la survenue d’un nombre anormalement élevé de cas dans une unité de lieu et de temps. Sur le plan bactériologique, la première étape consiste à comparer les sérotypes et les profils de sensibilité aux antibiotiques des souches isolées chez les patients.
L’isolement et l’identification sont le plus souvent faciles par les techniques conventionnelles, mais le typage moléculaire (disponible dans des centres spécialisés) sera souvent pour déceler des épidémies nosocomiales et suivre les patients souffrant d’infections chroniques. L’isolement de Pseudomonas n’est, cependant, pas une preuve de son implication dans un processus infectieux en cours, car il est souvent un simple colonisateur. En règle générale, des cultures quantitatives seront donc souvent nécessaires. Des examens spécifiques impliquant l’imagerie seront aussi très utiles pour évaluer le niveau d’infection des organes profonds.
Pour identifier ces Pseudomonas d’intérêt médical, le bactériologiste peut emprunter plusieurs voies en s’adressant soit à des méthodes traditionnelles, soit à des galeries miniaturisées prêtes à l’emploi.
Cependant, il est bon de se rappeler qu’une orientation correcte du diagnostic doit se faire dès le départ en prêtant une attention particulière à la morphologie du bacilli, et notamment à la détermination du type de ciliature, qui est polaire dans le genre Pseudomonas, monotriche ou multitriche
L’enquête bactériologique sur les cas déjà observés ne doit pas faire négliger l’indispensable démarche épidémiologique descriptive, qui consiste à rechercher des cas qui auraient pu passé inaperçus, non seulement dans le service concerné mais dans les autres secteurs de l’établissement. Les cas incidents doivent être recensés avec précision sur le plan chronologique, de façon à construire la courbe épidémiologique, mais aussi sur les plans du suivi de l’itinéraire des patients et du personnel soignant, de la détermination des facteurs de risque d’infection par l’analyse des facteurs de risque à l’aide d’études de cohorte ou d’études cas témoins. Ces résultats doivent permettre de mettre en place des mesures de contrôle, dont il importe d’évaluer avec précision l’efficacité.
La recherche du germe devra également s’effectuer au niveau de la porte d’entrée ainsi qu’au niveau de tout autre foyer secondaire lorsqu’il est accessible.

Table des matières

NTRODUCTION
PREMIERE PARTIE
I. HISTORIQUE
II. Généralités sur le genre Pseudomonas
1. Les caractères généraux
1.1. Morphologie
1.2. Habitat
1.3. Ultrastructure [39]
1.3.1. Croissance, nutrition et métabolisme
1.4. Production d’un pigment : la pyoverdine
III. Epidémiologie
1. Marqueurs épidémiologiques [116]
a. Pyocynotypie [118]
b. La sérotypie
c. La biotypie [41]
d. Antibiotypie
e. Lysotypie [118]
IV. CLASSIFICATION DU GENRE PSEUDOMONAS
1. Étapes de la classification
2. Classification contemporaine
3. Caractéristiques phénotypiques
3.1 Études chémo-taxonomiques
3.2 Caractérisations génétiques
V. Caractéristiques métaboliques
VI. Distribution écologiquedu genre Pseudomonas
VII. Epidémiologie de la résistance du genre Pseudomonas
VIII. Epidémiologie des infections à Pseudomonas
1. Sources de contamination
IX. Formes cliniques à Pseudomonas [23]
1. Les infections urogénitales
2. Les infections pulmonaires
3. Les infections cutanées
4. Les gastroentérites
5. Les endocardites
6. Les septicémies
7. Les méningites
X. Diagnostic biologique
1. Hémoculture
1.1 Conditions de réalisation d’une hémoculture
1.2. Le prélèvement
1.3. L’examen bactériologique
1.3.1. L’examen macroscopique
1.3.2. Examen microscopique
1.4. Autres prélèvements bactériologiques
XI. Traitement
1. Le traitement curatif
1.1. Les buts
1.2. Les moyens
1.2.1. L’antibiothérapie
1.2.2. Les moyens de réanimation
1.2.3. Les moyens chirurgicaux
1.3. Indications [91]
1.3.1. Traitement de la porte d’entrée
1.4. Evolution-pronostic
1.4.1. Les éléments de surveillances
1.5. Traitement préventif [28]
DEUXIEME PARTIE
1I. CADRE D’ETUDE
1. Service des maladies infectieuses et tropicales (SMIT)
2. Le service de bactériologie
a. Description des lieux
b. Le personnel
3. LE MATERIEL ET LES METHODES
4. METHODE BIOLOGIQUE
4.1. Recueil des données
4.4.1. Saisie et analyse des données
4.4.2. Limite de l’étude
RESULTATS
I. Etude descriptive globale
1. Aspects épidémiologiques
1.1 Prévalence
1.2 Répartition des patients selon le sexe:
1.3 Répartition des patients selon les différentes tranches d’âge
1.4 Répartition des patients en fonction du statut matrimonial.
1.5 Répartition des patients selon l’origine géographique
1.6 Répartition de la population d’étude selon la profession
1.7. Répartition des patients selon la comorbidité
2. Aspects cliniques
2.1 Répartition des patients selon le diagnostic principal
2.2 Répartition des patients selon la porte d’entrée du germe
3. Les aspects paracliniques
3.1 Répartition des patients selon les paramètres biologiques
4. Les aspects bactériologiques
4.1 Répartition des prélèvements selon le nombre de germes isolés
4.2 Répartition des infections à Pseudomonas selon l’espèce
4.3. Répartition de l’antibiorésistance de Pseudomonas selon les portes d’entrée
5. Les aspects thérapeutiques
5.1 Répartition des patients selon le schéma de l’antibiothérapie
5.2. Répartition des patients selon l’antibiothérapie probabiliste
II. DISCUSSION
1. Les aspects épidémiologiques
2. Les aspects cliniques
3. Les aspects bactériologiques
4. Les aspects thérapeutiques
CONCLUSION
BIBLIOGRAPHIE

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