Soutenance mémoire
Classification des champignons
La taxinomie des champignons est basée sur la structure du thalle. Suivant cette classification, ce règne est divisé en trois grands groupes : Mycétozoaires, Oomycètes et Eumycètes (BOUCHET et al., 2005).
les mycétozoaires ou champignons animaux : Ils sont amiboïdes, faisant partie du groupe des Opistocontes (être vivant qui possède des cellules mobiles par leur flagelle à un moment de son cycle de développement) (Bouchet et al., 2005).
les Oomycètes ou champignons algues sont aquatiques. Ils ont des spores de petite taille et nageuse hétérocontes. Ces spores se déplacent par deux éléments différents : un fouet postérieur lisse et un flagelle antérieur poilu.
les Eumycètes ou vrais champignons se divisent en deux groupes suivant l’organisation de leur thalle : les champignons à siphon et les champignons à hyphes.
Les champignons à siphon englobent :
– les Chytridiomycètes qui sont des champignons aquatiques et à spores flagellés,
– les Zygomycètes qui sont saprophytes et microscopiques,
– les Glomeromycètes qui sont tous des fossiles,
– les Trichomycètes ou champignons à thalle filamenteux à spores uni ou plurinucléés mais n’ont pas de zoïdes ou cellules nageuses (KIFFER et MORELET, 1997).
Les Ascomycètes ou champignons à asques produisent des spores septées avec des formes différentes à l’intérieur d’un asque et les Basidiomycètes qui produisent des basidiospores à l’intérieur d’une baside forment les champignons à hyphes. A partir des modes de reproduction de chaque grand groupe, un autre groupe artificiel a été créé. Ce dernier appelé Deutéromycètes fait partie des champignons supérieurs. Ce groupe comprend les champignons qui peuvent vivre et se multiplier sans qu’apparaisse une phase sexuée ; la plupart des Ascomycètes et des Basidiomycètes présentent des formes asexuées (KIFFER et MORELET, 1997).
PRESENTATION ET CARACTERISTIQUES DU MILIEU D’ETUDE
Antananarivo est la capitale de Madagascar. Elle se trouve sur les Hautes terres centrales, située entre 18°48’ –19°12’ latitude Sud et 47°26’ – 47°40’ longitude Est. L’altitude moyenne est de 1310 m. La division administrative place Antananarivo dans la Région Analamanga. Son relief est formé par des collines et des plaines inondables. Sa pédologie évoque la présence de sol rouge de type ferralitique. Le climat régnant dans la région d’Antananarivo est un type tropical d’altitude semi humide (AUBREVILLE, 1949). Selon HUMBERT et COURS DARNE (1965), Antananarivo fait partie du type bioclimatique « humide tempéré ». La température moyenne annuelle de la région oscille autour de 20°C. La température moyenne maximale est de 27,7°C et la minimale de 11,6°C. Les mois les plus chauds sont Janvier et Février. La précipitation moyenne annuelle enregistrée en 2005 à la station météorologique d’Ampandrianomby est de 819 mm repartie sur 89 jours. La plus forte précipitation a été observée au mois de Janvier avec 222,6 mm et la plus faible au mois de Septembre avec 2,5 mm. Le diagramme ombrothérmique de GAUSSEN (1955) (fig. 1) a été établi à partir des données sur 30 ans (1961 à 1990) fournies par la station d’Ampandrianomby. Le principe adopté est basé sur la relation P = 2T où (P) indique la valeur mensuelle de la précipitation et (T) celle la température. Ce diagramme montre la présence de deux saisons (sèche et fraiche d’Avril à Septembre, chaude et pluvieuse d’Octobre à Mars). Dans l’atmosphère d’Antananarivo (1961-1990), l’humidité relative moyenne est de 78% environ. Le maximum est observé en février avec 81% et le minimum pendant le mois d’Octobre (71%). L’alizé, un vent océanique du Sud et Sud-Est accompagné d’humidité permanente prédomine de juin à septembre, alors que la mousson, un vent chaud et sec du Nord-Ouest prédomine de janvier et mai. La flore et la végétation d’Antananarivo appartiennent au Domaine du Centre (HUMBERT en 1955) et à la zone écofloristique montagnarde (FARAMALALA., 1981). Dans la région d’Analamanga, la surface couverte de forêt primaire est très faible. Des reboisements d’Eucalyptus et de Pinus sont observés dans d’autres districts tels Manjakandriana et Anjozorobe avec d’immenses parties couvertes de savane à Aristida. Des marais à Juncus et parfois à Typhonodorum sont rencontrés dans le bas fond (Min agri, 2003). Avec une forte densité de 10775 habitants par km2 (Min.agri. 2003), la riziculture irriguée et les cultures maraichères constituent les principales activités agricoles d’une partie de la population. La plupart des industries sont concentrées dans cette région (MIN.AGRI 2001).
Comptage microscopique
La méthode de lecture d’une lame aérobiologique est choisie en fonction de l’objectif du travail. La lecture horizontale permet d’avoir tout de suite une concentration journalière, alors que celle de verticale accède à l’obtention d’une concentration des particules émises par tranche de deux (2) heures. La lecture horizontale a été choisie afin d’avoir une meilleure représentation des spores dans les analyses microscopiques ; cette lecture est simplifiée en effectuant l’analyse d’une bande horizontale de 0,2mm de largeur (figure 10). Cette bande se trouve de préférence au milieu de la lame. Ce mode de lecture permet d’effectuer une analyse aéromycologique rapide et permet de travailler avec un focus bien précis égal à 5 (KONOPINSKA, 2004). Le comptage des spores fongiques a été réalisé sous microscope photonique, au grossissement x400. L’étalonnage de l’objectif du microscope à l’aide d’un réticule quadrillé a été réalisé afin de délimiter la largeur de la bande à analyser de 0,2 mm. La mesure est effectuée grâce à une lame portant une réticule graduée mise au point sous l’objectif. La graduation oculaire du microscope délimite après la zone où la lecture doit se faire. Les résultats observés au microscope ont été recueillis sur des fiches de comptage pour les 12 heures d’exposition du tambour (annexe 1). Deux étapes ont été suivies dans les analyses microscopiques de la présente étude :
– Dans un premier temps, les taxa fongiques présents dans les préparations ont été identifiés globalement.
– Dans un deuxième temps, 26 taxa communs aux résultats des études effectuées par RALAHIARIMIRANA (2006), RASOAZANANY (2008) et RASOLOFOMANANA (2011) dans l’atmosphère d’Antananarivo ont été dénombrés. Ces taxa comprennent 8 genres d’Ascomycètes, 4 genres de Basidiomycètes, 12 genres de Deutéromycètes, 1 genre de Myxomycètes et 1 genre de Zygomycètes. En dehors de ces taxa communs, les spores ont été dénombrées et désignés par « autres ».
COLLECTE DES DONNEES METEOROLOGIQUES
Les données relatives aux différents facteurs climatiques ont été prélevées à la station météorologique d’Ampandrianomby-Antananarivo. Ce sont des informations mensuelles dont quatre paramètres ont été retenus : la température, la précipitation, l’humidité relative et le nombre de jours de pluie. Pour les températures, les valeurs maximales et minimales ont été prises séparément afin de mieux discerner leurs influences sur le contenu en spores fongiques dans l’atmosphère.
Leptosphaeria sp.
Les spores de Leptosphaeria representent 0,78% des spores recensées dans l’atmosphère d’Antananarivo pendant la période d’étude avril à septembre 2005. Sa concentration enregistrée dans la figure n° 22 présente des variations très irrégulières. En général, le nombre de spores de Leptosphaeria pendant la saison sèche est inférieur à 100 spores par m3 d’air. Un pic de sporulation est identifié pendant la semaine S17 avec 195 spores par m3 d’air. Le minimum observé est enregistré au cours de la semaine S18 avec 5 spores par m3 d’air. Des variations non négligeables sont aussi enregistrées pendant cette période d’étude pendant les semaines S29-S32 et S36.
Influences des facteurs météorologiques sur la concentration des spores fongiques de l’année 2005
La courbe de variation de la concentration des spores fongiques pour l’année 2005 est montrée sur la Figure 28. Cette courbe montre l’effet des facteurs météorologiques sur la fluctuation de la concentration de spores des champignons en suspension dans l’atmosphère suivant les saisons de l’année. En général, les spores des champignons sont présentes en permanence dans l’atmosphère. Sa concentration est faible pendant la saison sèche par rapport à celle humide.
EMISSION DES SPORES DES CHAMPIGNONS DANS L’ATMOSPHERE D’ANTANANARIVO
La concentration des spores fongiques dans l’atmosphère d’Antananarivo pendant la période sèche de l’année 2005 varie d’un taxon à un autre. La fréquence des différents taxons varie de 0,03% à 30,23%. Le spectre global est généralement influencé par l’abondance de Cladosporium sp. pendant la période d’étude. Ce taxon est toujours à fréquence élevée avec une longue durée d’émission dans l’air en climat tempéré ou chaud (SARICA et al., 2004 ; HJELMROOS., 1993 et KASPRZYK et al., 2004). Le taxon le moins représenté est Helicomyces alors que celui à plus courte période d’émission est Erysiphe. Le comportement aérodynamique des particules dépend de la forme, de la densité et du diamètre des particules. Tous ces paramètres peuvent varier selon l’état d’humidité des spores (REPONEN et al., 2001). La dispersion de Cladosporium est favorisée par sa petite taille et son aspect qui ressemble à une chaine ramifiée facilement détachable. Pour les autres taxa tels que Alternaria, Cercospora, Didymospores, Dydimella, Entomophtora, Epicoccum, Erysiphe, Helicomyces, Helminthosporium, Pithomyces, Puccinia, Sporidesmium, Stemphylium et Torula présentent des spores plus ou moins grosses et leurs concentrations sont relativement faibles. Les Aspergillaceae ont un faible taux de présence dans l’atmosphère. Elles se multiplient souvent dans les habitats humides et mal aérés. Selon SPIEKSIMA (2003), il y a deux fois plus de spores d’Aspergillaceae dans un espace clos que dans un espace ouvert.
INFLUENCE DES FACTEURS CLIMATIQUES
L’analyse des résultats a montré la présence des corrélations positives d’une part entre la température et la concentration en spores de l’atmosphère, et d’autre part entre la température et la précipitation. L’effet de la température sur la production et l’émission des spores des champignons dans de l’atmosphère est donc fortement lié à la variation desprécipitations dans la région d’Antananarivo. Aussi, ces corrélations positives entre les paramètres climatiques jouent un rôle majeur sur la dynamique des spores atmosphériques. La comparaison de la concentration en spores pour les 2 saisons de l’année montre une nette différence de fréquence pour l’ensemble de taxons. Pendant la période sèche, les concentrations varient d’une manière générale entre 3000 à 10000 spores par m3 d’air par semaine ; alors qu’elles varient de 10000 à 15000 spores par m3 d’air et par semaine pour la saison humide. Ainsi, cette différence est due aux variations des différents facteurs climatiques tels que l’humidité et la température qui jouent un rôle important dans la biologie des champignons (SARICA. et al., 2004 ; KASPRZYK. et al., 2004 et www.appanpc.fr). Ces travaux confirment l’abondance des spores dans l’atmosphère quand les paramètres météorologiques leur sont favorables. Chaque type de spores a des exigences écologiques pour sa dissémination. BURGE (2002) a repéré que quelques types d’Ascospores sont émis pendant la nuit avec l’augmentation de l’humidité et la diminution de la température. La dispersion d’Alternaria et Cladosporium est favorisée par le vent relativement violent. Ils font partie des spores sèches de l’air. L’hygrométrie faible entraine la diminution de la concentration de l’Alternaria dans l’atmosphère, mais il y a une tendance d’augmentation de concentrations en spore avec les précipitations quotidiennes, la vitesse du vent et la nébulosité (HJELMROOS, 1993). HASNAIN (1993) a noté que des Ascospores sont disséminées dans l’air pendant la pluie. Dans l’atmosphère d’Antananarivo, l’effet du facteur précipitation est le plus remarquable surtout en comparant les deux saisons de l’année. Mais les lavages prolongés par la pluie libèrent les particules dans l’air en mouillant les surfaces de la végétation pour empêcher temporairement la diffusion des spores (HASNAIN, 1993). La pluie diminue les concentrations atmosphériques du pollen et de la plupart de type de spores tandis que celles des autres comme celles des Ascospores, sont augmentées. Dans ce cas-là, l’humidité relative entraine un alourdissement des spores par absorption de l’eau. Ainsi, Cette dernière provoque la difficulté du transport des spores par le vent (HASNAIN, 1993; REPONEN et al., 2001 ; SABARIEGO et al., 2007). L’action du vent sur la concentration des spores dans l’atmosphère n’a pas bien pu être mentionnée par faute de données. Cependant, certains points sur l’action du vent sur les spores méritent d’être rappelés. En effet, le vent présente des actions positives sur la dispersion des spores. Pendant l’été, le vent permet à la fois la libération des spores et leur dispersion (KURKELA, 1997).
|
Table des matières
REMERCIEMENTS
Liste des figures
Liste des tableaux
Liste des annexes
Liste des planches
Glossaire
INTRODUCTION
GENERALITES
I.1 GENERALITES SUR LES CHAMPIGNONS
I.1.1 Classification des champignons
I.1.2 Les champignons et la pathologie végétale
I.2 Présentation et caractéristiques du milieu d’étude
MATERIELS ET METHODES
II.1 ETUDES AEROMYCOLOGIQUES
II.1.1 Appareil de mesure
II.1.2 Travaux de laboratoire
II.1.3 Analyses microscopiques
II.2 COLLECTE DES DONNEES METEOROLOGIQUES
II.3 COLLECTE DES DONNEES SUR LES TAXONS PHYTOPATHOGENES IDENTIFIES
II.4 COMPARAISON DES RESULTATS
II.5 CALENDRIER SYNTHETIQUE DES SPORES FONGIQUES ATMOSPHERIQUES D’ANTANANARIVO
II.6 TRAITEMENT DES DONNEES
RESULTATS ET INTERPRETATIONS
III.1 COMPOSITION EN SPORES FONGIQUES ATMOSPHERIQUES D’ANTANANARIVO D’AVRIL A SEPTEMBRE 2005
III.2 Variations de la concentration hebdomadaire des spores fongiques dans l’atmosphere d’antananarivo d’Avril à Septembre 2005
III.2.1 Variation globale
III.2.2 Fréquences des spores fongiques captées dans l’atmosphère d’Antananarivo d’avril à septembre 2005
III.2.3 Les champignons phytopathogènes
III.3 Les plantes hôtes et les organes cibles avec les symptômes
III.3.1 Les plantes hôtes des taxa phytopathogènes.
III.3.2 Description des manifestations pathologiques
III.4 VARIATIONs HEBDOMADAIREs DE LA CONCENTRATION DE SPORES PHYTOPATHOGENES DANS L’ATMOSPHERE D’ANTANANARIVO (AVRIL à SEPTEMBRE 2005)
III.5 ANALYSE COMPARATIVE DES EMISSIONS EN SPORES FONGIQUES AU COURS DES ANNEES (2005, 2008 et 2011)
III.5.1 Variations interannuelles au cours des périodes sèches
III.5.2 Influences des facteurs météorologiques sur la concentration des spores fongiques de l’année 2005
III.6 CALENDRIER SYNTHETIQUE DE SPORES ATMOSPHERIQUEs A ANTANANARIVO
III.7 FACTEURS CLIMATIQUES ET SPORES FONGIQUES ATMOSPHERIQUES
DISCUSSIONS
IV.1 EMISSION DES SPORES DES CHAMPIGNONS DANS L’ATMOSPHERE D’ANTANANARIVO
IV.2 Concentration des spores et pathologie végétale
IV.3 Influence des facteurs climatiques
CONCLUSIONS ET RECOMMANDATIONS
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
ANNEXES
Télécharger le rapport complet
