Soutenance mémoire
Les principales bactéries
Les méningocoques
Classification
Le méningocoque ou Neisseria meningitidisest un germe strictement humain appartenant à la famille des Neisseriaceaeet au genreNeisseria.
A ce jour, douze (12) sérogroupes ont été identifiés chez Neisseria meningitidis:
A, B, C, H, X, Y, Z, 29E, W135, I, K, L, ainsi que vingt (20) sérotypes.
Morphologie
Neisseria meningitidisse présente sous forme de cocci à Gram négatif, de taille et de formes différentes. Ils sont immobiles, souvent groupés par paire avec des faces adjacentes aplaties, le tout leur donnant un aspect réniforme ou en grain de café. Ce sont des germes le plus souvent intracellulaires mais parfois extracellulaires.
Epidémiologie
La méningococcie ou infection par Neisseria meningitidisse présente sous diverses formes cliniques : La méningite et la septicémie. Si les deux syndromes peuvent coexister, la méningite seule est particulièrement fréquente. Elle sévit dans le monde entier, sous forme de cas isolés dits sporadiques, d’épidémies dans les institutions ou les communautés, et de vastes épidémies.
Parmi les douze sérogroupes identifiés, les trois sérogroupes A, B, et C sont responsables de plus de 90% des cas de méningococcies [84].
Les souches du sérogroupe A,responsables de la plupart des grandes endémies pendant la première moitié du XX siècle, sont aujourd’hui responsables d’épidémies récurrentes en Afrique SAHARIENNE, dans une large zone dénommée la ceinture méningitique de LAPEYSSONNIE (voir figure 2). Cette ceinture est constituée de 15 pays et regroupe plus de 260 millions d’habitants.
Elle s’étend de l’Ethiopie à l’Est jusqu’au Sénégal à l’Ouest [54].
Les souches du sérogroupe A, sont également responsables d’épidémies dans d’autres pays du monde en voie de développement et dans une moindre mesure on peut retrouver le sérogroupe C.
L’émergence actuelle du sérogroupe W135 est mondiale [90]. Elle date des pèlerinages à la Mecque des années 2000 et 2001 à la suite desquels l’Arabie Saoudite a respectivement notifié 98 cas et152 cas confirmés [9]. A la suite de ces pèlerinages, de nombreux pays africains dont le Burkina Faso et le Niger ont rapporté une épidémie extensive avec des proportions jamais atteintes jusque-là [90, 106]. Alors dans les pays non africains, comme la France, des cas sporadiques de méningites cérébrospinales à Neisseria meningitidis W135ont été notés. Déjà en 1981 à Dakar (Sénégal) et en 1982 à Niamey (Niger) le sérogroupe W135 avait été identifié dans quelques cas sporadiques diagnostiqués en période non épidémique [31].
Dans les pays développés, la forme endémique de la maladie est généralement due aux sérogroupes B et C, la forme épidémique étant causée par le sérogroupe C [85].
Au Sénégal, une revue de la notification des cas par les structures sanitaires depuis 1971, montre que la méningite à Méningocoque sévit partout dans le pays, constituant un problème de santé publique. Elle survient de façon endémique avec des pics épidémiques [30, 84].
En 1998 [7] et en 1999 [8], le Sénégal a subi deux importantes épidémies de méningite à Neisseria meningitidissérogroupe A. Au total, plus de 1350 cas et 200 décès ont été déclarés aucourant de l’année 1998.
Au cours de l’épidémie de méningite del’année 1999, 6870 cas ont été notifiés au service des grandes endémies du ministère dela santé et de la prévention [8, 92].
Caractères culturaux
Neisseria meningitidisest un germe qui craint le froid, la dessiccation et les variations de pH.
Il exige un milieu enrichi parfois rendu sélectif par l’adjonction de certains antibiotiques (vancomycine, colimycine) et d’antifonsiques (nystatine) faisant parler de milieu V.C.N. Il peut être cultivé sur gélose nutritive non supplémentée mais mieux sur milieu enrichi de Mueller Hinton ou gélose au sang cuit.
L’incubation se fera à la température de 37°C, sous atmosphère enrichie en CO2 et pendant 24 à 48 heures.
Ainsi sur gélose au sang,les jeunes colonies de Neisseria meningitidis sont rondes, lisses, humides, luisantes et bombées, à bord net. Quelques colonies sont coalescentes, non pigmentées ou de couleur grisâtre. En vieillissant les colonies deviennent gris-opaques et font parfois virer au brun la gélose alentour. Les colonies bien séparées peuvent passer d’un diamètre de 1mm en 18 heures à 4mm avec bord festonné après plusieurs jours.
Caractères biochimiques
L’identification du genre Neisseriaest faite devant la catalase positive, l’oxydase positive, la gamma-glutamyl-transférase (yGT) positive, alors que l’identification de l’espèce Neisseria meningitidisest faite par l’étude de l’action sur les glucides : Neisseria meningitidisest glucose +, maltose +, lévulose -, saccharose -. Cette recherche est pratiquée sur gélose trypticase soja enrichie de 10% de liquide d’ascite, de sucre, et un indicateur de pH, coulée en petites boites de pétri. La réduction des nitrites est effectuée par 68% des souches. L’exigence en cystéine est rare.
Structure de la paroi et caractères antigéniques
La nature du polysaccharide de la capsule permet de distinguer 12 sérogroupes : les plus fréquents sont A, B, C, W135, X, et Y, les autres(29 E, Z, H, I, K, L) sont isolés plus rarement. La spécificité antigénique est liée à la structure du polysaccharide :
– sérogroupe A= N-acetylo-acetylmannosamine Phosphate.
– sérogroupeB= acide N-acetyl neuramique.
– sérogroupe C= acide N-acetyl-o-acetyl neuramique.
Ces sérogroupes sont très utiles pour le diagnostic, pour les études épidémiologiques et la mise en place demesures prophylactiques (vaccins contre Neisseria meningitidisA et C).
Les sérogroupes A, B, C, W135, X, Y,29 E et Z sont responsables des méningites purulentes, alors que les autres (H, I, K, L) sont isolés à l’état de portage.
Les sérogroupes majeurs sont A, B et C responsables de 90% des méningites à méningocoque.
Morphologie
Streptococcus pneumoniaeest constitué de cocci à Gram positif, recouverts d’une capsule.
A l’examen microscopique, il a un aspect en diplocoque, en flamme de bougie, en huit (8) et en courtes chaînettes.
Cependant, l’aspect n’est pas toujours aussi évocateur ; il peut prendre des formes pseudobacillaires, des chaînettes relativement longues, ou apparaître à Gram négatif.
Epidémiologie
Selon l’organisation mondiale pour lasanté (OMS), le pneumocoque est la première cause d’infection communautaire bactérienne à travers le monde. Il est responsable d’infections graves qui sont dominées par les pneumonies et les infections invasives [16, 18, 19, 85).
Les pneumonies constituent la forme la plus fréquente d’infection à pneumocoque. Streptococcus pneumoniaecolonise le nasopharynx, d’où il peut être isolé chez 5 à 10% des adultes sains et 20 à 40% des enfants en bonne santé.
Le risque de pneumonie à Streptococcus pneumoniaeest accru devant les conditions de promiscuité, de mauvaise ventilation.Ainsi on estime qu’il y a chaque année 20 cas de pneumonies pneumococciques pour100.000 jeunes adultes et 280 cas pour 100.000 personnes ayant dépassé 70 ans [75].
La plupart des bactériémies à pneumocoquede l’adulte s’observent lors d’une pneumonie, et il y a 3 à 4 cas de pneumonie sans bactériémie pour un cas de pneumonie avec bactériémie. L’incidence des bactériémies à pneumocoque est relativement élevée jusqu’à l’âge de 2 ans,et elle est basse chez les adolescents, les jeunes adultes, leur taux commence à s’élever autour de 55 ans [75].
Les méningites viennent au second rang de ces affections après les bactériémies et entraînent une mortalité élevée, variable en fonction des pays.
L’incidence annuelle des méningites à Streptococcus pneumoniaedans les pays développés est de 1 à 2 cas/100.000 habitants. Le taux de mortalité est estimé à 15% des cas en moyenne [18, 45].
L’incidence dans les pays en développement serait 20 fois plus élevée que dans les pays développés, soit 10 à 20 cas pour 100 000 habitants/an. Les taux de mortalité sont estimés à 40 voire 50% des cas [18, 37].
En dehors des épisodes de méningites cérébrospinales à méningocoque, le pneumocoque est le premier germe responsable des infections bactériennes communautaires dans de nombreuses régions d’Afrique noire. Le taux de mortalité annuelle est enmoyenne de 14/100.000. La létalité est estimée à 49,5%soit 7/100.000 habitants/an.
Les nourrissons et les sujets âgés sont les plus touchés avec des taux de mortalité annuelle de l’ordre de : 28,5/100.000 habitants pour les sujets de moins de 5 ans 16,1/100.000 habitants pour les sujets de plus de 60 ans
L’atteinte des adultes jeunes n’est pas rare en zone sub-saharienne. On note par ailleurs une plus grande fréquence des infections invasives à Streptococcuspneumoniae chez le sujet de race noire.
Caractères culturaux
Streptococcus pneumoniaeest un germe fragile quine cultive pas sur les milieux ordinaires. Il cultive bien sur les milieux riches, notamment sur gélose au sang et gélose chocolat, à la température de 35 à 37°C, sous une atmosphère enrichie en CO2 (5 à 10%). L’anaérobiose stricte est encore meilleure pour leur développement et on peut considérer lagélose au sang enanaérobiose comme idéal au développement de Streptococcus pneumoniae. A l’examen macroscopique, les colonies sont de petites tailles de 0,5 à 1,5mm de diamètre, donnant un aspect en goutte de rosée.
Elles peuvent être muqueuseset de plus grande taille(3mm de diamètre) du fait de l’exubérance des capsules.
En anaérobiose, en présence d’antibiotiques modifiant la paroi (pénicilline, vancomycine) il apparaît une hémolyse bêta.
Caractères biochimiques
Le pneumocoque ne possède ni catalase, ni peroxydase, ce qui induit l’accumulation de peroxydes d’hydrogène responsables en partie de son autolyse.
Les autres caractères sont :
▪il est nitrate (-) et gélatinase (-).
▪lait tournesolé : acidifié et coagulé.
▪il acidifie le glucose, le lactose, le raffinose et le saccharose.
L’identification biochimique formelle du pneumocoque repose en routine sur trois critères :
– la sensibilité à l’optochine.
– la lyse par la bile.
– la mise en évidence de la capsule.
En fait, le test de la sensibilité à l’optochine permet l’identification présomptive de Streptococcus pneumoniae. Il consiste à placer un disque de 5mm de diamètre chargé de 5µg d’optochine (éthylhydrocupréine) sur une culture de pneumocoques sur gélose ausang. La plupart des pneumocoques réalisent une zone d’inhibition dont le diamètre est supérieur à 15 voire 20 mm. Pour un diamètre inférieur à 15 mm, il est nécessaire de pratiquer des testscomplémentaires.
Eléments de thérapeutique etnotion de chimiorésistance
Le traitement de l’infection méningée à Streptococcus pneumoniaenécessite essentiellement des antibiotiques bactéricides, d’action rapide et dont la concentration dans le LCR est supérieure à la concentration minimale bactéricide (CMB) du germe pendant une durée suffisante.
Des conférences de consensus réalisées en France et aux USA ont permis d’établir des protocoles thérapeutiques bien déterminés [18, 57, 104].
Ainsi, chez l’enfant de plus de 3 mois et l’adulte présentant un facteur de risque de pneumocoque à sensibilité diminuée à la pénicilline (PSDP), on propose comme traitement de première intension : les céphalosporines de troisième génération (C3G) associéesà la vancomycine.
Chez l’adulte sans signe de gravité, ni facteur de risque de PSDP, on traite avec l’amoxicilline ou les C3G.
La prise en charge des cas en Afrique utilise les protocoles suivants en monothérapie ou en association selon le contexte clinique et le terrain :
Chloramphénicol, Amoxicilline, Ampicilline, C3G et Aminosides. Aucune conférence de consensus n’a été réalisée [10, 25, 37, 84].
♦Evaluation de la sensibilité à la pénicilline [13, 87] :
Elle se fait selon les deux méthodes suivantes :
– la méthode dediffusion sur milieu gélosé à l’aide d’un disque d’oxacilline. Toute souche présentant un diamètre d’inhibition inférieur ou égal à 25mm (disque chargé à 5µg) ou inférieur ou égalà 19 mm (disque chargé à 1µg) est unesouche à sensibilité diminuée à la pénicilline.
– la méthode de dilution en milieu gélosé, elle permet de distinguer les souches à haut niveau de résistance et les souches à résistance intermédiaire à la pénicilline par détermination des concentrations minimales inhibitrices (CMI) grâce à la méthode classique ou à l’E-Test*.
Si la CMI est inférieure ou égale à 0,06mg/l : la souche est sensible à la pénicilline.
Si la CMI est comprise entre 0,12 et 1mg/l : la souche a une sensibilité intermédiaire ou une résistance de bas niveau (RI).
Si la CMI est supérieure à 1mg/l : la souche est résistante ou présente une résistance à haut niveau (R).
Toute souche suspectée RI ou R par le disque d’oxacilline doit faire l’objet d’une détermination de la CMI des molécules suivantes : Amoxicilline, Céfotaxime,céftriaxone, céfépime, céfpirome.
♦Mécanismes de la résistance aux bêta-lactamines [15, 94] :
C’est une résistance de type chromosomiquedue à une diminution de l’affinité de Pinicillin Binding Protein (PBP) vis-à-vis de la pénicilline.
La pénicilline inhibe spécifiquement les enzymes qui catalysent les stades terminaux de la synthèse de peptidoglycane.
On distingue six (6) types de PBP : 1a, 1b, 2x, 2a, 2b et 3.
Les gènes codant pour la formation de PBP 2b, PBP 2x et PBP 1a ont une structure en mosaïque avec des régions à très fort taux de différence nucléotidique. C’est ce qui explique lasurvenue fréquente d’événement de recombinaison qui introduit des fragmentsd’ADN étrangers dans ces gènes. Les souches hautement résistantes sont atteintes dans ces trois PBP. Cela entraîne la formation d’un peptidoglycane de nature différente avec survenue d’une résistance à l’ensemble des pénicillines et des céphalosporines.
Sur le plan de la biologie moléculaire, la mutation génique proviendrait de multiples échanges alléliques entre les gènes de Streptococcus pneumoniaeet ceux d’autres Streptocoques commensaux de la flore rhino-pharyngée naturellement résistantsà la pénicilline (Streptococcus mitis, Streptococcus sanguis, Streptococcus oralis). Le transfert peut également se faire entre un pneumocoque résistant etun pneumocoque sensible.
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Table des matières
INTRODUCTION
PREMIERE PARTIE :Physiopathologie
Chapitre 1
1.1- Mécanismes de dissémination des germes dans le LCR
1.1.1- Voie hématogène
1.1.2- Autres voies
1.2- Anatomie pathologie
1.3- Mode de transmission
Aspects cliniques de l’infection méningée
Chapitre 2
2.1- Type de description : forme typique de l’adulte jeune sans préjuger de l’étiologie
2.2- Formes cliniques
2.2.1- Selon l’étiologie
2.2.2- Formes compliquées
Diagnostic bactériologique
Chapitre 3
3.1- Examen macroscopique
3.2- Examen microscopique
3.3- La recherche d’antigènes solubles
3.4- La culture
3.5- L’identification
Les principales bactéries
Chapitre 4
4.1- Les méningocoques
¾ Classification
¾ Morphologie
¾ Epidémiologie
¾ Caractères culturaux
¾ Caractères biochimiques
¾ Structure de la paroi et caractères antigéniques
¾ Eléments de thérapeutique et notion de chimiorésistance
4.2- Le pneumocoque
¾ Classification
¾ Morphologie
¾ Epidémiologie
¾ Caractères culturaux
¾ Caractères biochimiques
¾ Structure de la paroi et caractères antigéniques
¾ Eléments de thérapeutique et notion de chimiorésistance
4.3- Haemophilus influenzae (ou bacille de PFEIFFER)
¾ Classification
¾ Morphologie
¾ Epidémiologie
¾ Caractères culturaux
¾ Caractères biochimiques
¾ Caractères antigéniques
¾ Eléments de thérapeutique et notion de chimiorésistance
4.4- Les autres bactéries
4.4.1- Staphylococcus
4.4.2- Escherichia coli
DEUXIEME PARTIE : TRAVAIL PERSONNEL
Chapitre 1 :Description du cadre d’étude
Chapitre 2 : Méthode d’étude
2.1- Type d’étude
2.2- Période d’étude
2.3- Critères d’inclusion
2.4- Critères d’exclusion
2.5- Méthodologie
2.5.1- Recueil des données
2.5.2- La démarche diagnostique
Chapitre 3 :Les Résultats
3.1- Etude descriptive
3.1.1- Répartition de l’infection méningée dans le temps
3.1.2- caractéristiques des malades
3.1.3- Aspects macroscopiques du LCR
3.1.4- Aspects microscopiques du LCR
3.1.5- Culture et recherche d’antigènes solubles
3.1.6- Répartition des étiologies bactériennes de méningite
3.1.7- Résultats des antibiogrammes
3.2- Etude analytique
3.2.1- Caractéristiques épidémiologiques
3.2.2- Aspects bactériologiques
Chapitre 4 : Discussion
4.1- Aspects épidémiologiques
4.2- Aspects bactériologiques
4.3- Aspects thérapeutiques
TROISIEME PARTIE: Conclusion – Recommandations
BIBLIOGRAPHIE
