DISTINCTION DU LOUP ET DU CHIEN A PARTIR DE MATIERES FECALES

DISTINCTION DU LOUP ET DU CHIEN A PARTIR DE MATIERES FECALES

Protocoles d ‘études et de suivi de présence du loup
Principes, objectif et organisation en France (ANNEXE 3)

En France, le suivi des populations de loups ne s’est organisé que depuis une dizaine d’années, en l’absence d’une base d’intervention et de surveillance réelle. Ce sont les gardes forestiers qui sont en charge de venir repérer la présence éventuelle du prédateur en cas d’actes de prédations sur les troupeaux ou de témoignages visuels. Sur la base de connaissances éthologiques, on comprendra que l’observation directe d’individus solitaires ou d’une meute reste un cas très rare, vu la discrétion dont peut faire preuve le loup. D’ailleurs la plupart des témoignages visuels de la présence d’un loup, que ce soit de la part de promeneurs, de bergers et même de gardes forestiers ont ensuite été contredits par les prospections faites par la suite. On peut citer le cas des prédations répétées sur le troupeau ovin du Madres-Coronat en 98 où « deux loups » avaient été observés par la population locale, alors qu’il s’agissait de deux beaucerons abattus en 98, même si les prédations ont continué par la suite. De ce fait, le suivi du loup dans un massif se fonde sur deux autres axes d’orientation : la description des caractéristiques de la prédation, et le relevé d’indices de présence (pistes, empreintes, marquages). Ces axes font l’objed’une normalisation par le programme LIFE loup visant à objectiver le plus possible la présence du loup dans les différentes zones de colonisation. Tout d’abord, concernant la description des prédations, le protocole LIFE loup est appliqué dès qu’une plainte de la part de l’éleveur est déposée pour une prédation éventuelle dans son troupeau. Il s’agit alors de mesurer la probabilité de responsabilité du loup dans ces destructions pour mettre en place les démarches d’indemnisation le plus rapidement possible. Pour cela, la zone où a eu lieu la prédation, la période nycthémérale d’intervention du prédateur, son éventuelle méthode employée seront tout autant de facteurs évalués pour mesurer la vraisemblance d’une attaque par un grand prédateur. Ainsi ce sont des agents (ONCFS, PNM) assermentés qui font le constat des dégâts sur le terrain, qu’ils envoient à la DDAF concernée qui établit ensuite un premier rapport (la fiche d’instruction de compensation des attaques) transmis à l’expert de l’ONCFS qui classera enfin l’attaque. Les agents sur le terrain qui peuvent être aidés d’un vétérinaire vont alors faire une description sans présager à aucun moment de l’origine de l’attaque. Ce constat comprend la description du cadre de la prédation, de la catégorie de la dépouille (espèce, âge, sexe), de traces de sang autour de la dépouille et de la présence de chiens aux alentours, un examen détaillé de la dépouille depuis son état général au moment de la découverte aux traces de morsures et des parties consommées. D’autre part, l’étude d’indices de présence du loup sert souvent un autre objectif qui est la gestion des populations de loups dans les massifs français de façon à, si possible, anticiper et préparer la cohabitation des éleveurs avec le prédateur. Outre les observations directes, et les témoignages de hurlements, qui sont relevés par les agents de l’ONCFS de manière normalisée par la procédure LIFE loup, il s’agit surtout d’effectuer des prospections hivernales ou printanières sur des zones où l’on suspecte la présence d’un ou plusieurs loups. Pour cela, les réserves naturelles organisent ces prospections assez régulièrement. Elles consistent en des randonnées de quelques jours par des équipes de gardes, couvrant des itinéraires différents et potentiellement favorables à la présence du loup. Elles sont généralement organisées peu après les chutes de neiges qui permettent de figer les traces d’un éventuel passage du prédateur. Les équipes sont munies de tout le matériel nécessaire pour relever, mesurer des empreintes, et de poches et de gants jetables pour prélever d’éventuels poils, fèces, ou urines.
La fraîcheur des empreintes est notée, les caractéristiques des pistes (plusieurs empreintes issues de la marche continue du prédateur) sont relevées permettant, aux vues des connaissances éthologiques, d’évaluer s’il peut s’agir d’un grand canidé, de spécifier l’espèce, sa taille, son sexe et son âge approximatif en fonction des tailles, formes et espacements des empreintes. Les poils sont un indice très précieux mais extrêmement rare. En effet, ils ont souvent été laissés par des individus passés dans des endroits escarpés ou sur des arbres de marquage. Mais la neige les dissimule vite et les intempéries les dispersent. Des analyses morphologiques et surtout génétiques ont permis dans le Mercantour d’identifier le loup mais la conservation du bulbe pileux, indispensable pour ces analyses rend souvent l’entreprise difficile. Enfin les fèces permettent surtout de connaître le régime alimentaire de leur propriétaire par l’analyse des os et d’autres éléments non digérés par le prédateur. Les excréments comme les traces d’urines sont le plus souvent laissés en des endroits stratégiques pour le marquage du territoire. Ils permettent donc de présager du statut social de l’individu qui les a laissés. Tous ces indices sont ensuite mis en recoupement afin de tracer des zones de présence du loup sur un massif, avec ses itinéraires habituels, ce qui permet d’engager les procédures d’adaptation du pastoralisme à la colonisation des espaces par le loup, et la gestion des populations du prédateur.
Dans notre étude, nous sommes donc conduits à citer le cas le la Réserve Naturelle de Nohèdes comme un exemple d’application de la procédure LIFE loup dès la suspicion de la présence du prédateur dans le massif de Madres-Coronat à partir de 1997. Au préalable, il me semble intéressant de noter que le massif du MadresCoronat a toujours entretenu une étroite relation avec les grands prédateurs. Depuis les années 50, on a recensé de nombreux témoignages d’observation d’ours, de loups et même de lynx, qui ne sont pas tous dignes de foi. Pourtant en 1997, un cas litigieux survenu à Nohèdes va initier des études plus sérieuses qui vont donner la preuve d’une présence lupine sur le massif.

Évènements survenus à Nohèdes

ayant initié l’étude prospective sur la présence d’un loup entre 1997 et 2000 (Fig.4) La commune de Nohèdes compte un éleveur, Monsieur Gougeon, qui possède un troupeau de 470 brebis à viande. Sa bergerie, isolée, se situe à une vingtaine de minutes à pied du village, la zone qui entoure les bâtiments ne servant que de parcours d’hivernage. Le reste du temps, pendant la transhumance, les brebis se fondent dans un troupeau collectif de 750 têtes, mené par le berger sur des parcours d’estive dans la réserve de Nohèdes. Ainsi, depuis 1993, le berger avait observé des prédations récurrentes. Restreintes aux périodes d’estive jusqu’en 1996, elles se sont produites été comme hiver en 1997. 0r cette année-là, le berger perdit 36 brebis (égorgées ou disparues) et 8 furent blessées (Pistolesi, 1998). La trop forte augmentation de la prédation de 1997, a conduit le berger à changer d’estive et à se doter de chiens de protection alors peu efficaces car mal éduqués. L’éleveur s’en est séparé pour adopter des Montagnes des Pyrénées, dits “ patous ”, pour l’automne 99. De nouvelles attaques ont eu lieu, en hiver, touchant des brebis oubliées la nuit en l’absence de parcage, et sur l’estive, la nuit seulement car le berger n’était alors pas présent. En juillet 1998 une opération de piégeage est lancée par l’ONCFS sans succès. À la fin de l’été, on retrouve des cadavres de brebis égorgées, auxquelles il manque une grande partie du corps, ce qui signe plutôt une attaque de loup car l’ours éventre, et les chiens divagants ne consomment le plus souvent pas leur proie en entier. L’ONCFS se mobilise, mais devant les chiffres publiés sur la fréquentation de l’estive par les chiens (30/j/100 Ha), elle attribue cette prédation à ces derniers. Le préjudice occasionné directement ou indirectement par ces attaques s’élevait à 12000 euros, sans compter les conséquences du stress. En outre, des expertises furent menées par Monsieur Bataille de l’ONCFS concernant : la localisation des blessures mortelles, l’identification des parties consommées, la mesure de l’écart et du diamètre des perforations occasionnées sur la peau du cou, l’attitude du troupeau pendant et après l’attaque. La différenciation entre un loup et un chien resta en suspens, d’autant que deux beaucerons divagants avaient été abattus en 98 à Nohèdes, sans mettre fin à la prédation. .

Table des matières

. INTRODUCTION
II. PARTIE 1 : LE LOUP EN FRANCE: UN RETOUR PRECOCE ET INATTENDU
A. LE CONSTAT DU RETOUR DU LOUP EN FRANCE
1. Histoire d’un retour annoncé
2. Un retour favorisé par certains facteurs
B. LA MEDIATISATION : LE CONSTAT D’UN VIDE JURIDIQUE ET LA DIFFICULTE D’ACCOMPAGNEMENT DANS LE SUIVI DE LA POPULATION
1. La législation et ses dérogations
2. Une législation insuffisante concernant les chiens errants et leurs dommages :*Ecotone
C. LES ETUDES COMPORTEMENTALES : SEULS INDICES RAPPORTES DE PRESENCE DU LOUP
1. Quelques données éthologiques, bases des indices de présence du loup
2. Protocoles d ‘études et de suivi de présence du loup
3. Des insuffisances pour le suivi d’une population et des ses prédations
D. LA GENETIQUE APPLIQUEE AU LOUP
1. L’étude phylogénique du loup
2. L’outil génétique dans le suivi des populations de loups
III. PARTIE 2 : ELABORATION D’UNE METHODE GENETIQUE DE DISTINCTION DU LOUP ET DU CHIEN A PARTIR DE MATIERES FECALES
A. METHODES EMPLOYEES
1. Échantillons testés : prélèvement, quantité, mode de conservation
2. Protocole d’extraction de l’ADN total à partir de matières fécales
3. Réactions de polymérisation en chaîne et migration des amplicons sur gel d’agarose
4. Clonage du matériel génétique
5. Séquençage des échantillons obtenus par PCR nichée et alignement des séquences
6. Elargissement de la méthode à l’identification de lynx
B. RESULTATS OBTENUS AU COURS DE L’EXPERIMENTATION
1. Efficacité de la méthode de collecte
2. Extraire l’ADN des matières fécales avec un kit du commerce
3. Amplification par PCR nichée des extraits d’ADN : des extraits témoins aux tests
4. Analyse différentielle des séquences : 5 nucléotides entre chien et loup
5. Analyse d’échantillons imputables au lynx
C. DISCUSSION : UNE PREMIERE ETAPE A POURSUIVRE POUR UNE APPLICATION DE LA METHODE EN ROUTINE
1. La qualité des prélèvements est indispensable pour l’efficacité de la méthode
2. Résultats et discussion concernant l’extraction d’ADN à partir des matières fécales
3. Une première étape dans l’analyse de l’ADN fécal à poursuivre
IV. PARTIE 3 : PROJETS DECOULANT DE LA POURSUITE DE CETTE ETUDE, ET NOUVELLES IMPLICATIONS
A. SUR LE TERRAIN : PERSEVERER DANS LES PROSPECTIONS ET LA COLLECTE DES LAISSEES
1. Amélioration des techniques prospectives du loup sur le massif
2. Objectif : une meilleure prévention des attaques sur les troupeaux du massif, pour une cohabitation harmonieuse entre hommes et loups
B. NOUVELLES IMPLICATIONS ET PROJETS CONCERNANT LES ANALYSES GENETIQUES AU LABORATOIRE
1. Poursuite de l’élaboration du diagnostic génétique
2. Et pourquoi ne pas trouver de nouveaux partenaires?

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