Les maladies diarrhรฉiques demeurent parmi les causes les plus importantes de mortalitรฉ et de morbiditรฉ infantile dans les pays en dรฉveloppement et plus particuliรจrement chez les enfants de moins de 5 ans. Il a รฉtรฉ estimรฉ que 8,7 % (123 millions/1,4 milliard) des cas de diarrhรฉes dans les Pays en dรฉveloppement (PED) nรฉcessitent une consultation mรฉdicale et 0,6% une hospitalisation [1]. Dans ces pays, les bactรฉries reprรฉsentent 50 ร 60% des microorganismes isolรฉs au cours des รฉpisodes diarrhรฉiques aigues [2,3] : Escherichia coli entรฉropathogรจne(ECEP) (20-40%), Campylobacter jejuni (10-18%), Shigella species (sp) et Salmonella species (sp) ร 5% chacun. Les principales sources de contamination seraient dโorigine hydrique dโune part (difficultรฉ dโaccรจs ร lโeau potable) et dโorigine alimentaire dโautre part.
Salmonelles et Campylobacters sont les deux genres bactรฉriens les plus frรฉquemment impliquรฉs dans les maladies dโorigine alimentaire dans les pays dรฉveloppรฉs. Ils sont aussi impliquรฉs dans les zoonoses entรฉriques. Dans les pays en dรฉveloppement comme Madagascar, les donnรฉes sur lโimpact de ces deux bactรฉries sur la santรฉ publique sont peu documentรฉes. Or, avec le dรฉveloppement exponentiel des filiรจres avicoles et porcines, des informations prรฉcises seraient nรฉcessaires pour permettre aux autoritรฉs publiques de prendre les mesures adรฉquates pour maรฎtriser les risques. En effet, les produits alimentaires issus de ces filiรจres pourraient reprรฉsenter un risque de contamination important.
DIARRHEES AIGUES BACTERIENNESย
Diarrhรฉe aigue
La diarrhรฉe est dรฉfinie, selon lโOrganisation Mondiale de la Santรฉ (OMS), par lโaugmentation du dรฉbit fรฉcal ou lโรฉlimination excessive de liquides par cette voie [4]. En pratique, on utilise des critรจres de frรฉquence et de consistance des selles ; la diarrhรฉe est ainsi dรฉfinie par lโรฉmission de plus de trois selles liquides par jour [5]. En cas dโallaitement maternel, on parle de diarrhรฉe lorsque les selles de lโenfant deviennent plus liquides et plus frรฉquentes que dโhabitude [6]. Elle est dite aigue quand sa durรฉe ne dรฉpasse pas 14 jours, quand elle est prรฉcรฉdรฉe de transit normal et ne rรฉcidive pas ร court terme [4]. Elle est gรฉnรฉralement le symptรดme dโune infection gastro-intestinale qui peut รชtre due ร divers microorganismes (bactรฉries, virus et ou parasites).
Les diffรฉrentes bactรฉries entรฉropathogรจnes
On distingue les bactรฉries toxinogรจnes et les bactรฉries invasives [7]. Les bactรฉries toxinogรจnes sont le plus souvent responsables de syndrome cholรฉriforme : la toxine peut รชtre ingรฉrรฉe avec un aliment ou le plus souvent sรฉcrรฉtรฉe sur place au niveau de lโintestin grรชle ; les selles sont abondantes, frรฉquentes, aqueuses sans polynuclรฉaires ni mucus. Quant aux bactรฉries invasives, elles sont responsables de syndrome dysentรฉriforme : aprรจs adhรฉsion et envahissement de lโรฉpithรฉlium intestinal, la bactรฉrie entraine des selles glaireuses, muco-sanglantes avec le plus souvent prรฉsence de polynuclรฉaires dans les selles. Nombreuses sont les bactรฉries entรฉropathogรจnes (Figure 1) mais les espรจces qui vont nous intรฉresser au cours de ce travail sont : Shigella sp, ECEP, Salmonella sp, Campylobacter sp ; du fait de leur implication frรฉquente dans les diarrhรฉes bactรฉriennes.
Shigella sp
Les shigelles sont des bactรฉries pathogรจnes strictes, aรฉro-anaรฉrobies facultatives, immobiles, non encapsulรฉes, dรฉpourvues de spores, de 2 ร 3 ฮผm de long sur 0,5 ร 0,7 de large, qui ne fermentent pas le lactose ou le fermentent lentement, appartenant ร la famille des Enterobacteriaceae.
Taxonomie et nomenclature
Gรฉnรฉtiquement, Shigella fait partie de lโespรจce E. coli ; nรฉanmoins le genre Shigella a รฉtรฉ conservรฉ dans la taxonomie pour des raisons mรฉdicales [8-10]. Le genre comprend 4 espรจces ou groupes A, B, C, D pouvant comporter un ou plusieurs sรฉrotypes : groupe A = Shigella dysenteriae avec 15 sรฉrotypes ; groupe B = Shigella flexneri avec 6 sรฉrotypes ; groupe C = Shigella boydii avec 20 sรฉrotypes et groupe D = Shigella sonnei avec 1 sรฉrotype [10].
Habitat, รฉpidรฉmiologie et pouvoir pathogรจne
Le seul rรฉservoir de Shigella est le tube digestif de lโHomme et oรน il est pathogรจne spรฉcifique. La shigellose est la plus transmissible des maladies bactรฉriennes intestinales : dix germes vivants peuvent provoquer la maladie chez un adulte sain [11]. Shigella dysenteriae type 1(Sd1) est lโagent de la dysentรฉrie bacillaire au sens stricto sensu caractรฉrisรฉe par une diarrhรฉe avec des selles contenant du sang et du mucus; les autres shigelles provoquent des syndromes dysentรฉriques [10]. Alors que Shigella flexneri est principalement endรฉmique dans les pays en dรฉveloppement, Shigella sonnei est largement associรฉ ร des รฉpisodes dans les pays industrialisรฉs ; Shigella boydii est surtout endรฉmique du sous-continent indien et Shigella dysenteriae sรฉrotype 1 provoque des รฉpidรฉmies meurtriรจres dans plusieurs des pays les plus pauvres [12]. La mortalitรฉ avec Shigella dysenteriae 1 (Sd1) peut dรฉpasser 10% des cas, malgrรฉ un traitement adaptรฉ [11]. Il existe de rares localisations extra digestives : infections urinaires, formes septicรฉmiques, arthrites, mรฉningites.
Caractรจres culturaux et biochimiques
En 24 heures ร 37ยฐC, Shigella donne des colonies de taille moyenne (2 ร 3mm), rondes et brillantes sur milieu ordinaire. Elles apparaissent bleues sur BCP, vertes sans centre noir sur Hektoen, incolores sans centre noir sur milieu Salmonella-Shigella (SS) [10]. Sur le plan biochimique, les shigelles sont caractรฉrisรฉes par de nombreuses rรฉactions nรฉgatives. Toutes les espรจces sont immobiles, LDC, citrate de Christensen, Urรฉe, TDA, H2S, VP, nรฉgatifs [10].
Caractรจres antigรฉniques
On peut diviser les shigelles en 4 groupes sรฉrologiques principaux (espรจces), selon leurs antigรจnes somatiques O et leurs caractรจres biochimiques [11]. Certains antigรจnes O associรฉs aux ECEI sont identiques ร ceux trouvรฉs dans les Shigella sp [13]. Les shigelles possรจdent รฉgalement l’antigรจne K de surface masquant l’antigรจne O qui peut se rencontrer dans tous les sous-groupes, sauf le D. Il est en gรฉnรฉral dรฉtruit par chauffage ร 100ยฐC [11].
Sensibilitรฉ aux antimicrobiens
Le phรฉnotype sauvage des souches de Shigella est caractรฉrisรฉ par une sensibilitรฉ ร la totalitรฉ des antibiotiques actifs sur les entรฉrobactรฉries. Vis-ร -vis des bรฉtalactamines, Shigella fait partie du groupe 1 des entรฉrobactรฉries, ne produisant pas naturellement une bรฉta-lactamase mais actuellement de nombreuses souches de shigelles (en particulier Sd1) acquiรจrent des rรฉsistances vis ร vis des antibiotiques habituellement utilisรฉs : tรฉtracycline, ampicilline, cotrimoxazole, acide nalidixique [14]. Les fluoroquinolones sont le traitement de premiรจre intention contre la shigellose [14].
Escherichia coli spย
Les Escherichia coli font partie de la famille des Enterobacteriacae. Escherichia coli (colibacille) est une entรฉrobactรฉrie mobile capable de fermenter le lactose et de produire de l’indole. Ce sont des bacilles ร Gram nรฉgatif, aรฉroanaรฉrobies facultatifs qui peuvent fermenter les nitrates et qui ne possรจdent pas dโoxydase [15].
Taxonomie et nomenclature
Escherichia coli appartient ร la famille des Entรฉrobactรฉries qui comprend plusieurs genres ร savoir Enterobacter, Citrobacter, Klebsiella, Shigella, Edwardsiella, Salmonella, Serratia, Hafnia, Proteus, Providencia, Yersinia [16].
Le genre Escherichia comprend cinq espรจces : Escherichia coli, Escherichia fergusonii, Escherichia hermannii, Escherichia vulneris, et Escherichia blattae [17]. Il existe plusieurs types de souches dโEscherichia coli que lโon retrouve en pathologie humaine qui reprรฉsente une entรฉrovirulence marquรฉe par acquisition des facteurs de virulence. Il sโagit des Escherichia coli entรฉropathogรจne(ECEP), Escherichia coli entรฉroinvasif(ECEI), Escherichia coli entรฉrohรฉmorragique(ECEH), Escherichia coli entรฉrotoxinogรจne(ECET), Escherichia coli entรฉroaggrรฉgatif(ECEA), Escherichia coli entรฉroaddhesif(ECAD) [17].
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Table des matiรจres
INTRODUCTION
PREMIERE PARTIE : REVUE DE LA LITTERATURE
I. DIARRHEES AIGUES BACTERIENNES
I.1.Diarrhรฉe aigue
I.2.Les diffรฉrentes bactรฉries entรฉropathogรจnes
I.3.Diagnostic bactรฉriologique
I.4.Traitement
II. ZOONOSES BACTERIENNES A MANIFESTATION DIGESTIVE
II.1. Dรฉfinition des zoonoses
II.2. Notion de Rรฉservoir et dโHรดtes
II.3. Transmission
II.4. Classification des zoonoses
DEUXIEME PARTIE : RESULTATS
I. LIEU DโETUDE
I.1.CHUMET
I.2.Centre dโInfectiologie Charles Mรฉrieux (CICM)
II. TYPE ET PERIODE DโETUDE
III.POPULATION DโETUDE
IV.CRITERES DโINCLUSION
V. CRITERES DE NON INCLUSION
VI.CRITERES DโEXCLUSION
VII. MATERIELS ET METHODE
VII.1. Recueil des donnรฉes
VII.2. Prรฉlรจvement – transport et conservation des selles
VII.3.Techniques utilisรฉes au laboratoire pour la recherche des bactรฉries
VII.4. Antibiogramme
VII.5.Traitement des donnรฉes et variables รฉtudiรฉs
TROISIEME PARTIE : RESULTATS
I. PROFIL EPIDEMIOLOGIQUE DE LA DIARRHEE CHEZ LES ENFANTS HOSPITALISES
I.1. Frรฉquence des diarrhรฉes aigues par tranche dโรขge
I.2. Frรฉquence des enfants diarrhรฉiques par genre
I.3. Frรฉquence de lโantibiothรฉrapie avant hospitalisation
I.4. Familles dโantibiotiques prises avant hospitalisation
II. PROFIL BACTERIOLOGIQUE DE LA DIARRHEE AIGUE CHEZ LES ENFANTS HOSPITALISES
II.1. Frรฉquence des diarrhรฉes aigues bactรฉriennes chez les enfants diarrhรฉiques
II.2. Rรฉpartition des diarrhรฉes bactรฉriennes selon les tranches dโรขge en moi
II.3. Rรฉpartition des diarrhรฉes bactรฉriennes selon le genre
II.4. Diarrhรฉes bactรฉriennes et prise dโantibiotique
II.5. Distribution des germes entรฉropathogรจnes au cours des diarrhรฉes aigues bactรฉriennes
II.6. Distribution des germes entรฉropathogรจnes selon la prรฉsence de glaires et ou de sang dans les selles
II.7. Distribution des germes entรฉropathogรจnes selon les signes associรฉs
II.8. Germes entรฉropathogรจnes et prรฉsence de globules blancs
II.9. Germes entรฉropathogรจnes et sensibilitรฉ aux bรฉtalactamines
II.10 .Profil de sensibilitรฉ des souches isolรฉes aux aminosides
II.11. Profil de sensibilitรฉ des souches isolรฉes aux quinolones et ร lโacide nalidixique
II.12. Profil de sensibilitรฉ d’Escherichia coli, Salmonella sp et Shigella sp au Cotrimoxazole
QUATRIEME PARTIE : COMMENTAIRES, DISCUSSIONS ET SUGGESTIONS
I. PROFIL EPIDEMIOLOGIQUE DES DIARRHEES AIGUES
I.1. Age
I.2.Genre
II. BACTERIES ENTEROPATHOGENES
III.PRISE DโANTIBIOTIQUE AVANT HOSPITALISATION ET DIARRHEE BACTERIENNE
IV.PROFIL DE SENSIBILITE AUX ANTIBIOTIQUES DE NOS SOUCHES
IV.1. Salmonella sp
IV.2. Shigella sp
IV.3. Escherichia coli
IV.4. Campylobacter sp
CONCLUSION
BIBLIOGRAPHIE
ANNEXES