Diagnostic des formes extra pulmonaires de la tuberculose

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Tâches du LNR

Le laboratoire national de référence de la tuberculose donnera priorité aux activités qui soutiennent ses objectifs dans le cadre du réseau national de laboratoires. Dès lors, les tâches principales du laboratoire national de référence de la tuberculose consistent à :
 Maintenir un niveau élevé de compétences en matière d’examens microscopiques de routine des frottis exécutés dans les services de santé périphériques ;
 Standardiser les techniques utilisées dans le réseau à savoir :
-La technique microscopique (BAAR).
-Les techniques moléculaires (GENEXPERT, LPA)
-La technique d’amplification en chaine par polymérase (ACP) ou réaction en chaine par polymérase appelé communément PCR (polymérase chain reaction).
-La culture en milieu solide et /ou liquide.
 Organiser et coordonner la formation du personnel du réseau ;
 Organiser les tests d’assurance qualité de l’examen microscopique des frottis dans le réseau national de laboratoires ;
 Mettre en œuvre la surveillance de la résistance du germe aux médicaments antituberculeux ;
 Elaborer et exécuter des recherches opérationnelles.
Il est clair que le laboratoire national de référence de la tuberculose est rarement en état d’exécuter toutes les tâches concernant la formation, la supervision et les tests de contrôle qualité des examens microscopiques des frottis de crachats sur l’ensemble du pays ; cela d’ailleurs ne constituerait pas une utilisation efficiente de ses ressources. Néanmoins, il porte globalement la responsabilité d’élaborer des standards nationaux et de superviser l’application des stratégies. La décentralisation de certaines activités est hautement souhaitable et le laboratoire national de référence de la tuberculose devrait être un moteur pour encourager les laboratoires de niveau intermédiaire (régionaux ou départementaux)
à prendre part à l’exécution des tâches essentielles dans le réseau national de laboratoires. A long terme, il est bon de mettre en œuvre une décentralisation efficace pour rendre le soutien du PNT de plus en plus efficient.

Tuberculose extra pulmonaire

Définition

Elle est définie comme toute infection à Mycobactérium Tuberculosis ou plus rarement, Mycobactérium Bovis ou Mycobactérium Africanum touchant un autre organe que le poumon  (plèvre, ganglions, péricarde, foie, la peau, l’appareil urogénital…).

Epidémiologie

Monde

Avec neuf millions de nouveaux cas et deux millions de morts chaque année, la TB est une des maladies infectieuses les plus répandues dans le monde et constitue un problème de santé publique majeur, surtout dans les pays en voie de développement. À l’échelle mondiale, l’OMS rapporte en 2009, parmi tous les cas de TB, 14 % de tuberculose extra pulmonaire (TBEP) sans atteinte pulmonaire concomitante [65, 59]. Alors que la majorité des TB actives touchent le système respiratoire, plusieurs études rapportent une augmentation récente de l’incidence des TBEP.
Ainsi, aux États-Unis, la proportion de TBEP est passée de 16% en 1993 à 20,4% en 2008, avec une prépondérance des localisations ganglionnaires (41 %) ; viennent ensuite les atteintes pleurales (17,7%), ostéoarticulaires (11%), péritonéales (6,1%), urogénitales (5,3%), et méningées (4,7%). [18] En Angleterre en 2008, plus de 40 % des cas de TB rapportées sont des formes extra pulmonaires, les populations nées en dehors du territoire britannique étant les plus touchées [36]. En France, le pourcentage des TBEP est de l’ordre de 25 % à 27 % [6, 19]. En Suisse, les données publiées par l’office fédéral de santé publique (OFSP) pour la période 2001- 2004 rapportent 37% de cas de TBEP. Une étude récente effectuée dans le canton de Genève, où l’incidence de la TB est de 2,5 fois supérieure à la moyenne nationale suisse, révèle que 54% de cas présentaient une atteinte extra pulmonaire (et 37% une atteinte exclusivement extra thoracique) [34, 23].
Dans un travail portant sur 705 cas de TB dans l’état de l’Arkansas (États-Unis), 85 cas (soit 12%) présentaient une atteinte extra pulmonaire. La localisation la plus fréquente était ostéo-articulaire (27%), puis lymphatique (17%).
Dans cette population, trois facteurs de risques indépendants ont été identifiés comme prédisposant à une TBEP :
• être de race noire ;
• être de sexe féminin et ;
• être infecté par le VIH [66].
Plus récemment, un travail du même groupe suggère que l’infection par une souche Beijing/w pourrait faciliter le développement d’une atteinte extra thoracique. Dans ce travail, parmi les sujets atteints de TBEP, la population asiatique était le groupe ethnique prédominant (43%) [35]. Il semble donc que l’incidence de TBEP dépende non seulement de la région géographique et de l’ethnie, mais aussi de la souche de Mycobactérium Tuberculosis (MTB).

Afrique

En 2014, la région africaine comptabilisait 28% du nombre de cas de tuberculose, mais la plus lourde charge par rapport à sa population avec 281 cas pour 100.000 habitants, soit plus du double de la moyenne mondiale qui est de 133 cas [64].
« En Algérie, il a été constaté ces dernières années une inversion de l’incidence des cas de tuberculose qui s’est traduite par une diminution de 10 points de la forme contagieuse et une persistance d’un niveau relativement élevé de la forme extra pulmonaire », a avancé le représentant du ministre de la Santé, de la Population et de la Réforme hospitalière, lors de la rencontre de célébration de la Journée de lutte contre cette maladie (24 Mars).
Il a expliqué, chiffres à l’appui, que sur les 22.780 cas recensés en 2017, 15.409, soit 67% des cas, relevaient de la tuberculose extra pulmonaire, avec une incidence de 37.1 cas pour 100.000 habitants, dont plus de la moitié représentés par la localisation ganglionnaire et un quart par la localisation pleurale (pleurésie) [58].
Au Maroc, la tuberculose extra pulmonaire représente la forme la plus fréquente avec 13.122 cas (47,80%) contre 11.572 cas (42,20%) de TPM +, 2343(8,50%) TPM- et 400 cas (1,5%) de PIT [3]. Au Cameroun, une étude réalisée entre 2006 et 2014 par le programme national de lutte contre la tuberculose a rapporté que la tuberculose extra pulmonaire est en nette croissance. L’incidence de la tuberculose extra pulmonaire est passée de 13,5% en 2006 à 15% en 2014 [46].

Diagnostic des formes extra pulmonaires de la tuberculose

La plupart des atteintes extra pulmonaires sont souvent suspectées mais difficiles à confirmer. En effet, les lésions contiennent une population bacillaire faible d’où l’intérêt de l’examen anatomo-pathologique et de la culture [63].

Localisations intra thoraciques

Ils représentent 15% des tuberculoses extra pulmonaires.
 Tuberculose pleurale :
La tuberculose pleurale représente 20% des atteintes extra respiratoires, elle est prédominante dans les pays en voie de développement contrairement à ce qui est observé dans les pays du nord.
Elle se manifeste par une douleur à type de point de côté basithoracique unilatérale, irradiant vers l’épaule et l’hypochondre homolatéral, déclenchée par l’inspiration profonde et augmentée par les changements de position et la toux, une dyspnée d’autant plus importante que l’épanchement liquidien est abondant. Elle est augmentée par le décubitus latéral du côté sain et est calmée par le décubitus latéral du côté de l’épanchement, et une toux sèche, quinteuse, non productive, irritative, déclenchée surtout par les changements de position.
L’examen physique retrouve un syndrome d’épanchement liquidien de la grande cavité pleurale.
– Une matité hydrique franche dite matité de bois
– Une baisse des vibrations vocales
– Une baisse ou abolition du murmure vésiculaire
.. Si pleurésie enkystée : les signes sont fonction de la localisation.
.. Un frottement pleural peut être attendu au début du processus, à la limite supérieure de l’épanchement.
La radiographie thoracique de face met en évidence une opacité dense homogène masquant le squelette, refoulant le médiastin et effaçant la coupole diaphragmatique, à limite supérieure concave en haut et en dedans. Sur le cliché de profil on note un comblement des culs-de-sac postérieurs.

Localisations extra thoraciques

Tuberculose ganglionnaire
Les atteintes ganglionnaires représentent les localisations extra-pulmonaires de la tuberculose les plus fréquemment observées (30%). Elles touchent actuellement les adultes jeunes (20 à 40 ans) dans les pays occidentaux et les enfants dans les pays en développement, elles sont le plus souvent observées chez les sujets immunodéprimés.
Elle touche aussi bien les ganglions périphériques que profonds de manière unilatérale ou bilatérale. Les ganglions périphériques les plus fréquemment atteintes sont les aires cervicales, supra claviculaires, sous-mandibulaires et axillaires.
Au début, les adénopathies prennent souvent l’aspect de masse de consistance ferme, mobile, douloureuse. Elles évoluent vers la fistulisation spontanée à la peau, laissant sourdre un liquide blanchâtre (le caséum). Cette fistulisation guérit difficilement, expliquant la cicatrice en écrouelles. Des localisations ganglionnaires profondes intra-abdominales et médiastinales y sont fréquemment associées. Les adénopathies médiastinales peuvent être uni latérales ou bilatérales mais asymétriques et parfois compressives.
L’échographie abdominale et le scanner thoraco-abdomino-pelvien peuvent servir au bilan d’extension de la tuberculose ganglionnaire notamment au niveau des ganglions profonds en montrant des zones centrales hypo échogènes, hypo denses évocatrices des nécroses caséeuses [25, 37].
L’examen diagnostique de choix est la culture de biopsies ganglionnaires. La PCR, indiquée quand on suspecte un diagnostic de lymphome ou de malignité ou quand le diagnostic n’a pas été possible avec l’aspiration à l’aiguille, augmente considérablement les performances diagnostiques et rend la biopsie-exérèse ganglionnaire rarement nécessaire [42].
Le diagnostic de la tuberculose ganglionnaire est établi par ponction ou biopsie ganglionnaire avec étude microbiologique directe (coloration de Ziehl Neelsen), culture et examen anatomo-pathologique qui montre un granulome épithéloide et gigantocellulaire avec nécrose caséeuse [3, 41, 44].
 Tuberculose urogénitale :
Les atteintes génito-urinaires représentent 16% des tuberculoses extra-pulmonaires. Le BK atteint les reins par voie hématogène le plus souvent à partir d’un foyer pulmonaire.
Les bacilles se logent au niveau de la jonction cortico-médullaire et forment des granulomes, qui peuvent rester stables pendant plusieurs années et se réactiver par la suite et occasionner une papillite.
Au stade initial, le malade est asymptomatique. Avec la progression de la maladie, il peut se produire une nécrose papillaire avec formation de cavités, destruction du parenchyme rénal et extension au système collecteur. L’atteinte urétérale peut induire une hydronéphrose. C’est surtout avec l’atteinte de la vessie que le malade devient symptomatique et présente une pollakiurie, de douleurs mictionnelles et/ou une hématurie. La pyurie avec ECBU stérile est caractéristique. L’atteinte génitale chez l’homme se manifeste par une masse au niveau d’un testicule. Il s’agit d’une lésion épididymaire qui augmente de volume, devient dur et sensible à la palpation. Mais l’aspect est plus évocateur en cas de lésion bipolaire, voire de lésion de tout l’épididyme donnant l’aspect en « cimier de casque ». Le canal déférent peut être en masse. Le toucher rectal recherchera des lésions génitales profondes: à type de noyaux prostatiques irréguliers, de vésicules séminales tendues.
Chez la femme, la tuberculose génitale est souvent asymptomatique et découverte le plus souvent lors des investigations d’une infertilité. Elle peut atteindre l’endomètre et les trompes de Fallope. La patiente présente des douleurs pelviennes, des troubles menstruels, une dyspareunie et des leucorrhées.
Le diagnostic de la maladie tuberculeuse urogénitale repose sur [2, 31] :
 Le bilan biologique avec un examen cytobactériologique des urines (Réalisé trois jours de suite à la recherche d’une bacillurie ou d’une leucocyturie aseptique ou à germes banals) chez une patiente sous restriction hydrique et une évaluation de la fonction rénale (urémie, créatinémie).
 Le bilan radiologique comporte au moins une urographie intraveineuse (UIV) et une échographie. Une tomodensitométrie (TDM) voir une Imagerie par Résonance Magnétique (IRM), sont demandées selon le siège des lésions et les difficultés diagnostiques rencontrées. Parfois une urétrocystographie rétrograde (UCR) ou une uretéropyélographie antérograde (UPA) ou rétrograde (UPR) sont nécessaires pour faire l’inventaire du bilan lésionnel.
Le diagnostic est histologique après examen des pièces d’exérèse ou de fragments biopsiques [2,42].
La culture de la pièce d’exérèse ou de fragments biopsiques permet de poser le diagnostic. Le geneXpert sur les urines est rarement contributif.
 Tuberculose ostéo-articulaire :
La tuberculose ostéoarticulaire représente 10 à 15% des formes extra pulmonaires. La spondylodiscite tuberculeuse ou Mal de pott est l’atteinte ostéoarticulaire tuberculeuse la plus fréquente dans les pays en voie de développement. L’atteinte vertébrale est le plus souvent d’origine hématologique, rarement par inoculation directe. L’infection touche l’os spongieux hautement vascularisé, puis s’étend vers le disque intervertébral et la vertèbre adjacente.
Les symptômes initiaux associent la présence d’une douleur rachidienne localisée et reproductible à la palpation. Elle est exacerbée par la toux, irradiant parfois selon les racines, à type de névralgies cervico-brachiale, de cruralgie ou de sciatalgie. Ces douleurs sont évocatrices par leur début insidieux et progressif, et leur caractère mécanique.
La présence d’un syndrome infectieux avec une fièvre surtout nocturne associée à une altération de l’état général est très évocatrice. On peut aussi retrouver une contracture des muscles para vertébraux, une déformation vertébrale
à type de cyphose, une saillie anormale et douloureuse à la pression des apophyses épineuses. Ce tableau peut se compléter d’abcès froids migrateurs, et dans les formes évoluées d’une modification des réflexes ostéo-tendineux, d’une para parésie, d’une paraplégie flasque ou spasmodique et de troubles de la sensibilité.
A la radiographie standard du rachis on recherche une érosion et un effacement de la corticale de deux plateaux contigus, principalement dans le coin antérieur des corps vertébraux, ainsi qu’un pincement discal global rapidement progressif. Des géodes sous-chondrales puis centro somatiques apparaissent secondairement. Elles sont mal limitées, parfois en miroir, et peuvent aboutir à un tassement corporéal cunéiforme antérieur respectant généralement le mur postérieur. [40] Le scanner avec injection de produit de contraste montre une hypodensité discale très évocatrice.
L’atteinte des articulations périphériques par la tuberculose se manifeste surtout au niveau des grosses articulations de la hanche, du genou, du coude, mais peut atteindre n’importe quelle articulation y compris les articulations inter phalangiennes ou celles des petits os des pieds. L’arthrite tuberculeuse réalise typiquement une arthrite subaiguë ou chronique, évoluant vers l’aggravation progressive en plusieurs semaines ou mois. Le délai entre l’apparition des premiers symptômes et le diagnostic varie, en moyenne, de 8 à 21 mois. Ce retard diagnostique explique le caractère fréquemment destructeur de l’arthrite. La sémiologie clinique est habituellement faite d’une douleur, d’un gonflement, d’une raideur articulaire et d’une impotence fonctionnelle.
Une étude bactériologique et anatomopathologique s’impose pour confirmer le diagnostic. Ainsi il faut réaliser des ponctions de liquide articulaire et/ou une biopsie. Ces 2 examens qui visent à apporter une preuve bactériologique et/ou histologique de l’atteinte tuberculeuse, doivent être demandés quand un faisceau d’arguments cliniques nous fait penser à la possibilité d’une tuberculose ostéoarticulaire.
La culture de fragments biopsiques et le geneXpert du pus (prélevé au niveau de l’abcès froid vertébral) permettent de poser le diagnostic.
 Tuberculose du système nerveux central :
L’atteinte du système nerveux est une des expressions les plus sévères de la tuberculose. Elle représente 8%++ des atteintes extra-respiratoires.
Elle reste une cause majeure de morbidité et de mortalité dans les pays en voie de développement, elle représente 10 à 30 % des lésions expansives intracrâniennes. Son mauvais pronostic impose la mise en œuvre de tous les moyens permettant d’avoir un diagnostic précoce afin de débuter rapidement un traitement spécifique.
La tuberculose neuro-méningée est une affection extrêmement hétérogène dans sa présentation clinique et radiologique, de ce fait le diagnostic est assez souvent porté avec beaucoup de retard et les erreurs de diagnostic ne sont pas rares. Les signes cliniques observés sont : fièvre au long cours, altération de l’état général, syndrome méningé, troubles de la conscience, paralysie des nerfs crâniens, signes d’atteinte basilaire, convulsion, hémiplégie et autres déficits neurologiques, syndrome d’hypertension intracrânienne, douleurs radiculaires, troubles sphinctériens…
Le diagnostic de certitude d’une tuberculose du SNC est parfois très difficile à établir. L’étude du LCR reste une étape fondamentale pour le diagnostic, elle met en évidence une réaction cellulaire, faite généralement de lymphocytes (300 à 1000/mm³) [10] La prédominance de polynucléaires neutrophiles est possible au début de la maladie. La protéinorachie est élevée, en général supérieure à 1g/l, son taux est corrélé à l’intensité de la réaction inflammatoire. La glycorachie est constamment abaissée. L’hyponatrémie est une anomalie biologique fréquente au cours de la méningite tuberculeuse.
Le diagnostic de certitude d’une méningite tuberculeuse repose sur l’isolement du bacille de koch dans le LCR, soit à l’examen direct ou après culture sur milieu spécial. Cependant, cette recherche n’est positive que dans seulement 10 à 30% des cas [21]. Plus récemment, les techniques de biologie moléculaire ont rendu le diagnostic de la tuberculose méningée plus facile et plus rapide. Les techniques d’amplification génique (PCR dans le LCR) ont une sensibilité plus élevée que la culture (60 à 65 %) et une spécificité qui avoisine les 100% [30]. Cette technique est aussi plus rapide permettant d’avoir le résultat au bout de 48 à 72 heures, mais son coût élevé limite son utilisation dans les pays émergents comme le nôtre.
La tomodensitométrie et l’imagerie par résonance magnétique sont d’une aide appréciable pour le diagnostic. L’IRM est plus sensible et joue un rôle important dans le diagnostic, le suivi évolutif et le pronostic de la tuberculose du SNC. Les lésions observées sont de plusieurs types: une hydrocéphalie, des tuberculomes, des abcès, des lésions ischémiques ou une thrombose veineuse cérébrale. Dans les différentes séries de la littérature, l’hydrocéphalie est l’anomalie la plus fréquemment observée. Les tuberculomes sont à l’origine de 10 à 30% des processus expansifs intracrâniens dans les pays d’endémie tuberculeuse. L’arachnoïde spinale d’origine tuberculeuse peut se voir d’emblée au moment du diagnostic ou émailler l’évolution clinique même sous traitement. La méningite tuberculeuse peut se compliquer d’artérite des vaisseaux de la base du crâne, avec possibilité d’accidents vasculaires cérébraux ischémiques.
Plus rarement, des cas de thrombophlébite cérébrale compliquant une tuberculose du SNC ont été rapportés. L’abcès cérébral est une lésion rare au cours de la tuberculose du SNC, survenant chez 4 à 8 % des patients immunocompétents et chez 20 % des patients VIH positifs [57]. Seul un diagnostic précoce et un traitement initié suffisamment tôt sont garants d’un bon pronostic. De ce fait, en cas de présomption de tuberculose du SNC, le traitement est débuté rapidement dans l’attente des explorations.
 Les tuberculoses vraies comprennent :
– Chancre tuberculeux (ulcération tuberculeuse) ;
– Lupus tuberculeux (affection de la peau caractérisée par l’infiltration de cette dernière par des petites masses solides arrondies jaunes et translucides) ;
– Miliaire tuberculeuse (tuberculose disséminée) ;
– Gomme tuberculeuse scrofuloderme (lésions inflammatoire de l’hypoderme, circonscrites, tendant à s’ulcérer) ;
– Tuberculose verruqueuse (tuberculose de réinfection) ;
– Tuberculose orificielle (tuberculose intéressant la muqueuse buccale, la région péri anale, les régions génitales).
 Tuberculides que sont :
– Tuberculides papilleuses et papillonécrotiques. (Dermatose provoquée par une réaction à la tuberculose) ;
– Lichen scrofulosorum. (c’est une expression dite micropapulaire des tuberculides).
 Tuberculose oculaire :
Les atteintes oculaires représentent 1 à 2% des atteintes extra-pulmonaire.
Toutes les structures de l’œil, à l’exception du cristallin, peuvent être concernées.
Certaines de ces manifestations cutanées, comme les tuberculomes ou les tubercules de Bouchut, sont liées à la présence du bacille dans l’œil, D’autres, tel que les uvéites, sont le reflet d’une hypersensibilité retardée au bacille de Koch.
La littérature souligne la valeur diagnostique des rétinographies en couleurs en tant qu’examen complémentaire de l’angiographie pour la mise en évidence des foyers inflammatoires du vitré postérieur, difficilement analysés par l’IRM. En revanche, le scanner et surtout l’IRM ont été performants pour l’analyse de la névrite optique. La difficulté du diagnostic bactériologique d’une tuberculose quelle que soit sa localisation, et notamment au niveau intraoculaire, est une réalité incontournable.
 Autres formes rares de tuberculose extra pulmonaire  Tuberculose laryngée :
Il s’agit le plus souvent d’une localisation secondaire à la dissémination hématogène. Elle se manifeste cliniquement par une dysphonie traînante intermittente. La laryngoscopie montre des lésions variant du simple érythème à l’ulcération éventuellement accompagnée de masses ressemblant à un carcinome et d’une hypertrophie des cordes vocales avec des ulcérations.
 Tuberculose thyroïdienne :
Elle est définie par la présence de BK ou de lésions histologiques spécifiques dans le tissu thyroïdien, elle peut revêtir différentes formes cliniques, ce qui rend le diagnostic difficile.
 Tuberculose parotidienne
Les localisations ORL extra ganglionnaires de la tuberculose sont rares. Son tableau clinique et paraclinique n’est pas spécifique. Il pose un problème de diagnostic différentiel avec les pathologies tumorales parotidiennes.
Elle se manifeste cliniquement par une douleur à type d’otalgie, ou douleur au niveau de la colique salivaire ou à la mastication, une tuméfaction cervicale de volume variable entrainant une asymétrie faciale. D’autres signes ORL peuvent être associés (dysphagie, dyspnée, dysphonie, odynophagie).Les signes généraux ne sont pas spécifiques et peuvent être absents avec un état général conservé [61, 62] ou présents à type d’altération de l’état général. On peut retrouver des signes d’imprégnation tuberculeuse qui associe une fébricule, un amaigrissement progressif et des sueurs profuses nocturnes [50].
L’examen physique doit être exo-buccal et intra-buccal à l’aide d’une abaisse langue, d’un miroir et d’une lumière adapté. Il peut retrouver une fistule cutanée en regard de la tuméfaction parotidienne [16, 50].
L’examen endo-buccal permet l’analyse :
– du conduit parotidien et de son ostium situé en regard du collet de la deuxième molaire supérieure.
– de la salive qui s’en écoule ;
– du prolongement pharyngien de la glande parotide, qui refoule la loge
amygdalienne lorsqu’il est hypertrophié.
L’examen peut objectiver une rougeur de la crête salivaire signant une lithiase antérieure, ainsi qu’une issue de pus à l’ostium turgescent.
La palpation bi digitale, avec un doigt endo-buccal et un doigt cervical, de l’arrière vers l’avant doit rechercher un calcul.
L’examen doit être complété par la recherche d’adénopathies satellites prétragiennes, sous-digastriques ou jugulo-carotidiennes, d’une paralysie faciale, d’un trismus ou d’un mauvais état dentaire [50, 61, 62,].
L’examen paraclinique comprend la radiographie sans préparation (extra-buccal endo-buccal), la sialographie après cathétérisme, l’échographie cervicale qui constitue l’examen de première intention à réaliser pour l’exploration de la loge parotidienne et nous renseigne sur le contenu liquide ou solide de la masse.
La tomodensitométrie cervicale permet de lever le doute diagnostic entre une adénopathie, une tumeur nerveuse ou une tumeur salivaire (parotidienne ou sous maxillaire). Elle affirme la topographie parotidienne de la masse.
Le bilan biologique (NFS CRP VS) ne montre pas de spécificité. La recherche de BAAR dans le liquide de ponction peut revenir positive.
Cependant, la culture est la méthode de référence pour confirmer le diagnostic. L’histologiques spécifiques de la tuberculose à l’examen de biopsie de masse parotidienne [54].

Itinéraire des prélèvements reçus au LNR

* Pour les patients hospitalisés, les techniques de prélèvement étaient fonction de la localisation de la lésion suspecte de tuberculose extra pulmonaire. Ces différents gestes étaient pratiqués par le médecin traitant. Le personnel soignant était chargé d’acheminer le prélèvement au laboratoire et ceci dans les bonnes conditions.
* Pour les patients non hospitalisés, le malade et/ou son accompagnant se chargeait de transporter le prélèvement effectué par le médecin au laboratoire. Dans tous les cas, chaque prélèvement était accompagné d’un bulletin complet, spécifique, rempli par le médecin demandeur. Chaque patient ou accompagnant était enregistré avec son numéro de téléphone sur lequel il sera appelé pour le retrait des résultats. Les prélèvements étaient ensuite déposés avec leur bulletin au niveau de la paillasse par ordre de numéro d’enregistrement.
Le (la) technicien(ne) du laboratoire vérifiait l’aspect et la quantité du prélèvement.
Les prélèvements étaient par la suite échantillonnés sous la hotte avant d’être analysés.
Le délai de réception des résultats dépend de la technique pratiquée (GENEXPERT, Génotypage MTBDR plus, Löwenstein-Jensen).
Le test Xpert MTB/RIF(GeneXpert) a été systématiquement pratiqué sur la quasi-totalité des échantillons des prélèvements extra pulmonaires reçus au LNR. Le volume d’échantillon doit être supérieur à 1ml, avec une conservation de
moins de 10 jours à 40C et moins de 3 jours entre 4 et 280C. Le délai de réception des résultats est compris entre 24 et 72 h maximum.

Table des matières

PREMIERE PARTIE: DESCRIPTION DU LNR ET RAPPEL SUR LE DIAGNOSTIC DE LA TUBERCULOSE EXTRA PULMONAIRE
I. Laboratoire National de Référence du PNT
1.1. Définition du LNR
1.2. Description et équipements du LRN
1.3. Tâches du LNR
II. Tuberculose extra pulmonaire
2.1. Définition
2.2. Epidémiologie
2.2.1. Monde
2.2.2. Afrique
2.2.3. Sénégal
2.3. Histoire naturelle de la tuberculose extra pulmonaire
2.4. Diagnostic des formes extra pulmonaires de la tuberculose
2.4.1. Localisations intra thoraciques
 Tuberculose pleurale
 Tuberculose péricardique
Tuberculose ganglionnaire médiastinale : (voir chapitre tuberculose ganglionnaire)
2.4.2. Localisations extra thoraciques
Tuberculose ganglionnaire
 Tuberculose urogénitale
 Tuberculose ostéo-articulaire
 Tuberculose du système nerveux central
 Tuberculose digestive
 Tuberculose péritonéale
 Tuberculose intestinale
 Tuberculose hépatique
 Tuberculose splénique
 Tuberculose cutanée
 Tuberculose oculaire
 Autres formes rares de tuberculose extra pulmonaire
DEUXIEME PARTIE: NOTRE ETUDE
I. Cadre d’étude
II. Méthodes
2.1. Type et durée d’étude
2.2. Population d’étude
2.2.1. Critères d’inclusion
2.2.2. Critère de non inclusion
2.3. Itinéraire des prélèvements reçus au LNR
2.4. Recueil des données et variables étudiées
2.5. Saisie et analyse des données
2.6. Aspects pratiques et considérations éthiques
2.7. Limites et difficultés rencontrées
III. Résultats
3.1. Données sociodémographiques
3.2. Données cliniques
3.3. Données biologiques
IV. Discussion
CONCLUSION
REFERENCES BIBLIGRAPHIQUES ET WEBOGRAPHIQUES
ANNEXE

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