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Variabilité génétique du VIH [48]
Le VIH se caractérise par une très grande diversité génétique. Cette variabilité résulte des erreurs de copies effectuées par la transcriptase inverse (RT) lors de la réplication virale et elle est située essentiellement au niveau de la région hypervariable de l’enveloppe.
Chez les sujets infectés, les souches virales ne sont pas identiques. Le virus est présent sous forme d’une population virale polymorphe avec une multitude de génomes différents.
L’analyse phylogénique a permis de classer le VIH1 en groupe, sous types et en recombinant CRF (circulating recombinant forms). On distingue actuellement quatre groupes de VIH-1
– Le groupe M (Major) : le plus rependu dans le monde compte neuf sous types (A, B, C, D, F, G, H, J, K,) variant de 20% à 30% l’un à l’autre. Le sous type B est retrouvé en Europe, en Amérique et en Australie. Les sous types non B sont retrouvés en Afrique et en Asie.
– Le groupe O (Outlier) est originaire du Cameroun et du Gabon. Ses sous types sont plus rares.
– Le groupe N (New groupe) : non M, non O est originaire du Cameroun
– Le groupe P (Putative) est identifié en 2009 chez des patients d’origine camerounaise.
Le VIH2 qui a été isolé en 1985 sur des sujets originaires d’Afrique de l’ouest comporte huit sous types
Cycle de réplication du VIH [3, 19, 24]
La compréhension du cycle de réplication est basée sur la connaissance des cellules cibles et les étapes de la réplication.
Les cellules cible du VIH
Les cellules sensibles à l’infection VIH sont la sous-population de lymphocytes TCD4, en particulier les lymphocytes mémoires. D’autres cellules de l’organisme sont également sensibles ; il s’agit : des monocytes des macrophages ou des cellules de la même origine telles que les cellules folliculaires dendritiques présentes dans les cellules germinatives des ganglions, des cellules de Langerhans et les cellules microgliales du cerveau. Ces cellules présentatrices d’antigènes ainsi que les lymphocytes TCD4 au repos jouent un rôle de réservoirs de virus, de dissémination et d’entrée du virus dans l’organisme
Si la molécule CD4 fonctionne comme un récepteur de haute affinité pour la gp120, des récepteurs accessoires sont nécessaires à la pénétration du virus dans la cellule hôte : les récepteurs cystéine chemokine receptors de type 5 (CCR5) et la fusine encore appelée CX chemokine receptors de type 4 (CXCR4)
Les étapes de la réplication
Les étapes de la réplication du virus sont communes à tous les virus. La connaissance de ces étapes est essentielle pour la compréhension de la physiologie de l’infection à VIH. Chaque étape de la réplication constitue une cible potentielle pour le traitement ARV. [64]
Cette réplication est un cycle comprenant une phase de pénétration du virus dans la cellule hôte, une phase de transcription et d’intégration génomique, une phase de transcription du provirus et une phase d’assemblage et de libération des virus
– Phase de pénétration du virus dans la cellule hôte
L’entrée du virus dans la cellule cible nécessite une reconnaissance entre la glycoprotéine externe du VIH et son corécepteur de la cellule hôte. Cette interaction induit un changement de conformation de la gp120 suite à la reconnaissance d’une région particulière de cette protéine par les corécepteurs tels que CCR5 et CXCR4. Il en résulte une fusion de l’enveloppe virale avec la membrane de la cellule grâce à la gp41 : c’est l’attachement. Le matériel infecté du virus est alors injecté dans la cellule hôte: c’est la pénétration
– Phase de transcription et d’intégration génomique
Après la décapsidation, la transcriptase inverse contenue dans le virion transcrit l’ARN viral en ADN double brin proviral. L’ADN est acheminé dans le noyau où il est intégré dans les chromosomes de la cellule hôte par l’action d’une enzyme appelé intégrase : c’est l’intégration. Le provirus peut ainsi rester inactif dans le génome de la cellule infectée ou produire activement de nouveaux virions [ (GOLGSCHMIDT, 2004)55].
– Phase de transcription du provirus
L’ADN proviral est transcrit en ARN messager (ARNm) par ARN polymérase II cellulaire.
Les ARNm précoces transcrits codent pour des gènes régulateurs en particulier les gènes tat, rev et nef. La protéine, tat dont l’absence entrainerait l’arrêt immédiat de la transcription, active la réplication.
Les ARNm tardifs transcrits codent pour des protéines gag, pol, en, vif, vpr, vpu (ou vpx).
En fin la protéine rev favorise le transport des ARNm tardifs codant pour des protéines de structure du virus, du noyau vers le cytoplasme.
– Phase d’assemblage et de libération des virus
Les ARNm sont traduits en protéines virale dans le cytoplasme grâce à la machinerie de la cellule hôte. Les ARNm de petite taille donnent naissance à des protéines de régulation. Ceux de moyenne et de taille complète donnent naissance à des protéines constitutives du VIH issu des protéines gag, pol et env.
Il s’ensuit un assemblage des protéines virales avec les molécules d’ARN viral encapsidées à proximité de la membrane cellulaire. Ce processus d’assemblage aboutit à la formation de nombreux virus qui, suite à un bourgeonnement à la surface de la cellule infectée, sont libérés dans le milieu extracellulaire prêts à infecter une nouvelle cellule cible.
La réplication du virus est intense : environ 1 à 10 milliard de virus sont produits chaque jour par un individu infecté non traité. Les conséquences de cette multiplication sont :
Virologique : par élévation de la charge virale
Immunologique : par destruction massive des lymphocytes TCD4,
Clinique : par apparition d’affections opportunistes
Mode de transmission du VIH [54]
La transmission et la progression du VIH se font selon trois voies de contaminations : sexuelle, sanguine et verticale parent-enfant. Plus la charge virale est élevée dans le liquide biologique contaminant, plus le risque de transmission est grand. La non détection de la charge virale réduit fortement la transmission [3]
Transmission par voie sexuelle
La transmission par voie sexuelle est la plus répandue à l’échelle mondiale [101]. Elle concerne la plus grande majorité des infections à VIH et se fait par rapport sexuel non protégé qu’il soit homosexuel, hétérosexuel voire oro-génital. Ainsi, pour qu’il y ait un risque de transmission du virus, deux facteurs doivent être en présence : une personne porteuse du VIH et un rapport sexuel avec absence de protection [106]. Certains facteurs locaux augmentent le risque : le rapport annal, lésion génitale, saignement, coexistence d’infection sexuellement transmissible avec ulcération favorisant le passage du virus. Un seul contact peut suffire pour être contaminé [3]. Le risque de contamination par voie sexuelle serait environ deux fois plus important dans le sens homme-femme que le sens inverse respectivement estimer à 0,15% et 0,09% [54, 69].
Chez les enfants de moins de 15ans, la transmission par voie sexuelle est infime. Elle découle des violences et de la précocité des rapports sexuels. En effet, les chiffres de l’enquête démographie au Sénégal en 2005 montrent que 13% des femmes et 5,4% des hommes ont eu des rapports sexuels avant l’âge de 15 ans [81].
Transmission par voie sanguine
La transmission par voie sanguine passe principalement par trois modes :
– Les contaminations professionnelles en milieu de soins ou en laboratoire, lors de l’inoculation accidentelle du sang contaminé par le VIH par erreur de manipulation d’un instrument ou d’un produit biologique contaminé
– Les contaminations par voie intraveineuse chez les toxicomanes. Elle reste le principal mode de transmission en Europe de l’Est, dans les Caraïbes et en Amérique latine [102] ; Il en est de même en Espagne [44].
– Les contaminations de produits sanguins contaminés, devenues exceptionnelles du fait des dépistages systématiques lors de tout don de sang.
Transmission parent-enfant (TPE)
Cette voie est le mode quasi-exclusif de contamination des enfants par le VIH [95]. La transmission parent-enfant a lieu surtout dans la période périnatale, c’est-à-dire au dernier trimestre de la grossesse (5%), au cours de l’accouchement (15%) et pendant l’allaitement (15%) [3].
Le niveau de la charge virale plasmatique de la mère est un déterminant majeur du risque de transmission à l’enfant. Les accouchements traumatiques majorent le risque de transmission à l’enfant.
En l’absence de traitement ARV, le taux de transmission serait de 25 à 50% [54]
Situation sans risque de transmission [54]
La connaissance des situations sans risque de transmission du VIH est importante pour éviter les peurs de contamination non fondées et la discrimination des PVVIH. La VIH n’est pas transmissible par :
– voie respiratoire,
– simple contact social, que ce soit à la maison, dans les soirées dansantes, au travail, à l’école ou en prison,
– l’alimentation ou par l’eau,
– les insectes ou par les moustiques.
De plus, il n’y a aucun risque lorsqu’on
– embrasse personne infectée ou la serre la main,
– utilise des objets ayant été en contact avec une personne infectée, comme les couvercles, les verres, les vêtements, le téléphone,
– se partage les mêmes toilettes ou piscines.
Histoire naturelle du VIH
L’histoire naturelle de l’infection à VIH est l’ordre habituel et prévisible dans lequel apparaissent les différentes manifestations cliniques, biologiques et immunologiques en l’absence de traitement : c’est l’évolution spontanée de l’infection à VIH [8, 25, 27, 91]. Elle comporte quatre phases que sont : la primo-infection, la phase asymptomatique, la phase d’immunodépression mineure et la phase d’immunodépression majeure ou SIDA [82, 75].
Primo infection
La primo-infection par le VIH correspond à la période d’invasion de l’organisme par le virus survenant dans les 12 premières semaines suivant la contamination. Pendant cette période les réponses immunes antivirales apparaissent et le réservoir viral se constitue.
La période de primo-infection a deux particularités : d’une part une présentation clinique qui varie d’un individu à un autre et d’autre part, un diagnostic qui peut être mis en défaut par les tests sérologiques en cas d’infection récente qui nécessite la recherche directe du virus à cette période. Les résultats des études récentes convergent tous vers l’initiation rapide d’un traitement ARV dont le bénéfice individuel et l’impact sont supérieurs à ceux observés dans le traitement de l’infection chronique [1]. La difficulté repose dans la faible spécificité des symptômes qui sont observé à partir de deux à quatre semaines suivant une exposition à risque [38].
Signes clinques
Une primo infection à VIH doit être recherché devant des signes cliniques compatibles avec le syndrome viral aigu persistant (fièvre, ce d’autant qu’elle dur plus de sept jours, arthralgie, myalgie, asthénie) qui peut être associé à une poly adénopathie, à des manifestations cutanéo-muqueuses (angine où pharyngite, rash, ulcères oraux et génitaux), à des troubles digestifs (diarrhées), à des troubles neurologiques (méningite lymphocytaire, encéphalite mononévrite). Ces symptômes s’amendent spontanément en quelques jours, quelques semaines les adénopathies pouvant persister plus longtemps [32].
Signes biologiques
Les anomalies biologiques hématologiques (thrombopénie, leucopénie, hyperlymphocytose dans le cadre d’un syndrome mononucléosique ou lymphopénie précoce) sont plus fréquentes, souvent associés à une cytolyse hépatique. A ce stade de l’infection, les anticorps spécifiques sont le plus souvent absents, mais l’antigène p24 peut être présent. Les premiers anticorps apparaissent deux à huit semaines après le début de la symptomatologie clinique. La primo-infection vue précocement nécessite la recherche de l’ARN-VIH plasmatique en cas de doute ou de négativité du test sérologique du VIH combiné (antigène p24 et des anticorps) [1, 38]
Phase de séropositivité asymptomatique
Elle fait suite à la primo-infection. C’est la phase d’infection chronique cliniquement latente et biologiquement active. Les anticorps anti-VIH sont détectables dans le sang : c’est la phase de séroconversion. Elle est la plus longue de toutes les phases de la primo-infection ; c’est le plus souvent à ce moment que le malade transmet la maladie. Une lymphadénopathie généralisée et persistante peut s’observer chez certains patients, témoin de la stimulation des défenses de l’organisme [33, 68, 89, 109].
Phase d’immunodépression mineure [33, 68, 89]
Il s’agit des manifestations correspondant à une immunodépression débutante. Elles apparaissent après une durée d’évolution variable comprise entre 3 et 5ans. Elles sont d’intérêt clinique d’alerte et permettent d’évoquer le diagnostic d’infection à VIH dès l’examen clinique [42, 11]. On peut avoir Des signes constitutionnels : Fièvre supérieure à 38°C, prolongée pendant plus d’un mois ; Diarrhée persistante plus d’un mois sans cause retrouvé ; Amaigrissement inexpliqué supérieur à 10% du poids habituel ; Anorexie et/ou asthénie inhabituelle et sans autre cause retrouvée
Infections opportunistes mineures : candidose buccale, génitale ou cutanée, leucoplasie chevelue de la langue, dermite séborrhéique, zona, herpès périnéale ou génitale. A la biologie les signes d’immunodépression sont déjà présents avec leucopénie (inférieure à 4000 éléments/mm3) et une lymphopénie (nombre absolue de lymphocyte TCD4 est inférieur à 400/mm3)
Phase d’immunodépression sévère ou SIDA [33, 68, 89]
Cette phase survenant le plus souvent plusieurs années après la contamination virale s’avère être le stade ultime de l’infection à VIH ou stade SIDA. Elle se caractérise par la survenue d’affections opportunistes. Il peut s’agir :
Manifestations digestives : cryptosporidiose, candidose œsophagienne, microsporidioses digestives, isosporose, salmonelloses mineures, infection intestinale à mycobactérium avium intracellulaire, infections intestinales à VIH ; à cytomégalovirus.
Manifestations respiratoires : tuberculose pulmonaire, pneumocystose, pneumopathie bactérienne récidivante, candidose pulmonaire, histoplasmose pulmonaire, coccidioidomycose, aspergilose, maladie de Kaposie pulmonaire
Manifestations neuroméningées : crytococcocose neuroméningée, toxoplasmose cérébrale, leuco encéphalopathie multifocale progressive, lymphome cérébrale primitif, encéphalite à VIH, encéphalite à CMV, méningite tuberculeuse.
Manifestations dermatologiques : cryptococcose cutanée, maladie de Kaposie cutanée, gale norvégienne, leishmaniose cutanée.
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Table des matières
INTRODUCTION
PREMIERE PARTIE : GENERALITES SUR L’INFECTION A VIH
I.Définition et historique
1.Définition
2.Historique
II. Situation épidémiologique de l’infection à VIH
1.Situation épidémiologique de l’infection à VIH dans le monde
2.Situation épidémiologique de l’infection à VIH en Afrique subsaharienne
3.Situation épidémiologique de l’infection à VIH au Sénégal
III. Virologie du VIH
1.Généralités
2.Structure du VIH
3.Variabilité génétique du VIH
4.Cycle de réplication du VIH
4.1 Cellules cible du VIH
4.2 Etapes de la réplication
IV. Mode de transmission du VIH
1.Transmission par voie sexuelle
2.Transmission par voie sanguine
3.Transmission parent-enfant (TPE)
4.Situation sans risque de transmission
V. Histoire naturelle du VIH
1.Primo infection
2.Phase de séropositivité asymptomatique
3.Phase d’immunodépression mineure
4.Phase d’immunodépression sévère ou SIDA
VI. Classification de la maladie à VIH
VII. Diagnostic biologique de l’infection à VIH
1. Diagnostic indirect de l’infection à VIH
1.1. Tests de dépistage de l’infection à VIH
1.2. Tests de confirmations
2. Diagnostic direct de l’infection à VIH
2.1 Test de détection de l’antigène p24
2.2 Technique de biologie moléculaire
VIII. Prise en charge globale de l’infection à VIH
1. Prise en charge psychosociale des PVVIH
2. Prise en charge nutritionnel des PVVIH
3. Prise en charge vaccinale des PVVIH
4. Prise en charge médicale des PVVIH
4.1. Evaluation clinique et paraclinique des patients
4.2. Suivi bioclinique des PVIH
4.3. Cas particulier de la prise en charge médicale de l’enfant et de la femme enceinte infectées par le VIH
5. Prise en charge des infections opportunistes
6. Prise en charge par les médicaments antirétroviraux (ARV) des PVVIH
6.1. Buts du traitement ARV
6.2. Moyens
6.3. Indication du traitement ARV
6.4. Protocoles thérapeutiques :
7. Suivi du traitement
IX. Prévention contre l’infection à VIH
1. Mesures générales
2. Prévention de la transmission mère enfant
3.Prise en charge des accidents exposition au sang ou au sexe (AES)
X. Initiative sénégalaise d’accès aux arv (isaarv)
1. Phase d’extension
2. Phase de décentralisation
3. Organisation institutionnelle de l’ISAARV
XII. Délégation des tâches
DEUXIEME PARTIE : TRAVAIL PERSONNEL
I. Cadre d’étude
1. Présentation du district sanitaire de Diouloulou
1.1. Présentation générale :
1.2. Données demographiques et geographiques
1.3. Infrastructures sanitaires
1.4. Equipements
2. Organisation de la prise en charge des PVVIH au niveau du district sanitaire de Diouloulou
2.1 Au niveau du centre de santé de Diouloulou :
2.2. Au niveau poste de santé
II. MATERIEL ET METHODES
1. Type et période d’étude
2. Période d’étude
3. Recueil de données
4. Saisie et exploitation des données
5. Contraintes
III. Résultats :
1. Etude descriptive
1.1. Aspect épidémiologique
1.2. Aspect clinique
1.3. Aspect biologique
1.4. Aspect thérapeutique
1.5. Aspect évolutifs
2. Etude analytique
2.1 Analyse comparative de la prise au centre de santé et au niveau des postes de santé
2.1.1 Répartition des patients selon la file active en fonction des deux sites de suivi
2.1.2 Répartition des patients selon les perdus de vue en fonction des deux sites de prise en charge
2.1.4 Répartition des patients selon le succès virologique en fonction des deux sites de suivi
2.2 Facteurs associés à l’indétectabilité de la charge virale
2.2.1 Indétectabilité de la charge virale en fonction du sexe au centre de santé de Diouloulou
2.2.2 Indétectabilité de la charge virale en fonction du sexe aux postes santé de Diouloulou
2.2.3 Indétectabilité de la charge virale en fonction de la situation matrimoniale au centre de santé Diouloulou
2.2.4 Indétectabilité de la charge virale en fonction de la situation matrimoniale aux postes de santé Diouloulou
2.2.5 Indétectabilité de la charge virale en fonction de la porte d’entrée au centre de santé de Diouloulou
2.2.6 Indétectabilité de la charge virale en fonction de la porte d’entrée aux postes de santé de Diouloulou
2.2.7 Indétectabilité de la charge virale en fonction du stade OMS au centre de santé de Diouloulou
2.2.8 Indétectabilité de la charge virale en fonction du stade OMS aux postes de santé de Diouloulou
IV. DISCUSSION
CONCLUSION
REFERENCES
ANNEXES
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