Détection du QTL g18-53 pour le caractère D9 sur la famille PBRIM.

Détection du QTL g18-53 pour le caractère D9 sur la famille PBRIM.

La cartographie génétique

La première carte génétique de l’hévéa a été publiée par Lespinasse et al. (2000a). Elle a été suivie par d’autres travaux (Le Guen et al., 2011 ; Tran 2012 ; Souza et al., 2013). La cartographie génétique chez l’hévéa est permise par le développement d’un nombre croissant de marqueurs microsatellites sur cette espèce (plus de 500 actuellement). L’établissement d’une carte de liaison génétique nécessite au départ une population expérimentale constituée par une descendance particulière. Chez les plantes allogames comportant des individus hétérozygotes, on utilise la descendance F1 issue du croisement de deux parents hétérozygotes (c’est le cas de l’hévéa). La cartographie génétique consiste à utiliser l’information de génotypage obtenue sur un grand nombre de marqueurs au sein d’une famille dans le but de constituer des groupes de liaison pour lesquels sont calculés l’ordre et la distance entre les marqueurs. Celle-ci est calculée en fonction du taux de recombinaison observé entre ces marqueurs à l’issue de la méiose chez l’individu parental. Le taux de recombinaison,qui dépend de la fréquence des crossing-over, augmente avec la distance entre les deux locus. L’estimation du taux de recombinaison fournit donc une estimation de la distance entre deux locus. Un taux de recombinaison de 50% signifie qu’il y a indépendance complète

Génotypage des individus des deux descendances

Parmi les descendants légitimes de PBRIM (222) et de PBRIC (231), on a sélectionné 190 individus par famille, en choisissant ceux qui avaient le plus grand nombre de répétitions dans les essais en champ afin d’obtenir la meilleure précision possible dans la détection de QTLs. Le tri parmi 494 marqueurs SSR disponibles au Cirad a permis d’obtenir 403 marqueurs polymorphes sur au moins un des trois parents des deux familles (Tran, 2012). Le génotypage de ces 403 marqueurs sur les 190 descendants choisis de chaque famille donne la répartition des effectifs de marqueurs pour chacune des deux familles et pour les 5 types de ségrégation possibles, et les effectifs pour les 3 parents (tableau 1).

Longueur des cartes

Les longueurs totales des cartes obtenues ici varient de 1758 cM (PBRIC Nigéria, 190 individus) à 2004 cM (PBRIM, 190 individus). Ces longueurs sont un peu inférieures à celle qui avait été obtenues par Lespinasse et al (2000) sur la famille PB260 x RO38 (longueur de 2144 cM pour 106 individus et 717 marqueurs) ou à celle qui avait été obtenue par Rattanawong et al (2008) sur la famille RRIM600 x PB217 (longueur de 2075 cM pour 196 individus et 427 marqueurs). En revanche, Le Guen et al (2011) obtenait une longueur totale plus importante pour la famille PB260 x MDF180 (2441 cM pour 351 individus et 383 marqueurs. Concernant le parent PB260, on obtient ici une longueur de 1899 cM pour 570 individus et 271 marqueurs, ce qui est assez comparable au résultat de Lespinasse et al (2000) qui était de 2000 cM pour 106 individus et 259 marqueurs ; en revanche, Le Guen et al (2011) obtenait une longueur de 2648 cM pour 351 individus et 249 marqueurs. Concernant le parent RRIM600, on obtient ici une longueur de 2004 cM avec 304 marqueurs, un peu supérieure à la longueur de 1848 cM obtenue avec 326 marqueurs par Rattanawong et al (2008)

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Table des matières

Résumé
Abstract
Remerciements
Table des matières
Définition des sigles
Tableaux
Figures
1. Introduction
1.1. L’hévéa et son amélioration génétique
1.2. L’utilisation de marqueurs génétiques chez l’hévéa
1.3. L’évolution des techniques de génotypage par microsatellites
1.4. La cartographie génétique
1.5. La détection de QTLs .
2 .resultats
2.1. Rappel de résultats antérieurs et synthèse des résultats nouvellement acquis
2.2. Extraction d’ADN
2.3. Test de légitimité des descendants.
2.4. Génotypage des individus des deux descendances
2.5. Cartographie génétique.
2.5.1. Cartographie de la famille PBRIM.
2.5.2. Cartographie de la famille PBRIC
2.5.3. Cartographie des 3 parents
2.6. Détection de QTLs
3. Discussion.
3.1. Longueur des cartes.
3.2. Alignements des marqueurs sur les différentes cartes
3.3. Variabilité des longueurs des segments entre deux marqueurs consécutifs
3.4. Détection du QTL g18-53 pour le caractère D9 sur la famille PBRIM.
4. Matériel et Méthodes
4.1. Matériel végétal .
4.2. Génotypage et cartographie
4.3. Dispositif expérimental de phénotypage en champ
4.4. Détection de QTLs.
5. Références
6. Annexes.
Annexe 1. Alignement des marqueurs sur les 18 groupes de liaison des cartes.
Annexe 2. Détection de QTL de D4 pour la famille PBRIM (Côte d’Ivoire).
Annexe 3. Détection de QTL de D9 pour la famille PBRIM (Côte d’Ivoire).
Annexe 4. Détection de QTL de D7 pour la famille PBRIC (Nigéria).