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Les champignons
Définition des champignons
Les champignons sont des organismes eucaryotes, uni- ou pluricellulaires, ne produisant pas de tissus. Ils ne possèdent aucun pigment assimilateur, ce qui en fait des organismes hétérotrophes qui ont donc besoin d’une source de carbone organique pour se développer. Ce carbone organique ne pouvant provenir que d’autres organismes vivants, ils vont se développer à leurs dépens (parasitisme), ou en harmonie (symbiose), ou encore décomposer des substances organiques mortes (saprophytisme). Dans ce cas, ils possèdent toutes les enzymes nécessaires à la décomposition de matières organiques, permettant ainsi de dégrader un grand nombre de substrats. Ils sont notamment capables de consommer la cellulose et la lignine et sont adaptés à l’habitat terrestre, qui leur est très favorable [18].
Taxonomie et classification des champignons
La classification des principaux groupes (ou phylum) de champignons repose sur la mobilité de leurs spores, l’aspect du thalle (septé ou non cloisonné) et la production ou absence de spores sexuées. Ainsi, les divisions suivantes ont été reconnues.
❖ Les Zygomycètes, champignons dont la reproduction engendre des zygospores, ce sont les agents des zygomycoses dont les plus fréquentes sont mucormycoses.
❖ Les Ascomycètes, champignons dont la reproduction donne des ascospores (champignons supérieurs avec des filaments septés) comme pour les agents des aspergilloses et des candidoses.
❖ Les Basidiomycètes, champignons dont la reproduction génère des basidiospores (champignons supérieurs avec des filaments cloisonnés) avec par exemple l’agent de la cryptococcose.
❖ Les Deuteromycètes, qui sont des champignons dont la reproduction sexuée n’est pas connue à ce jour (champignons imparfaits), refermant plusieurs champignons microscopiques.
Par conséquent, le développement d’un champignon se fait par reproduction asexuée et/ou par une reproduction sexuée. Cependant les champignons sont le plus souvent observés sous leur forme asexuée et ils sont ainsi classés en fonction de la morphologie du thalle végétatif.
On distingue en effet : les levures (unicellulaires) dont les Candida, les champignons filamenteux (pluricellulaires) dont les dermatophytes et les moisissures, les champignons dimorphiques, associant les deux aspects (filaments en saprophytisme et levures en parasitisme dans les tissus) et enfin de nouveaux groupes affilés aux mycètes comme les Pneumocystidaceae et les Microsporidae .
En outre, en mycologie médicale, il est pratique de distinguer plusieurs catégories de champignons potentiellement pathogènes pour l’homme, en fonction de leur degré de virulence et de leur compétence au parasitisme [25].
Champignons adaptés au parasitisme par affinité pour un substrat sélectif
Le meilleur exemple est celui des espèces kératinophiles issues du sol, dont l’avidité pour la kératine humaine et animale est très prononcée : les dermatophytes en sont les meilleurs exemples [25].
Champignons potentiellement pathogènes
Ces espèces possèdent des facteurs de virulence et d’adaptation au parasitisme, d’où la fréquence de leur isolement en situation pathologique chez l’immunodéprimé. Certains champignons vivent en commensaux au niveau du tube digestif ou de la peau (Candida, Malassezia, Trichosporon). Le développement d’une mycose dépend alors d’une colonisation préalable et de certains facteurs favorisants (terrain sous jacent). D’autres champignons, en revanche, proviennent du milieu extérieur. Ils sont le plus souvent saprophytes, parfois phytopathogènes ou parasites d’animaux, avec dans ce cas un potentiel de pathogénicité non négligeable. C’est dans ce dernier contexte que sont décrites les levures du genre Cryptococcus, ainsi qu’un certain nombre de champignons filamenteux cosmopolites communément appelés moisissures. Il s’agit soit de Hyalohyphomycètes (au mycélium hyalin) comme les Aspergillus, les Fusarium ou les Scedosporium, soit de Phaeohyphomycètes (au mycélium foncé, anciennement dénommés dématiés) comme les Alternaria, Bipolaris, Curvularia, Exophiala, soit de Zygomycètes (mucorales thermophiles) : Rhizopus, Rhizomucor, … Toutes ces moisissures ont une tendance marquée au parasitisme, mais leur implantation et leur diffusion chez l’homme dépendent essentiellement du terrain sous-jacent. Dans tous les cas, la contamination se produit par voie aérienne ou par voie cutanée.
En zone intertropicale, de redoutables champignons appelés « dimorphiques » peuvent être observés (Histoplasma, Blastomyces, Coccidioides, Paracoccidioides, …). Ils sont parfois observés plusieurs années après un séjour en zone d’endémie ; cette « réactivation » fait le plus souvent suite à une immunodépression récente. D’autres espèces tropicales, agents des chromomycoses peuvent se rencontrer habituellement [25].
Champignons apparemment dénués de pathogénicité
Ce sont, dans la grande majorité des cas, des saprophytes de l’environnement ou des espèces vivant en commensales, colonisant le revêtement cutané ou les muqueuses de l’homme et/ou de l’animal. Longtemps appelés « contaminants de laboratoire », car isolés à partir des boîtes de culture, ils étaient écartés du diagnostic. C’est dans cette catégorie que l’on recrute la plupart des « nouveaux » opportunistes émergents aujourd’hui. Leur développement chez l’hôte nécessite un état d’immunodépression, ou des facteurs locaux permettant l’implantation durable du champignon, d’où l’appellation de champignons opportunistes. On inclut dans cette notion de réceptivité aussi bien des facteurs de morbidité locaux (troubles circulatoires, ulcères, brûlures, …) que généraux (déficits immunitaires qualitatifs ou quantitatifs). Cependant, en dépit de leur extraordinaire diversité et de leur remarquable adaptation (certains d’entre eux sont des parasites de végétaux), à peine plus d’une centaine d’espèces (sur les quelques milliers répertoriés parmi les saprophytes ou les phytopathogènes) sont capables de s’implanter chez l’homme. Tous les champignons de l’environnement ne sont donc pas capables de s’implanter chez l’homme, même en cas d’affaiblissement très important. Il semble que les champignons qui s’adaptent le mieux au parasitisme appartiennent aux Ascomycètes, chez lesquels on place désormais Pneumocystis jirocecii (malgré l’absence de forme sexuée connue). Les méthodes de phylogénie moléculaire ont en effet permis de rattacher aux Ascomycètes de nombreuses moisissures environnementales ainsi que des levures, classées initialement parmi les Deuteromycètes (Fungi imperfecti) [25].
Les mycoses
Définition
Les infections fongiques représentent un des plus graves problèmes de santé publique dans le monde. Le nom de la maladie découle soit du nom de la partie du corps envahie (dermatomycose, onychomycose…) soit, plus souvent, du nom du champignon en cause (aspergillose, blastomycose …). Certaines ne provoquent que des mycoses superficielles (touchant peau, phanères, et muqueuses), tandis que d’autres pénètrent plus profondément et peuvent être responsables de mycoses sous-cutanées ou de mycoses profondes.
Mode de transmission
L’Homme est confronté en permanence aux spores fongiques qui pénètrent dans son organisme par :
❖ Inhalation (Aspergillose)
❖ Inoculation post-traumatique (Mycétome),
❖ Passage à travers la filière génitale ou par le personnel soignant (Candida albicans).
❖ Contact direct interhumaine, avec des animaux ou par le sol (Dermatophytes)
❖ Ingestion.
En dépit de leur grande capacité adaptative, les champignons, à quelques exceptions près, ne montrent que peu de prédispositions à s’engager dans la voie du parasitisme chez l’homme.
Principaux facteurs favorisant le développement des mycoses
De nombreux facteurs favorisent les mycoses. Ils dépendent à la fois de l’hôte, de son environnement, de la maladie sous-jacente, mais aussi de facteurs extrinsèques, essentiellement iatrogènes.
Facteurs mécaniques
❖ Lésion ou rupture de la barrière cutanéo-muqueuse (blessure, abrasion, ulcération) liées à des traumatismes (brûlures, irradiations, médicaments cytotoxiques)
❖ Tarissement des sécrétions des muqueuses, désorganisation ou altération fonctionnelle du tapis mucociliaire
❖ Occlusion, macération, hypersudation, au niveau du revêtement cutané.
Maladies sous-jacentes
❖ Granulomatose septique familiale
❖ Diabète déséquilibré ou acido-cétosique.
❖ Malnutrition sévère.
❖ Hémopathies (leucémie, lymphome, etc.) et cancers solides.
❖ Maladies de système et certaines endocrinopathies (insuffisance surrénalienne)
❖ Infections virales et ses conséquences : VIH et CMV.
Terrain
❖ Nouveau-né, prématuré en soin intensif.
❖ Vieillard avec troubles circulatoires, prothèse dentaire.
❖ Ethylique, tabagique.
❖ Héroïnomane.
❖ Sujet sans domicile fixe, dénutri en état de misère physiologique, insuffisance d’hygiène élémentaire.
Facteurs iatrogènes
➤ Abus de neuroleptiques.
➤ Corticothérapie prolongée.
➤ Antibiothérapie à large spectre et prolongée.
➤ Immunosuppresseur.
➤ Chimiothérapie anticancéreuse et cytolytique.
➤ Traitement par un chélateur de fer.
➤ Alimentation parentérale avec cathéters intravasculaires, prothèses endovasculaires ou endo viscérales.
➤ Manœuvres chirurgicales (chirurgie digestive), sondes vésicales ou intrapéritonéales
➤ Technique de réanimation ou d’exploration endovasculaire.
➤ Séjour prolongé en soins intensifs.
Classification des mycoses
D’après leur localisation, les principales mycoses peuvent se grouper en trois catégories :
➤ Mycoses superficielles
➤ Mycoses sous-cutanées
➤ Mycoses profondes
Mycoses Superficielles :
Les mycoses superficielles, qui comprennent les atteintes de la peau, des ongles et des cheveux, font partie des infections dermatologiques les plus fréquentes Elles résultent le plus souvent d’une invasion par trois grands groupes de champignons :
❖ Les dermatophytes.
❖ Les levures.
❖ Les moisissures.
Mycoses sous-cutanées
Ce sont des mycoses spécifiquement tropicales, dues à des champignons présents dans le milieu extérieur, sol ou végétaux, leur transmission se fait suite à l’inoculation transcutanée des pathogènes telluriques chez des sujets le plus souvent immunocompétents.
Mycoses profondes
Les mycoses profondes ou systémiques présentent une symptomatologie clinique variée et non spécifique, leur diagnostic repose sur un faisceau d’arguments épidémiologiques, liniques, radiologiques, histologiques et biologiques qui placent le laboratoire de mycologie en première ligne dans la prise en charge du patient. Les mycoses profondes occupent une place de plus en plus importante dans la pathologie infectieuse, on distingue deux grandes catégories :
❖ Les mycoses cosmopolites opportunistes.
❖ Les mycoses exotiques rares.
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Table des matières
INTRODUCTION
PREMIÈRE PARTIE : Rappels bibliographiques
PERSONNEL
A. Les champignons
1. Définition des champignons
2. Taxonomie et classification des champignons
2.1. Champignons adaptés au parasitisme par affinité pour un substrat sélectif
2.2. Champignons potentiellement pathogènes
2.3. Champignons apparemment dénués de pathogénicité
B. Les mycoses
1. Définition
2. Mode de transmission
3. Principaux facteurs favorisant le développement des mycoses
4. Classification des mycoses
C. Méthodes d’étude de la flore fongique du sol
1. Techniques d’isolement direct
1.1. L’incorporation directe du sol
1.2. Technique de lavage
1.3. Les suspensions-dilutions (dilutions plates)
2. Techniques d’isolement indirect
2.1. Les pièges inertes : techniques de piégeage de Vanbreusghem
2.2. Les plantes entières
2.3. Les fragments de plantes vivantes
3. L’extraction directe
D. Principaux genres de champignons retrouvés sur le sable de plage
1. Les dermatophytes
1.1. Origines et modalités de la contamination
1.2. Caractères culturaux des dermatophytes
1.3. Morphologie microscopique des dermatophytes
1.4. Principales pathologies dues aux dermatophytes
2. Les pseudodermatophytes : le genre Chrysosporium
2.1. Caractères culturaux des Chrysosporium
2.2. Morphologie microscopique des Chrysosporium
3. Les levures
3.1. Les Candida
3.2. Les Rhodotorula
4. Les moisissures
4.1. Le genre Aspergillus
4.2. Le genre Penicillium
DEUXIÈME PARTIE : Travail expérimental
1. Site, période et type d’étude
1.1. Site d’étude
1.1.1. Plage IFAN
1.1.2. Laboratoire de parasitologie mycologie hôpital Aristide Le Dantec
1.2. Période et type d’étude
2. Échantillons de l’étude
3. Matériels et méthodes
3.1. Matériels de l’étude
3.2. Méthodes de l’étude
3.2.3. Identification des cultures positives
4. Analyse statistique
Résultats et Discussion
5. Résultats et Discussion
5.1. Résultats
5.2. Discussion
CONCLUSION ET PERSPECTIVES
RÉFÉRENCES
