Soutenance mémoire
Épidémie de COVID-19
Découverte du virus – Données générales sur le SARS-CoV-2
D’après le Larousse, une épidémie est le développement et la progression rapide d’une maladie contagieuse, le plus souvent d’origine infectieuse, dans une population.
En Décembre 2019, une infection respiratoire d’étiologie inconnue s’est développée dans la ville de Wuhan en Chine (1). Le 7 Janvier 2020, les scientifiques chinois isolaient un nouveau Coronavirus (2019-nCov) permettant son séquençage alors remis à l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) quelques jours plus tard (2). Rapidement, plusieurs cas liés à ce virus sont signalés dans d’autres pays asiatiques, exportés de la ville de Wuhan. L’OMS nomme alors le Coronavirus en cause en SARS CoronaVirus 2 (SARS-CoV-2) et la pneumopathie qui en résulte en maladie Coronavirus 2019 (COVID-19) .
Le SARS-CoV-2 appartient à la famille des CoronaVirus (CoV) par analogie à la « couronne » formées par les protéines à la surface du virus. Le SARS-CoV-2 est le septième coronavirus pathogène pour l’Homme, responsable de la maladie COVID-19 (COronaVIrus Disease 2019) .
SARS-CoV-2 est un virus à ARN enveloppé. Son génome de 30 kilobases code pour 15 gènes dont 4 correspondent à des protéines de structure : une protéine de surface (protéine Spike ou S), une protéine de membrane (M), une protéine d’enveloppe (E) et une nucléocapside (N). Son origine n’est pas complètement établie. Fréquents chez les animaux, les coronavirus ne franchissent qu’épisodiquement la barrière d’espèces pour infecter l’Homme. Il existe néanmoins des exceptions : le SARS-CoV responsable du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) avait été accidentellement transmis à l’Homme via la consommation de civettes masquées et le MERS-CoV (Middle East Respiratory Syndrome) via les dromodaires. Le SARS-CoV-2 est génétiquement plus proche des virus infectant les chauve-souris, même si aucune transmission directe n’a été identifiée entre cette espèce et l’humain. L’hypothèse émise par les chercheurs est que la transmission à l’Homme a eu lieu par le biais d’une espèce hôte intermédiaire. L’espèce du pangolin avait été identifiée comme porteur d’un coronavirus proche du SARS-CoV-2, cependant les séquences génétiques du virus responsable de l’épidémie actuelle et celles du coronavirus infectant le pangolin possèdent des différences significatives. Parmi les hypothèses, deux sont évoquées pouvant expliquer l’origine du SARS-CoV-2 :
-Le virus aurait été transmis de la chauve-souris à l’Homme via une espèce animale non encore identifiée
-Le virus circulerait depuis plusieurs années chez l’homme, à bas bruit, jusqu’à ce qu’une mutation l’ait rendu plus virulent et pathogène.
Le SARS-CoV-2 se transmet par deux voies principales : le contact direct avec une personne infectée ou une surface contaminée et la transmission aérienne du virus via des goutelettes ou un aérosol émis par la personne infectée. D’autres voies de transmission telles que la transmission verticale par le lait maternel, la transmission fécale-orale, la transmission par le sang, la transmission par voie sexuelle, sont théoriquement possibles en raison de la détection de l’ARN viral mais n’ont pas été clairement démontrées.
Le délai entre l’infection par le virus et la possibilité de le transmettre à un tiers est d’environ 5 à 8 jours, que l’on développe des symptômes ou non. Le risque de transmission est maximal à l’apparition des symptômes, mais débute 2 à 3 jours avant. Le risque diminue ensuite progressivement à partir du 7ème jour suivant l’apparition des symptômes et devient limité audelà de 10 jours et exceptionnel après 14 jours.
Les manifestations de la maladie COVID-19 sont très hétérogènes et environ 20 à 50% des patients infectés ne développent pas de symptômes. Les signes cliniques les plus fréquemment décrits sont les signes d’infection respiratoire : fièvre, toux, dyspnée. D’autres symptômes peuvent s’y associer tels que des myalgies, des céphalées, une dysphagie, une congestion nasale, des nausées et vomissements, des diarrhées, une agueusie et une anosmie. Dans 80% des cas, les symptômes restent légers ou modérés et disparaissent après 5 à 14 jours. Les formes les plus graves se développent dans la deuxième semaine suivant l’apparition des symptômes, pouvant conduire à une insuffisance respiratoire ou à un syndrome de détresse respiratoire aigüe (SDRA). D’autres complications graves peuvent survenir comme une insuffisance rénale, des troubles du rythme cardiaque, des évènements thrombo-emboliques, des bactériémies.
L’âge de plus de 65 ans et le sexe masculin sont des risques de développer une forme grave de la maladie. D’autres facteurs de risques (6) sont également associés au développement de forme grave de COVID-19 et donc de l’admission en soins intensifs : diabète de type 1 et de type 2, obésité (IMC supérieur à 30 kg/m2 ), cancers et notamment les cancers hématologiques, BPCO et insuffisance respiratoire, maladies cardiovasculaires, maladies hépatiques, immunodépression, syndrome drépanocytaire, grossesse (3ème trimestre).
L’infection par le SARS-CoV-2 induit une réponse immunitaire par la production d’anticorps dirigés contre la protéine S (Spike) présente en surface du virus. La production des immunoglobulines (Ig) de type M ou de type G débute après la première semaine et atteint un pic entre la 2ème et 3ème semaine suivant l’infection. Le taux de ces anticorps décroit avec le temps et il est difficile de préciser combien de temps ils persistent. Cependant si ces anticorps se sont développés, ils ne sont pas forcément neutralisants. La présence d’anticorps témoigne du fait que l’organisme a été en contact avec le virus, sans être certain qu’elle offre une protection contre une nouvelle infection. Il est difficile de préciser la durée de l’immunité procurée. Si elle ne dure que quelques mois, une réinfection au-delà de ce délai est possible.
Épidémiologie de l’épidémie COVID-19 de ses débuts jusque fin 2021 en France
Mesures gouvernementales en France pour faire face à la pandémie
PREMIERE VAGUE
Janvier 2020 : premiers cas en France
En France, les trois premiers cas à partir de la découverte du virus sont officiellement recensés le 24 janvier 2020. Il s’agit d’un Français d’origine chinoise et de deux touristes chinois ayant séjourné à Wuhan, foyer d’origine du virus en Chine Centrale. Ces trois personnes sont également les premiers cas annoncés en Europe. Une étude de l’Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (Inserm) parue le 6 février 2021 dans European Journal of Epidemiology (7), évoque la circulation du coronavirus en France dès l’automne 2019.
Février 2020 : premiers foyers de contagion
Le 17 février 2020, douze cas sont confirmés en France. Le 29 février 2020, 100 personnes sont atteintes du virus et 2 sont décédés. Le nombre de contaminations s’élève à plus de 70 500 cas en Chine continentale (8). En France, les rassemblements de plus de 5000 personnes en milieu fermé sont interdites. Les premiers cas groupés de COVID-19 en France sont recensés le 7 février 2020 à la station de ski des Contamines-Montjoie en Haute-Savoie, avec 5 personnes infectées. Le rassemblement évangélique de l’Église Porte Ouverte Chrétienne à Mulhouse dans le HautRhin, réunissant de 2000 à 5000 personnes du 17 au 21 février, est considéré comme l’un des foyers épidémiques majeurs de propagation du virus en France, avec plus d’un millier de cas identifiés (9). Dans le Haut-Rhin, des mesures restrictives avec fermetures des écoles et limitation des rassemblements sont mises en place.
Mars-Avril 2020 : premier confinement et jusqu’à 600 décès quotidiens en secteur hospitalier
Le 5 mars 2020, l’ensemble des régions métropolitaines françaises et la Guyane sont touchées (10). La France est l’un des principaux foyers du coronavirus en Europe, avec l’Italie et l’Allemagne. La barre des 1000 cas confirmés est franchie en France le 8 mars 2020. Les rassemblements de plus de 1000 personnes sont désormais interdits. Le 11 mars 2020, l’OMS déclare l’épidémie de COVID-19 comme une pandémie (11). Le rapport de l’OMS du 25 Mars 2020 déclare un nombre reccord de cas COVID-19 de 413 467 patients dont 18 433 décès liés au COVID-19 (12). Rapidement, les autorités gouvernementales décident d’une mise à l’arrêt du pays. Le 12 mars 2020 (13), le président de la République française annonce la fermeture des crèches, écoles, collèges, lycées et universités. Les salariés sont encouragés à pratiquer le télétravail. Le ministère de la Santé demande la déprogrammation des interventions chirurgicales non urgentes. Deux jours plus tard, le Premier Ministre annonce la fermeture de tous les lieux publics non indispensables, à l’exception des pharmacies, des banques, des magasins alimentaires, des stations-services, des bureaux de tabac et bureaux de presse. Le 16 mars 2020, le président de la République déclare que seuls les trajets « absolument nécessaires » seront autorisés. A partir du 17 mars, dans le but de réduire les contacts et les déplacements, la population française est confinée à domicile excepté pour des motifs autorisés, afin de lutter contre la croissance exponentielle de la pandémie (14). Le 23 mars 2020, un premier soignant décède du COVID-19. Le 24 mars 2020, le nombre de 1000 morts en secteur hospitalier est dépassé et 22 300 cas sont confirmés en France .
Le 30 mars 2020, la barre des 3000 morts à l’hôpital est dépassée. Le 6 avril 2020, le pic est atteint avec 613 décès. Au total, 4,5% de la population française est infectée entre mars et mai selon une étude de la Direction de la Recherche, des Etudes, de l’Evaluation des Statistiques .
Mai à août 2020 : baisse de la circulation du virus
Les principales mesures du déconfinement effectif le 11 mai 2020 sont la suppression de l’autorisation de sortie, l’obligation du port du masque dans les transports, la réouverture des commerces à l’exception des restaurants, la rentrée progressive des écoles. Les déplacements au-delà de 100 km restant interdits jusqu’au 2 juin 2020. La sortie de confinement est effectuée de façon différenciée par départements en fonction du niveau d’infection de chacun d’entre eux. Le R effectif national est à 0,93 le 12 juin, partout inférieur à 1 sauf en Auvergne Rhônes-Alpes, en Normandie, Occitanie et Martinique. Le nombre de nouvelles hospitalisations continue à diminuer. Le 30 juin, Santé Publique France objective un ralentissement de la circulation du virus avec cependant une persistance. Les nouveaux cas confirmés restent de l’ordre de 500 par jour. Le 10 juillet 2020, Santé Publique France indique une progression de l’épidémie (17) avec un R effectif significativement supérieur à 1 en France métropolitaine. Le 24 juillet 2020(18), Santé Publique France fait état d’une reprise épidémique, avec 1130 cas quotidiens supplémentaires soit +26% en une semaine. Le gouvernement intensifie les contrôles aux frontières et autorise les préfets à intensifier les mesures restrictives si nécessaire. Le 1er août, le masque redevient obligatoire dans certaines rues ou lieux dans des villes du littoral telles que Nice, Bayonne, Biarritz, la Rochelle. Paris, Marseille, Toulouse, Nice, Toulon suivront en rendant le masque obligatoire à l’extérieur.
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Table des matières
I. Introduction
1. Épidémie de COVID-19
1.1 Découverte du virus – Données générales sur le SARS-CoV-2
1.2 Épidémiologie de l’épidémie COVID-19 de ses débuts jusque fin 2021 en France – Mesures gouvernementales en France pour faire face à la pandémie
2. Retentissement sur le système de soins
2.1 Sur un plan général
2.2 Cas spécifique de la chirurgie
2.3 Cas spécifique de l’urologie
3. La base PMSI
3.1 Historique
3.2 Ressources
3.3 Forces et faiblesses
4. Rationnel
II. Matériels et Méthodes
III. Résultats
1. Résultats globaux
2. Chirurgie oncologique
3. Pathologie lithiasique
4. Chirurgie non oncologique
4.1 Chirurgie bénigne du scrotum et contenu scrotal
4.2 Chirurgie bénigne de l’urètre
4.3 Chirurgie bénigne du pénis
5. Chirurgie de l’hypertrophie bénigne de prostate
6. Chirurgie non oncologique du haut-appareil urinaire et de la vessie
6.1 Chirurgie bénigne du haut-appareil urinaire
6.2 Chirurgie bénigne de la vessie
7. Urologie fonctionnelle et de l’incontinence
7.1 Bandelettes sous-urétrales
7.2 Chirurgie du prolapsus
7.3 Sphincter urinaire artificiel
7.4 Injection péri-urétrale
7.5 Neuromodulation des racines sacrées
7.6 Toxine botulique
7.7 Entérocystoplasties et dérivations cutanées continentes
7.8 Chirurgie de fistule
8. Traumatologie
9. Transplantation rénale et prélèvements multi-organes
IV. Discussion
V. Conclusion
VI. Annexes
VII. Bibliographie
