Cycles et variabilité génétique chez les virus à ARN

Cycles et variabilité génétique chez les virus à ARN

Familles de virus faisant l’objet de l’étude

Plusieurs familles sont retrouvées dans la plupart des cas d’émergences et de réémergences de virus pathogènes à travers le monde . Celles-ci sont favorisées par la plasticité génétique qui caractérise les virus à ARN et par les altérations qui ont lieu dans l’environnement. Elles forment ainsi des familles idéales d’étude de la variabilité génétique virale et de l’évolution chez les populations de virus. Ce sont donc chez ces virus que la théorie des quasi-espèces a été étudiée :

 La famille des Picornaviridae, tels que le virus de la fièvre aphteuse (Foot-and-Mouth Disease Virus, FMDV) et le poliovirus (PV) principalement, mais aussi le virus de l’hépatite A (HAV) ou le virus de l’encéphalomyocardite (EncephaloMyoCarditis virus, EMCV).
 La famille des Retroviridae, dont le virus de l’immunodéficience humaine de type 1 (Human Immunodefisciency Virus 1, HIV-1).
 La famille des Arenaviridae avec le virus de la chorioméningite lymphocytaire (Lymphocytic ChorioMeningitis Virus, LCMV).
 La famille des Rhabdoviridae avec le virus de la stomatite vésiculeuse (Vesicular Stomatitis Virus, VSV).
 La famille des Leviviridae avec le bactériophage Q-β, l’un des premiers à avoir été étudié.
 D’autres familles telles que les Hepadnaviridae (avec le virus de l’hépatite B (HBV)), les Flaviviridae (le virus de l’hépatite C (HCV)), les Paramyxoviridae (le virus respiratoire syncytial (RSV) et le virus de la rougeole (Measles Virus, MeV)) et les Orthomyxoviridae (IV).

Variabilité et instabilité génétique chez les virus à ARN

Le taux de mutation qui apparait en moyenne lors de la réplication virale chez les virus à ARN est de 10⁻⁴ substitutions par nucléotide copié (63). Les ARN viraux possédant 10⁴ nucléotides en moyenne, la descendance obtenue dans une cellule infectée contiendra donc en moyenne 1 mutation par ARN. Par conséquent, la plupart des génomes de la descendance différera de ses modèles parentaux (63, 77). Nous allons maintenant aborder cette variabilité et exposer ses mécanismes. Cette étape est importante car la variabilité des virus à ARN est à la base de leur dynamique. L’investigation dont elle fait preuve est un pas vers la compréhension des mécanismes qui permettent à ces virus d’échapper à la réponse immunitaire et de résister aux traitements antiviraux mis en place. Cette variabilité va enfin servir de base à la théorie des quasi-espèces. Les virus utilisent tous les mécanismes de variation génétique connus qui agissent sur le génome cellulaire : mutation, recombinaison homologue et non homologue, réassortiment de segments de génomes, duplication de génomes.

Mise en évidence précoce de la variabilité et de l’instabilité virale

La mise en évidence de l’instabilité génétique des virus à ARN a été précoce, car elle a eu lieu bien avant l’apparition des techniques de séquençage moléculaire, chez plusieurs virus : de hautes fréquences de mutants apparus spontanément ou de révertants du type sauvage ont été mises en évidence par Granoff pour le virus de la maladie de Newcastle, par Fileds et Joklik avec les réovirus, par Pelhalm avec le virus de la mosaïque de la tomate. L’une des plus importantes reste l’expérience de Valentine chez les bactériophages Qβ (239). On observait l’apparition de révertants, variant viraux ayant subi des réversions et donc un retour vers le type sauvage initial. Des variants mutants étaient aussi obtenus sur des préparations cellulaires avec des virus du type sauvage, alors qu’aucun processus de mutagénèse n’avait été mis en place. L’importance de ces observations apparait vraiment lorsque des techniques de séquençage ont pu être appliquées aux bactériophages à ARN. Après que les séquences du premier bactériophage à ARN soient obtenues, Weissmann a rapporté que « un stock de phages apparemment homogènes au niveau phénotypique pourrait contenir de multiples variations à différents sites de l’ARN » (251, 252). A l’époque, le concept de variation génétique est bien établie, mais les notions de mutations, de compétition et de sélection en tant que source de cette variation n’étaient pas encore bien assimilées et n’apparaitront que progressivement.

Enzymes de réplication et génération des mutants

La réplication de l’ARN est une étape de copie d’un brin d’ARN matrice en un brin complémentaire, qui va lui-même servir d’intermédiaire de réplication pour la synthèse de génomes à ARN à intégrer dans de nouvelles particules virales. C’est une étape fondamentale pour le maintien de l’information génétique et pour la propagation de copies portant cette information de manière plus ou moins similaire. Les acteurs de cette étape servent à la reconnaissance du brin matrice et à l’élongation du brin complémentaire. Il s’agit des ARN polymérases ARN-dépendante chez les virus à ARN, aussi appelée réplicase, et des transcriptases inverses rétrovirales, d’ailleurs particulièrement étudiées lors des dernières décennies (52). Ce sont des enzymes constituées de protéines codées uniquement par le génome viral, comme la transcriptase inverse du HIV-1 (52) ou par un mélange de ces dernières et de protéines codées par l’hôte, comme la réplicase Qβ (une sous-unité codée par le virus et de trois autres sous-unités codées par l’hôte). Cette dernière a beaucoup servi à caractériser des systèmes de réplication in vitro et à comprendre leurs mécanismes grâce aux travaux de Spiegelman puis de Weissman (251, 252).

La comparaison des structures de ces enzymes en 3 dimensions (celles de la transcriptase inverse, de l’ADN polymérase ADN dépendante des E.coli et de la réplicase du PV par exemple) a mis en évidence des caractéristiques communes, comme par exemple une forme conservée avec des domaines de catalyse identiques et une forte spécificité pour l’ARN viral (224). Mais cela a aussi démontré l’absence d’activité exonucléase 3’-5’ chez la transcriptase inverse et la réplicase à ARN. Elle permet une relecture de la séquence répliquée pour détecter des nucléotides mal insérés, ainsi que d’autres mécanismes de réparation postréplicatif. Ces activités sont présentes chez les polymérases à ADN virale et cellulaire (224). Cette absence a pour conséquence une réplication à la précision limitée chez les virus à ARN et contribue à un fort taux d’erreur. Ce taux caractérise la « fidélité » des enzymes de réplication : si le taux d’erreur est élevé, on parle de fidélité faible de la polymérase, et inversement. Nous allons voir que cette fidélité peut être modulée lors de mutations qui touchent ces enzymes, même en l’absence d’activité 3’-5’ exonucléase . Il s’agit de la base moléculaire de ce qui est appelé la « error-prone replication » dans la littérature, une réplication sujette à l’erreur (71, 224). Elle explique en majeure partie le fort taux de mutation chez les virus à ARN, car ces enzymes sont en première ligne, en reconnaissant et copiant les acides nucléiques .

Les mutations, mécanisme de variabilité génétique

Les premières observations de mutations ont été rapportées par De Vries en 1901, au niveau phénotypique, chez l’onagre de Lamarck. De nouvelles formes de ces espèces étaient viables et pouvaient transmettre leur nouveau caractère à leur descendance (3’). Mais à l’époque, on considérait qu’il s’agissait d’un phénomène discontinu, épisodique comparable à un effet saltatoire. L’évolution était alors considérée comme le résultat d’apparitions de variations discontinues, les mutations, et de leur transmission chez des individus d’une population de génération en génération. La génétique moléculaire actuelle nous a permis de mettre en évidence que c’était inexact : le support de l’information génétique est constamment soumis à des agressions pouvant induire l’apparition de mutations.

Ces agressions peuvent être exogènes (radiations…), endogènes (radicaux libres), ou être dues à des erreurs de réplication ou de recombinaisons accidentelles. La plupart du temps, ces agressions sont corrigées par un mécanisme de réparation, mais le taux de correction n’est pas parfait. Les mutations proviennent donc de cet échappement à la réparation. Ce sont des changements au sein de la séquence nucléotidique codée par l’ARN ou l’ADN, qui vont affecter la séquence d’un gène et parfois altérer sa fonction, mais de manière non systématique (121). Elles sont localisées à deux échelles : l’une à l’échelle du chromosome, appelée macrolésion et ne s’appliquant donc qu’aux organismes pourvus de cet élément, l’autre à l’échelle du gène, appelée microlésion. Elles sont aussi appelées mutations ponctuelles. Seule cette dernière nous intéresse dans le cadre de l’étude de la variation génétique chez les virus. Les mécanismes de ces mutations à l’échelle moléculaire ne seront pas abordés.

Les mutations ponctuelles

Il faut distinguer plusieurs types de mutations (figure 3) :  Les substitutions consistent en un remplacement d’un nucléotide par un autre et représentent environ 70% des mutations observées (121), ce qui en fait le plus fréquent des remaniements du génome. Elles sont dues à des erreurs de réplication ayant échappé au système de réparation, à des erreurs du dit système ou à un agent exogène ou endogène. On distingue les transitions et les transversions. o Transition : remplacement d’une purine par une autre (adénine (A) en guanine (G) et inversement) ou d’une pyrimidine par une autre (cytosine (C) en thymine ou en uracile (U) et inversement). o Transversion : remplacement d’une purine par une pyrimidine et inversement.  Les insertions de nucléotides sont le gain d’un ou plusieurs nucléotides par rapport à la séquence initial. Cet ajout a lieu lors du phénomène de réplication, notamment au niveau de certaines séquences répétées. Lorsqu’elles se produisent dans une portion codante de la séquence nucléotidique, elles décalent le cadre de lecture et conduisent à une protéine anormale.  Les délétions de nucléotides sont la perte d’un ou plusieurs nucléotides, et ont les mêmes effets que les insertions. Une section d’ARN est ici perdue ou détruite (93). C’est ce mécanisme qui intervient dans la formation de particules « defective interfering » (DI) défectueuses, qui ont la particularité d’interférer avec la réplication des particules virales homologues non mutées (148). Ces deux derniers événements sont aussi appelés des « indels » en génétique et en bioinformatique.

Ces phénomènes peuvent avoir lieu avec un petit nombre de nucléotides mais peuvent aller jusqu’à plusieurs centaines. Dans ce deuxième cas, il fait suite à une réparation incomplète des lésions subies par le génome ou à des anomalies de recombinaisons ou de réplication. Ces mutations peuvent affecter une portion plus ou moins grande d’ARN et, en fonction de leur localisation dans le génome, peuvent avoir ou non des effets phénotypiques.

Hypomutations et hypermutations

Le taux de mutation se situe entre 10-3 et 10-5 substitutions par nucléotide copié lors de la réplication (63, 64). Il se peut cependant que certains sites du génome soient soumis à un taux plus élevé ou plus bas, on parle alors respectivement d’hyper- et d’hypomutation. Des cas de génomes à ARN hypermutés se retrouvent chez les ARN (DI) des VSV (voir partie 5.4.3.1.) (164), chez des variants du MeV persistant dans le système nerveux central de l’homme, chez le virus parainfluenza humain ou encore des rétrovirus, et chez certains variants échappant aux anticorps neutralisants du RSV .

Il se peut que ce phénomène puisse contribuer à la persistance du virus sur le long terme, en interrompant la formation de la particule et en minimisant ainsi son exposition à une réponse immunitaire. Chez le MeV, on suppose aussi que ces hypermutations sont apparues suite au relâchement des contraintes fonctionnelles sur des régions du génome qui servent à la maturation et au caractère infectieux mais pas à la réplication (64). Elles peuvent aussi être dues à l’activité de désaminases cellulaires telles que « l’Apolipoprotein B mRNA and the Editing Complex » (APOBEC) ou à celle de « l’Adenosine Deaminase Acting on doublestranded RNA » (ADAR) (72). Ce sont deux fonctions régulatrices et correctrices cellulaires. Elles participent ainsi à la réponse immunitaire innée de la cellulaire en provoquant ces hypermutagénèses (226).

Ces mutations sont des outils intéressants, une fois induites par mutagénèse, pour étudier la fonction nucléotidique et protéique.

Table des matières

TABLE DES ANNEXES
TABLE DES ILLUSTRATIONS
LISTE DES ABREVIATIONS
INTRODUCTION
Partie 1 Rappels structuraux, cycles et variabilité génétique chez les virus à ARN
1.1. Structure et constituants viraux
1.1.1. L’acide nucléique viral
1.1.2. Les protéines virales
1.1.3. Les lipides viraux
1.2. L’architecture virale
1.2.1. Les capsides ou nucléocapsides
1.2.2. Les enveloppes virales
1.3. Le cycle viral
1.3.1. Phase initiale
1.3.2. Phase de multiplication
1.3.3. Phase de libération
1.3.4. Diversité du cycle viral et de l’expression génétique
1.4. Dogme central de la biologie moléculaire chez les virus
1.4.1. Première ébauche du dogme central
1.4.2. Extension du dogme central aux virus
1.4.3. Le code génétique
1.5. Familles de virus faisant l’objet de l’étude
1.6. Variabilité et instabilité génétique chez les virus à ARN
1.6.1. Mise en évidence précoce de la variabilité et de l’instabilité virale
1.6.2. Enzymes de réplication et génération des mutants
1.6.3. Les mutations, mécanisme de variabilité génétique
1.6.3.1. Les mutations ponctuelles
1.6.3.2. Hypomutations et hypermutations
1.6.3.3. Les expansions répétées
1.6.3.4. Les duplications
1.6.3.5. Conséquences des microlésions
1.6.3.5.1. Conséquences d’une substitution en séquence codante
1.6.3.5.2. Conséquences des décalages du cadre de lecture en séquence codante
1.6.3.5.3. Conséquences des microlésions en région non-codante
1.6.3.5.4. Conséquences sur l’aspect fonctionnel
1.6.3.5.5. Conséquences en fonction du contexte
1.6.4. Les recombinaisons
1.6.5. Les réarrangements/réassortiments
1.6.6. La segmentation du génome
1.6.7. Conclusion sur la variabilité
1.7. Conclusion
Partie 2 Principes darwiniens chez des populations virales à ARN
2.1. Théorie de l’évolution, un premier pas vers l’évolution des populations
2.2. La théorie synthétique de l’évolution
2.2.1. Loi de Hardy-Weinberg
2.2.2. Caractéristiques des facteurs
2.2.3. Variation génétique
2.2.3.1. Taux de mutation
2.2.3.2. Fréquence de mutation
2.2.3.3. Taux d’évolution
2.2.4. La compétition
2.2.5. La sélection
2.2.5.1. Extension au milieu extracellulaire
2.2.5.2. Limite floue entre sélections positive et négative
2.2.5.3. Contraintes sélectives
2.2.6. Effets fondateurs et dérive génétique
2.2.6.1. Effets fondateurs
2.2.6.2. Dérive génétique
2.2.7. Les migrations
2.2.8. Bilan des forces évolutives appliquées aux populations virales
2.3. La valeur sélective virale
2.3.1. La valeur sélective en génétique des populations
2.3.2. La valeur sélective appliquée aux virus
2.3.3. Mesure de la valeur sélective chez les virus
2.3.4. Intérêts des mesures de la valeur sélective
2.3.5. La valeur sélective moyenne
2.4. Le paysage adaptatif
2.4.1. Topographie des paysages
2.4.2. Déplacements au sein des paysages et shifting balance theory
2.4.2.1. Selon la séquence nucléotidique
2.4.2.2. Selon l’environnement.
2.4.2.3. Shifting balance theory
2.4.3. Un paysage mouvant et complexe.
2.5. Conclusion
Partie 3 Les quasi-espèces virales : expériences historiques, modèles théoriques et expérimentaux
3.1. Le modèle mathématique d’Eigen
3.1.1. Les expériences de Spiegelman et l’origine des passages en série
3.1.2. La théorie mathématique d’Eigen et Schuster
3.1.2.1. Approche intuitive
3.1.2.2. Equations fondamentales de la théorie mathématique
3.1.3. Simplification du modèle de la quasi-espèce
3.1.3.1. La balance sélection-mutation chez un modèle réplicatif présentant des erreurs
3.1.3.2. Le seuil d’erreur et l’erreur catastrophique
3.1.3.3. Le seuil d’extinction
3.1.3.4. Ajout d’autres génotypes au modèle
3.1.3.5. Introduction des mutations retours
3.1.3.6. Les réseaux neutres
3.1.4. Le modèle d’Eigen
3.2. Applications du modèle à des virus à ARN
3.2.1. Mise en évidence d’un réservoir de mutants
3.2.2. Une distribution chez le bactériophage Qβ évoquant une quasi-espèce
3.2.3. Un modèle applicable mais limité
3.3. Les quasi-espèces chez les virus à ARN
3.3.1. Organisation du spectre de mutants
3.3.1.1. Définition du spectre de mutants
3.3.1.2. La séquence maîtresse
3.3.1.3. La séquence consensus
3.3.1.4. Un spectre organisé de mutants
3.3.2. Formation du spectre de mutants et exploration de l’espace séquence
3.3.2.1. L’espace séquence
3.3.2.1.1. Représentation en deux dimensions
3.3.2.1.2. Représentation en trois dimensions
3.3.2.2. Exploration de l’espace séquence
3.3.3. Seuil d’erreur et l’erreur catastrophique chez les virus à ARN
3.3.3.1. Seuil d’erreur et erreur catastrophique chez les virus
3.3.3.2. Application à l’exploration de l’espace séquence
3.4. Mesure de la complexité du spectre
3.4.1. Paramètres utilisés pour estimer la complexité du spectre
3.4.2. Méthodes de séquençage classique
3.4.2.1. Clonages biologique et moléculaire
3.4.2.2. Le séquençage de Sanger
3.4.3. Séquençage haut débit appliqué aux études des quasi-espèces virales
3.4.3.1. Déroulement général du séquençage haut-débit
3.4.3.2. Technologies utilisant le séquençage haut-débit
3.4.3.3. L’analyse des données
3.4.3.4. Apports du séquençage haut débit dans l’étude des quasi-espèces
3.4.4. Méthodes de classification
3.4.4.1. Partition Analysis of Quasispecies
3.4.4.2. Une grande variété de méthodes d’analyses et d’échantillonnages
3.5. Conclusion
Partie 4 Paramètres et dynamique des quasi-espèces virales
4.1. Hétérogénéité dans les populations virales à ARN
4.1.1. Une fidélité de réplication modulable
4.1.2. Le fort taux de mutation, source d’hétérogénéité de la population
4.1.3. Remplissage du spectre de mutants : première approche de la dynamique des quasiespèces
4.1.3.1. Remise en question de l’intérêt de l’étude de la séquence consensus
4.1.3.2. Une dynamique basée sur la composition du spectre de mutants
4.1.3.3. Evolution du spectre de mutant sans changement de la séquence consensus
4.1.3.4. Evolution du spectre de mutant avec changement de la séquence consensus
4.1.4. Conclusion
4.2. Taille du génome viral
4.2.1. Une meilleure exploration de l’espace séquence
4.2.2. Relation du seuil d’erreur et taille du génome
4.2.3. Un génome soumis à des contraintes fonctionnelles
4.2.4. Segmentation du génome
4.3. Impact de la taille de la population
4.3.1. Approche théorique à l’aide de l’espace séquence
4.3.2. Taille et hétérogénéité de la population virale
4.3.3. Etudes expérimentales des valeurs sélectives
4.3.3.1. Perte de valeur sélective au sein d’une population virale
4.3.3.1.1. Simulations expérimentales des goulots d’étranglement
4.3.3.1.2. Applications expérimentales du cliquet de Müller
4.3.3.1.3. Maintien de valeur adaptative et échappement à l’extinction
4.3.3.1.4. Une conséquence positive de la sélection négative
4.3.3.2. Augmentation de la valeur sélective au sein d’une population virale et atteinte de l’équilibre
4.3.3.2.1. Définition de l’équilibre en matière de valeur sélective
4.3.3.2.2. Mise en évidence expérimentale et interprétation
4.3.3.2.3. Avantage sélectif de la taille et de l’hétérogénéité
4.3.3.3. Limites de la taille du spectre
4.3.4. Le taux d’évolution, autre approche de l’importance de la taille et de l’hétérogénéité de la population
4.4. Apport des paysages adaptatifs : paysages accidentés et survie du plus plat
4.4.1. Barrières génétiques et phénotypiques
4.4.2. Un paysage adaptatif accidenté chez les virus
4.4.3. La survie du plus plat sur des paysages adaptatifs
4.4.4. Observations expérimentales
4.4.5. Difficultés d’interprétation
4.4.6. Conclusion
4.5. Les facteurs liés à l’hôte
4.6. Conclusions
4.6.1. Conclusion sur la dynamique des quasi-espèces
4.6.2. Paramètres viraux et impact sur l’adaptabilité du virus
Partie 5 Implications biologiques de la dynamique des quasi-espèces
5.1. Résistance et mutants d’échappement
5.1.1. Les contraintes sélectives appliquées lors de traitements
5.1.2. Définition des mutants d’échappement
5.1.3. Résistance aux inhibiteurs antiviraux
5.1.3.1. Les inhibiteurs antiviraux
5.1.3.2. Mécanismes et caractéristiques généraux des résistances
5.1.3.3. Sélection de mutants résistants
5.1.3.3.1. Barrière génétique
5.1.3.3.2. Barrière phénotypique
5.1.3.3.3. Concentrations et caractéristiques de l’inhibiteur
5.1.3.3.4. Apparition de résistance sans exposition aux inhibiteurs
5.1.3.4. Dynamique d’apparition des résistances
5.1.3.5. Un nouveau mécanisme de résistance
5.1.4. Résistance à la réponse immunitaire et à la vaccination
5.1.4.1. Mutants d’échappement face à la réponse immunitaire
5.1.4.1.1. Immunité innée
5.1.4.1.2. Immunité adaptative
5.1.4.1.3. Multiples exemples de mutants d’échappement
5.1.4.2. Mutants d’échappement dans le cadre de la vaccination
5.1.4.2.1. Principes de la vaccination
5.1.4.2.2. Echappement à la vaccination
5.1.4.3. Orientation de l’évolution virale par la vaccination
5.2. Modification du tropisme cellulaire
5.2.1. Modulation par les protéines structurales
5.2.1.1. Les récepteurs cellulaires
5.2.1.2. Interactions cellules-virus via les récepteurs
5.2.1.3. Conséquences des substitutions d’acides aminés présents dans les sites de reconnaissance
5.2.1.3.1. Changement de tropisme cellulaire
5.2.1.3.2. Expansion du tropisme cellulaire
5.2.1.3.3. Modification de la pathogénèse
5.2.2. Modulation par les protéines non structurales
5.2.3. Dynamique de la modulation du tropisme
5.2.4. La coévolution du tropisme et de l’antigénicité
5.2.4.1. Variation antigénique et modification du tropisme in vitro
5.2.4.2. Variation antigénique et modification du tropisme in vivo
5.2.4.3. Dynamique de la coévolution
5.2.5. Conclusion
5.3. La mémoire moléculaire
5.3.1. L’hypothèse des génomes mémoires
5.3.2. Mise en évidence d’une mémoire moléculaire chez les virus à ARN
5.3.3. Caractéristiques des génomes mémoires
5.3.4. Proposition schématique de la dynamique de la mémoire moléculaire
5.3.5. Proposition de mécanisme moléculaire
5.3.6. Implications de la mémoire moléculaire
5.4. Les quasi-espèces, unité de sélection soumise à des interactions internes
5.4.1. Complémentarité
5.4.1.1. Approches expérimentales
5.4.1.2. Caractéristiques de la complémentarité
5.4.2. Interférence
5.4.2.1. Approches théoriques et expérimentales
5.4.2.2. Caractéristiques des interférences
5.4.2.3. Sélection densité-dépendante et auto-organisation
5.4.3. Mécanismes moléculaires de la complémentarité et de l’interférence
5.4.3.1. Deux mécanismes liés
5.4.3.2. Différences avec les mécanismes inhibiteurs généraux
5.4.3.3. Mécanisme de complémentarité et d’interférence
5.4.3.4. Difficultés pour établir les mécanismes d’interactions
5.4.3.5. Interactions des quasi-espèces en tant que groupe
5.5. La mutagénèse létale
5.5.1. Bases de la stratégie antivirale
5.5.2. Principes de la mutagénèse létale
5.5.3. Les analogues nucléotidiques et nucléosidiques
5.5.4. Mécanismes de la mutagénèse létale
5.5.4.1. Caractéristiques de la mutagénèse létale
5.5.4.2. Etapes de la mutagénèse létale
5.5.5. Limites de la mutagénèse létale
5.5.5.1. Termes utilisés
5.5.5.2. Effets bénéfiques de la mutagénèse létale pour le virus
5.5.5.3. Résistance à la mutagénèse létale
5.5.5.3.1. Plusieurs mécanismes de résistance
5.5.5.3.2. Pertinence de l’apparition des résistances
5.5.5.4. Effets secondaires des agents mutagènes
5.5.6. Conclusion
5.6. Mise en place de protocoles combinant mutagénèse létale et d’autres stratégies antivirales
5.6.1. Autres stratégies de lutte antivirale
5.6.1.1. La thérapie combinée
5.6.1.2. Un traitement en deux étapes
5.6.1.3. L’utilisation de médicaments dirigés contre les fonctions cellulaires
5.6.1.4. Stimulation de l’immunité innée
5.6.1.5. Combinaison d’immunothérapie et de chimiothérapie
5.6.2. Utilisation de mutagènes pour une thérapie combinée
5.6.3. Utilisation de mutagènes de manière successive ou simultanée
5.6.4. Limites d’application
5.6.5. Conclusion
5.7. Conclusion des implications biologiques
5.7.1. Application de la dynamique des quasi-espèces virales in vivo
5.7.2. Application de la dynamique des quasi-espèces sur l’évolution sur le long terme
Partie 6 Limites et extensions de la théorie des quasi-espèces
6.1. Une théorie déterministe
6.1.1. L’intervention d’éléments stochastiques
6.1.2. Des exemples isolés de comportements déterministes au sein des populations virales
6.1.3. Nuances du comportement déterministe
6.1.4. Une démarche dite classique
6.1.5. Conclusion
6.2. Limite des méthodes de séquençage
6.2.1. Limites d’échantillonnage des clonages biologique et moléculaire
6.2.1.1. Echantillons parfois peu représentatifs et erreurs de copies
6.2.1.2. Echantillonnage faible
6.2.2. Limites de l’amplification et du séquençage
6.2.3. Corrections des limites
6.2.3.1. Corrections des erreurs dues à l’amplification
6.2.3.2. Circular Sequencing
6.2.3.3. Méthodes de correction
6.2.4. Conclusion
6.3. Limites des mesures de la valeur sélective
6.3.1. Des limites dues aux interactions d’une multitude de facteurs
6.3.2. Limites retrouvées pour les protocoles expérimentaux
6.3.3. Difficultés de l’application de la valeur sélective in vivo
6.3.4. Conclusion
6.4. Remise en cause de la théorie
6.4.1. Mauvaise utilisation du terme
6.4.2. Remise en cause des caractéristiques du comportement des quasi-espèces
6.4.3. Un modèle fait d’exemples
6.4.4. Plusieurs modèles complémentaires
6.5. Extension de la théorie à d’autres organismes
6.5.1. Extension aux virus à ADN
6.5.2. Extension aux cellules : comportement collectif chez des bactéries
6.5.3. Extension aux cellules cancéreuses : hétérogénéité et comportement en groupe
6.5.4. Extension aux hypothèses des origines de la vie
6.5.5. Extension à des systèmes de prions
6.6. Conclusion
CONCLUSION
BIBLIOGRAPHIE
WEBOGRAPHIE
ANNEXES

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