Soutenance mémoire
CYCLE SAUVAGE DE LA PESTE PORCINE AFRICAINE
ETUDE DU ROLE POTENTIEL D’ORNITHODOROS SONRAI DANS LE CYCLE EPIDEMIOLOGIQUE DE LA PPA:
Comme cela a déjà été décrit, le Sénégal présente une situation épidémiologique particulière concernant la peste porcine africaine, la maladie étant devenue enzootique après l’introduction du virus alors que cela n’est pas le cas dans d’autres pays d’Afrique de l’ouest (cf.. chapitre 1.3.3.).
La situation épidémiologique de la PPA en Afrique de l’est et Afrique australe suggère que les suidés sauvages jouent un rôle important dans le maintien du virus dans les zones où les tiques Ornithodoros sp. sont présentes. Ces tiques se retrouvent aussi bien dans les terriers de phacochères en milieu naturel que dans les fissures et anfractuosités des porcheries en milieu domestique. Enfin, chez les porcs, bien que la transmission directe de la PPA soit la plus plausible, il est envisagé que les tiques Ornithodoros sp. jouent aussi un rôle lorsqu’elles investissent les porcheries (cf.. chapitre 1.2).La seule espèce de tique molle existant au Sénégal et adaptée au milieu domestique est Ornithodoros sonrai (cf. chapitre1.3.4). Cette tique est connue pour être principalement inféodée aux terriers de rongeurs. Toutefois, elle est très ubiquiste sur son choix d’hôte (nombreuses espèces de rongeurs, hommes…). Par ailleurs, elle héberge le spirochète Borrelia qui est génétiquement proche du virus de la PPA et il s’agit une espèce très proche d’Ornithodoros erraticus, connue comme vecteur de la PPA dans la péninsule ibérique. Tous ces critères nous ont amené à tester l’hypothèse d’une implication de O. sonrai dans le cycle épidémiologique de la PPA au Sénégal.Il était donc nécessaire de choisir des sites d’étude où Ornithodoros sonrai est présente, aussi bien en milieu domestique dans les élevages porcins qu’en milieu sauvage dans les zones abritant des phacochères.Les travaux récents de Vial (2005) ont montré que la limite sud de la distribution d’O. sonrai semble se situer exactement après le village de Ndiop, à peine 10 km au nord de Karang (160 km au sud de Dakar, Figure 22), sa présence au nord de cette ligne ayant été confirmée.En première approche, il semblait important de récolter et analyser suffisamment d’échantillons de tiques de zones différentes afin de déterminer si le virus de la PPA peut être hébergé par O. sonrai. Compte tenu de son écologie et de son cycle relativement court de trois mois, cette tique semble pouvoir se retrouver à tout moment de l’année au Sénégal.
Cependant, des études préliminaires sur la dynamique de la PPA au Sénégal montrent une saisonnalité avec une incidence plus élevée en saison des pluies (aux dires des éleveurs de porcs rencontrés), il était donc intéressant de faire un échantillonnage des tiques en milieu domestique pendant cette période.
Aire d’étude et protocole d’échantillonnage:
La recherche de tiques molles était donc constituée de deux volets : une recherche en milieu domestique, dans les élevages de porcs de la région, et une recherche en milieu sauvage, dans les terriers de phacochères.L’étude a été conduite dans la région du Sine Saloum, entre 14,5°N/13,6°N et 16.6°W/16.1°W, comprenant les régions administratives de Fatick et de Kaolack. Cette région correspond en effet à une des zones d’élevages porcins les plus importants, par la présence des minorités ethniques sérères et diolas majoritairement de confession chretienne. Dans cette région également se retrouvent des populations de phacochères, localisées dans le département de Foundiougne (plusieurs campements de chasse implantés), et la tique molle potentiellement vectrice de la maladie, O. sonrai. De plus, des cas de PPA ont été confirmés par la DIREL dans la région (entre 1995 et 1998 : plusieurs foyers dans le Sine Saloum, en 2004: Loul Sessene, Fatick, Foundiougne, Sokone).Le travail de collecte de tique a été débuté par Vial (2006) afin de faire une première évaluation du rôle potentiel d’Ornithodoros sonrai dans l’épidémiologie de la PPA. Les résultats de cette première mission (présence de la tique) ont encouragé la poursuite de la recherche dans le cadre de cette étude, ils seront donc intégrés à la partie résultat de ce chapitre.Les collectes suivantes se sont déroulées du 14 au 25 juin et du 21 au 30 juillet 2006.
Echantillonnage en milieu domestique:
Pour augmenter les chances de détection de la présence de la tique, nous avons procédé à un échantillonnage ciblé pour le choix des « sites » à explorer, c’est-à-dire des communes de la région de Fatick (Figure 22). Cinq (5) sites ont été sélectionnés le long de l’axe nord-sud de 14°30’ à Diohine à 13°30’ à Karang, espacés entre eux de 20 km minimum. Chaque site comprend une ou plusieurs villes/villages, dans un périmètre de 10 km. Il s’agissait des sites suivants :
Karang, Sokone, Foundiougne, Fatick, Diohine/ Niakhar.Les communes choisis devaient avoir un nombre élevé de porcs ou d’éleveurs de porcs (>300 porcs ou >15 élevages), et avoir une situation géographique ou économique intéressante, qui pouvait nous renseigner sur l’épidémiologie de la PPA :
– situation sur l’axe routier emprunté pour les mouvements commerciaux de porcs depuis ou vers la Casamance (Fatick-Kaolack-Karang ou Fatick- Foundiougne-Karang)
– et/ou épisode(s) récent(s) de PPA confirmés par la DIREL
– et/ou présence de phacochère à proximité
– et/ou présence de campement(s) de chasse
– et/ou pratiques d’élevage contrastées afin de déterminer une éventuelle influence de celles-ci sur la présence de tiqueLors du travail de terrain, les déclarations des éleveurs ainsi qu’une meilleure connaissance de la zone nous ont conduit à ajouter deux (2) communes à ce protocole afin de rendre les recherches plus pertinentes : Passy, que la présence proche de phacochères et de campements de chasse rendait intéressante (Passy est intégré au site de Sokone) et Sibassor / Kaolack (dans la région voisine de Kaolack), où une épizootie de peste porcine africaine semblait avoir cours au moment de la collecte. L’échantillonnage débuté à Karang n’a pas été poursuivi, du fait de l’absence de O. sonrai à cette latitude (Vial, 2005).Au total, l’échantillonnage a donc porté sur six (6) sites, chaque site pouvant regrouper plusieurs communes distantes de moins de 10 km entre elles. Sur chaque site, cinq (5) élevages minima ont été inspectés.
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Table des matières
INTRODUCTION
CHAPITRE 1 : CYCLE SAUVAGE DE LA PESTE PORCINE AFRICAINE
1. 1. L’agent pathogène étudié : le virus de la Peste Porcine Africaine
1. 1. 1. Etiologie
1. 1. 2. Epidémiologie
1. 1. 3. Pathogénie
1. 1. 4. Signes cliniques
1. 1. 5. Diagnostic
1. 1. 6. Prophylaxie
1. 2. Epidémiologie de la PPA en Afrique
1. 2. 1. Espèces réservoirs
1. 2. 2. Mode de transmission
1. 2. 3. Le vecteur : Ornithodoros moubata
1. 3. Le cas du Sénégal
1. 3. 1. Présentation du pays
1. 3. 2. L’élevage porcin au Sénégal
1. 3. 3. Une situation d’enzootie
1. 3. 4. Ornithodoros sonrai, vecteur de PPA ?
CHAPITRE 2 : ETUDE DE LA CIRCULATION DU VIRUS DE LA PPA AU SEIN DES POPULATIONS DE PHACOCHERES
2. 1. Le phacochère (Phacochoerus africanus)
2. 1. 1. Taxonomie et distribution
2. 1. 2. Description
2. 1. 3. Comportement alimentaire et habitat
2. 1. 4. Organisation sociale et reproduction
2. 1. 5. Une espèce menacée ?
2. 2. Contexte de l’étude : la Chasse aux phacochères dans le Sine Saloum
2. 2. 1. La chasse au Sénégal : présentation et réglementation
2. 2. 2. Le tourisme cynégétique au Sine Saloum : Campements de chasse
2. 2. 3. La chasse aux phacochères
2. 2. 4. Le braconnage
2. 3. Matériels et méthodes
2. 3. 1. Aire d’étude et échantillonnage
2. 3. 2. Protocole de collecte des échantillons
2. 3. 3. Tests diagnostics
2. 4. Résultats et discussio
2. 4. 1. Résultats : Echantillons obtenus
2. 4. 2. Problèmes rencontrés
2. 4. 3. Discussion
CHAPITRE 3 : ETUDE DU ROLE POTENTIEL D’ORNITHODOROS SONRAI DANS LE CYCLE EPIDEMIOLOGIQUE DE LA PPA
3. 1. Matériels et méthodes
3. 1. 1. Aire d’étude et protocole d’échantillonnage
3. 1. 2. Méthodes de collecte
3. 1. 3. Protocole de collecte
3. 1. 4 Tests diagnostics
3. 2. Résultats
3. 2. 1. Typologie de l’élevage porcin
3. 2. 2. Collecte de tiques en milieu domestique
3. 2. 3. Collecte en milieu naturel
3. 3. Discussion
3. 3. 1. Milieu domestique
3. 3. 2. Milieu naturel
CHAPITRE 4 : DISCUSSION GENERALE
4. 1. Le phacochère, réservoir de la maladie ?
4. 2. O. sonrai, rôle dans le cycle domestique ?
4. 3. Place mineure du cycle sauvage
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