Controle de qualite et validation de differentes micromethodes d’identification bacterienne

En effet, la plupart des Streptocoques sont des commensaux habituels des cavités naturelles et des téguments, et peuvent dans certaines circonstances particulières, devenir pathogènes pour l’homme. Les Staphylocoques sont responsables chez l’homme, d’infections qui peuvent être localisées et de propagation directe en atteignant essentiellement le revêtement cutané ; elles peuvent aussi diffuser par voie sanguine en prenant un caractère septicémique avec un polymorphisme symptomatique extrême. Les Entérobactéries peuvent être pathogènes spécifiques ou opportunistes du tube digestif de l’homme. Quant aux Mycoplasmes urogénitaux, Ureaplasma urealyticum est impliquée dans 15 % des urétrites non gonocciques, dans la stérilité masculine par altération de la mobilité des spermatozoïdes et est mise en cause dans les avortements spontanés à répétition dans 28 % des cas tandis que Mycoplasma hominis est responsable de vaginites non spécifiques, d’abcès pelviens, de salpingites et d’endométrie. La fréquence, la gravité et/ou la mortalité de toutes ces infections bactériennes, traduisent des difficultés de prise en charge de ces infections liées entre autres aux difficultés d’identification microbiologique formelle de ces germes. Face à cette préoccupation, à l’instar des pays développés, la mise au point de microméthodes d’identification des bactéries (Staphylocoques, Streptocoques, Entérobactéries, Mycoplasmes urogénitaux) simples, fiables, peu onéreuses et permettant une bonne prise en charge du diagnostic bactériologique, a été effectué au Laboratoire de Bactériologie-Virologie du Centre Hospitalier Universitaire Aristide Le Dantec de Dakar. La mise en route de tels types de méthodes exige un contrôle de qualité et une validation de ces techniques d’identification. Cette exigence est pratique courante dans le domaine industriel où toute nouvelle méthode décrite dans un dossier d’autorisation de mise sur le marché (AMM) doit être accompagnée d’un contrôle de qualité et d’une validation complète.

LES STAPHYLOCOQUES

DEFINITION

Les Staphylocoques sont des cocci à Gram positif, non mobiles, asporules et habituellement non capsulés.

La plupart des espèces sont aéro-anaérobies facultatives et à catalase positve, à l’exception de S. saccharolyticus et S. aureus subsp. anaerobius. Ce sont des germes dépourvus d’oxydase en dehors de S. lentus, S. sciuri et S. caseolyticus.

TAXONOMIE

Historique
Les Staphylocoques ont été identifiés par d’éminents microbiologistes à l’instar de KOCH, PASTEUR, OGSTON et ROSENBACH.

En 1878, KOCH souligne le rôle pathogène des bactéries se présentant sous forme de cocci Gram positif. Ces cocci seront ensuite isolés puis identifiés d’un pus par Louis Pasteur en 1880. Ils seront baptisés en 1883 par OGSTON sous le nom de Staphylocoques, du latin « Staphylla » ou grappe et coccus ou « grain ». En 1884, ils sont classés en fonction de la pigmentation des colonies par ROSENBACH en S. aureus du latin « orange » et S. albus, du latin « blanche ».

Habitat
Les Staphylocoques sont des bactéries très répandues dans la nature, aussi bien dans l’air que dans le sol ou dans l’eau. Ce sont des commensaux extrêmement fréquents de la peau et des cavités naturelles de l’Homme et des animaux (avec une prédominance pour les fosses nasales et le périnée) : la plupart des espèces rencontrées sont opportunistes, d’autres peuvent être occasionnellement pathogènes (S. aureus).

Classification
Le genre Staphylococcus appartient à la famille des Micrococaceae qui comprend trois autres genres :
– Micrococcus
– Planococcus
– Stomatococcus.

Le genre Staphylococcus est composé de 39 espèces et sous-espèces qui se distinguent par leurs caractères phénotypiques dont l’espèce type est S. aureus. Les espèces du genre Staphylococcus sont classées en deux groupes selon qu’elles produisent ou non une coagulase libre active sur le plasma oxalate de lapin.

■ Les staphylocoques à coagulase positive
Staphylococcus aureus est le premier agent pathogène, lequel peut être responsable d’infection sévère, et il est important de le différencier des autres staphylocoques opportunistes coagulase négative. Les autres espèces de staphylocoques coagulase positive sont :
– Staphylococcus hyicus
– Staphylococcus schleiferi sous-espèce coagulans
– Staphylococcus intermedius.
Ces souches sont occasionnellement rencontrées dans les infections humaines.
■ Les staphylocoques à coagulase négative
Les SCN sont des agents opportunistes pathogènes. On distingue plus de 30 espèces parmi lesquelles on peut citer S. epidermidis et S. saprophyticus qui sont moins fréquents dans les infections. Les espèces les plus impliquées dans les infections sont :
– Staphylococcus capitis
– Staphylococcus cohnii
– Staphylococcus haemolyticus
– Staphylococcus hominis
– Staphylococcus lugdenensis
– Staphylococcus schleiferi ssp scheiferi
– Staphylococcus warneri
– Staphylococcus simulans

Les Staphylocoques coagulase négative (SNC) peuvent être divisés en six grands groupes. Cependant, les espèces rencontrées en pathologie humaine sont localisées dans deux groupes : le groupe de Staphylococcus epidermidis et le groupe de Staphylococcus saprophyticus.

CARACTERES BACTERIOLOGIQUES

Caractères morphologiques et structuraux

A l’examen microscopique, les Staphylocoques se présentent sous l’aspect de coques en petits amas, en diplocoques ou en très courtes chaînettes de 3 à 5 éléments positivement colorés au Gram..

Le mode de groupement dit en « grappe » ou en « amas » est plus caractéristique après culture sur un milieu gélose. La disposition en amas s’expliquer par la division cellulaire des Staphylocoques en trois plans successifs et perpendiculaires les uns aux autres, et par le fait que les cellules filles ne se séparent pas complètement de la cellule mère dont elles sont issues. Sur le plan individuel, ce sont des cocci mesurant 0,7 à 1,2 µm, immobiles asporulés, généralement acapsulés ou ayant une faible capacité de synthèse de capsule.

Caractères culturaux
Les Staphylocoques sont en général aéro-anaérobie facultatif et poussent sur milieu ordinaire en aérobiose à l’exception de S. saccharolyticus et S. aureus anaerobius qui sont donc catalase négative.

Certaines souches nécessitent cependant une forte pression en CO2 pour une croissance optimale ainsi que la présence d’autres métabolites tels que l’hémine ou la ménadione. Cependant, certains facteurs de croissance sont indispensables pour la multiplication des Staphylocoques ; ce sont la vitamine B1 et l’acide nicotinique. La température optimale de croissance est de +30 à +45°C avec un maximum à 37°C et le pH varie entre 4,8 à 9,4 avec un optimum à 7,5.
– En bouillon ordinaire, la culture est rapide et les Staphylocoques se multiplient en quelques heures, formant un trouble homogène ou un dépôt.
– En milieu solide, on observe fréquemment une zone claire d’hémolyse (bêta hémolyse) autour des colonies. Ceci est lié au fait que certains Staphylocoques, en particulier S. aureus, sont susceptibles de synthétiser quatre hémolysines distinctes et variables d’une souche à l’autre et dont l’activité diffère selon le type d’hématie en cause.
– La plupart des souches de Staphylocoques pousse sur un milieu synthétique contenant entre autres du glucose, des sels minéraux, 14 acides aminés dont la cystéine, la vitamine B1 et l’acide nicotinique. A +4°C, les Staphylocoques conservent leur vitalité pendant trois mois dans le pus et pendant un an sur gélose ; ils sont détruits à 58°C au bout de 60 mn d’incubation.

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Table des matières

INTRODUCTION
BIBLIOGRAPHIQUES
I – LES STAPHYLOCOQUES
I.1. ‐ DEFINITION
I.2. ‐ TAXONOMIE
I.2.1. ‐ Historique
I.2.2. ‐ Habitat
I.2.3. ‐ Classification
I.3. – CARACTERES BACTERIOLOGIQUES
I.3.1. – Caractères morphologiques et structuraux
I.3.2. – Caractères culturaux
I.3.3. – Caractères biochimiques
I.4. – IDENTIFICATION
II – LES STREPTOCOQUES
II.1. ‐ DEFINITION
II.2. ‐ TAXONOMIE
II.2.1. ‐ Historique
II.2.2. ‐ Habitat
II.2.3. ‐ Classification
II.2.3.1. – Critères de classification
II.2.3.2. – Classification en ensembles et sousensembles
II.3. – CARACTERES BACTERIOLOGIQUES
II.3.1. – Caractères morphologiques et structuraux
II.3.2. – Caractères culturaux
II.3.3. – Caractères biochimiques
II.4. – IDENTIFICATION
III – LES ENTEROBACTERIES
III.1. ‐ DEFINITION
III.2. ‐ TAXONOMIE
III.2.1. ‐ Historique
III.2.2. ‐ Habitat
III.2.3. ‐ Classification
III.3. – CARACTERES BACTERIOLOGIQUES
III.3.1. – Caractères morphologiques et structuraux
III.3.2. – Caractères culturaux
III.3.3. – Caractères biochimiques
III.4. – IDENTIFICATION
IV – LES MYCOPLASMES
IV.1. ‐ DEFINITION
IV.2. ‐ TAXONOMIE
IV.2.1. ‐ Historique
IV.2.2. ‐ Habitat
IV.2.3. – Classification
IV.3. – CARACTERES BACTERIOLOGIQUES
IV.3.1. – Caractères morphologiques et structuraux
IV.3.2. – Caractères culturaux
IV.3.3. – Caractères biochimiques
IV.4. – IDENTIFICATION
V LE CONTROLE DE QUALITE ET LA VALIDATION
V.1. – DEFINITIONS
V.2. – ASSURANCE INTERNE DE LA QUALITE : CONTROLE DE LA QUALITE
V.3.– PROCEDURES DE VALIDATION ET DEFINITIONS DE QUELQUES PARAMETRES DE VALIDATION
CONCLUSION