Soutenance mémoire
HISTORIQUE DE LA PROBLEMATIQUE DU SIDA
Le VIH est étroitement lié au virus entrainant des maladies semblables au sida chez les primates : le Virus de l’Immunodéficience Simien(SIV), et il est possible que le virus VIH ait été transféré à l’animal au début du XXe siècle bien que certains indices montrent que dans certains cas isolés le transfert se serait produit plus tôt. La source animale ainsi que l’époque du premier contact-transfert ne sont pas connues. Un virus presque identique au VIH a été caractérisé chez les chimpanzés Pan troglodytes qui sont des porteurs sains du SIV .La contamination de l’homme aurait été réalisé par la chasse, la consommation de viande de singe et une mutation du virus. Les études scientifiques suggèrent que le virus serait apparu initialement en Afrique de l’Ouest mais il est possible qu’il y ait eu plusieurs sources initiales distinctes [29]. Les premiers cas de Sida ont été décrits aux Etats-Unis, en 1981. A ce moment-là, on ne parlait pas encore de sida (Syndrome d’Immunodéficience Acquise) pour décrire ce nouveau syndrome d’immunodéficience inexpliqué : il portait plusieurs noms, entre autres le » gay syndrome « , car il fut initialement identifié chez des homosexuels [42]. Courant 1982, les médecins français commencent à se mobiliser avec l’apparition en France de cas similaires. A cette époque, un certain nombre de recherches avaient d’ores et déjà été entreprises au niveau mondial depuis la première description de cette maladie chez des homosexuels, observée par la suite chez des hémophiles transfusés ce qui laissait soupçonner que l’agent infectieux responsable était un virus [42]. L’Institut Pasteur se lance donc dans l’aventure fin 1982. Une première réunion a lieu à l’Institut Pasteur en décembre 1982 avec, entre autres, Willy Rozenbaum et Françoise Brun-Vezinet, pour discuter des recherches à entreprendre. En janvier 1983, Willy Rozenbaum envoie la première biopsie ganglionnaire d’un patient atteint de » lymphadénopathie généralisée « , c’est-àdire au stade de » présida » (avant l’apparition d’une immunodéficience profonde), prélevée à l’hôpital Pitié Salpétrière [42]. Une fois le virus détecté, il fallait le caractériser. Les chercheurs de l’unité d’Oncologie virale ont alors fait appel à l’équipe américaine du Pr Gallo (National Cancer Institute, Etats-Unis) qui avait décrit le seul rétrovirus humain connu à l’époque, le HTLV 1. C’est ainsi que fût publiée en mai 1983 la première description du virus responsable du Sida, que l’équipe à l’Institut Pasteur avait appelé à l’époque « Lymphadenopathy Associated Virus » ou LAV. Le lien de causalité entre ce virus et le sida restait encore en effet à démontrer [42]. Dès le début de l’année 1983, la recherche autour de ce virus nouvellement identifié s’intensifie. Commence une grande période de caractérisation du virus et de développement de tests sérologiques, parallèlement à une recherche visant à démontrer le lien entre le virus découvert et la maladie sida. À l’Institut Pasteur, le laboratoire reçoit d’autres échantillons de patients au stade de présida ou même de sida avéré. La collaboration avec les virologistes hospitaliers (Françoise Brun-Vezinet et Christine Rouzioux, Hôpital Bichat) se développe pour mettre au point des tests de diagnostic sérologique chez des patients infectés. Ce sont ces tests qui seront commercialisés en 1985 [42]. La collaboration s’étend bientôt à des immunologistes hospitaliers (JeanClaude Gluckman et David Klatzman, Pitié-Salpétrière) et des cliniciens, comme le Dr Vilmer (hôpital Necker), ce qui permet, au cours de l’année 1983, de démontrer que les lymphocytes T CD4 sont la cible majeure du virus, et qu’ils en meurent. L’équipe prend également contact avec des biologistes moléculaires (Simon Wain-Hobson, Pierre Sonigo, Marc Alizon, entre autres) pour analyser le génome de ce virus : leurs travaux aboutiront, un peu plus tard, à la description de la séquence du virus. Plus tard dans l’année 1983, les scientifiques de l’unité d’Oncologie virale apportent la preuve qu’il s’agit bien d’un rétrovirus, ce que certains contestaient à l’époque. La caractérisation des protéines constituant le virus est également entreprise dès 1983. L’analyse des protéines du virus montrera également que le LAV était totalement différent des » candidats » américains, les virus HTLV-1 et HTLV-2. Enfin, au cours de cette même année, une collaboration entreprise avec le CDC à Atlanta, permit, par des études sur des sérums provenant de patientsaméricains et français, de renforcer l’hypothèse du lien entre le virus et la maladie sida, en démontrant une corrélation entre la présence d’anticorps chez les malades et celle du virus. C’est également avec le CDC que furent entrepris les premiers travaux démontrant la transmission possible du virus chez des chimpanzés. Fin 1983 donc, la preuve avait été faite. Le virus LAV (futur VIH-1 dans la nomenclature), rétrovirus humain, était bien l’agent du sida [42]. La même année, Diagnostics Pasteur, à la suite des travaux effectués par les équipes pasteuriennes, mettra au point un premier test de dépistage du VIH-1, Elavia. En 1985 toujours, l’unité d’Oncologie virale isolera un second virus du sida, le LAV-2 (futur VIH-2 dans la nomenclature), à partir d’un prélèvement effectué sur un malade originaire d’Afrique de l’Ouest, hospitalisé au Portugal (Luc Montagnier, Denise Guétard et François Clavel, à l’Institut Pasteur en collaboration avec des médecins portugais de l’hôpital Egas Moniz à Lisbonne, ainsi qu’avec des virologistes et des médecins de l’hôpital Claude Bernard) [42].La séquence de ce second virus sera publiée en 1987 dans Nature (collaboration à l’Institut Pasteur entre les unités d’Oncologie virale, de Recombinaison et Expression génétique, et le laboratoire de Biologie moléculaire et Immunologie des Rétrovirus) [42]. En 1987, un test de dépistage spécifique au VIH-2, sera mis au point par Diagnostics Pasteur.
LA TRANSMISSION SEXUELLE
Elle représente 90% des cas à l’échelle mondiale. C’est donc le mode de transmission le plus fréquent. La transmission sexuelle du VIH se fait par l’intermédiaire des muqueuses buccale, génitale et rectale en contact avec des sécrétions sexuelles ou du sang contenant des virus. Certains facteurs augmentent le risque de transmission. Selon les muqueuses le risque décroit selon que le contact contaminant à lieu au niveau de l’anus ensuite du vagin et enfin de la bouche. Les antécédents de MST accroissent le risque de transmission de même que le fait d’avoir un partenaire infecté symptomatique. La présence d’ulcérations génitales, d’IST ou lésions génitales, le nombre élevé de partenaire contribuent aussi à augmenter le risque de transmission. Un seul contact peut être contaminant. La probabilité de transmission par acte varie de 0,005%(contact buccal) à 0,5%(contact anal).
CELLULES CIBLES DES VIRUS VIH
Les cellules sensibles à l’infection VIH sont la sous-population de lymphocytes T CD4+ helper (ou auxiliaire) ,en particulier les cellules T CD4+ mémoires mais aussi les macrophages ou d’autres cellules telles les cellules dendritiques et les cellules de Langherans ,ainsi que les cellules micro-gliales du cerveau .Ces cellules ,souvent présentatrices d’antigènes ,ainsi que les lymphocytes T CD4+ au repos(« resting ») jouent un rôle important de réservoirs viraux ,de dissémination et d’entrée du virus dans l’organisme .Il a été également démontré qu’une molécule de surface(DC-SIGN)exprimée sur les cellules dendritiques est capable de se lier au VIH et de le transmettre aux lymphocytes T CD4+ [18]. Dans d’autres cellules, les virus sont simplement emprisonnés sans se répliquer .C’est le cas, par exemple, des cellules folliculaires dendritiques présentes dans les centres germinatifs des ganglions.
La pneumocystose
Pneumocystis carinii (PC), responsable de la pneumocystose, est un parasite (quoique l’étude de son ARN messager, de sa paroi cellulaire et de sa structure enzymatique l’apparente davantage aux champignons sur le plan taxonomique) qui cause des pneumonies chez les patients atteints d’immunodéficience grave, particulièrement chez ceux infectés par le VIH. Il peut également être la cause d’infections disséminées chez ces mêmes patients. Le risque d’infection à Pneumocystis carinii augmente particulièrement chez les patients avec une numération lymphocytaire CD4+ inférieure à 200 cellules/μl. L’utilisation généralisée de traitements prophylactiques contre la pneumonie à Pneumocystis carinii (PPC) et de combinaisons antirétrovirales puissantes a permis de diminuer sensiblement l’incidence de cette maladie [1]. Pneumocystis carinii est un eucaryote unicellulaire capable d’adhérer spécifiquement aux cellules épithéliales alvéolaires de type 1 et de proliférer dans les poumons des patients immunodéprimés, provoquant une pneumonie sévère. Une perturbation profonde de l’immunité cellulaire est nécessaire à la prolifération parasitaire. Le sida est actuellement la principale cause favorisante. Tous les stades connus de Pneumocystis carinii sont observés dans le poumon, mais la présence du parasite dans d’autres organes est rapportée de plus en plus fréquemment. La pneumocystose représentait encore en 1998 la pathologie inaugurale du sida la plus fréquente en France. La symptomatologie initiale est discrète, marquée par l’apparition puis la majoration d’une toux sèche et d’une dyspnée associée à une hyperthermie alors que l’auscultation et la gazométrie de repos sont encore normales. Le contraste entre l’intensité des symptômes et la pauvreté des signes d’examen est très remarquable. A un stade plus évolué, des râles crépitants peuvent apparaître, mais restent souvent discrets. Les anomalies radiologiques sont quand elles apparaissent, des opacités avant tout interstitielles, mais aussi alvéolaires bilatérales parfois associées à des pseudo-kystes ou à un pneumothorax. Au stade ultime d’insuffisance respiratoire aiguë, les opacités réticulo-nodulaires diffuses font place à l’aspect de « poumon blanc ». Le diagnostic de certitude nécessite la mise en évidence de P.carinii par les colorations appropriées des prélèvements respiratoires : Gomori- Grocott, Giemsa, bleu de toluidine, immunofluorescence spécifique. Les prélèvements sont obtenus par lavage broncho-alvéolaire [1].
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Table des matières
INTRODUCTION
PREMIERE PARTIE : GENERALITES
I-I-HISTORIQUE DE LA PROBLEMATIQUE DU SIDA
I-2-EPIDEMIOLOGIE
I-2-1-DANS LE MONDE
I-2-2-En Afrique
I-2-3-Au Sénégal
I-3-MODES DE TRANSMISSION
I-3-1-TRANSMISSION SEXUELLE
I-3-2-TRANSMISSION PAR LE SANG
I-3-3-TRANSMISSION VERTICALE
I-4-NOTION DE VIROLOGIE FONDAMENTALE
I-4-1-DEFINITION DES VIH
I-4-2-CLASSIFICATION DES VIH
I-4-3-ASPECTS STRUCTURAUX
Le génome viral
a) Organisation génétique des VIH-1
b) Variabilité génétique des VIH-1
I-4-4-CYCLE DE REPLICATION DU VIH DANS LA CELLULE HOTE
I-4-5-CELLULES CIBLES DES VIRUS VIH
LES ORGANES LYMPHOIDES : cibles précoces du VIH
I-5-NOTIONS D’HISTOIRE NATURELLE, CLASSIFICATIONS ET DIAGNOSTICS
I-5-1-Histoire naturelle
I-5-2-Définition du SIDA et diagnostic clinique
Classification en stades cliniques proposée par l’OMS
Classification CDC d’Atlanta de 1993
I-5-3-Diagnostic biologique
I-5-3-1-Diagnostic indirect
I-5-3-1-1-Tests de dépistage
I-5-3-1-2-Tests de confirmation
a) Le Western Blot
b) La RIPA ( Radio Immuno Precipitation Assay)
c) Les tests de confirmation de deuxième génération
I-5-3-1-3-Diagnostic direct
I-5-3-1-3-1-Détection de l’antigène p24
I-5-3-1-3-2-Amplification génique
I-6-INFECTIONS OPPORTUNISTES AU COURS DU VIH/SIDA : Généralités, clinique et diagnostic
I-6-1-Les bactérioses et mycobactérioses
I-6-1-1-Tuberculose
I-6-1-2-Mycobactéries atypiques
I-6-1-3-Les salmonelloses
I-6-1-4-Autres infections bactériennes
I-6-2-Parasitoses
I-6-2-1-La pneumocystose
I-6-2-2-La toxoplasmose
I-6-2-3-La cryptosporidiose
I-6-2-4-Les microsporidioses
I-6-2-5- L’isosporose
I-6-2-6-La cyclosporose
I-6-3-Les viroses
I-6-3-1-Infection à CMV
I-6-3-2-Infection à Herpès simplex virus
I-6-3-3-Infection au VZV
I-6-3-4-Infection à Epstein Barr Virus
I-6-3-5-Infection par papovavirus
I-6-3-6-Infection à papilloma virus et poxivirus
I-6-4-Les mycoses
I-6-4-1-Les candidoses
I-6-4-2-La cryptococcose
I-6-4-3-L’histoplasmose
I-6-4-4-Infections à Aspergillus
I-6-4-5-La maladie de Kaposi
I-7-TRAITEMENT DES INFECTIONS OPPORTUNISTES
I-7-1-Les parasitoses
I-7-2-Les mycoses
I-7-3-Les bactérioses et mycobactérioses
I-7-4-Traitement des infections virales
I-8-LE TRAITEMENT ARV ET LA PRISE EN CHARGE MEDICALE
I-8-1-La prise en charge médicale
I-8-2-Traitement ARV
DEUXIEME PARTIE : TRAVAIL PERSONNEL
II-1-CADRE D’ETUDE
II-1-1-Situation
II-1-2-Le personnel
II-1-3-Structure
II-1-4-Activités
II-1-4-1-Prise en charge médicale
II-1-4-2-Prise en charge psychosociale
II-2-MATERIELS ET METHODES D’ETUDE
II-2-1-Type d’étude
II-2-2-La cible de l’étude
METHODES
II-3-LES RESULTATS
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