Construction de courbes de croissance de référence

Construction de courbes de croissance de référence

Création d’un questionnaire à destination des éleveurs

Les informations concernant le poids de naissance et la croissance des chiots en élevage entre la naissance et l’âge de deux mois ont été recueillies à l’aide d’un questionnaire (Annexe 1), constitué de trois pages :
 Page 1 : description des objectifs de l’étude, des informations requises pour la réalisation de l’étude, et des moyens de les faire parvenir au service de Reproduction de l’ENVT.
 Page 2 : informations concernant l’élevage, les parents, et la date de saillie.
 Page 3 : informations concernant la mise-bas (date, déroulement), et les chiots (sexe, poids de naissance, mortalité à la naissance et à 2 mois). Les informations concernant la mortalité ont été utilisées ici afin de pouvoir écarter les chiots morts avant l’âge de deux mois de l’étude. Il a été demandé aux éleveurs d’accompagner ce questionnaire des données de poids des chiots recueillies par leur soin, sous la forme souhaitée (photographie, document Excel, …). Le questionnaire a été rédigé en plusieurs langues (français, anglais, espagnol, finnois, polonais, portugais).

Contact et recrutement des éleveurs

Les éleveurs ont été contactés par plusieurs biais et plusieurs moyens afin d’obtenir un maximum de réponses :  Contact par mail d’éleveurs via le réseau de Royal Canin  Contact par mail de la Société Centrale Canine, de 53 Sociétés Canines régionales ou départementales, et de 118 Clubs de Race français  Contact direct d’éleveurs ayant déjà participé à de précédentes études menées par le service de Reproduction de l’ENVT  Publication de l’étude sur les réseaux sociaux : Facebook (ENVT, SCC), ainsi que via Mérial France.  Recrutement direct d’éleveurs à l’exposition canine de l’Union (31) du 12/06/2016  Recrutement direct d’éleveurs lors des conférences NeoCare (09/11/2016 et 31/01/2017 à l’Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse). Chaque éleveur a tout d’abord été contacté via un courriel groupé, avec le questionnaire en pièce jointe. Chaque éleveur a fait l’objet d’un premier envoi, puis lors d’absence de réponse, d’une relance. Par la suite, selon les commentaires et/ou les questions de chacun, nous avons eu des échanges individuels avec tous les éleveurs ayant répondu.

Saisie des données

1. Saisie des données brutes
Lors de la réception des données, un numéro de dossier a été attribué à chaque portée si possible, ou par élevage/provenance des données à défaut d’informations suffisantes. Les données ont été saisies dans un tableur Excel unique, reprenant toutes les informations disponibles dans le questionnaire et dans les fichiers complémentaires envoyés par les éleveurs. Les éventuelles données mentionnées relatives à la taille des chiots, à l’alimentation, à l’administration de traitement ou à toute autre information non demandée dans le questionnaire n’ont pas été recopiées dans le tableur Excel. Dans le cas de pesées réalisées plus d’une fois par jour, seule la pesée du matin a été conservée.
2. Tri des données
Suite à la saisie de l’intégralité des données reçues, un premier tri a été réalisé afin d’exclure les chiots ne remplissant pas les conditions d’éligibilité à l’étude, puis les données ont été classées, harmonisées et les erreurs de saisie ont été recherchées et corrigées.
a) Critères d’éligibilité des données
Seuls les chiots remplissant les conditions suivantes ont été conservés pour l’étude :  Seules les portées nées après 2000 ont été prises en compte dans l’étude.  Les chiots mort-nés ont été exclus de l’étude.  Les chiots morts avant l’âge de deux mois ont été conservés pour l’étude du poids de naissance mais n’ont pas été sélectionnés pour l’étude de la croissance. Pour cela, nous avons conservé tous les chiots pour lesquels la case « mort avant 2 mois » était renseignée par un NON, ainsi que ceux dont les pesées atteignaient ou dépassaient 56 jours. Enfin, ont été considérés vivant à 2 mois tous les chiots pesés régulièrement, dont la dernière pesée était située à une distance de J56 correspondant à l’intervalle de pesée réalisé jusqu’à ce moment (par exemple dernière pesée à 49 jours pour un chiot pesé tous les 7 jours, à 55 jours pour un chiot pesé tous les 5 jours, à 54 jours pour un chiot pesé tous les 6 jours etc…). En cas de pesées irrégulières, ou d’intervalle entre deux pesées supérieur à 7 jours, seuls les chiots ayant des données de poids à 49 jours et après ou plus ont été retenus.  Une suppression des données pour lesquelles trop de renseignements étaient manquants a également été effectuée : absence d’information sur l’élevage de provenance, la portée, la mère des chiots, regroupement de plusieurs chiots dans une même case.
b) Classement des données
Les données relatives à chaque chiot ont dans un premier temps été classées, puis transposées dans un tableur différent selon le format racial, défini par le poids attendu pour la race à l’âge adulte : format « Petit » (S) pour les chiens de poids inférieur à 10 kg, « Moyen » (M) pour les chiens dont le poids est situé entre 10 et 25 kg, « Grand » (L) si le poids est compris entre 25 et 45 kg, et enfin « Géant » (G) pour les chiens dont le poids adulte excède 45 kg.
c) Harmonisation des données
Les noms de race et d’élevage ont été harmonisés au sein de chaque fichier, afin de limiter la présence de doublons et de faciliter le traitement des données par la suite. Certains éleveurs, ne disposant pas de balance permettant de mesurer des poids supérieurs à 5 kg, ont noté tout poids supérieur à 5kg sous la forme « > 5000 ». Toutes les données de poids sous la forme « > 5000 » ont donc été supprimées du fait du manque de précision. Enfin, concernant la difficulté de la mise-bas, toute mise-bas ayant nécessité l’intervention de l’éleveur ou du vétérinaire a été considérée comme « Difficile (D) ». Plusieurs niveaux de difficulté de mise-bas peuvent être rencontrés au sein de la même portée, (par exemple si les premiers chiots sont nés facilement, et que les derniers ont nécessité l’intervention du vétérinaire ou même une césarienne), chaque chiot s’est donc vu attribuer le niveau de difficulté lui correspondant.
d) Calcul de l’âge à la mise-bas et de la durée de gestation
L’âge de chaque mère au moment de la mise-bas a été calculé à partir de sa date de naissance et de la date de mise-bas, lorsqu’elles étaient disponibles (fonction DATEDIF d’Excel, appliquée au nombre d’années, de mois et de jours, de manière à donner un résultat sous la forme « 4,5 » pour « 4 ans, 6 mois, 0 jours » par exemple). De même, la durée de gestation apparente a été calculée à partir de la date de la première saillie et de la date de mise-bas (fonction DATEDIF d’Excel, avec résultat donné en jours).
e) Traitement des données aberrantes
Une vérification de l’ensemble des données sélectionnées a été effectuée, afin de repérer et de corriger ou supprimer les données aberrantes.  Poids de naissance : en cas de présence de données aberrantes (poids de naissance de 2800 g par exemple), une vérification de la saisie des données a été effectuée, et la valeur corrigée.  Poids à partir du jour 1 : la recherche de données de poids aberrantes a été effectuée via l’analyse du GMQ. Une vérification à partir des fichiers envoyés par les éleveurs a ensuite été réalisée afin de corriger les erreurs de frappe. En cas d’erreur de frappe évidente de la part de l’éleveur (par exemple chiot pesant 1600 g à J8, 700g à J9 et 1800g à J10), une correction a été effectuée. Si plusieurs corrections pouvaient convenir, le poids erroné a été supprimé
 Âge de la mère : en cas de donnée aberrante (mère née après la date de mise-bas par exemple), une vérification de la date de naissance réelle de la mère et des chiots a été effectuée à partir des fichiers reçus et des données internet disponibles (site internet de l’élevage). Une correction a alors été effectuée lorsque cela était possible. Dans le cas contraire, la portée concernée a été écartée de l’étude de l’influence de l’âge de la mère.  Durée de gestation : en cas de durée de gestation trop courte (par exemple 30 jours) ou bien trop longue (118 jours, 178 jours), une vérification des différentes dates de saillie ainsi que de la date de mise-bas a été réalisée afin d’estimer les durées minimale et maximale possibles. L’intervalle limite choisi pour le paramètre saillie – mise-bas est de 55-80 jours. Les portées appartenant à cet intervalle ont été conservées pour l’étude de l’influence de la durée de gestation, les autres ont été écartées.

Constitution des bases de données « Poids de naissance » et « Croissance »

Pour la suite de l’étude, deux fichiers Excel ont été constitués :  Un fichier recensant toutes les données des chiots pour lesquels nous disposions d’un poids de naissance, utilisé pour l’étude du poids de naissance.  Un second fichier recensant toutes les données des chiots considérés comme vivants à 2 mois, utilisé pour l’étude de la croissance. Pour ce second fichier, le calcul du gain moyen de poids quotidien (GMQ) a été effectué, ainsi que le calcul des taux de croissance 0-2 jours (période néonatale précoce, traduisant la prise colostrale et correspondant à une période de forte mortalité), 2-7 jours, 7-21 jours (période néonatale tardive avec alimentation uniquement lactée) et 21-56 jours (période pédiatrique précoce, début de l’introduction d’aliment solide) (Mila et al., 2015). Pour les chiots pour lesquels le poids n’a pas été mesuré à l’une ou plusieurs de ces dates, la case du taux correspondant a été laissée vacante. Dans un second temps, une analyse des données par race a été effectuée. Pour cela, deux autres fichiers ont été créés, dans lesquels seuls les chiots appartenant aux races pour lesquelles un effectif supérieur à 100 chiots était disponible dans l’étude du poids de naissance ont été conservés. Ces mêmes races ont été conservées pour l’étude de la croissance entre 0 et 56 jours, même si l’effectif n’atteignait pas toujours 100 chiots dans ce fichier.

Table des matières

LISTE DES ABBREVIATIONS
TABLE DES ILLUSTRATIONS
LISTE DES ANNEXES
INTRODUCTION
PREMIÈRE PARTIE
ÉTUDE BIBLIOGRAPHIQUE
I. Méthodologie de la construction de courbes de croissance de référence
A. Définition des paramètres d’évaluation de la croissance
B. Grands principes et intérêts de la construction de courbes de croissance
1. But de l’étude
2. Durée de l’étude
3. Utilité des courbes de croissance
C. Méthodologies employées pour réaliser des courbes de croissance
1. Choix du type d’étude employé
2. Sélection de l’échantillon
3. Collecte des données
D. Méthodes statistiques pour la construction de courbes de croissance
1. Variables utilisées
2. Représentation graphique des données
3. Choix du modèle statistique
E. Points critiques de la construction des courbes
II. Analyse des courbes de croissance de référence chez d’autres espèces que le chien
A. Protocoles élaborés
5 1. Échantillonnage et récolte des données
2. Traitement des données et tracé des courbes de croissance
B. Allure des courbes de croissance
1. Chez l’Homme
2. Chez le primate non humain
3. Chez le porc
4. Chez le chat
5. Chez le lapin
6. Chez la souris
C. Facteurs de variation de la croissance
1. Comparaison entre espèces
a) Phases et allure de la courbe de croissance
b) Comparaison des paramètres relatifs à la croissance
2. Facteurs de variation intra spécifiques
a) Facteurs relatifs aux parents
b) Facteurs relatifs au nouveau-né
c) Facteurs sociaux et environnementaux
d) Facteurs obstétricaux
e) Facteurs propres à l’espèce humaine
DEUXIÈME PARTIE ÉTUDE EXPÉRIMENTALE
I. Matériel et méthode
A. Création d’un questionnaire à destination des éleveurs
B. Contact et recrutement des éleveurs
C. Saisie des données
1. Saisie des données brutes
2. Tri des données
a) Critères d’éligibilité des données
b) Classement des données
c) Harmonisation des données
d) Calcul de l’âge à la mise-bas et de la durée de gestation
e) Traitement des données aberrantes
3. Constitution des bases de données « Poids de naissance » et « Croissance »
D. Distribution des données
E. Analyse des données et tests statistiques
1. Types de modèles utilisés
2. Choix des variables intégrées dans le modèle
a) Prise en compte de la colinéarité
b) Prise en compte des données manquantes
3. Contrôle a posteriori des conditions d’utilisation du modèle
F. Construction des courbes de croissance
II. Résultats
A. Description générale de la population
1. Chiots et élevages ayant participé à l’étude
2. Paramètres enregistrés
a) Races représentées
b) Sexe des chiots
c) Taille de portée
d) Durée de gestation
e) Age de la mère
f) Parité de la mère
g) Poids des parents
B. Etude du poids de naissance
1. Description de la population étudiée
2. Description du poids de naissance
3. Facteurs influençant le poids de naissance
4. Analyse des résultats obtenus
C. Etude de la croissance entre 0 et 56 jours
1. Description de la population étudiée
2. Facteurs influençant la croissance précoce
3. Analyse des résultats obtenus
a) Taux de croissance 0-2 jours
b) Taux de croissance 2-7 jours
c) Taux de croissance 7-21 jours
d) Taux de croissance 21-56 jours
e) Bilan sur la croissance 0-56 jours du chiot
D. Elaboration de courbes de croissance
a) Disponibilité des données
b) Distribution des données
c) Croissance dans l’espèce canine et par format racial
d) Croissance néonatale précoce (0-7 jours)
e) Croissance néonatale (0-21 jours) et croissance globale sur la période 0-2 mois 137
III. Discussion
A. Limites de l’étude
1. Méthode de récolte des données
a) Conception du questionnaire
b) Récolte des données
c) Fiabilité des données
2. Population sélectionnée pour l’étude
a) Notion de croissance physiologique
b) Effectifs disponibles
3. Choix des paramètres étudiés
a) Elimination de paramètres suite à un effectif trop faible
b) Non inclusion de paramètre disponibles
4. Analyse des données
a) Indépendance des paramètres
b) Elaboration des courbes de croissance
B. Résultats
1. Effectifs et population d’étude
2. Récolte des données
3. Caractéristiques des différents paramètres étudiés
a) Format racial et race des chiots
b) Élevages d’origine des chiots
c) Sexe du chiot
d) Taille de portée
e) Durée de gestation
4. Résultats concernant le poids de naissance
a) Données générales
b) Poids de naissance selon la race
c) Poids de naissance selon le sexe
d) Poids de naissance selon la taille de portée
a) Poids de naissance selon la portée et l’élevage
b) Bilan
5. Résultats concernant la croissance
a) Résultats généraux
b) Influence de la race
c) Influence du sexe
d) Influence de la taille de portée
e) Influence du poids de naissance
f) Influence de la croissance 0-2 jours
6. Analyse des courbes de croissance obtenues
a) Allure
b) Influence du sexe
CONCLUSION
BIBLIOGRAPHIE
ANNEXES

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