Classification-identification des MNT

DEFINITION

Les bactéries du genre Mycobacterium appartiennent à la famille des Mycobacteriaceae. Elles possèdent une paroi épaisse et riche en lipides qui leur confère des propriétés tinctoriales particulières, notamment l’acido-alcoolorésistance et une résistance relative à de nombreux antiseptiques comme la soude ou certains détergents. En plus de l’alcoolo-acido-résistance, les critères minimaux pour appartenir au genre Mycobacterium sont un contenu en guanine cytosine de l’ADN élevé entre 61 et 71 % et une composition en acides mycoliques spécifique d’espèce. Elles sont aérobies et ont un temps de doublement le plus souvent prolongé. Les colonies de mycobactéries dites à croissance rapide se développent en trois à sept jours, celles à croissance lente en plusieurs semaines. Parmi ces mycobactéries, on retrouve des espèces pathogènes strictes de l’homme ou des animaux qui sont responsables de la tuberculose (complexe tuberculosis avec Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium bovis, Mycobacterium africanum, Mycobacterium microti) et de la lèpre (Mycobacterium leprae et Mycobacterium lepraemurium). Il existe un deuxième groupe comprenant les espèces habituellement non pathogènes strictes pour l’homme, les mycobacterium non tuberculosis ou mycobactérie atypique [1]. Les mycobactéries atypiques désignent les mycobactéries non tuberculeuses, et sont des mycobactéries environnementales sans transmission interhumaine. Elles forment un grand groupe de bacilles, moins agressifs pour l’homme que celui de la tuberculose, dont les manifestations, d’évolution habituellement progressive, sont variables et seront d’autant plus marquées que les défenses immunitaires de l’hôte seront réduites [5]. Ces bactéries se différencient des germes banals par la présence d’une paroi épaisse et riche en lipides, qui leur confère l’acido-alcoolorésistance, et une résistance relative à de nombreux antiseptiques. Les MNT se distinguent également des bacilles de la tuberculose par leurs caractères biochimiques, culturaux, morphologiques et par leur résistance aux antibiotiques. Elles sont caractérisées par leur pigmentation et leur vitesse de croissance. Les colonies de mycobactéries dites à « croissance rapide » se développent en 3 à 7 jours, celles à croissance lente en plusieurs semaines [6].

CLASSIFICATION-IDENTIFICATION DES MNT

Il y a trente ans, les MNT ont été identifiées et classées en utilisant des critères phénotypiques lents et insensibles qui reposaient sur la morphologie des colonies et les schémas du métabolisme biochimique. Ce système de classification a été nommé le système de classification de Runyon (tableau1), d’après le Dr Ernest H. Runyon, qui a organisé et promu cet important système de classification précoce. Le nombre total d’espèces de MNT reconnues était d’environ 40 à 50 [1 ; 7 ; 8]. L’utilisation de cette classification est rendue caduque. Les mycobactéries non tuberculeuses (MNT) ont une distribution relativement ubiquitaire, avec quelques variations géographiques [2 ; 8]. L’identification de MNT cliniquement isolées s’est rapidement améliorée en termes de vitesse et de précision avec l’application de la chromatographie liquide à haute performance (HPLC) et l’introduction de méthodes de laboratoire moléculaire, y compris des sondes d’ADN (qui ont également été utilisées pour l’identification précoce du MTB) et des techniques de séquençage de gènes. Les sondes HPLC et ADN avaient une utilité limitée et se limitaient à l’identification des espèces MNT les plus fréquemment isolées. L’identification des espèces MNT s’est rapidement développée d’une manière sans précédent avec l’application généralisée du séquençage du gène de l’ARNr 16S, un gène qui serait hautement conservé au sein des espèces MNT. En grande partie sur la base de cette technique, le nombre d’espèces MNT reconnues est passé à près de 200. Il est également maintenant évident que le gène de l’ARNr 16S n’est pas aussi bien conservé au sein des espèces que supposé, de sorte qu’il n’est malheureusement pas toujours satisfaisant ou précis. Le processus d’identification des organismes par le séquençage des gènes s’est étendu bien audelà du séquençage de l’ARNr 16S et est devenu si sophistiqué que la discrimination entre de nombreuses espèces de MNT nécessite soit un séquençage multi-gènes soit un séquençage du génome entier. Le génotypage des organismes s’est également révélé être un outil utile pour évaluer les niches environnementales des MNT, fournissant ainsi des informations sur les voies d’acquisition des agents pathogènes des MNT. Cette technique permet également de distinguer les véritables rechutes de la maladie et la réinfection (présumée) [7]. A ce jour, plus de 150 espèces ont été identifiées (www.bacterio.net), de croissance lente ou rapide selon le délai de croissance après repiquage au laboratoire (plus ou moins de 7 jours en milieu solide) .

EPIDEMIOLOGIE

Il est difficile de comparer l’incidence et la prévalence des infections dues aux MNT dans les différentes zones géographiques parce que la déclaration des infections aux MNT par les autorités de santé publique n’est pas nécessaire dans la plupart des pays. Des études sur l’incidence et la prévalence des infections dues aux MNT sont effectuées différemment selon les pays. Pour comparer les rapports concernant l’évolution de l’incidence et de la prévalence de la maladie due aux MNT au cours des temps dans une zone géographique limitée, il faut comparer les rapports qui ont utilisé les mêmes méthodes. De nombreux rapports épidémiologiques et les examens ont montré que la maladie à MNT est en augmentation depuis les années 1950 [8 ; 9]. Au cours des deux dernières décennies, l’amélioration des techniques microbiologiques ont amélioré l’isolement et l’identification des MNT d’expressions respiratoires. Il semble y avoir eu une véritable augmentation de la prévalence des maladies pulmonaires dues à ces organismes. Cette augmentation de la proportion des infections pulmonaires causées par les MNT semble être associée à un effet de diminution simultanée de l’incidence de la tuberculose. Cependant, l’obtention des données précises de l’épidémiologie des infections liées aux MNT est compromise par le fait que ces infections ne sont pas à signaler obligatoirement dans la plupart des pays dans le monde. Une grande partie des données épidémiologiques disponibles sur les MNT pulmonaires proviennent donc de la surveillance sentinelle et études en laboratoire sur la microbiologie, avec les limitations correspondantes de ces genres d’études. En outre, la description de l’épidémiologie de l’infection pulmonaire aux MNT est compliquée par plusieurs défis: (1) la détermination du cas (par exemple, les patients présentent une symptomatologie variée, et le diagnostic dépend souvent des images tomographiques, qui ne sont pas universellement disponibles et / ou utilisées); (2) la présence de l’organisme dans l’environnement, ce qui accroit l’importance d’une culture positive chez un patient donné; (3) la définition de la maladie basée sur peu de preuves; et (4) rapport sur les infections à MNT ne sont pas requises ou pratiquées dans de nombreuses juridictions, entraînant des bases de données différentes sur la population [1 ;8 ; 10]. Au Canada (Ontario), la prévalence annuelle de l’isolement des MNT à partir d’échantillons respiratoires (sans considérer du diagnostic de la maladie) a récemment varié de 14,1 à 22,2 pour 100 000 habitants, tandis qu’aux ÉtatsUnis (Oregon), la prévalence estimée des MNT pulmonaires était de 8,6 pour 100 000 habitants. Une prévalence de 47 pour 100 000 habitants a été observée chez les adultes âgés de plus de 65 ans aux États Unis [8 ; 10]. Les informations disponibles en Amérique centrale et du Sud ont été limitées, avec un potentiel important de biais de sélection qui appelle à la possibilité de généraliser les données en question. La prévalence de la maladie pulmonaire due aux MNT, comme indiqué, était d’environ 1 pour 100 000 habitants ou même moins [1 ; 8 ; 10]. En Europe, en raison de la diversité des méthodologies d’étude dans les populations sous-jacentes étudiées, la prévalence rapportée d’isolement des MNT à partir d’échantillons respiratoires et de la prévalence de cette maladie ont été divergentes. Par exemple, dans le Royaume-Uni, Grèce et Pays-Bas, les taux  d’isolement des MNT d’environ 2,9 pour 100 000, 7,0 pour 100 000 et 6,3 pour 100000, respectivement, ont été découverts. Et la prévalence des infections pulmonaires à MNT a été estimée à 1,7 pour 100 000 ; 0,7 pour 100 000 et 1,4 pour 100 000, respectivement. Pour ce continent, les données récentes ont également révélé des variabilités des espèces isolées chez les patients. Le MAC a été isolé le plus souvent en Europe du Nord (44% des MNT) qu’au Sud de l’Europe (31% de l’ensemble des MNT). Le M. avium était la sous-espèce prédominante, M. xenopi était plus fréquemment isolé dans l’Europe du Sud (21% de tous les isolats de MNT) qu’en Europe du Nord (6% seulement) [8 ; 10]. En Asie, il n’y a eu aucune étude basée sur la population concernant l’épidémiologie des isolats pulmonaires de MNT et des infections pulmonaires à MNT pour permettre une compréhension en profondeur de l’ampleur du problème. Les données disponibles proviennent d’études entreprises dans certains pays et zones géographiques d’Asie orientale, notamment le Japon, Corée du Sud, Inde, Chine, Thaïlande et Taiwan. Ces études ont systématiquement montré que la proportion de MNT parmi les cultures de mycobactéries positives augmente. Dans une étude d’observation de 10 ans, la proportion de MNT parmi toutes les cultures de mycobactéries positives a augmenté de 43% en 2001 à 70% en 2011. En outre, le taux d’isolats de MNT provenant d’échantillons à frottis positifs pour le BAAR est passé de 9% en 2001 à 64% en 2011. Une étude récente du Japon a estimé la prévalence nationale des infections pulmonaires à MNT à 33 à 65 pour 100 000 en 2005, la plupart des cas étant dus au MAC [10 ; 11]. Dans certains pays d’Asie où le pilier du diagnostic de tuberculose est la recherche des BAAR dans les expectorations , il y a des préoccupations qu’un certain nombre de patients atteints de tuberculose, en particulier tuberculose pharmaco-résistante, pourrait en fait être des infections pulmonaires à MNT (30,7% des isolats testés  résistants à l’isoniazide et la rifampicine et 4% des cas de retraitement de la tuberculose dans une étude de la Chine, semblable aux données africaines cidessous). Par exemple, une étude réalisée en Chine a démontré que 3,4% des échantillons d’expectoration à frottis positif ont développé des MNT, principalement à MAC [8 ; 10].

Table des matières

INTRODUCTION
PREMIERE PARTIE : REVUE DE LA LITTERATURE
1. DEFINITION
2. CLASSIFICATION-IDENTIFICATION DES MNT
3. EPIDEMIOLOGIE
4. SOURCE D’INFECTION
5. FACTEURS FAVORISANTS
5.1. Défense de l’hôte et défauts immunitaires
5.2. Les infections pulmonaires
5.3. Morphotype du corps
5.4. Inhibition du facteur de nécrose tumorale
6. DIAGNOSTIC
6.1. Clinique
6.2. Les tableaux clinico-radiologiques
6.3. Bactériologie
6.3.1. Examen direct des expectorations
6.3.2. Cultures des expectorations
6.3.3. Identification du germe
6.3.4. Antibiogramme
6.3.5. Biologie moléculaire
6.4. Les critères diagnostiques
6.5. Difficultés diagnostiques
7. Traitement des infections à MNT
7.1. Traitement préventif
7.1.1. Mesures d’hygiène
7.1.2. Lutte contre les facteurs favorisant
7.1.3. Prévention de la contamination iatrogène
7.1.4. Vaccination BCG
7.1.5. Chimioprophylaxie
7.2. Traitement curatif
7.2.1. Décision de mise sous traitement
7.2.2. Durée du traitement
7.2.3. Médicaments utilisés
7.2.3.1. Macrolides
7.2.3.2. Aminoglycosides
7.2.3.3. Rifampicine
7.2.3.4. Ethambutol
7.2.3.5. Fluoroquinolones
7.2.3.6. Linézolide
7.2.3.7. Clofazimine
7.2.3.8. Bédaquiline
7.2.4. Indications du traitement selon le germe en cause
7.2.4.1. Les MNT à croissance lente
7.2.4.2. Les MNT à croissance rapide
7.2.5. Traitements chirurgicaux et autres
7.3. Surveillance et évolution
7.3.1. Surveillance
7.3.2. Evolution
DEUXIEME PATIE : NOTRE ETUDE
1. OBJECTIFS
1.1. Objectif principal
1.2. Objectifs spécifiques
2. METHODOLOGIE
2.1. Type et période d’étude
2.2. Cadre d’étude
2.3. Population d’étude
2.4. Critères de sélection
2.5. Modalités pratiques
2.6. Analyse des données
2.7. Considérations éthiques et administratives
3. RESULTATS
3.1. Etude descriptive
3.1.1. Caractéristiques socio-démographiques
3.1.2. Données cliniques
3.1.3. Données paracliniques
4. DISCUSSION ET COMMENTAIRES
4.1. Contraintes et limites de l’étude
4.2. Caractéristiques socio-démographiques de la population étudiée
4.3. Antécédents et comorbidités
4.4. Symptomatologie clinico-radiologique
4.5. Signes biologiques
CONCLUSION ET RECOMMANDATIONS
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES

Lire le rapport complet