Caractéristiques et facteurs de risque de sévérité de COVID-19

Les coronavirus appartiennent à la famille des Coronaviridae, constitués d’un ARN simple brin enveloppé exprimant de grandes projections de surface leur donnant un aspect caractéristique « en couronne » en microscopie électronique. Avant 2002, les coronavirus sont connus comme responsables d’infections respiratoires bénignes humaines dans le cadre d’épidémies saisonnières. Depuis, trois espèces à haute pathogénicité respiratoire ont été identifiées : le SARS‐CoV en 2002 émergeant de Chine avec un taux de létalité de 15%, le MERS‐CoV en 2012 apparu en Arabie Saoudite avec un taux de létalité de 30% et enfin le SARS‐CoV‐2 en 2019 découvert en Chine avec un taux de létalité aux alentours de 2%. Le SARS‐CoV 2 est le septième coronavirus pathogène connu pour l’Homme, sa médiane d’incubation est de 4 jours. Son faible taux de létalité, comparativement aux autres coronavirus à pathogénicité respiratoire, est compensé par un taux de reproduction (Ro) plus important que ses prédécesseurs et a conduit à sa diffusion rapide en pandémie. Sa transmission initiale se fait via un réservoir animal. C’est donc initialement une zoonose, qui après mutation, rend la transmission interhumaine possible. Cette dernière se réalisant principalement par voie aéroportée via des gouttelettes ou des aérosols respiratoires par contact direct ou par des surfaces contaminées. Deux hypothèses pour le moment sont exposées sur l’origine du SARS‐CoV‐2. La première serait que le virus aurait été transmis de la chauve‐souris à l’Homme via une espèce animale non encore identifiée. La seconde serait que le virus circulait déjà à bas bruit chez l’Homme depuis plusieurs années jusqu’à l’apparition récente d’une mutation le rendant plus virulent et pathogène (1). La pandémie de COVID‐19 est responsable de plus deux millions de décès dans le monde depuis sa découverte initiale en Chine le 31 décembre 2019. La circulation du SARS‐CoV2 se poursuit à l’heure actuelle un peu partout dans le monde et la rapidité de sa diffusion met en défi tous les systèmes de santé des différents pays notamment la saturation des capacités d’accueil hospitalières principalement en lien avec un taux de reproduction élevé. Les premiers cas de COVID‐19 ont été détectés en France en Janvier 2020 et la Corse fait partie des premières régions à être touchée fin Février 2020 par la 1ère vague épidémique de COVID‐19. Cette épidémie majeure a démarré chez des résidents Corses de retour d’un rassemblement religieux dans la région du Grand Est et hospitalisés au Centre hospitalier Notre‐Dame de la Miséricorde (CHNDM) d’Ajaccio. C’est l’établissement de référence pour le département de la Corse du Sud. Il a ainsi accueilli la quasi‐totalité des patients malades de COVID‐19 nécessitant une hospitalisation. Sa capacité d’accueil total est de 312 lits dont 10 consacrés aux soins critiques et 5 à la surveillance continue. Le CHNDM a été affecté par les vagues successives d’épidémies de COVID‐19 et ses capacités d’accueil et d’hospitalisation ont été à chaque fois saturées face à l’ampleur des cas admis de COVID‐19. Il apparait ainsi primordial de connaître les facteurs de risque associés à la sévérité de COVID‐ 19 parmi les malades hospitalisés afin d’adapter les stratégies futures de prise en charge et d’hospitalisation. Les premières études portant sur les facteurs de risque d’évènements graves liés au COVID‐ 19 ont été réalisées en Chine, en Italie et aux Etats‐Unis. L’âge apparaît comme étant un facteur pronostique de décès. En France, peu d’études ont été réalisées durant les phases initiales de la pandémie .

MATERIEL et METHODE 

Schéma d’étude 

C’est une étude observationnelle de type cohorte rétrospective incluant les patients hospitalisés consécutivement pour COVID‐19. Sélection et recrutement Nous avonsinclusl’ensemble des patients admis pour hospitalisation au CHNDM du 26 février 2020 au 26 février 2021 avec un résultat de test PCR positif pour le SARS‐CoV2 ou un test de sérologie positive dans le cadre de diagnostic de rattrapage de COVID‐19.

La sélection des patients a été réalisée à partir de la base nationale des données SI VIC conformément aux critères d’inclusion et de non‐inclusion. SI‐VIC est une base des données créée à la suite des attentats de Paris de 2015 permettant le suivi des victimes lors situations sanitaires exceptionnelles (SSE) et des attentats. Son objectif est de recueillir la liste de patients permettant d’adapter l’état de l’offre de soins à la suite de ces évènements. Les critères d’inclusion sont les suivants :
‐ Être malade et hospitalisé pour une infection au SARS‐CoV‐2
‐ Avoir un test de PCR positif au SARS‐CoV2 et/ou une sérologie COVID positive dansle cadre de diagnostic de rattrapage. Les critères de non‐inclusions sont les suivants :
‐ Absence de preuve microbiologique (PCR ou sérologie) ou d’imagerie de COVID19
‐ Données manquantes ou inexploitable pour les critères de jugements principaux et secondaires .

Méthodes du recueil des données 

Les données ont été collectées à l’aide d’un questionnaire complété par un unique investigateur. Les données cliniques ont été extraites manuellement via le dossier médical informatisé (DxCare©). Il en était de même pour les données biologiques à partir du logiciel de microbiologie (KALLIRES©) en prenant compte les paramètres biologiques à l’admission. Par la suite, les données recueillies à l’aide des questionnaires ont été saisies dans un fichier Excel©. Une double lecture des données a été réalisée par un second investigateur.

Définition des variables et des dates 

Les patients avec une forme sévère étaient hospitalisés en unité des soins intensifs (USI) (réanimation ou soins continus). Les patients avec la forme de COVID‐19 considérée comme étant non sévère étaient considérés en unité covid‐19 conventionnelle (UCC). La variable dépendante principale était la survenue de décès ou l’admission en unité dessoins intensifs (USI) (réanimation ou soins continus). Elle caractérisait l’évènement associé à la forme sévère du COVID‐19. C’est une variable qualitative. Les deux évènements sévères (admission en SI ou décès) ont été analysés séparément. La variable indépendante principale était l’âge.

Les autres variables indépendantes secondaires étaient les :
‐ Paramètres démographiques : le sexe et l’indice de masse corporelle (IMC)
‐ Comorbidités : l’hypertension artérielle (HTA), le diabète, les dyslipidémies, les pathologie pulmonaires chroniques, l’insuffisance coronarienne, les troubles du rythme cardiaque et les néoplasies.
‐ Symptômes fonctionnels (généraux ou respiratoires) à l’admission : la dyspnée, la fièvre, l’asthénie, la toux. Une hypoxie étant définie par la présence d’une saturation en oxygène inférieure à 90%.
‐ Données d’examen ou constantes : la saturation en oxygène, le pouls, la température, les pressions artérielles systolique et diastolique.
‐ Données biologiques à l’admission : les globules blancs, les lymphocytes, la CRP, l’hémoglobine, les plaquettes, la TCA, les D‐dimères, la natrémie, la kaliémie, l’urée, la créatininémie, les transaminases, les CPK, LDH, les pro‐BNP.

La date d’origine du suivi de la cohorte était la date de diagnostic
La date des dernières nouvelles pour chaque patient inclus était la date de survenue de l’évènement grave (forme sévère ou décès) ou la date de fin de suivi (retour à domicile, évacuation sanitaire ou transfert en soins de suite et de rééducation). La date de point était la date de fin de suivi.

Analyse statistique
Les variables quantitatives ont été résumées sous forme de médianes avec leurs intervalles interquartiles (IQR) et comparées à l’aide de test de rang de Wilcoxon. Elles peuvent être transformées en variables catégorielles (âge, IMC, etc..). Les variables catégorielles ont été résumées par leurs pourcentages et comparées par le test du Chi‐2 ou éventuellement un test de Fischer en cas d’effectif théorique faible. Les courbes donnant le délai entre le diagnostic de COVID‐19 et l’admission en USI (forme sévère) ou la survenue de décès ont été estimées et analysées par la méthode de Kaplan Meier. Le modèle de Cox a été utilisé pour estimer les risques relatifs (RR) de survenue de forme sévère (admission en USI) ou de décès ainsi que leurs intervalles de confiance à 95% (IC 95%). Toutes les analyses ont été faites à l’aide du logiciel SAS©. Le seuil de signification des tests réalisés a été fixé à 0.05.

Considérations éthiques
Cette étude ne relève pas de recherche impliquant la personne humaine, elle est donc hors du cadre de la loi Jardet.

RESULTATS

Caractéristiques des patients hospitalisés pour le covid‐19 Au total, 255 patients ont été hospitalisés pour le COVID‐19 au CHNDM du 26 février 2020 au 26 février 2021 avec une prédominance du sexe masculin (sexe ratio de 1.2). La médiane d’âge était de 83 ans [IQR : 69‐94]. Le plus jeune patient était âgé de 26 ans et le plus âgé de 103 ans. L’IMC moyen de la population était de 27 kg/m² avec une faible prévalence (18%) de l’obésité et plus du tiers (37.6%) étaient maigres voire cachectiques. La majorité (51.4%) des patients étaient porteurs de plus de 2 comorbidités. La plus fréquente (52%) des comorbidités étant l’HTA suivie de loin par le diabète (23%). A l’admission, plus de 70% des patients présentaient au moins un signe respiratoire dont une majorité (55%) de dyspnées. La durée médiane de séjour pour les patients de la cohorte était de 14 jours [IQR : 8‐24]. Les autres caractéristiques sont présentées dans le Tableau 1. Comparaison des caractéristiques des patients hospitalisés en USI versus UCC Parmi les 255 patients de la cohorte, 66 (26%) avaient présenté une forme sévère de COVID‐ 19 et ont été hospitalisés en USI contre 189 (74%) hospitalisés en UCC. Plus de 75% des patients hospitalisés en USI étaient des hommes tandis que les femmes étaient majoritaires en UCC. De même, les patients admis en USI étaient plus jeunes (âge médian : 76 ans) que ceux hospitalisés en UCC (86 ans). Il y avait plus de patients obèses(26%) en USI qu’en UCC (16%) (<0.01).

Après le diagnostic de covid‐19, les formes sévères survenaient dans un délai médian de 12 jours [IQR :11‐14] (Figure 2a). Ce délai d’admission en USI était différent selon les âges. Chez les moins de 70 ans, ce délai médian était de 9 jours [IQR : 9‐11] contre 14 jours [IQR : 11‐15] chez les plus de 80 ans (p<0.003) (Figure 2b). A l’admission en USI, les patients étaient plus symptomatiques avec significativement plus de signes généraux (82.0%) et en particulier de dyspnée (80.0%), de la fièvre (67.0%), de signes respiratoires (91%) que les patients des UCC. De plus, ils avaient un syndrome inflammatoire plus marqué avec un CRP médian de 88 [46‐143]. La durée médiane d’hospitalisation des patients en USI était de 24 jours [IQR :12‐33] contre 11 jours [IQR : 6‐18.5] pour ceux des UCC. La prévalence de covid‐19 nosocomiale au sein de la cohorte était de 15.7% et les patients avec COVID nosocomiale avaient une moyenne d’âge plus élevée de 86 ans contre 83 ans en cas d’acquisition communautaire. La prévalence de COVID‐19 nosocomiale était plus faible en USI (6%) contre 19.2% en UCC. Enfin, la prévalence du nombre de comorbidités n’était pas différente entre les patients des USI et ceux des UCC. Facteurs associés aux formes sévères de covid‐19 L’âge a été un facteur associé à l’admission des patients en USI. Ainsi, par rapport aux moins de 70 ans, les 70‐80 ans avaient un RR d’être hospitalisés en USI multiplié par 2,4. Ce qui n’était pas le cas des patients âgés de 80 ans. (Tableau 3) Le sexe masculin était associé à un risque élevé d’hospitalisation en USI. Il en était de même pour une hypoxie (RRx2) ; la présence d’une détresse respiratoire (RR x 3) et enfin une CRP au‐dessus de 100mg/L (RR x 2). Caractéristiques des patients décédés de covid‐19 Les patients décédés étaient en moyenne plus âgés (91 ans) que ceux qui ont survécu (61 ans) au covoid‐19. Les hommes étaient plus nombreux que les femmes (68% vs 32%) (p<0.02). Le taux de mortalité était plus élevé chezles plus de 90 ans (46%) en comparaison de celui des moins de 75 ans (15,3%). Ce taux de mortalité élevé (59%) était également décrit chez les patients en insuffisance pondérale tandis qu’il était de 27% chez les patients avec une COVID‐ 19 nosocomiale. L’incidence de la mortalité chez les patients souffrant d’HTA et de diabète étaient respectivement de 31% et 28%. Enfin, il a été observé une association significative entre le nombre de comorbidités et le taux de mortalité. A leur admission, les patients décédés présentaient plus (63%) de dyspnée que les non décédés (53%) et avaient plus (94%)une hypoxie marquée. L’analyse des courbes de survie des patients (Figure 3a) montrait que le délai de survenue de décès était en médiane de 17 jours [IC 95%: 15‐21] après le diagnostic de covid‐19. Ce délai était variable en fonction de l’âge. Il était plus précoce à 11 jours [IC 95% : 9‐14] chez les plus de 80 ans en comparaison de 18 jours [IC 95% : 17‐26] chez les 70‐80 ans ou de 22 jours [IC 95% : 17‐26] chez les moins de 70 ans (Figure 3b). Le lieu d’hospitalisation influençait cette durée avec une survie de 15 jours [IC 95% : 13‐17] pour les patients des UCC contre 30 jours [IC 95% : 27‐33] en USI .

Facteurs associés à la mortalité
En analyse multivariée, l’âge a été un facteur associé à la mortalité. Ainsi, les patients âgés de plus de 80 ans avaient 4,3 fois plus de risque de décès comparés aux moins de 70 ans. Ce risque était 2 fois plus élevé pour les hommes que les femmes. Les patients cachectiques ou en insuffisance pondérale avaient un RR de 2,7 [1.5 ‐ 5.0] fois de décès. Les patients avec plus de 2 comorbidités avaient un risque 3 fois plus élevé (RR=2,8 ; IC 95% : 1,2‐7,0). Enfin, l’hypoxie et un syndrome inflammatoire élevés à l’admission étaient associés à un risque de décès respectivement de 2,5 [IC 95% :1,4 ‐4,4] et 1.7 [IC 95% : 1,0‐2.9] .

Table des matières

INTRODUCTION
MATERIELS ET METHODES
RESULTATS
CONCLUSION
INTRODUCTION
MATERIEL ET METHODE
SCHEMA D’ETUDE
METHODES DU RECUEIL DES DONNEES
DEFINITION DES VARIABLES ET DES DATES
ANALYSE STATISTIQUE
CONSIDERATIONS ETHIQUES
RESULTATS
DISCUSSION
CONCLUSION
BIBLIOGRAPHIE
TABLEAUX ET FIGURES
ANNEXES

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