CARACTERES GENERAUX DES ESPECES BACTERIENNES ETUDIEES

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MILIEU SOCIOECONOMIQUES :

Agriculture :

Les paysans combinent deux systèmes de production agricole :
– l’agriculture vivrière de subsistance ;
– l’agriculture de rente basée sur la culture maraîchère.
L’agriculture vivrière de subsistance, où le riz est omniprésent, comporte aussi le mais, le haricot, l’arachide, le manioc et la patate douce. On peut aussi noter la présence de quelques espèces d’arbres fruitiers.

Elevage :

L’élevage est la deuxième activité de la population. L’élevage porcine, bovine et l’élevage de volaille sont les plus pratiqués dansla zone. Ceux-ci sont repartis sur les pentes d’Andohanatady et de Rova et sur les rives du lac Anosy. On peut aussi citer l’aménagement de plusieurs petits points d’eau pour la pisciculture.

Secteur secondaire :

Une carrière de granite et des activités de briqueterie se trouve dans le Fokontany d’Andohanatady et constitue les seules activités secondaires de la population dans la zone. Les gisements sont exploités à ciel ouvert pour la production de matériaux de construction tels que briques cuites, gravillons.

Secteur tertiaire :

Les activités tertiaires recensées dans la communetournent autour du commerce et des offres de services comme: manutention à dos d’h omme, transport en varamba, et travaux des champs. Le commerce pratiqué dans la zone se concentre surtout dans le Fokontany de Rova doté d’un marché où se vendent les produits de l’agriculture et de l’élevage.

ENVIRONNEMENT DU LAC

La situation géographique du lac Anosy aussi bien que la position de ce lac par rapport aux infrastructures qui l’entoure risque d’ une contamination microbienne. En effet le lac se trouve au milieu de plusieurs quartiers à forte concentration populaire et où on trouve plusieurs bâtiments qui font l’objet d’un re groupement régulier de la masse :

– le Fokontany du Rova qui surplombe le lac Anosy sur son versant Est. Ce Fokontany regroupe plusieurs infrastructures ayant des activités humaines intenses donc susceptible d’êtres des sources de pollution pour el lac situé en aval. On y distingue notamment : des églises des écoles publiques et privés, un marché public, un lavoir, 2 toilettes et une douche public, un garage d’automobile mais aussi un bâtiment d’élevage bovine et porcine à proximité du lac.
-Le versant Nord du lac est dominé par une partie du Fokontany d’Andohanatady, plus précisément par les quartiers d’Ambany Avaratr et d’Ambohibory, ceux ci sont moins garnis de construction particulière mais à part plusieurs résidences individuelles on y rencontre un WC public, un mini élevage porcin etles locaux de la SD-Mad.

Par contre les versants Sud et Ouest sont relativement pauvres en infrastructure, à l’Ouest se trouve les rizières de la SD-Mad et au Sud le quartier d’Anendaka.
De ce fait, l’étude de la contamination microbienne d’origine fécale de ce lac s’avère nécessaire pour pouvoir éliminer toute contamination probable.

UTILISATION DES EAUX DU LAC :

Le lac joue un rôle considérable pour les activitésde la population environnante et aussi pour la société SD-Mad. En effet, les utilisations principales des eaux du lac Anosy sont l’irrigation des rizières de la SD-Mad et l’arrosage des cultures maraîchères. On constate aussi occasionnellement des activités de oilettage et de lavage de matériels mécanique.
Le site du lac Anosy possède un cadre apaisant et récréative idéale pour les loisirs et la promenade, d’où l’affluence de visiteur et to uriste venant des alentours pendant les week-ends et les jours de fête. Les activités depêche sont officiellement interdites, mais tolérable durant les week-ends.

PRESENTATION DES MATERIELS BIOLOGIQUES

CARACTERES GENERAUX DES ESPECES BACTERIENNES ETUDIEES

Pour que l’étude soit axée uniquement sur la contamination biologique d’origine fécale, les espèces bactériennes ciblées sont :
– Staphylococcus aureus ;
– Streptococcus sp ;
– Escherichia coli ;
– Salmonella sp ;

Staphylococcus aureus :

Position taxonomique et classification : (Brun Y, 1998)
Staphylococcus aureus appartient à la Famille des Micrococcaceae, du gro upe de cocci à Gram positif.
Le genre Staphylococcus occupe une place très importante en pathologie humaine et animale.
Habitat et épidémiologie (El: Solh N, 1983)
Staphylococcus aureus est un germe très répandu dans la nature (air, eau, sol). C’est une bactérie ubiquitaire. Cette espèce fait partiede la flore normale de nombreux individus qui sont des « porteurs asymptomatiques », mais cette espèce peut être à l’origine d’auto-infection ou contaminer d’autres individus.

Streptococcus sp :

Position taxonomique et classification : (Rotta J., 1982)
Le genre Streptococcus rassemble des espèces bactériennes qui ont en commun un certain nombre de caractères. Ce sont des cocci à Gram positif appartenant à la Famille des Streptococcaceae Habitat et épidémiologie(Facklam R.R, 1977)
Les streptocoques sont ubiquitaires. Certains d’entre eux sont rencontrés dans le milieu extérieur. Ils peuvent survivre longtemps dans celui-ci ; ainsi la découverte des streptocoques dans les eaux signe une contamination fécale d’origine humaine ou animale.

Escherichia coli :

Position taxonomique et classification (Evans D J, 1983)
Escherichia coli est un bacille à Gram négatif dans la Famille des Enterococcaceae. Cette espèce est la plus souvent mobile.
Habitat et épidémiologi e(Gross R J, 1985)
Escherichia coli est une espèce commensale du tube digestif de l’homme et des animaux. Dans l’intestin, Escherichia coli est l’espèce aérobie quantitativement la plus importante, présente à raison de 107 à 10 9 corps bactériens par grammes de selles. Cette population bactérienne ne représente qu’environ 1%de celle des anaérobies.
La recherche d’ Escherichia coli dans l’eau est faite pour vérifier le degré de contamination fécale d’origine humaine ou animale. La présence d’Escherichia coli dans l’eau est le témoin d’une contamination fécale récente.

Salmonella sp :

Position taxonomique et classification (Le Minor L, 1982 ; Richard C, 1981)
Le genre Salmonella est classiquement constitué de plus de 2000 sérotypes reconnus par la détermination des antigènes O et H.
Cette espèce appartient dans le groupe de Bacille à Gram négatif et dans la Famille des Enterococcaceae.
Habitat et épidémiologie (Vieu J F, 1984 )
Salmonella sp est strictement adaptées à l’homme. La transmission de la fièvre typhoïde d’homme à l’homme se fait par l’intermédia ire d’eau ou d’aliments souillées par des selles de malades ou de convalescents, porteurs sains.
Les Salmonelles sont retrouvées dans le milieu extérieur, dans les eaux d’égout en particulier. Des Salmonelles sont aussi fréquemmentretrouvées dans les farines de poisson ou de poudres d’os utilisées pour l’alimentation des animaux.

Milieux de culture :

Les milieux de culture utilisée sont des milieux spécifiques (Chromagar BioMerieux) qui permettent d’isoler, de dénombrer et d’identifier rapidement les souches bactériennes présentes dans chaque échantillon :
– Chromagar Staphylocoques pour Staphylococcus aureus ;
– Chromagar Streptocoques pour les Streptocoques ;
– Chromagar Escherichia ;
– Chromagar Salmonella

Préparation des milieux de culture :

A l’aide d’un tube à vis, 10g de la poudre de chro magar ont été dissous dans 10 ml d’eau purifiée. La solution a été ensuite stérilisée dans l’autoclave à 121˚C pendant 21 mn. Après stérilisation et sous hotte bactériologique,la solution de chromagar a été versée dans des boites de Pétri.

Préparation des échantillons :

Une fois au laboratoire, les flacons contenant des eaux prélevées ont été mis sous hotte chimique jusqu’à ce que la température externe des flacons atteigne 37˚C. Les flacons ont été ensuite centrifugés à 2500 rpm pendant 5 mn.
Sous hotte biologique, le surnageant a été versé dans un bocal. L’aspect du culot a été observé en comparant avec un étalon (Eau Distillée Filtrée). Ensuite, à l’aide d’une micropipette, 0,5µl du culot a été dilué dans 5µl d’eau purifiée.
A l’aide de l’anse de platine, 0,3 µl du culot dilu é a été prélevé et ensemencé par strie horizontale dans des boites de Pétri contenan des chromagar solides. Les milieux de culture ensemencés par des échantillons ont été ensuite incubés dans l’incubateur à 37˚C et sous pression de 5% de CO2 pendant 24 heures.
Apres 24 heures d’incubation et toujours sous hotte biologique, le nombre des colonies formées a été compté.
Le nombre des colonies bactériennes formées ou l’Unité Formant Colonies par millilitres (UFC/ml) de l’échantillon est donné parla relation suivante : UFC/ml = [(1 X ni)/0,3 X 10-3] X 1 / 10
ni : nombre des colonies comptées
Les résultats ont été analysés sous logiciel statistique Epi-Info 6. La valeur p est le seuil d’acceptabilité des résultats obtenues, si lavaleur p est inferieure à 0,05, la différence est considérée comme statistiquement significativePar. contre si la valeur de p est égale a 0,05, la différence est statistiquement insignificative.

DISCUSSION

Le but de ce travail est de mettre en évidence les sources des contaminations microbiennes d’origine fécales probables du lac Anosy afin d’éviter d’une part les différentes maladies dues aux microorganismes présents, et d’autre part d’éliminer ces différents microorganismes. L’étude est axée uniquement sur Staphylococcus aureus, les streptocoques, Escherichia coli et Salmonella sp car ces espèces bactériennes représentent les bactéries d’origine fécale c’est-à-dire que la présence de ces différentes espèces bactériennes indique la contamination de l’eau par des matières fécales venant de l’environnement qui les entoure. Ces microorganismes peuvent être à l’origine de problème sanitaire pour les personnes utilisant ces eaux, mais aussi pour les animaux et les plantes.
Les résultats obtenus lors des analyses microbiennes des eaux du lac Anosy montrent que ces différentes espèces bactériennes ibléesc ont été présentes au moment du prélèvement (8 heures du matin et à 17 heures) avec un nombre d’unité formant colonie variée suivant les espèces et l’heure de prélèvement. Ce nombre est beaucoup plus élevé dans le canal d’évacuation des eaux usées qui est parmi des sources qui alimente ce lac. Cette augmentation au nombre des microorganismes est du aux différentes activités des hommes, des animaux et des plantes qui vivent aux alentours du lac Anosy.
Les résultats des échantillons durant la matinée (8heures à 9 heures) montrent des nombres plus élevée d’unité formant colonie que celles de l’après-midi mis à part streptococcus sp. Cela peut s’expliquer au fait que la grande majorité des eaux usées qui arrivent dans le lac entre en contact du côté Nord et Est du lac, d’autant plus que les Fokontany du Rova, d’Ambozontany (versant Est) et le quartier d’Ambony Avaratra, Andohanatady sont des quartiers très populaire qui possèdent à part des habitants qui ont des besoins physiologiques quotidiens, des écoles privées et publics, des marchés, plusieurs églises, des lavoirs, des WC public et un garage d’automobile, mais aussi d’autres activités très polluantes comme des élevages bovins, porcines et de volailles. En effet, tous les déchets de cesFokontany se déversent directement dans le lac Anosy d’où la présence à taux élevés des microorganismes dans lecanal d’évacuation. Les résultats montrent aussi la présence abondante d’Escherichia coli le matin dans le canal, Est et Nord. La présence de cette espèce est la preuve d’une contamination récente d’origine fécale, cela indique aussi que les activités humaines à l’Est et au Nord sont les principales responsable de la contamination microbienne d’origine fécale du lac Anosy.

Concernant l’Ouest et le Sud, le nombre d’unité formant colonie est moins important par rapport à l’Est et le Nord. La raison de cette différence est du au fait que : aucune source ne vient alimenter le lac de ces deux cotés, le lac est alimenter donc par le coté Est et le coté Nord puis, les eaux se repartissent dans le lac avant de se déverser au niveau du versant Ouest pour irriguer les champs maraîchères et les rizières situé en contrebas. C’est cette répartition qui fait que la concentration en microorganisme est faible à l’Ouest et au Sud. Il est aussi utile de dire que l’environnement de ces sites est moins encombrant c’est-à-dire ils ne présentent que quelques habitants avec une infrastructure bien aménagée.
Pour les prélèvements « Après Midi », l’augmentatio du taux de streptococcus sp s’explique du fait que c’est une espèce bactérienne très résistant et peut vivre très longtemps dans des conditions défavorables. Pour Staphylococcus aureus, Salmonella sp et Escherichia coli on constate une diminution au nombre l’après-midi. En effet, une fois rejetée dans le milieu naturel, ces bactéries sontconfrontées à des conditions défavorables telles que la limitation en nutriments, le stress osmotique et la lumière solaire qui a un effet létale sur les bactéries. Cela pourrait aussi êtredue aux caractères physico-chimique de l’eau qui d’une part permet de rendre plus vite la forme sporulés des microorganismes et d’autre part de rendre difficile la survie de ces espèces.

Table des matières

INTRODUCTION
I. ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
A. PRESENTATION DU LAC ANOSY
1. MILIEU D’ETUDE
1.1 Historique
1.2 Situation Géographique
1.3 Délimitation administrative
2. MILIEU PHYSIQUE
1.1 Relief et topographie
1.2 Climat
1.3 Hydrographie
3. MILIEU ANTHROPIQUE
3.1 Démographie
3.2 Santé
3.3 Education
4. MILIEU SOCIOECONOMIQUES
4.1 Agriculture
4.2 Elevage
4.3 Secteur secondaire
4.4 Secteur tertiaire
5. ENVIRONNEMENT DU LAC
6. UTILISATION DES EAUX DU LAC
A. PRESENTATION DES MATERIELS BIOLOGIQUES
1. CARACTERES GENERAUX DES ESPECES BACTERIENNES ETUDIEES
1.1 Staphylococcus aureus
1.2 Streptococcus sp
1.3 Escherichia coli
1.4 Salmonella sp:
DEUXIEME PARTIE
MATERIELS ET METHODES
I. MATERIELS ET METHODES
A.MATERIELS
B.METHODOLOGIE
1. INVENTAIRES BIOLOGIQUES
1.1 Faune et Flore
2. LES POINTS DE PRELEVEMENTS
3. ANALYSES BACTERIOLOGIQUES
3.1 Prélèvement des échantillons
3.2 Milieux de culture
TROISIEME PARTIE RESULTATS
I. RESULTATS :
A. INVENTAIRES BIOLOGIQUES
1. FAUNE ET FLORE
B. ANALYSES BACTERIOLOGIQUES
2. ASPECT DU CULOT
3. NOMBRE D’UNITE FORMANT COLONIES
QUATRIEME PARTIE
DISCUSSIONS ET SUGGESTIONS
CONCLUSION
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES

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