Soutenance mémoire
Caractères bactériologiques
Caractères communs au genre Mycobacterium
structure
Les mycobactéries ont la structure des bactéries à Gram+ sans enveloppe externe. Leur paroi est très riche en lipides avec des polyosides pariétaux, l’arabinogalactane et la lipoarabinomannane, des glycolipides et une grande richesse en acides gras, les acides mycoliques qui tapissent la surface de ces bactéries. Cette paroi complexe confère une grande résistance dans l’environnement et à la digestion des macrophages.
Caractères morphologiques
Les bactéries du genre Mycobacterium se présentent sous la forme de bacilles fins, légèrement incurvés de 2 à 5 µm de long sur 0,2 à 0,3 µm de large, aux extrémités arrondies. Ces bacilles sont immobiles, acapsulés et asporulés. Bien qu’ayant la structure générale des bactéries à Gram positif, les mycobactéries sont difficilement colorables par les colorants usuels. Mais colorées par la fuchsine phéniquée à chaud selon la méthode de Ziehl Nielsen, elles retiennent le colorant malgré l’action combinée des acides dilués et de l’alcool (acido-alcoolo-résistance) et apparaissent alors comme de fins bâtonnets rouges. Les mycobactéries, colorées par l’auramine phéniquée, deviennent fluorescentes sous l’influence de la lumière U.V.
Dans les produits pathologiques, elles apparaissent isolées ou groupées en petit amas, parfois sous forme d’ébauche de cordes et de torsades. En culture, on peut observer des formes coccoïdes ou filamenteuses ; dans les cultures âgées ou dans les produits pathologiques provenant de malades sous traitement antibiotique, les mycobactéries ont souvent un aspect granuleux.
Caractères biochimiques
L’étude des caractères biochimiques repose essentiellement sur la recherche de la production d’acide nicotinique, de nitrate réductase et d’une catalase .
Production d’acide nicotinique ou Niacine
Certaines espèces de mycobactéries libèrent de l’acide nicotinique dans le milieu de culture sans l’utiliser. Les quantités de niacine produites varient d’une espèce à l’autre et, c’est cette propriété qui est mise à profit dans le Niacin-test pour l’identification de M tuberculosis.
Réduction des nitrates en nitrites
C’est Virtanen [27] qui, le premier, a étudié la capacité des mycobactéries à réduire les nitrates en nitrites. La plupart d’entre elles possèdent une nitrate réductase.
Activité catalasique
Toutes les mycobactéries produisent une catalase sauf les souches de M. tuberculosis et de M. bovis résistantes à plus de 10 µg/ml d’isoniazide (INH). Il s’agit d’une enzyme soluble, intracellulaire, avec différents types. Elle est thermolabile (inactive à +68°C) pour les mycobactéries tuberculeuses.
Aryl sulfatases
Ce sont des enzymes qui hydrolysent les composés de formule générale R-OS03H, dans lesquels le radical R a une structure aromatique.
Cette activité aryl sulfatase a été mise en évidence par Whitehead et Coll [18] en utilisant comme substrat le disulfate de phénolphtaléine et le naphtylsulfate: la phénolphtaléine libérée par l’enzyme est mise en évidence par alcalinisation ; le naphtol libéré est révélé par une réaction de diazotation, peu spécifique cependant, car d’autres réactions de ce genre peuvent se produire dans le milieu de culture.
Amidases
Il s’agit de la nicotinamidase, de l’uréase et de la pyrazinamidase.
Hydrolyse du Tween 80
David et Dubor [4] ont montré que les mycobactéries possèdent des estérases capables de libérer, par hydrolyse, de l’acide oléique à partir du dérivé polyoxyethylènique du monoléate de sorbitan (Tween 80). L’étude de cette hydrolyse est particulièrement utile pour distinguer M. scrofulaceum (réaction négative) de M. gordonae et M. flavescens (réaction positive) et, pour le diagnostic différentiel des mycobactéries non chromogènes.
Croissance en présence d’inhibiteurs
Certaines mycobactéries ont la capacité de croître sur des milieux contenant des produits toxiques. En général, cette croissance est étudiée en utilisant deux produits: le thiacetazone ou thiosemicarbazone (TB1) et l’hydrazide de l’acide thiophène-2-carboxylique (TCH).
M. tuberculosis et M. bovis sont sensibles à 10µg/ml de TB1 alors que la plupart des mycobactéries non tuberculeuses à l’exception de (M. kansasii,
M. scrofulaceum, M. gastri) y sont résistantes
M. africanum peut y être sensible ou résistant.
Caractères d’orientation des mycobactéries atypiques les plus rencontrées en pathologie humaine
Les mycobactéries photochromogènes
Les colonies sont non pigmentées à l’obscurité, et se pigmentent en jaune après exposition à la lumière (caratogenèse photo-inductible).
M. kansasii
Il a un aspect caractéristique : gros bacilles, granuleux, groupés en chainettes. Le délai de croissance est de 2 à 3 semaines à 37°C. Il possède une forte activité catalasique et est nitrate réductase fortement positive, il hydrolyse le Tween 80 et possède une phosphatase acide.
M. marinum
Il est plus trapu que M. kansasii et donne sur milieu LJ des colonies lisses régulières. Il réduit les nitrates en nitrites, hydrolyse le tween 80 et possèdent une phosphatase acide.
Les mycobactéries scotochromogènes
Les colonies sont à croissance lente, pigmentées en jaune orangé à l’obscurité, plus intensément à la lumière (caratogenèse constitutive).
M. gordonae
Sur milieu LJ, les bacilles sont longs (4 à 6 µm) parfois granuleux. Les colonies ont l’aspect eugonique. Le délai de croissance est de 7 à 10 jours à 37°C et à 30°C. Il est nitrate réductase négative et l’hydrolyse du tween 80 et la phosphatase acide sont souvent positives.
M. szulgai
Il a la même morphologie que M. gordonae mais diffère par une réaction de la nitrate réductase positive et par une hydrolyse très tardive du Tween 80.
M. xenopi
C’est un bacille long et fin. Il donne de petites colonies (dysgoniques) à la surface lisse. Sur milieu de Löwenstein-Jensen enrichi de 0,25 % de pyruvate ou sur milieu de Coletsos, les colonies apparaissent plus précocement, sont plus grosses et souvent plus nombreuses, notamment à l’isolement [27]. La croissance est optimale à 45°C, et est possible à 52°C. Les réactions de la nitrate réductase, de l’hydrolyse du Tween 80 et de la phosphatase acide sont négatives [30].
M. scrofulaceum
Les bacilles en culture sur milieu LJ sont courts. Les colonies sur ce milieu sont semblables à celles de M. gordonae mais sont dysgoniques. Le délai de croissance est de 3 semaines. Les épreuves de réduction des nitrates, d’hydrolyse du Tween 80 et de la phosphatase acide sont négatives, la catalase faible et l’uréase positive.
|
Table des matières
Introduction
I. DEFINITION
II. CLASSIFICATION
II.1 Classification sur le plan bactériologique
II.2 Classification sur le plan clinique
III. Caractères bactériologiques
III. 1 Caractères communs au genre Mycobacterium
III.1.1 structure
III.1.2 Caractères morphologiques
III.1.3 Caractères biochimiques
III.2 Caractères d’orientation des mycobactéries atypiques les plus rencontrées en pathologie humaine
III.2.1 Les mycobactéries photochromogènes
III.2.2 Les mycobactéries scotochromogènes
III. 2.3 Les mycobactéries non chromogènes
III.2.4 Les mycobactéries à croissance rapide
IV. Epidémiologie
IV.1 Habitat
IV.2 Transmission
V. Pouvoir pathogène
V.1 Infections pulmonaires
V.2 Les ganglions lymphatiques
V.3 Les atteintes cutanées
V.4 Infections disséminées
V.5 Manifestations inhabituelles
VI. Diagnostic bactériologique
VI.1 Prélèvement
VI.1.1 Prélèvements pulmonaires
VI. 1.2 Prélèvements extrapulmonaires
VI. 2 Transport et Conservation
VI. 3 Décontamination
VI.3.1 Méthode au N Acetyl L cystéine sodique (NALC)
VI. 3.2 Méthode de Petroff
VI.4 Examen direct
VI.4.1 Réalisation des frottis
VI.4.2 Coloration des lames
VI.4.3 Lecture des lames
VI. 5 Culture
VI.5.1 Milieux solides
VI.5.2 Les milieux gélosés semi-synthétiques
VI.5.3 Milieux liquides
VI.5.4 Méthode MGIT®
VI.5.5 BacT/Alert 3D®
VI.5.6 MB Redox®
VI.5.7 Hémocultures
VI.6 Identification
VI. 6.1 Identification phénotypique
VI.6.2 Identification génotypique
Conclusion
