Bactéries isolées au niveau du Site Sentinelle de Surveillance

Télécharger le fichier pdf d’un mémoire de fin d’études

Epidémiologie

Hib est pathogène spécifique, retrouvé cependant au niveau des voies respiratoires et génitales de porteurs sains. Le taux de portage nasopharyngé varie de 33 à 37% chez les enfants [12, 13].
La transmission se fait par voie respiratoire. Cette bactérie qui n’infecte que l’homme est cosmopolite et est endémo-épidémique, surtout dans les collectivités d’enfants. Les infections graves sont plus fréquentes chez les enfants âgés de 3 mois à 5 ans car 25% des souches isolées dans cette tranche d’âge sont capsulées [6, 14, 15].

Pouvoir pathogène naturel

H. influenzae provoque surtout des infections respiratoires aiguës. Les maladies graves sont le fait du Hib et sont à type de méningites purulentes, d’épiglottite, de péricardite, de pleuro-pneumopathies, d’infections ostéo-articulaires [Figure 6].

Diagnostic bactériologique de la méningite à Hib

Le diagnostic consiste à la réalisation d’un examen microscopique, complété par la culture, la recherche d’AgK et de fragments d’ADN du Hib.
 Examen microscopique du LCR
Le biologiste réalise un frottis sur le culot de centrifugation du LCR. Après coloration de Gram, on suspectera une méningite à H ib devant des bacilles à Gram (-), polymorphes et capsulés.
 Isolement du Hib
Il nécessite une gélose chocolat, enrichie en facteurs X et V qui sera incubée à +37°C, durant 24H, en atmosphère aérobie enrichie en 5% de CO2.
Après étude des caractères morphologiques, culturaux et biochimiques, la confirmation se fait par le sérotypage capsulaire grâce à des immuns sérums. Le biotypage est recommandé pour compléter l’identification.
Un antibiogramme standard est réalisé sur gélose au sang. On teste en priorité les Bêtalactamines, le Chloramphénicol et le Cotrimoxazole.
 Détection directe de l’antigène capsulaire dans le LCR
On utilise des particules de latex sensibilisées avec des anticorps anti polysaccharides du Hib. Le LCR doit être chauffé durant 3’ à +100°C.
 Diagnostic par la biologie moléculaire
Une PCR e st faite au préalable afin d’augmenter la quantité de fragments d’ADN du H ib dans le LCR. Les fragments sont ensuite détectés par hybridation.

Eléments de thérapeutique

L’Amoxicilline ou la Ceftriaxone sont les antibiotiques de base dans le traitement curatif d’une MBP à Hib. A défaut, le Chloramphénicol ou le Cotrimoxazole sont indiqués.
La prévention vaccinale a permis la maîtrise des MBP dues au Hib dans tous les pays ayant pratiqué en routine cette vaccination. Le vaccin est composé d’antigène capsulaire du H ib, conjugué à une protéine (anatoxine tétanique, anatoxine diphtérique, protéine D) qui stimule l’immunité à mémoire.

Neisseria meningitidis 

Neisseria meningitidis ou méningocoque (MGO) est un coccus à Gram négatif, aérobie stricte, typiquement groupé par deux : diplocoque à Gram (-).

Classification

• Famille : Neisseriaceae
• Genre : Neisseria
• Espèce : Neisseria meningitidis
• Sérogroupes : A, B, C, D, W135, Y, 29E, Z, X, H, I, K, L, T.

Caractères bactériologiques

 Caractères morphologiques
Chaque coccus est aplati sur une face et arrondi sur l’autre, ce qui lui donne la forme de grain de café ou de rein humain ou de haricot. Il est immobile, acapsulé, asporulé et à Gram (-). Typiquement, les cocci se regroupent par 2 (par leurs faces aplaties) : ce sont les diplocoques à Gram (-). Dans les produits pathologiques, ils sont isolés ou en petits amas ; certains sont intra-extracellulaires [Figure 7].
 Caractères culturaux
• Milieux de culture
C’est une bactérie fragile et exigeante. Elle croît sur des milieux riches (gélose au sang cuit + facteurs de croissance). Ce milieu est rendu sélectif par l’ajout d’un mélange d’antimicrobiens : Vancomycine + Colistine + Nystatine (VCN).
• Conditions de culture
Bactérie aérobie stricte, le MGO exige pour s a croissance une atmosphère aérobie, humide et enrichie en CO2. La température optimale est de +36°C.
• Aspect des colonies
Les colonies des souches capsulées sont grosses, muqueuses, grisâtres (type M) ; celles des souches acapsulées sont fines, grisâtres (type S)
 Caractères biochimiques
N. meningitidis produit une catalase et une oxydase. Il fermente sans production de gaz le glucose et le maltose.
 Caractères antigéniques
L’antigène de capsulaire possède les 3 applications pratiques décrites plus haut à propos du pneumocoque et du Hib ; il s’agit de :
• Sérogroupage du MGO
N. meningitidis est subdivisé 12 sérogroupes capsulaires (A, B, C, D, W135, Y, 29E, Z, X, H, I, K, L, T). Le sérogroupage des souches isolées est un élément clé de la surveillance épidémiologique des épidémies de MBP dans le Monde.
• Vaccination
Les antigènes de capsule sont utilisés comme antigènes vaccinaux. Ils sont administrés purs ou conjugués à des protéines.
• Diagnostic rapide
Les tests d’agglutination se font avec des immuns sérums anti MGO permettant la recherche directe des fragments d’AgK dans les liquides biologiques.
Parmi les antigènes dans la paroi, il existe le lipopolysaccharide (LPS) qui est une endotoxine à pouvoir létal jouant un rôle important dans la survenue du choc septique. On note également la présence de protéines dans la membrane externe de la paroi ; elles sont utilisées comme critères de sérotypage et de sous-typage des souches à l’intérieur d’un sérogroupe donné.

Epidémiologie

Le méningocoque vit dans le rhino-pharynx des porteurs sains. Ce portage est transitoire et n’excède pas 2 semaines. Il concerne 5 à 30% des individus, mais peut atteindre 100% d’une population lors d’épidémie [13]. La transmission se fait par voie respiratoire.
La méningite cérébrospinale sévit généralement sur un mode épidémique. Tous les sérogroupes sont concernés. En Afrique, des épidémies presque annuelles et meurtrières surviennent dans la « Ceinture méningitidique de Lapeyssonnie » [Figure 8]. Elles frappent les enfants (> 4ans) et les adolescents (15-25 ans) et cela durant la saison fraîche et sèche. Les sérogroupes impliqués sont le A et le C et récemment W135 [8, 16, 19, 20].

Pouvoir pathogène naturel

Les méningococcies sont primitivement des infections « bénignes » (pharyngite, bronchite …) pouvant se compliquer et entraîner : septicémie, méningite cérébrospinale, péricardite, pneumonie et pleurésie.
La manifestation la plus spectaculaire, la plus crainte et la plus meurtrière dans les PED est la méningite cérébrospinale ; elle fait partie des maladies prises en compte par les sites sentinelles de surveillance des MBP.

Diagnostic bactériologique de la méningite à MGO

L’examen microscopique et la recherche d’antigène soluble suffisent dans les laboratoires de base des PED. Le diagnostic bactériologique complet nécessite l’isolement du MGO et son sérogroupage.
 Examen microscopique du LCR
La coloration de Gram du LCR révélera la présence de diplocoques à Gram (-), en forme de grains de café, intra et extra leucocytaires.
 Isolement du MGO
Le LCR sera ensemencé sur une gélose au sang cuit enrichie en facteurs de croissance. Après une incubation à +37°C, durant 48H, en atmosphère aérobie enrichie en CO2, on obtient des colonies de type S ou M.
L’étude des caractères morphologiques, culturaux et biochimiques des souches isolées sera complétée par le sérogroupage capsulaire grâce à des immuns sérums. Le sérotypage et le sous-typage sont nécessaires (rôle des Laboratoires spécialisés).
La sensibilité du germe sera testée vis-à-vis des Bêtalactamines, du Chloramphénicol et du Cotrimoxazole.
 Détection directe de l’antigène capsulaire dans le LCR
On utilise des particules de latex sensibilisées avec des anticorps anti polysaccharides du MGO. Le LCR doit être chauffé durant 3 minutes à +100°C.
 Diagnostic par la biologie moléculaire
On procède d’abord à une PCR. Ensuite, grâce à la technique d’hybridation ADN/ADN, on recherche les fragments de chromosome du MGO dans le LCR.

Eléments de thérapeutique

La Ceftriaxone et le Chloramphénicol huileux sont indiqués pour le traitement en une dose des cas de MBP à MGO. L’ampicilline demeure une alternative.
La prévention vaccinale individuelle mais surtout les campagnes vaccinales lors des épidémies sont les meilleures moyens de lutte contre les flambées épidémiques de méningite cérébrospinale. Le vaccin est composé d’antigène capsulaire simple ou conjugué à une protéine. Il est disponible pour l es sérogroupes A, C, Y et W135.

AUTRES BACTERIES

En dehors des 3 pri ncipales espèces bactériennes ci-dessus décrites, d’autres bactéries sont souvent isolées chez l’enfant comme agents de MBP. Cela survient généralement en période néonatale ou chez le nourrisson dénutri.
 Streptococcus agalactiae
S. agalactiae ou streptocoque du groupe B (SGB), est un coccus à Gram positif groupé en chaînettes, capsulé. Il est auxotrophe, AAF et provoque une hémolyse bêta sur gélose au sang frais. Contrairement à S. pneumoniae, il est résistant à l’optochine et n’est pas lysé par les sels biliaires. Les colonies sont de types S, petites. Il ne produit ni catalase ni oxydase. Deux antigènes sont utilisés pour sa classification respectivement en sérogroupe (polyoside C de la paroi) et en sérotype (antigène capsulaire). L’antigène capsulaire est aussi utilisé dans le cadre du di agnostic rapide de méningite : on le recherche directement dans le LCR grâce à des immuns sérums (test au latex). Son profil de sensibilité aux antibiotiques est comparable à celui du PNO.
Les principaux caractères d’identification sont : cocci à Gram (+), groupés en chaînettes, AAF, catalase (-), oxydase (-) et bêta hémolyse (+).
Il est retrouvé à l’état de portage dans le tube digestif et les voies génitales. La contamination de l’enfant par la mère a l ieu essentiellement lors de l’accouchement. Le SGB provoque chez l’adulte des infections génito-urinaires et, chez le nouveau-né, des méningites et des septicémies sévères.
 Staphylococcus aureus
Staphylococcus aureus (S. aureus) ou staphylocoque doré est l’espèce pathogène type du genre Staphylococcus. C’est coccus bien arrondi, à Gram (+), groupé en amas ou en « grappe de raisin », immobile, acapsulé et asporulé. Bactérie prototrophe, AAF, S. aureus pousse sur la plupart des milieux, y compris les milieux hypersalés (gélose de Chapman). Les colonies sont de types S, moyennes, pigmentées en jaune-or sur gélose MH. Il produit une catalase mais pas d’oxydase. Il sécrète également une coagulase [synonyme : staphylocoque coagulase (+)], de nombreuses toxines et enzymes qui lui confère sa virulence. Ainsi, grâce à ces propriétés antigéniques, le staphylocoque doré provoque des infections suppurées diverses, des septicémies, des méningites et des intoxications alimentaires. Les principaux caractères d’identification sont : cocci à Gram (+), groupés en amas, AAF, pigment jaune-or (+), catalase (+), oxydase (-) et coagulase (+).). Son pr ofil de sensibilité aux antibiotiques est variable selon que les souches sont d’origine communautaire ou hos pitalière. L’action des Bêtalactamines sur S. aureus est déduite de celle de la méticilline (Oxacilline) : les souches sont alors classées en Staphylococcus aureus sensible à la méticilline (SASM) et Staphylococcus aureus résistant à la méticilline (SARM). L’activité des Aminosides est bonne sur les SASM, mais variable sur les SARM.
Il est retrouvé à l’état de portage sur la peau, dans les fosses nasales, le tube digestif et les voies génitales.
 Enterobacteriaceae
Cette famille rassemble des bacilles à G ram (-), mobiles péritriches ou immobiles, fermentant le glucose [glucose (+) avec ou sans production de gaz], nitrate réductase (+), oxydase (-), AAF, culture facile sur milieux ordinaires.
Les espèces fréquemment isolées du L CR lors de MBP (surtout néonatales) sont : Escherichia coli K1, Klebsiella pneumoniae, Citrobacter freundii et Enterobacter cloacae. Les souches d’origine communautaire sont généralement des souches sauvages, donc sensibles aux antibiotiques, contrairement aux souches d’origine hospitalière.
 Pseudomonas aeruginosa
Communément appelé Bacille pyocyanique ou Pyocyanique, il appartient au genre Pseudomonas et à la famille des Pseudomonadaceae. Cette famille rassemble des bacilles à Gram (-), mobiles polaires, ne fermentant pas le glucose [glucose (-)], nitrate réductase (+), oxydase (+), AS, culture facile sur milieux ordinaires.
Ce sont des bacilles fins, droits, très mobiles grâce à une flagelle polaire, asporulés et acapsulés. Les colonies sont de type S, plates, à surface irisée, pigmentées en bleu-vert et dégageant une odeur aromatique. Certaines souches donnent des colonies grosses et muqueuses à ca use de la production d’une substance visqueuse et épaisse appelée couche slime.
P. aeruginosa est une bactérie pathogène opportuniste capable de provoquer des infections variées, primitives ou nosocomiales. Les souches d’origine hospitalière sont très résistante, voire multirésistantes aux antibiotiques ; cela rend systématique la réalisation d’un antibiogramme devant tout isolat de Bacille pyocyanique.

Table des matières

Introduction
Première partie : rappels bibliographiques
Chapitre 1 : Liquide céphalorachidien
1.1. Méninges
1.2. Liquide céphalorachidien
Chapitre 2 : Principales bactéries responsables des méningites
2.1. Streptococcus pneumoniae
2.1.1. Classification
2.1.2. Caractères bactériologiques
2.1.3. Epidémiologie
2.1.4. Pouvoir pathogène naturel
2.1.5. Diagnostic bactériologique
2.1.6. Eléments de thérapeutique
2.2. Haemophilus influenzae b
2.2.1. Classification
2.2.2. Caractères bactériologiques
2.2.3. Epidémiologie
2.2.4. Pouvoir pathogène naturel
2.2.5. Diagnostic bactériologique
2.2.6. Eléments de thérapeutique
2. 3. Neisseria meningitidis
2.3.1. Classification
2.3.2. Caractères bactériologiques
2.3.3. Epidémiologie
2.3.4. Pouvoir pathogène naturel
2.3.5. Diagnostic bactériologique
2.4. Autres bactéries
Chapitre 3 : Méningites bactériennes pédiatriques
3.1. Tableaux cliniques
3.1.1. Forme commune
3.1.2. Formes cliniques
3.2. Bilan biologique d’une méningite
3.2.1. Etude du liquide céphalorachidien
3.2.1.1. Etude cytologique
3.2.1.2. Etude chimique
3.2.1.3. Etude bactériologique
3.2.2. Etude des autres paramètres biologiques
3.2.3. Surveillance biologique du malade sous traitement
Chapitre 4 : Eléments de thérapeutique
4.1. Traitement curatif
4.2. Prévention
Deuxième partie : bilan du laboratoire Site Sentinelle
1. Cadre et Période de l’étude
1.1.Cadre de l’étude
1.2.Période de l’étude
2. Matériels et Méthodes de l’étude
2.1. Matériels de l’étude
2.2. Critères d’inclusion des malades
2.3. Méthodes de l’étude
3. Résultats de l’étude
3.1.1. Aspects macroscopique des échantillons
3.1.2. Répartition des échantillons selon le sexe et l’âge
3.1.3. Répartition mensuelle et annuelle des méningites
4.2. Paramètres biologiques du liquide céphalorachidien
3.2.1. Leucocytorachie
3.2.2. Protéinorachie
3.2.3. Glycorachie
4.3. Bactéries isolées au niveau du Site Sentinelle de Surveillance
3.3.1. Performance des tests diagnostiques utilisés
3.3.2. Répartition des bactéries selon le sexe et l’âge
3.3.3. Répartition mensuelle des bactéries détectées
3.3.4. Répartition annuelle des bactéries détectées
3.3.5. Profil de sensibilité des bactéries aux antibiotiques
4. Commentaires et discussions
Conclusion
Recommandations
Références bibliographiques

Télécharger le rapport complet