BACTÉRIÉMIES AU SERVICE DES MALADIES INFECTIEUSES ET TROPICALES

Bactériémies à point de départ thrombophlébitique

     Au contact d’un foyer bactérien initial se constitue une thrombophlébite par une réaction inflammatoire de l’endoveine colonisée par des bactéries. La fragmentation du caillot septique est à l’origine de l’essaimage bactérien. La porte d’entrée cutanée ou muqueuse n’est pas toujours évidente et la phlébite elle-même est rarement symptomatique. Ce type de bactériémie est en cause dans les bactériémies aiguës dont les germes responsables sont surtout les Cocci Gram positif, les entérobactéries, et les anaérobies. Les principales localisations secondaires sont pulmonaires, ostéo articulaires, et endocardiques.

Examen microscopique

Etat frais : Entre lame et lamelle, cet examen permet une étude quantitative. Il apprécie leur morphologie, leur regroupement, leur mobilité et leur abondance.
Après coloration : Cela permet une étude qualitative. La coloration de Gram permet de classer les bactéries en Gram négatif, colorées en rouge et Gram positif, colorées en violet.
La culture
– Les milieux de culture : Ce sont des milieux généralement liquides, contenant des substances nutritives indispensables à la croissance bactérienne. Ils sont pour la plupart constitués d’un milieu de base, auquel on ajoute un inhibiteur d’antibiotiques et d’anticoagulants. Les milieux de culture sont conditionnés dans un ballon d’hémoculture ou dans des tubes « vacutainer », différents selon qu’il s’agisse d’un adulte ou d’un enfant. Certains ballons sont diphasiques (ballon de casteneda), contenant une phase liquide et une phase gélose. Ce type de ballon est utilisé pour les germes à croissance lente.
– La mise en culture : Elle permet l’isolement et ensuite l’identification du germe.
– L’isolement : Si la bactériémie est monomicrobienne, l’isolement du germe pathogène se fera sur un milieu enrichi. En revanche, si elle est polymicrobienne, l’isolement se fera sur un milieu sélectif et/ou spécifique, avec ou sans enrichissement préalable.
– L’identification de la bactérie isolée, portera sur la description des différents caractères de la bactérie :
caractéristiques morphologiques ;
caractères culturaux, métaboliques et antigéniques ;
le pouvoir pathogène, expérimental.
– L’antibiogramme
La sensibilité du germe aux antibiotiques se fera par la méthode de diffusion en gélose.
l’interprétation : Elle est très délicate. L’interprétation peut être évidente. En effet, la présence de certains germes dans le sang ne laisse aucun doute sur l’origine pathologique. Néanmoins, il y a des germes pathogènes opportunistes dont l’isolement répété permet de confirmer leur implication systématique dans l’état bactériémique. Dans tous les cas, une corrélation doit être faite avec la clinique, d’où la nécessité d’une collaboration étroite entre le clinicien et le microbiologiste.

Les moyens de réanimation

Les différents moyens de réanimation sont :
• oxygénation (6 à 10litres/ min) ;
• intubation trachéale ;
• ventilation assistée ;
• cathétérisme veineux central et périphérique ;
• sonde urinaire et nasogastrique ;
• les catécholamines.

Les éléments de surveillances

       La surveillance d’un malade atteint de bactériémie est basée sur les éléments cliniques et paracliniques.
Les éléments cliniques : Sur une feuille de surveillance, seront consignées les constantes (la température, la pression artérielle, le pouls, la fréquence respiratoire et la diurèse) et les signes de l’examen physique : l’état général, la conscience, la coloration cutanéomuqueuse, d’éventuelles marbrures, l’état d’hydratation. On s’attachera enfin à examiner soigneusement tous les appareils à la recherche d’un foyer septique secondaire.
Les éléments paracliniques : Le bilan minimum devra comporter :
• l’hémogramme (taux d’hémoglobine, formule leucocytaire, vitesse de sédimentation, taux des plaquettes) ;
• l’étude de la fonction rénale (azotémie, créatininémie) ;
• l’examen bactériologique : répétition des hémocultures, étude du pouvoir bactéricide du sérum du malade, dosage de la concentration d’antibiotique dans le sang afin de vérifier que l’on maintient une concentration sérique supérieure ou égale à la concentration minimale inhibitrice (CMI) du germe en cause.
Le traitement doit être évalué en permanence sur le plan de l’efficacité et de la tolérance.
La durée du traitement : La durée du traitement des bactériémies, reste un sujet de débat. Elle est à adapter en fonction de la porte d’entrée, de l’évolution clinique et de la présence ou non d’une métastase septique. La réalisation d’hémocultures de contrôle pourrait également permettre d’évaluer la réponse au traitement et de guider sa durée.

Les aspects évolutifs et pronostiques

      Le taux de mortalité lié aux bactériémies tous germes confondus, communautaires ou nosocomiales, se situe entre 11 % et 30 % dans le premier mois qui suit l’épisode infectieux [34, 37]. Notre étude révèle un taux de mortalité à 42%, sept fois plus élevé que celui signalé par Ouédraogo (6,17%) au CHU pédiatrique de Charles Gaule [50]. Dans cette série, tous les patients avaient bénéficié d’une antibiothérapie empirique, alors que dans notre série, seulement 69,6% (56 cas) de nos patients étaient sous antibiotiques avant l’antibiogramme. Ce qui pourrait expliquer cette différence. En effet, l’antibiothérapie inadaptée ou retardée est un facteur de mortalité dans les bactériémies [34, 74]. L’antibiothérapie est plus adaptée si le germe mis en évidence est une bactérie à Gram négatif, un Streptococcus pneumoniæ ou un Enterococcus [73].

Table des matières

INTRODUCTION
PREMIÈRE PARTIE : RAPPELS
I. LES BACTERIEMIES
1.1. Définition
1.2. Épidémiologie
1.2.1 Morbidité
1.2.2 Mortalité
1.2.3 Facteurs favorisants
1.2.4 Physiopathologie
1.2.5 Agents pathogènes
1.2.5.1. Germe
1.2.5.2. Porte d’entrée
1.2.5.3. Terrain
1.3. Signes cliniques
1.3.1. Type de description : bactériémie de l’adulte jeune sans préjuger de l’étiologie
1.3.2. Formes cliniques
1.3.2.1. Formes compliquées
1.3.2.2. Formes selon le terrain
1.4. Diagnostic biologique
1.4.1. Hémoculture
1.4.1.1. Conditions de réalisation d’une hémoculture
1.4.1.2. Le prélèvement
1.4.1.3. L’examen bactériologique
1.4.2. Le test PCR temps réel, Xpert1 MRSA/SA
1.4.3. Autres prélèvements bactériologiques
1.5. Traitement
1.5.1. Le traitement curatif
1.5.1.1. Les buts
1.5.1.2. Les moyens
1.5.1.2.1. L’antibiothérapie
1.5.1.2.2. Les différentes classes d’antibiotiques
1.5.1.2.3. Les moyens de réanimation
1.5.1.2.4. Les moyens chirurgicaux
1.5.1.3. Indications
1.5.1.3.1. Traitement de la porte d’entrée
1.5.1.3.2. La prise en charge du choc septique
1.5.1.4. Evolution-pronostic
1.5.1.4.1. Les éléments de surveillances
1.5.2. Traitement préventif
DEUXIEME PARTIE : NOTRE ETUDE
I. CADRE D’ETUDE
1.1. Service des Maladies infectieuses et tropicales (SMIT)
1.1.1. Description des lieux
1.1.2. Le personnel
1.1.3. L’organisation des activités de soins
1.2. Le service de bactériologie
1.2.1 Description des lieux
1.2.2 Le personnel
II. LE MATERIEL ET LES METHODES
2.1. Le type et la période d’étude
2.2. La population étudiée
2.2.1. Les critères d’inclusion
2.2.2. Les critères de non inclusion
2.3. Le recueil des données
2.4. La saisie et l’exploitation des données
2.5. Les limites de l’étude
III. RESULTATS
3.1. Etude descriptive globale
3.1.1. Aspects épidémiologiques
3.1.2. Aspects cliniques
3.1.2.1. Répartition des patients en fonction des motifs d’hospitalisation
3.1.2.2. Répartition des patients selon le diagnostic associé à la bactériémie
3.1.2.3. Répartition des patients en fonction de la porte d’entrée identifiée
3.1.3. Les aspects paracliniques
3.1.3.1. Répartition des patients en fonction des paramètres biologiques
3.1.4. Les aspects bactériologiques
3.1.4.1. Résultats de l’hémoculture
3.1.4.2. Répartition en fonction des germes isolés à l’hémoculture
3.1.4.3. Répartition des Staphylocoques et des Streptocoques en fonction de la résistance aux antibiotiques
3.1.4.4. Répartition de l’antibiorésistance de Salmonella, Escherichia, Klebsiella, Enterobacter et Acinetobacter
3.1.4.5. Répartition de l’antibiorésistance de Pseudomonas
3.1.5. Aspects Thérapeutiques
3.1.5.1. Répartition des patients selon le schéma thérapeutique instauré
3.1.5.2. Répartition des patients selon les molécules utilisées avant les résultats de l’antibiogramme
3.1.5.3. La répartition selon la durée de l’antibiothérapie
3.1.5.4. Répartition des patients en fonction de la durée d’hospitalisation
3.1.5.5. Répartition des patients en fonction du délai d’hospitalisation
3.1.6. Aspects évolutifs
3.1.6.1. Répartition des patients selon l’évolution
3.2. Etude analytique
3.2.1. Répartition des patients en fonction de l’évolution selon le sexe
3.2.2. Répartition des patients en fonction de l’évolution selon l’âge
3.2.3. Répartition des patients en fonction de l’évolution selon les co-morbidités
3.2.4. Répartition des patients en fonction de l’évolution selon la porte d’entrée de la bactériémie
3.2.5. Répartition des patients en fonction de l’évolution selon les motifs d’hospitalisation
3.2.6. Répartition des patients en fonction de l’évolution selon le diagnostic associé à la bactériémie
3.2.7. Répartition des patients infectés par le VIH en fonction de l’évolution selon le taux de lymphocytes TCD4+
3.2.8. Répartition des patients en fonction de l’évolution selon le taux d’hémoglobine
3.2.9. Répartition des patients en fonction de l’évolution selon le taux des globules blancs
3.2.10. Répartition des patients en fonction de l’évolution selon le taux des neutrophiles
3.2.11. Répartition des patients en fonction de l’évolution selon le taux des éosinophiles
3.2.12. Répartition des patients en fonction de l’évolution selon le taux des lymphocytes
3.2.13. Répartition des patients en fonction de l’évolution selon le taux de CRP
3.2.14. Répartition des patients en fonction de l’évolution selon le taux de créatininémie
3.2.15. Répartition des patients en fonction de l’évolution selon le taux de glycémie
3.2.16. Répartition des patients en fonction de l’évolution selon le type de prélèvement
3.2.17. Répartition des patients en fonction de l’évolution selon le germe isolé
3.2.18. Modèle de régression logistique multivariée des facteurs indépendamment associés au décès et aux germes isolés
3.2.19. Répartition des patients en fonction de l’évolution selon l’antibiothérapie
3.2.20. Répartition des patients en fonction de l’évolution selon la durée de l’antibiothérapie probabiliste
3.2.21. Répartition des patients en fonction de l’évolution selon la durée d’hospitalisation
IV. COMMENTAIRES
4.1. Les aspects épidémiologiques
4.2. Les aspects cliniques
4.3. Les aspects biologiques
4.4. Les aspects bactériologiques
4.5. Les aspects thérapeutiques
4.6. Les aspects évolutifs et pronostiques
4.7. Les facteurs associés au décès
CONCLUSION ET RECOMMANDATIONS
BIBLIOGRAPHIE
ANNEXES

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