Soutenance mémoire
Les Arénavirus et les Hantavirus sont des virus responsables de maladies graves voire mortelles chez l’homme. L’infection humaine par les Arénavirus se traduit par une chorioméningite lymphocytaire ou une fièvre hémorragique dont la fièvre de Lassa en Afrique, la fièvre hémorragique de Bolivie, la fièvre hémorragique du Venezuela et la fièvre hémorragique de Brésil. En Afrique de l’Ouest, entre 300 000 et 500 000 cas de Fièvre de Lassa par an, dont 5 000 mortels se produisent. Le taux de létalité est de 1 %, mais il atteint 15 % chez les patients hospitalisés (1). Les Hantavirus sont responsables de fièvre hémorragique avec syndrome rénal, de néphropathie épidémique ou de syndrome aigue pulmonaire sévère chez l’homme. Environ 150 000 cas de HFRS et 1000 cas de HPS se produisent annuellement dans le monde (2).
La faune sauvage joue un rôle bien involontaire dans l’émergence des maladies infectieuses chez l’homme. Les maladies émergentes sont des infections nouvelles, causées par l’évolution ou la modification d’un agent pathogène ou d’un parasite existant. Parmi les 212 pathogènes pour l’homme qui sont les virus et prions, les bactéries et les rickettsies, les champignons, les protozoaires et les helminthes ; 177 ont été considérés comme émergents. Parmi ces pathogènes émergents, 116 virus dont 49 émergents sont partagés avec la faune sauvage. Les rongeurs, qui représentent en 2005, 42% de la biodiversité spécifique chez les mammifères, ont un rôle non négligeable puisqu’ils hébergent 42% des virus zoonotiques et 45% des virus émergents (3,4). Ils sont particulièrement impliqués dans la transmission de virus émergents appartenant à deux familles virales : la famille des Arenaviridae et celle des Hantaviridae. Les infections de l’homme par l’Arénavirus et l’Hantavirus sont transmises par les petits mammifères terrestres. Ces animaux servent de réservoirs des Arénavirus et des Hantavirus (5).
Revue bibliographique sur les Arénavirus
Historique
Le premier Arénavirus décrit est le virus de la chorioméningite lymphocytaire (LCMV). Il a été isolé par Armstrong et Lyllie en 1933 à partir du liquide céphalorachidien d’une femme suspectée d’être atteinte de l’encéphalite de Saint Louis (9). En 1935, le LCMV était isolé dans des colonies de souris de laboratoire (Mus musculus), suggérant une association entre le LCMV et les rongeurs de la famille des Muridae. Il a été montré par la suite que ce virus était associé de façon spécifique à l’espèce Mus musculus et qu’il était capable d’infecter de façon horizontale ou verticale les souris domestiques. En 1939, la contamination humaine par contact in natura avec des souris infectés était démontrée (10).
Le virus Tacaribe (TCRV) a été isolé en 1958, à partir de chauve-souris frugivores, Artibeus sp, de l’île de Trinidad. C’est le seul Arénavirus qui a été isolé chez les chiroptères jusqu’à maintenant. Cette association reste encore inexpliquée (10). En 1961, le virus Junin (JUNV) a été isolé et identifié comme responsable de la fièvre hémorragique d’Argentine (FHA). Toutefois, des cas de FHA étaient enregistrés dans la province de Buenos Aires depuis 1958. Ensuite, l’espèce Calomys musculinus a été identifiée comme étant le réservoir principal de JUNV (10). En 1959, la fièvre hémorragique de Bolivie (FHB), causée par le virus Machupo (MACV), émergeait brutalement dans le département de Beni, où plusieurs épidémies allaient se répéter jusqu’en 1970. L’espèce de rongeur péri-domestique, Calomys callosus, est connue comme étant l’hôte réservoir de MACV (10).
A la fin des années 1960, le groupe ou « complexe Tacaribe » a été identifié du point de vue antigénique, il comprend les Arénavirus isolés en Amérique du Sud (JUNV, MACV, TCRV). Le LCMV de la souris et les Arénavirus découverts en Afrique forment le groupe ou « complexe LCMV » (10). La fièvre de Lassa a été décrite pour la première fois en Sierra Leone dans les années 1950 chez deux infirmières en mission qui étaient décédées au Nigeria mais le virus responsable de la maladie n’a été identifié qu’en 1969. L’agent causal de la maladie est le virus Lassa qui porte le nom d’une ville du Nigeria. De nombreuses autres épidémies de fièvre de Lassa ont été enregistrées dans d’autres pays de l’Afrique de l’Ouest comme le Liberia, la Sierra Leone, la Guinée, le Mali et le Sénégal. (4) Le virus Lassa est le premier Arénavirus décrit comme responsable de la fièvre hémorragique dans l’Ancien Monde .
Il y a une dizaine d’année, deux nouveaux Arénavirus hautement pathogènes pour l’homme ont été isolés successivement en Amérique du Sud : le virus Guanarito (GUAV), en 1989, dans la province de Guanare au centre de Venezuela, associé au rongeur Zygodontomys brevicauda, et le virus Sabia (SABV), isolé en 1992, à Sao Paulo au Brésil, à partir d’un cas mortel de fièvre hémorragique et dont l’hôte réservoir n’a pas été identifié .
Espèces virales
Structure générale des Arénavirus
Ce sont des virus ronds, enveloppés, couverts de projections de 8 à 10 nanomètres (11). L’enveloppe virale contient deux glycoprotéines (25% de la masse protéique) en quantités équimolaires à la surface du virus, GP1 (44 Da) et GP2 (72 Da), qui sont issues du même précurseur, GP-C (10). Les virus se présentent comme des particules sphériques ou pléomorphes dont le diamètre varie de 50 à 300 nanomètres. Les ribosomes, présents à l’intérieur du virion, sont responsables de l’apparence du sable dans le virus en microscopie électronique .
La particule virale contient : des ribosomes d’origine cellulaire (ARNs 28S et 18S), une nucléocapside, et le génome qui est un ARN monocaténaire présentant deux segments : S pour small (environ 3500 nucléotides) et L pour large (environ 7200 nucléotides). La stratégie d’encodage est ambisens (12). Ces deux ARNs sont associés à la nucléocapside. L’ARN-S code pour les protéines de la nucléocapside et les précurseurs GPC des glycoprotéines d’enveloppe. L’ARN-L code pour une protéine non structurale non glycosylée de haut poids moléculaire, la protéine L, qui constitue l’ARN polymérase virale ARN dépendante (10).
Taxonomie
En 1970, du point de vue taxonomique, la famille des Arenaviridae a été proposée et la proposition a été acceptée en 1971 (10). Les Arénavirus sont regroupés dans la famille des Arenaviridae. Le mot « Arenaviridae » vient du mot latin « arena », qui signifie sable, à cause des grains opaques observés dans les particules virales en microscopie électronique (13). La famille des Arenaviridae contient un unique genre : le genre Arenavirus qui comprend 22 espèces virales, reconnues par l’ICTV (Comité International de Taxonomie des Virus) et au moins 7 autres espèces (11). Les Arénavirus ont été classés en deux groupes, selon leurs propriétés antigéniques:
– le séro-complexe Tacaribe : incluant les Arénavirus du nouveau Monde (14).
– le séro-complexe Lassa – LCM : comprenant les Arénavirus de l’Afrique et le virus ubiquiste de la chorioméningite lymphocytaire (LCMV). Ce complexe est reconnu comme étant le groupe des Arénavirus de l’ancien Monde .
Les Arénavirus du nouveau Monde sont divisés en 3 lignées distinctes (désignées A, B et C). La lignée A regroupe 5 virus : le virus Pichinde, le virus Pirital, le virus Parana, le virus Flexal et le virus Allpahuayo. La lignée B comprend 7 virus : le virus Machupo, le virus Junin, le virus Tacaribe, le virus Sabia, le virus Guanarito, le virus Amapari et le virus Cupixi. La lignée C contient le virus Oliveros et le virus Latino .
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Table des matières
Introduction
Matériel et méthode
Schéma de l’étude
Critères d’inclusions
Données recueillies
Analyse statistique
Résultats
Discussion
Conclusion
Bibliographie
Tableaux
Annexes
