Apport du test Gene Xpert (Xpert/MTB/Rif) dans le diagnostic de la tuberculose

La tuberculose est une maladie infectieuse, contagieuse, endémo-épidémique à transmission essentiellement interhumaine due au complexe Mycobacterium tuberculosis incluant Mycobacterium tuberculosis hominis, Mycobacterium bovis et Mycobacterium africanum [1 – 3]. Elle représente aujourd’hui à l’échelle mondiale un véritable problème de santé publique. Le dernier rapport de l’Organisation Mondiale de la Santé fait état de 8,6 millions de nouveaux cas en 2013 dont 1,3 millions de décès [4 ; 5]. En diminution nette dans les pays riches, elle a connu un regain d’intérêt dans les pays pauvres en raison de la survenue de la pandémie de l’infection à VIH et des conditions de vie socio-économiques précaires [1]. La tuberculose est un des principaux facteurs de mortalité chez les personnes vivant avec le VIH. Au moins un décès sur quatre est attribué à la tuberculose. Récemment, un deuxième facteur de gravité s’est surajouté au VIH ; il s’agit de l’émergence de la tuberculose à germes multirésistants et ultrarésistants qui ne viennent qu’aggraver l’état d’urgence décrété par l’OMS depuis plus de 20 ans [4 -7]. La confirmation du diagnostic de la tuberculose a toujours était difficile chez les patients vivant avec le VIH, lié à la faible sensibilité de la bacilloscopie sur ce terrain qui ne dépasse pas 20%. Mais aussi la culture des échantillons bien que présentant plusieurs avantages par rapport à la bacilloscopie pose un certain nombre d’inconvénients tels que : des infrastructures complexes, un niveau de sécurité biologique et une durée de l’examen qui peut aller de deux semaines à huit semaines en fonction des milieux de culture.

GENERALITES

HISTORIQUE

La tuberculose est une maladie très ancienne dont les premières traces furent mises en évidence dans des momies égyptiennes. En 460 avant Jésus Christ, HIPPOCRATE décrivit la tuberculose sous le terme grec de <<phtisis >> comportant une connotation de dépérissement progressif des malades atteints GALIEN au 2ème siècle après JC et plus tard COELIUS AURELIANUS (5émesiècle après JC) HIPPOCRATE distinguèrent plusieurs aspects cliniques. En 1882, Robert KOCH fit la découverte du bacille antituberculeux qui porte son nom. La même année, EHRLICH met en évidence son acido-alcoolo-résistance qui est révélée dès 1883 par la méthode de coloration de Ziehl et Neelsen. BOUCHARD et BECLERE, appliquent en 1897 les rayons X (découverts par ROENTGEN en 1895) au diagnostic de la tuberculose pulmonaire. PFLUGGE découvrit toujours en 1897, le mode de transmission de l’infection à travers les gouttelettes infectieuses. VON PIEQUET en 1907 et MANTOUX en 1909, développent les premières applications cliniques de l’allergie tuberculeuse par l’usage de tests cutanés tuberculiniques. De 1908 à 1920, CALMETTE et GUERIN mettent au point le vaccin qui porte leurs noms, le bacille de Calmette et Guérin (BCG), dont l’emploi pour la première fois en 1921 révolutionna la prévention de la tuberculose. En 1944, WAKSMAN découvre la streptomycine, premier antibiotique actif sur le bacille tuberculeux. Puis vient, en 1949, l’acide para amino-salicylique (PAS). En 1952, l’isoniazide fut introduit dans le traitement, la pyrazinamide en 1954, l’ethambutol en 1962 et la rifampicine en 1963.

En 1998, le séquençage complet du génome du BK a été réalisé. L’incidence de la tuberculose a régulièrement diminué de 1953 à 1985. Cependant, depuis 1986 une recrudescence de la tuberculose a été notée avec l’avènement de l’infection à VIH.

EPIDEMIOLOGIE

La tuberculose reste une des maladies infectieuses les plus répandues dans le monde. Au fil des siècles, plusieurs épidémies de tuberculose eurent lieu notamment en Europe et en Amérique du nord.

Situation actuelle de la tuberculose dans le monde 

Elle est la huitième cause de mortalité dans le monde et la première cause de mortalité liée à une bactérie unique. Elle continue d’être un fardeau énorme pour le monde. Le dernier rapport 2013 de l’OMS sur la tuberculose estime à :

●8,6 millions le nombre de nouveaux cas de tuberculose dont :
❖ 1,1 millions co-infectés par le VIH soit 13% des cas ;
❖ 2,9 millions de cas chez les femmes ;
❖ 530.000 cas chez les moins de 15 ans.

●1,3 millions le nombre de personnes décédées de cette maladie avec :
❖ 1 million séronégatifs et 300 000 séropositifs ;
❖ 410.000 décès chez les femmes dont 16.000 séropositives ;
❖ 74.000 décès chez les <15 ans.

Il faut noter que la majorité des cas de tuberculose sont enregistrés en Asie avec 58% des cas et en Afrique (27%). Dans ces 2 régions, cinq pays concentrent les plus forts taux :
❖ Inde : 2 à 2,4 millions de cas, soit 26% des cas mondiaux
❖ Chine : 0,9 à 1,1 millions de cas, soit 12 % des cas mondiaux
❖ Afrique du sud : 0,4 à 0,6 million
❖ Indonésie : 0,4 à 0,5 million
❖ Pakistan : 0,3 à 0,5 million.

Les taux sont plus faibles dans la région méditerranéenne avec 8%, en Europe avec 4% et en Amérique avec 3% .

L’augmentation des cas de tuberculose est aussi la résultante de l’apparition de souches multirésistantes, encore appelées Multi Drug Resistant (MDR ) et ultrarésistantes (ou eXentsively Drug Resistant ou XDR).

En 2012, l’Organisation Mondiale de la Santé estime à :
❖450 000 le nombre de nouveaux cas de TB-MDR dont 30 000 cas chez les malades atteints de tuberculose.
❖Sur les 1,3 millions de décès liés à la tuberculose, 170 000 décès étaient des cas de tuberculose multirésistante.

La plupart des cas sont trouvés en Europe de l’est et en Asie centrale, où les chiffres peuvent atteindre 20% sur les nouveaux cas et 50% sur les cas déjà traités. Cependant, malgré ces chiffres assez alarmants, l’incidence des cas de tuberculose a diminué de 2% en 2012 et la mortalité a diminué de 45% depuis 1990. Certainement l’objectif du Partenariat Halte à la Tuberculose, qui est de réduire la mortalité de 50% d’ici 2015 et d’éliminer la tuberculose en tant que problème de santé publique, est en bonne voie d’être atteint.

Situation de la tuberculose en Afrique 

En Afrique, la tuberculose est un problème de santé publique majeur avec un peu plus de 1,3 millions de nouveaux cas notifiés en 2012, soit 27% des cas mondiaux. Son incidence globale est de 255 cas /100 000 habitants, contrairement aux pays occidentaux où cette incidence ne dépasse pas 10 cas /100 000 habitants. Il existe de véritables différences régionales dans la charge de la tuberculose en Afrique. En effet, l’Afrique australe et de l’est enregistrent les taux les plus élevés avec une incidence pouvant atteindre, dans certains pays, 1 000 cas/ 100 000 habitants. Enfin, l’Afrique connaît les taux les plus importants de la tuberculose multirésistante avec une prévalence de 1,2% chez les nouveaux cas et 11% des cas de retraitement. Ces chiffres expliquent l’urgence que constitue la tuberculose en Afrique.

Situation de la tuberculose au Sénégal 

Au Sénégal, comme dans la plus-part des pays sub-sahariens, la tuberculose constitue un véritable problème de santé publique de par son impact sur la morbi-mortalité et son association avec l’infection à VIH. L’incidence de la tuberculose au Sénégal est de 12 cas /100 000 habitants. Sur un total de 12 819 cas notifiés, 8 986 cas de TB à bacilloscopie positive ont été enregistrés par le PNT en 2012. Ailleurs, avec un ratio de 2.3, les hommes sont plus touchés par l’infection que les femmes. Cent quarante sept cas de tuberculose multirésistante ont été déclarés en 2012 dont seulement 27 confirmés au laboratoire.

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Table des matières

INTRODUCTION
1 Historique
1.2. Epidémiologie
1.3.Physiopathologie
1.3.1.Agent pathogène
1.3.2.Transmission
1.3.3.Pathogénie
2.Clinique
2.1. Type de description
2.2. Formes cliniques
2.2.1. La tuberculose miliaire
2.2.2. La tuberculose ganglionnaire
2.2.3. La tuberculose ostéoarticulaire
2.2.4.La tuberculose neuroméningée
2.2.5. La tuberculose des séreuses
2.2.6. La tuberculose urogénitale
2.2.7. La tuberculose digestive
2.2.8. Autres localisations
2.2.9. Formes selon le terrain
2.2.9.1. Tuberculose de l’enfant
2.2.9.2. Tuberculose chez le sujet infecté par le VIH
3. Diagnostic
3.1. Diagnostic positif
3.1.1. Eléments d’orientation
3.1.2. Différentes méthodes diagnostiques
3.1.2.1. Intradermoréaction
3.1.2.2 .Méthodes immunologiques
3.1.1.3. Les tests bactériologiques
3.1.1.4. Méthodes de biologie moléculaire
3.2. Diagnostic différentiel
4.Traitement
4.1. Traitement curatif
4.1.1. Buts
4.1.2. Moyens
4.1.2.1.Moyens étiologiques
4.1.2.2.Moyens Adjuvants
4.1.3. Conduite du traitement
4.1.3.1. Bilan préthérapeutique
4.1.3.2. Principes du traitement
4.1.3.3. Protocoles thérapeutiques
4.1.3.4. Indications thérapeutiques
4.1.3.5. Surveillance du traitement
4.2. Traitement préventif
4.2.1. Prévention primaire
4.2.2. Prévention secondaire
CONCLUSION

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